# TARGET T0363 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0363.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.2742 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.004 0.012 0.767 0.004 0.008 0.061 0.002 0.001 0.010 0.034 0.016 0.019 0.062 2 A 0.007 0.030 0.598 0.006 0.025 0.129 0.004 0.001 0.015 0.031 0.040 0.032 0.082 3 H 0.010 0.017 0.397 0.023 0.033 0.150 0.004 0.002 0.016 0.131 0.076 0.079 0.061 4 H 0.007 0.012 0.392 0.006 0.039 0.157 0.003 0.001 0.013 0.165 0.084 0.034 0.088 5 H 0.009 0.010 0.393 0.009 0.042 0.142 0.002 0.001 0.008 0.155 0.118 0.053 0.057 6 H 0.021 0.020 0.423 0.008 0.033 0.099 0.003 0.001 0.007 0.122 0.106 0.063 0.093 7 H 0.027 0.021 0.416 0.010 0.042 0.084 0.004 0.001 0.006 0.117 0.101 0.060 0.111 8 H 0.020 0.018 0.407 0.009 0.048 0.064 0.003 0.001 0.003 0.135 0.126 0.078 0.089 9 S 0.016 0.023 0.388 0.008 0.077 0.060 0.002 0.001 0.003 0.124 0.144 0.044 0.111 10 L 0.006 0.011 0.283 0.016 0.186 0.070 0.001 0.001 0.003 0.149 0.178 0.029 0.069 11 N 0.006 0.003 0.164 0.095 0.133 0.021 0.001 0.001 0.003 0.232 0.278 0.032 0.030 12 Q 0.043 0.005 0.236 0.032 0.054 0.009 0.011 0.001 0.033 0.113 0.117 0.044 0.301 13 I 0.136 0.004 0.186 0.013 0.002 0.001 0.053 0.008 0.132 0.036 0.002 0.254 0.173 14 N 0.219 0.002 0.042 0.005 0.001 0.001 0.168 0.034 0.213 0.006 0.001 0.130 0.182 15 I 0.280 0.001 0.036 0.007 0.001 0.001 0.198 0.098 0.170 0.002 0.001 0.044 0.164 16 E 0.343 0.001 0.024 0.067 0.001 0.001 0.199 0.110 0.105 0.004 0.001 0.120 0.027 17 I 0.380 0.001 0.015 0.009 0.001 0.001 0.279 0.106 0.069 0.001 0.001 0.027 0.113 18 A 0.494 0.001 0.015 0.015 0.001 0.001 0.219 0.118 0.056 0.001 0.001 0.038 0.042 19 Y 0.439 0.002 0.033 0.005 0.001 0.001 0.183 0.042 0.095 0.004 0.002 0.105 0.088 20 A 0.161 0.008 0.180 0.010 0.002 0.001 0.056 0.031 0.134 0.044 0.008 0.102 0.263 21 F 0.014 0.014 0.506 0.011 0.004 0.002 0.003 0.001 0.036 0.181 0.020 0.110 0.098 22 P 0.003 0.004 0.225 0.011 0.055 0.022 0.001 0.001 0.003 0.263 0.348 0.011 0.055 23 E 0.004 0.005 0.157 0.027 0.110 0.024 0.001 0.001 0.002 0.227 0.403 0.019 0.024 24 R 0.025 0.012 0.188 0.015 0.138 0.048 0.003 0.001 0.005 0.210 0.132 0.110 0.115 25 Y 0.104 0.011 0.172 0.033 0.033 0.019 0.019 0.001 0.017 0.070 0.033 0.059 0.429 26 Y 0.242 0.010 0.072 0.023 0.005 0.003 0.059 0.002 0.027 0.012 0.008 0.407 0.132 27 L 0.225 0.004 0.041 0.011 0.001 0.001 0.034 0.001 0.018 0.008 0.002 0.048 0.605 28 K 0.237 0.001 0.072 0.170 0.001 0.001 0.031 0.001 0.021 0.025 0.002 0.386 0.052 29 S 0.347 0.001 0.032 0.006 0.001 0.001 0.079 0.004 0.047 0.009 0.001 0.056 0.416 30 F 0.349 0.003 0.046 0.004 0.001 0.001 0.120 0.033 0.100 0.006 0.001 0.217 0.119 31 Q 0.155 0.011 0.092 0.003 0.001 0.002 0.128 0.118 0.230 0.006 0.002 0.077 0.177 32 V 0.018 0.012 0.484 0.016 0.002 0.003 0.018 0.054 0.245 0.025 0.006 0.054 0.063 33 D 0.001 0.004 0.820 0.004 0.005 0.003 0.001 0.003 0.048 0.059 0.025 0.006 0.022 34 E 0.001 0.003 0.018 0.004 0.030 0.008 0.001 0.001 0.001 0.116 0.818 0.001 0.001 35 G 0.001 0.001 0.022 0.004 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.033 0.929 0.001 0.001 36 I 0.002 0.053 0.754 0.001 0.002 0.005 0.002 0.001 0.012 0.094 0.006 0.045 0.024 37 T 0.002 0.149 0.634 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.015 0.050 0.002 0.007 0.116 38 V 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 39 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 40 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 44 Q 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.921 0.001 0.001 0.001 0.002 0.069 0.001 0.001 45 S 0.001 0.001 0.017 0.001 0.017 0.533 0.001 0.001 0.001 0.028 0.404 0.001 0.001 46 G 0.001 0.003 0.053 0.001 0.057 0.119 0.001 0.001 0.001 0.044 0.723 0.001 0.001 47 I 0.001 0.013 0.188 0.001 0.244 0.254 0.001 0.001 0.003 0.051 0.239 0.002 0.006 48 L 0.001 0.017 0.104 0.001 0.475 0.140 0.001 0.001 0.002 0.066 0.185 0.002 0.007 49 S 0.001 0.006 0.071 0.001 0.374 0.179 0.001 0.001 0.002 0.057 0.298 0.005 0.006 50 Q 0.001 0.011 0.109 0.001 0.242 0.172 0.001 0.001 0.003 0.069 0.383 0.001 0.005 51 F 0.001 0.006 0.557 0.002 0.009 0.007 0.001 0.001 0.001 0.399 0.013 0.003 0.002 52 P 0.001 0.007 0.385 0.007 0.076 0.015 0.001 0.001 0.001 0.092 0.414 0.001 0.003 53 E 0.001 0.010 0.175 0.002 0.141 0.022 0.001 0.001 0.002 0.149 0.489 0.003 0.006 54 I 0.003 0.081 0.481 0.002 0.051 0.027 0.001 0.001 0.007 0.247 0.052 0.025 0.024 55 D 0.001 0.043 0.768 0.002 0.015 0.023 0.001 0.001 0.006 0.050 0.029 0.012 0.050 56 L 0.003 0.017 0.241 0.006 0.201 0.140 0.001 0.001 0.004 0.078 0.272 0.009 0.028 57 S 0.003 0.006 0.196 0.020 0.151 0.046 0.001 0.002 0.004 0.110 0.432 0.022 0.009 58 T 0.004 0.006 0.201 0.011 0.220 0.056 0.001 0.002 0.012 0.195 0.253 0.008 0.030 59 N 0.011 0.010 0.522 0.026 0.032 0.028 0.003 0.004 0.050 0.167 0.048 0.044 0.055 60 K 0.064 0.038 0.238 0.021 0.013 0.021 0.031 0.030 0.152 0.061 0.016 0.087 0.227 61 I 0.168 0.027 0.081 0.061 0.006 0.013 0.092 0.071 0.152 0.030 0.008 0.091 0.200 62 G 0.257 0.007 0.066 0.046 0.005 0.008 0.119 0.046 0.114 0.016 0.012 0.197 0.107 63 I 0.181 0.012 0.080 0.012 0.005 0.006 0.131 0.051 0.186 0.021 0.018 0.073 0.223 64 F 0.047 0.009 0.174 0.040 0.010 0.007 0.035 0.021 0.177 0.107 0.081 0.226 0.066 65 S 0.016 0.007 0.317 0.045 0.008 0.003 0.007 0.002 0.061 0.249 0.128 0.008 0.148 66 R 0.004 0.009 0.383 0.003 0.004 0.003 0.003 0.001 0.050 0.216 0.014 0.299 0.012 67 P 0.001 0.028 0.567 0.004 0.002 0.002 0.003 0.001 0.034 0.026 0.005 0.001 0.328 68 I 0.004 0.025 0.484 0.008 0.002 0.003 0.005 0.001 0.030 0.028 0.005 0.393 0.011 69 K 0.003 0.043 0.517 0.003 0.002 0.004 0.002 0.001 0.047 0.035 0.004 0.012 0.326 70 L 0.004 0.015 0.323 0.019 0.159 0.154 0.003 0.001 0.023 0.063 0.156 0.034 0.045 71 T 0.003 0.006 0.173 0.040 0.208 0.122 0.001 0.001 0.009 0.234 0.159 0.014 0.031 72 D 0.002 0.006 0.299 0.022 0.119 0.078 0.001 0.001 0.052 0.298 0.043 0.052 0.026 73 V 0.008 0.070 0.390 0.005 0.032 0.076 0.007 0.008 0.100 0.053 0.040 0.014 0.198 74 L 0.006 0.095 0.557 0.029 0.005 0.031 0.006 0.008 0.076 0.062 0.018 0.061 0.046 75 K 0.001 0.019 0.782 0.006 0.009 0.025 0.001 0.001 0.014 0.069 0.032 0.015 0.026 76 E 0.001 0.001 0.005 0.003 0.012 0.014 0.001 0.001 0.001 0.042 0.920 0.001 0.001 77 G 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.977 0.001 0.001 78 D 0.002 0.005 0.847 0.006 0.006 0.003 0.001 0.001 0.003 0.063 0.022 0.006 0.035 79 R 0.143 0.038 0.177 0.003 0.003 0.011 0.103 0.016 0.068 0.037 0.014 0.162 0.226 80 I 0.392 0.003 0.043 0.003 0.002 0.013 0.164 0.034 0.031 0.007 0.003 0.112 0.193 81 E 0.442 0.002 0.032 0.005 0.003 0.029 0.170 0.032 0.033 0.005 0.004 0.164 0.078 82 I 0.326 0.002 0.056 0.009 0.005 0.025 0.154 0.012 0.047 0.012 0.004 0.114 0.236 83 Y 0.408 0.004 0.078 0.059 0.006 0.043 0.045 0.002 0.013 0.024 0.010 0.082 0.226 84 R 0.116 0.009 0.157 0.039 0.032 0.124 0.014 0.001 0.010 0.071 0.028 0.290 0.109 85 P 0.040 0.009 0.186 0.013 0.108 0.197 0.007 0.001 0.017 0.043 0.112 0.017 0.249 86 L 0.040 0.016 0.190 0.015 0.170 0.158 0.004 0.001 0.008 0.116 0.184 0.033 0.064 87 L 0.054 0.034 0.153 0.003 0.077 0.151 0.008 0.003 0.021 0.112 0.269 0.032 0.084 88 A 0.005 0.079 0.258 0.001 0.008 0.065 0.003 0.001 0.006 0.403 0.106 0.041 0.024 89 D 0.001 0.011 0.805 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.155 0.005 0.001 0.013 90 P 0.001 0.001 0.015 0.001 0.023 0.870 0.001 0.001 0.001 0.018 0.072 0.001 0.001 91 K 0.001 0.001 0.004 0.001 0.018 0.946 0.001 0.001 0.001 0.003 0.029 0.001 0.001 92 E 0.001 0.001 0.007 0.001 0.037 0.923 0.001 0.001 0.001 0.004 0.024 0.001 0.001 93 I 0.002 0.002 0.026 0.001 0.018 0.923 0.001 0.001 0.001 0.007 0.014 0.001 0.005 94 R 0.004 0.007 0.043 0.001 0.020 0.855 0.001 0.001 0.002 0.014 0.041 0.004 0.008 95 R 0.001 0.017 0.087 0.001 0.016 0.594 0.001 0.001 0.001 0.076 0.179 0.002 0.024 96 E 0.001 0.003 0.608 0.001 0.003 0.156 0.001 0.001 0.001 0.108 0.112 0.003 0.005 97 G 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001