# TARGET T0363 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0363.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.2211 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.585 0.112 0.123 0.101 0.022 0.019 0.015 0.003 0.017 0.002 0.001 2 A 0.620 0.083 0.155 0.075 0.022 0.016 0.012 0.005 0.007 0.004 0.001 3 H 0.453 0.117 0.108 0.211 0.023 0.029 0.028 0.005 0.022 0.002 0.001 4 H 0.284 0.166 0.210 0.166 0.040 0.040 0.044 0.007 0.036 0.005 0.001 5 H 0.351 0.133 0.180 0.155 0.035 0.047 0.057 0.011 0.024 0.007 0.001 6 H 0.349 0.145 0.149 0.205 0.032 0.034 0.049 0.009 0.022 0.005 0.001 7 H 0.306 0.169 0.150 0.198 0.037 0.051 0.045 0.011 0.029 0.003 0.001 8 H 0.272 0.246 0.203 0.148 0.046 0.023 0.026 0.006 0.025 0.005 0.001 9 S 0.201 0.243 0.250 0.111 0.047 0.056 0.036 0.009 0.036 0.008 0.001 10 L 0.317 0.208 0.217 0.118 0.044 0.025 0.036 0.005 0.022 0.007 0.001 11 N 0.161 0.111 0.122 0.313 0.060 0.041 0.146 0.019 0.020 0.005 0.001 12 Q 0.057 0.525 0.198 0.088 0.073 0.021 0.013 0.001 0.021 0.001 0.001 13 I 0.003 0.692 0.225 0.005 0.036 0.018 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 14 N 0.003 0.588 0.332 0.003 0.017 0.039 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 15 I 0.001 0.835 0.103 0.001 0.031 0.009 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 16 E 0.001 0.572 0.379 0.001 0.003 0.034 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 17 I 0.002 0.810 0.123 0.001 0.012 0.026 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 18 A 0.005 0.850 0.077 0.001 0.028 0.023 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 19 Y 0.006 0.756 0.117 0.005 0.039 0.039 0.002 0.001 0.036 0.001 0.001 20 A 0.034 0.431 0.281 0.041 0.124 0.044 0.008 0.002 0.026 0.008 0.001 21 F 0.005 0.280 0.349 0.001 0.042 0.048 0.007 0.001 0.264 0.001 0.001 22 P 0.552 0.003 0.326 0.015 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 23 E 0.644 0.040 0.105 0.135 0.017 0.017 0.021 0.009 0.007 0.002 0.003 24 R 0.312 0.233 0.139 0.168 0.041 0.043 0.029 0.006 0.025 0.001 0.002 25 Y 0.103 0.503 0.177 0.065 0.073 0.023 0.017 0.003 0.034 0.001 0.001 26 Y 0.058 0.568 0.145 0.057 0.079 0.046 0.013 0.001 0.032 0.001 0.001 27 L 0.030 0.367 0.495 0.007 0.023 0.059 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 28 K 0.275 0.373 0.052 0.205 0.068 0.013 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 29 S 0.008 0.714 0.130 0.007 0.122 0.008 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 30 F 0.004 0.812 0.069 0.007 0.050 0.011 0.001 0.001 0.046 0.001 0.001 31 Q 0.007 0.638 0.187 0.003 0.014 0.101 0.004 0.001 0.045 0.001 0.001 32 V 0.018 0.599 0.246 0.007 0.038 0.055 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 33 D 0.125 0.171 0.494 0.084 0.020 0.073 0.006 0.001 0.024 0.001 0.002 34 E 0.155 0.112 0.639 0.043 0.028 0.006 0.012 0.001 0.002 0.001 0.001 35 G 0.022 0.003 0.009 0.062 0.011 0.001 0.032 0.804 0.002 0.053 0.001 36 I 0.003 0.182 0.764 0.002 0.013 0.026 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 37 T 0.012 0.207 0.708 0.001 0.022 0.039 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 38 V 0.990 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 Q 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 I 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 T 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 Q 0.959 0.001 0.002 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 S 0.818 0.003 0.019 0.150 0.002 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 46 G 0.406 0.001 0.010 0.026 0.010 0.002 0.086 0.421 0.001 0.036 0.001 47 I 0.895 0.022 0.046 0.022 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 L 0.910 0.012 0.011 0.059 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 S 0.845 0.058 0.025 0.045 0.018 0.004 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 50 Q 0.616 0.086 0.041 0.215 0.008 0.015 0.006 0.001 0.011 0.001 0.001 51 F 0.063 0.181 0.220 0.009 0.024 0.011 0.010 0.001 0.478 0.002 0.001 52 P 0.548 0.003 0.393 0.013 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 53 E 0.339 0.076 0.221 0.262 0.026 0.040 0.012 0.010 0.011 0.004 0.001 54 I 0.189 0.317 0.275 0.145 0.026 0.028 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 55 D 0.038 0.117 0.306 0.038 0.032 0.301 0.022 0.001 0.143 0.002 0.001 56 L 0.677 0.044 0.072 0.161 0.008 0.019 0.005 0.003 0.010 0.001 0.001 57 S 0.654 0.056 0.074 0.161 0.020 0.010 0.008 0.007 0.005 0.005 0.001 58 T 0.245 0.164 0.092 0.403 0.054 0.009 0.013 0.005 0.011 0.003 0.001 59 N 0.041 0.121 0.205 0.159 0.049 0.062 0.269 0.017 0.072 0.003 0.001 60 K 0.045 0.431 0.318 0.018 0.046 0.079 0.020 0.003 0.037 0.002 0.001 61 I 0.026 0.606 0.211 0.064 0.021 0.034 0.004 0.001 0.033 0.001 0.001 62 G 0.015 0.197 0.254 0.009 0.439 0.008 0.007 0.028 0.005 0.036 0.001 63 I 0.027 0.812 0.075 0.010 0.042 0.016 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 64 F 0.025 0.471 0.163 0.102 0.059 0.062 0.043 0.002 0.068 0.005 0.001 65 S 0.041 0.095 0.184 0.080 0.363 0.013 0.062 0.089 0.006 0.064 0.004 66 R 0.003 0.698 0.187 0.001 0.031 0.008 0.003 0.001 0.068 0.001 0.001 67 P 0.009 0.010 0.896 0.001 0.001 0.050 0.001 0.001 0.002 0.001 0.032 68 I 0.063 0.513 0.265 0.024 0.039 0.052 0.003 0.001 0.040 0.001 0.001 69 K 0.015 0.256 0.641 0.002 0.021 0.036 0.003 0.001 0.022 0.002 0.001 70 L 0.482 0.096 0.212 0.097 0.012 0.060 0.014 0.003 0.018 0.002 0.004 71 T 0.600 0.076 0.063 0.177 0.032 0.011 0.022 0.008 0.008 0.003 0.001 72 D 0.284 0.099 0.188 0.167 0.062 0.056 0.080 0.010 0.051 0.003 0.001 73 V 0.565 0.130 0.184 0.081 0.006 0.022 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 74 L 0.352 0.260 0.202 0.077 0.043 0.045 0.005 0.001 0.013 0.002 0.001 75 K 0.135 0.320 0.395 0.049 0.048 0.015 0.010 0.001 0.024 0.002 0.001 76 E 0.163 0.026 0.768 0.029 0.003 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 77 G 0.021 0.001 0.007 0.013 0.005 0.001 0.017 0.839 0.001 0.096 0.001 78 D 0.010 0.069 0.669 0.040 0.006 0.140 0.026 0.001 0.037 0.001 0.002 79 R 0.008 0.631 0.291 0.008 0.045 0.010 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 80 I 0.004 0.854 0.101 0.002 0.015 0.007 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 81 E 0.003 0.774 0.171 0.001 0.012 0.023 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 82 I 0.011 0.705 0.170 0.005 0.008 0.081 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 83 Y 0.019 0.544 0.240 0.014 0.056 0.051 0.007 0.001 0.067 0.002 0.001 84 R 0.007 0.519 0.240 0.001 0.054 0.022 0.010 0.001 0.146 0.001 0.001 85 P 0.080 0.008 0.714 0.003 0.001 0.070 0.001 0.001 0.003 0.001 0.122 86 L 0.137 0.257 0.369 0.052 0.048 0.088 0.017 0.005 0.025 0.001 0.002 87 L 0.163 0.370 0.243 0.070 0.037 0.067 0.017 0.003 0.027 0.002 0.001 88 A 0.093 0.304 0.274 0.173 0.088 0.034 0.009 0.004 0.016 0.004 0.001 89 D 0.006 0.168 0.436 0.002 0.048 0.079 0.009 0.001 0.250 0.003 0.001 90 P 0.916 0.001 0.049 0.016 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 91 K 0.928 0.006 0.020 0.032 0.002 0.002 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 92 E 0.880 0.013 0.047 0.048 0.002 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 93 I 0.823 0.038 0.056 0.055 0.008 0.007 0.006 0.001 0.004 0.001 0.001 94 R 0.692 0.098 0.099 0.062 0.019 0.015 0.005 0.001 0.007 0.001 0.001 95 R 0.589 0.145 0.148 0.060 0.014 0.020 0.008 0.002 0.013 0.001 0.001 96 E 0.306 0.133 0.152 0.335 0.010 0.019 0.009 0.001 0.033 0.001 0.001 97 G 0.081 0.028 0.114 0.020 0.105 0.005 0.075 0.279 0.006 0.288 0.001