# TARGET T0363 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0363.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.2742 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.078 0.160 0.011 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.081 0.071 0.536 2 A 0.069 0.111 0.010 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.074 0.078 0.605 3 H 0.095 0.106 0.008 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.076 0.081 0.576 4 H 0.096 0.076 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.059 0.082 0.632 5 H 0.071 0.026 0.003 0.001 0.003 0.002 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.109 0.112 0.613 6 H 0.035 0.033 0.002 0.002 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.063 0.074 0.112 0.663 7 H 0.068 0.011 0.006 0.003 0.016 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.065 0.110 0.673 8 H 0.031 0.006 0.003 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.081 0.046 0.124 0.676 9 S 0.167 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.088 0.064 0.090 0.572 10 L 0.076 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.053 0.078 0.138 0.638 11 N 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.270 0.051 0.115 0.540 12 Q 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.002 0.008 0.004 0.002 0.002 0.002 0.003 0.340 0.038 0.099 0.474 13 I 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.630 0.027 0.059 0.264 14 N 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.005 0.016 0.012 0.782 0.064 0.015 0.088 15 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.005 0.755 0.057 0.024 0.148 16 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.915 0.047 0.004 0.027 17 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.911 0.028 0.008 0.050 18 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.868 0.051 0.010 0.066 19 Y 0.003 0.003 0.001 0.001 0.038 0.040 0.022 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.654 0.029 0.040 0.164 20 A 0.003 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.545 0.024 0.068 0.350 21 F 0.367 0.097 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.132 0.054 0.296 22 P 0.269 0.022 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.054 0.072 0.557 23 E 0.026 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.020 0.076 0.847 24 R 0.047 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.171 0.079 0.089 0.581 25 Y 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.116 0.063 0.111 0.691 26 Y 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.001 0.030 0.007 0.005 0.004 0.533 0.068 0.041 0.262 27 L 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.008 0.001 0.003 0.221 0.034 0.061 0.658 28 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.025 0.006 0.754 0.035 0.019 0.152 29 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.460 0.021 0.037 0.473 30 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.023 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.835 0.015 0.014 0.101 31 Q 0.001 0.002 0.001 0.001 0.015 0.003 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.202 0.061 0.064 0.634 32 V 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.510 0.033 0.058 0.379 33 D 0.660 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.055 0.040 0.206 34 E 0.029 0.051 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.020 0.101 0.767 35 G 0.018 0.147 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.010 0.079 0.699 36 I 0.009 0.068 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 0.510 0.053 0.250 37 T 0.002 0.931 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.050 0.002 0.012 38 V 0.007 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.002 0.018 39 Q 0.005 0.218 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.735 0.007 0.029 40 T 0.011 0.549 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.365 0.023 0.043 41 A 0.030 0.223 0.045 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.589 0.033 0.072 42 I 0.091 0.091 0.116 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.487 0.057 0.147 43 T 0.194 0.057 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.032 0.083 0.624 44 Q 0.019 0.143 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.061 0.073 0.694 45 S 0.042 0.057 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.260 0.154 0.462 46 G 0.149 0.127 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.292 0.127 0.291 47 I 0.181 0.110 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.172 0.080 0.438 48 L 0.364 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.052 0.094 0.471 49 S 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.010 0.089 0.868 50 Q 0.038 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.014 0.087 0.830 51 F 0.586 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.068 0.071 0.226 52 P 0.157 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.015 0.113 0.674 53 E 0.043 0.014 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.095 0.048 0.132 0.656 54 I 0.019 0.006 0.001 0.001 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.077 0.213 0.604 55 D 0.067 0.082 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.420 0.081 0.309 56 L 0.257 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.101 0.081 0.526 57 S 0.027 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 0.032 0.106 0.754 58 T 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.018 0.118 0.823 59 N 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.441 0.048 0.094 0.402 60 K 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.383 0.139 0.059 0.381 61 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.560 0.050 0.050 0.324 62 G 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.011 0.002 0.772 0.032 0.021 0.149 63 I 0.018 0.002 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.611 0.078 0.039 0.233 64 F 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.647 0.050 0.040 0.257 65 S 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.181 0.045 0.077 0.676 66 R 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.568 0.041 0.067 0.303 67 P 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.029 0.115 0.814 68 I 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.538 0.041 0.073 0.313 69 K 0.390 0.046 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.033 0.063 0.449 70 L 0.042 0.061 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.067 0.064 0.077 0.679 71 T 0.083 0.133 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.034 0.062 0.667 72 D 0.126 0.176 0.001 0.001 0.001 0.009 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.123 0.078 0.073 0.398 73 V 0.055 0.014 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.119 0.100 0.634 74 L 0.208 0.002 0.004 0.002 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.154 0.112 0.099 0.403 75 K 0.610 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.044 0.046 0.269 76 E 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.030 0.129 0.789 77 G 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 0.030 0.181 0.709 78 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.435 0.099 0.109 0.347 79 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.646 0.094 0.041 0.204 80 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.801 0.028 0.023 0.144 81 E 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.011 0.004 0.859 0.045 0.009 0.055 82 I 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.517 0.051 0.076 0.338 83 Y 0.025 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.541 0.076 0.065 0.285 84 R 0.170 0.032 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.321 0.091 0.105 0.269 85 P 0.133 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.194 0.078 0.121 0.456 86 L 0.072 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.380 0.065 0.109 0.368 87 L 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.209 0.023 0.189 0.569 88 A 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.128 0.008 0.134 0.722 89 D 0.225 0.439 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.068 0.039 0.205 90 P 0.228 0.536 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.075 0.019 0.138 91 K 0.056 0.507 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.063 0.032 0.330 92 E 0.083 0.381 0.007 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.084 0.035 0.385 93 I 0.087 0.105 0.028 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.134 0.050 0.571 94 R 0.276 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.020 0.043 0.633 95 R 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.006 0.037 0.944 96 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.006 0.051 0.933 97 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.011 0.073 0.902