# TARGET T0363 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment /projects/compbio/experiments/protein-predict/casp7/T0363/T0363.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.2742 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.055 0.049 0.114 0.181 0.011 0.092 0.019 0.008 0.011 0.007 0.057 0.082 0.266 0.007 0.007 0.032 2 A 0.030 0.070 0.163 0.188 0.016 0.084 0.025 0.012 0.005 0.003 0.062 0.071 0.227 0.012 0.011 0.019 3 H 0.015 0.077 0.134 0.205 0.014 0.102 0.018 0.021 0.007 0.005 0.045 0.069 0.240 0.008 0.018 0.024 4 H 0.023 0.063 0.109 0.205 0.013 0.094 0.018 0.017 0.011 0.007 0.078 0.051 0.254 0.011 0.013 0.034 5 H 0.035 0.069 0.121 0.209 0.007 0.071 0.013 0.017 0.008 0.005 0.073 0.070 0.255 0.006 0.015 0.025 6 H 0.031 0.072 0.129 0.178 0.009 0.073 0.015 0.012 0.010 0.006 0.067 0.078 0.262 0.008 0.011 0.039 7 H 0.039 0.058 0.137 0.234 0.016 0.093 0.022 0.010 0.007 0.003 0.069 0.043 0.222 0.009 0.010 0.029 8 H 0.022 0.111 0.193 0.304 0.011 0.050 0.011 0.021 0.005 0.003 0.030 0.048 0.155 0.003 0.012 0.022 9 S 0.019 0.023 0.043 0.071 0.085 0.322 0.032 0.018 0.007 0.013 0.066 0.039 0.221 0.019 0.006 0.018 10 L 0.017 0.075 0.048 0.049 0.007 0.092 0.017 0.086 0.007 0.003 0.340 0.033 0.166 0.017 0.032 0.012 11 N 0.016 0.289 0.059 0.164 0.001 0.019 0.006 0.014 0.043 0.008 0.019 0.181 0.086 0.001 0.052 0.042 12 Q 0.227 0.034 0.230 0.173 0.001 0.004 0.003 0.001 0.031 0.001 0.001 0.004 0.032 0.001 0.002 0.255 13 I 0.065 0.008 0.721 0.186 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.002 14 N 0.001 0.023 0.195 0.775 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 I 0.001 0.001 0.006 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 E 0.001 0.002 0.024 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 I 0.001 0.001 0.002 0.954 0.003 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 A 0.001 0.062 0.005 0.902 0.011 0.013 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 Y 0.001 0.008 0.001 0.943 0.009 0.026 0.001 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 A 0.003 0.093 0.069 0.792 0.009 0.016 0.001 0.004 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 21 F 0.006 0.017 0.012 0.326 0.064 0.540 0.004 0.004 0.001 0.009 0.004 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 22 P 0.001 0.023 0.005 0.024 0.017 0.533 0.001 0.037 0.001 0.002 0.339 0.005 0.010 0.001 0.001 0.001 23 E 0.002 0.428 0.003 0.040 0.001 0.019 0.001 0.018 0.024 0.004 0.137 0.303 0.013 0.001 0.003 0.003 24 R 0.068 0.063 0.099 0.116 0.003 0.020 0.018 0.006 0.065 0.005 0.031 0.243 0.169 0.005 0.026 0.063 25 Y 0.025 0.017 0.739 0.041 0.001 0.013 0.009 0.002 0.002 0.001 0.009 0.008 0.102 0.001 0.004 0.028 26 Y 0.025 0.104 0.310 0.359 0.003 0.056 0.006 0.003 0.004 0.001 0.012 0.013 0.076 0.001 0.001 0.026 27 L 0.020 0.048 0.139 0.502 0.009 0.194 0.012 0.002 0.002 0.001 0.008 0.009 0.048 0.002 0.001 0.004 28 K 0.003 0.277 0.133 0.535 0.001 0.011 0.001 0.010 0.001 0.001 0.006 0.004 0.011 0.001 0.003 0.004 29 S 0.003 0.005 0.048 0.928 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 30 F 0.020 0.005 0.317 0.645 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 31 Q 0.001 0.003 0.027 0.948 0.010 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 V 0.002 0.010 0.009 0.778 0.087 0.107 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 33 D 0.001 0.018 0.001 0.042 0.712 0.190 0.011 0.004 0.001 0.003 0.011 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 34 E 0.001 0.034 0.001 0.019 0.002 0.018 0.001 0.755 0.003 0.001 0.138 0.009 0.001 0.001 0.018 0.001 35 G 0.003 0.129 0.014 0.019 0.001 0.003 0.001 0.001 0.633 0.040 0.006 0.045 0.004 0.001 0.002 0.100 36 I 0.721 0.011 0.153 0.075 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.014 0.001 0.001 0.005 37 T 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.001 0.001 0.001 38 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.003 0.012 0.001 0.001 0.001 39 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.985 0.013 0.001 0.001 0.001 40 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 41 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 42 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 43 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 44 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.287 0.678 0.004 0.017 45 S 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.330 0.001 0.647 0.003 46 G 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.004 0.730 0.003 0.001 0.240 47 I 0.121 0.002 0.002 0.002 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.031 0.048 0.771 0.008 0.002 0.004 48 L 0.001 0.011 0.034 0.003 0.001 0.004 0.010 0.001 0.001 0.001 0.017 0.067 0.826 0.008 0.012 0.004 49 S 0.001 0.008 0.011 0.024 0.001 0.007 0.007 0.001 0.001 0.001 0.005 0.014 0.887 0.002 0.011 0.021 50 Q 0.011 0.035 0.110 0.085 0.001 0.010 0.017 0.001 0.003 0.001 0.006 0.018 0.587 0.013 0.010 0.093 51 F 0.019 0.005 0.171 0.050 0.006 0.110 0.076 0.001 0.001 0.001 0.008 0.012 0.496 0.015 0.012 0.016 52 P 0.010 0.120 0.096 0.061 0.002 0.049 0.012 0.013 0.001 0.001 0.140 0.029 0.421 0.006 0.014 0.026 53 E 0.025 0.153 0.037 0.218 0.008 0.041 0.019 0.003 0.028 0.002 0.029 0.078 0.157 0.048 0.007 0.145 54 I 0.023 0.050 0.619 0.171 0.001 0.003 0.011 0.006 0.001 0.001 0.005 0.006 0.056 0.001 0.033 0.016 55 D 0.003 0.003 0.035 0.015 0.004 0.859 0.005 0.002 0.001 0.007 0.003 0.006 0.050 0.001 0.001 0.006 56 L 0.004 0.019 0.003 0.007 0.001 0.019 0.001 0.004 0.001 0.001 0.909 0.003 0.025 0.001 0.001 0.001 57 S 0.002 0.174 0.008 0.026 0.001 0.011 0.002 0.002 0.008 0.001 0.007 0.736 0.014 0.002 0.006 0.002 58 T 0.025 0.023 0.326 0.087 0.003 0.015 0.036 0.002 0.010 0.001 0.014 0.010 0.247 0.008 0.027 0.166 59 N 0.030 0.071 0.668 0.103 0.001 0.017 0.007 0.003 0.003 0.001 0.005 0.011 0.049 0.001 0.005 0.026 60 K 0.039 0.038 0.304 0.414 0.031 0.031 0.020 0.007 0.004 0.002 0.024 0.003 0.032 0.026 0.002 0.023 61 I 0.015 0.026 0.218 0.665 0.004 0.012 0.001 0.023 0.002 0.001 0.004 0.003 0.014 0.001 0.009 0.004 62 G 0.005 0.010 0.068 0.780 0.033 0.039 0.004 0.002 0.009 0.015 0.005 0.002 0.010 0.002 0.001 0.017 63 I 0.044 0.037 0.026 0.718 0.052 0.077 0.004 0.016 0.001 0.001 0.011 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 64 F 0.003 0.088 0.044 0.566 0.016 0.173 0.002 0.042 0.012 0.010 0.021 0.011 0.006 0.001 0.002 0.003 65 S 0.018 0.171 0.044 0.601 0.005 0.055 0.003 0.010 0.023 0.009 0.027 0.017 0.009 0.001 0.002 0.006 66 R 0.055 0.069 0.118 0.566 0.005 0.064 0.004 0.007 0.006 0.005 0.047 0.030 0.014 0.001 0.002 0.007 67 P 0.022 0.067 0.291 0.536 0.007 0.028 0.003 0.003 0.005 0.001 0.008 0.009 0.009 0.001 0.002 0.009 68 I 0.008 0.042 0.094 0.819 0.002 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.005 0.001 0.001 0.003 69 K 0.004 0.014 0.018 0.151 0.015 0.767 0.002 0.002 0.001 0.004 0.005 0.006 0.010 0.001 0.001 0.001 70 L 0.002 0.021 0.003 0.030 0.004 0.271 0.001 0.010 0.001 0.001 0.634 0.007 0.015 0.001 0.001 0.001 71 T 0.001 0.431 0.009 0.050 0.001 0.007 0.001 0.003 0.006 0.001 0.010 0.468 0.010 0.001 0.002 0.001 72 D 0.016 0.008 0.078 0.213 0.002 0.050 0.006 0.004 0.012 0.003 0.049 0.032 0.482 0.002 0.012 0.032 73 V 0.022 0.019 0.456 0.061 0.010 0.020 0.035 0.002 0.002 0.001 0.057 0.021 0.220 0.017 0.002 0.055 74 L 0.017 0.043 0.094 0.227 0.037 0.081 0.019 0.031 0.003 0.002 0.017 0.071 0.328 0.007 0.012 0.010 75 K 0.001 0.001 0.002 0.002 0.480 0.004 0.172 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.010 0.320 0.001 0.002 76 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.600 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.001 0.389 0.001 77 G 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.379 0.210 0.009 0.003 0.005 0.005 0.004 0.374 78 D 0.977 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.005 0.002 79 R 0.050 0.014 0.799 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.113 80 I 0.129 0.008 0.642 0.201 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.002 81 E 0.001 0.012 0.182 0.787 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 82 I 0.001 0.004 0.005 0.944 0.002 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 83 Y 0.001 0.050 0.027 0.891 0.004 0.015 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 84 R 0.001 0.008 0.012 0.842 0.008 0.090 0.001 0.004 0.001 0.001 0.021 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 85 P 0.003 0.164 0.059 0.519 0.015 0.150 0.004 0.004 0.001 0.001 0.023 0.022 0.031 0.001 0.001 0.002 86 L 0.006 0.059 0.017 0.650 0.006 0.117 0.003 0.013 0.004 0.003 0.045 0.034 0.035 0.001 0.002 0.004 87 L 0.009 0.228 0.064 0.336 0.018 0.155 0.012 0.004 0.006 0.002 0.038 0.026 0.077 0.004 0.003 0.019 88 A 0.018 0.108 0.114 0.657 0.001 0.008 0.001 0.017 0.002 0.002 0.011 0.013 0.030 0.001 0.007 0.011 89 D 0.001 0.002 0.004 0.008 0.001 0.935 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.009 0.030 0.001 0.001 0.001 90 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.944 0.002 0.034 0.001 0.001 0.001 91 K 0.001 0.012 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.951 0.027 0.001 0.001 0.001 92 E 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.959 0.004 0.002 0.012 93 I 0.001 0.006 0.109 0.009 0.001 0.003 0.041 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.786 0.007 0.006 0.020 94 R 0.005 0.010 0.069 0.031 0.004 0.019 0.036 0.004 0.001 0.001 0.004 0.010 0.749 0.011 0.014 0.032 95 R 0.004 0.002 0.016 0.007 0.119 0.009 0.153 0.002 0.001 0.002 0.010 0.002 0.081 0.574 0.002 0.016 96 E 0.004 0.046 0.029 0.019 0.017 0.007 0.040 0.135 0.002 0.001 0.016 0.011 0.075 0.042 0.544 0.012 97 G 0.006 0.030 0.047 0.024 0.014 0.014 0.059 0.028 0.103 0.100 0.017 0.017 0.087 0.033 0.052 0.371