# TARGET T0363 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0363.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.2742 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.314 0.132 0.072 0.106 0.079 0.072 0.079 0.051 0.050 0.031 0.017 2 A 0.280 0.146 0.064 0.103 0.082 0.075 0.085 0.057 0.052 0.035 0.021 3 H 0.223 0.165 0.087 0.133 0.110 0.095 0.084 0.045 0.033 0.018 0.007 4 H 0.285 0.185 0.095 0.129 0.088 0.067 0.062 0.035 0.030 0.016 0.009 5 H 0.253 0.131 0.076 0.125 0.098 0.084 0.086 0.052 0.047 0.030 0.017 6 H 0.248 0.139 0.061 0.115 0.087 0.080 0.093 0.059 0.058 0.037 0.022 7 H 0.242 0.122 0.074 0.135 0.099 0.083 0.091 0.055 0.048 0.031 0.019 8 H 0.215 0.125 0.083 0.121 0.101 0.097 0.104 0.058 0.049 0.029 0.017 9 S 0.168 0.194 0.088 0.180 0.109 0.082 0.081 0.039 0.029 0.017 0.013 10 L 0.110 0.064 0.053 0.133 0.125 0.124 0.129 0.084 0.079 0.061 0.037 11 N 0.257 0.170 0.130 0.188 0.102 0.064 0.050 0.018 0.011 0.005 0.003 12 Q 0.047 0.120 0.157 0.347 0.174 0.085 0.045 0.013 0.007 0.004 0.002 13 I 0.004 0.006 0.005 0.013 0.015 0.028 0.116 0.179 0.270 0.226 0.138 14 N 0.026 0.130 0.110 0.402 0.238 0.071 0.019 0.003 0.001 0.001 0.001 15 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 0.081 0.242 0.321 0.330 16 E 0.008 0.027 0.026 0.229 0.292 0.213 0.145 0.040 0.015 0.004 0.001 17 I 0.001 0.003 0.001 0.006 0.006 0.016 0.081 0.150 0.265 0.273 0.199 18 A 0.001 0.003 0.003 0.016 0.021 0.033 0.110 0.170 0.266 0.232 0.144 19 Y 0.002 0.008 0.007 0.029 0.041 0.066 0.181 0.200 0.227 0.145 0.094 20 A 0.003 0.006 0.004 0.021 0.030 0.040 0.100 0.180 0.263 0.237 0.116 21 F 0.007 0.029 0.013 0.121 0.177 0.209 0.224 0.117 0.069 0.025 0.008 22 P 0.059 0.096 0.032 0.142 0.150 0.157 0.161 0.100 0.064 0.030 0.010 23 E 0.339 0.191 0.074 0.192 0.107 0.050 0.028 0.010 0.006 0.002 0.001 24 R 0.243 0.169 0.065 0.192 0.128 0.085 0.064 0.025 0.017 0.008 0.003 25 Y 0.082 0.049 0.032 0.087 0.080 0.104 0.157 0.137 0.137 0.091 0.042 26 Y 0.035 0.059 0.050 0.144 0.153 0.158 0.187 0.096 0.066 0.034 0.019 27 L 0.009 0.016 0.035 0.063 0.067 0.082 0.134 0.132 0.174 0.164 0.125 28 K 0.023 0.062 0.099 0.233 0.212 0.162 0.122 0.043 0.025 0.012 0.006 29 S 0.096 0.151 0.131 0.285 0.166 0.086 0.052 0.017 0.010 0.004 0.002 30 F 0.002 0.002 0.003 0.009 0.018 0.035 0.126 0.155 0.227 0.213 0.209 31 Q 0.092 0.370 0.172 0.263 0.079 0.018 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 32 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.008 0.041 0.081 0.179 0.238 0.444 33 D 0.335 0.344 0.098 0.140 0.054 0.020 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 34 E 0.258 0.187 0.068 0.230 0.120 0.072 0.049 0.010 0.004 0.002 0.001 35 G 0.519 0.150 0.041 0.130 0.080 0.043 0.021 0.007 0.004 0.003 0.002 36 I 0.001 0.007 0.005 0.033 0.067 0.139 0.286 0.198 0.144 0.078 0.043 37 T 0.012 0.254 0.086 0.224 0.168 0.108 0.074 0.033 0.021 0.012 0.010 38 V 0.002 0.002 0.001 0.009 0.023 0.046 0.134 0.178 0.239 0.194 0.172 39 Q 0.050 0.036 0.031 0.149 0.218 0.210 0.171 0.057 0.047 0.020 0.010 40 T 0.004 0.039 0.069 0.421 0.214 0.120 0.081 0.027 0.015 0.007 0.003 41 A 0.001 0.003 0.010 0.014 0.010 0.013 0.060 0.118 0.226 0.268 0.277 42 I 0.001 0.002 0.021 0.021 0.026 0.042 0.101 0.156 0.238 0.237 0.156 43 T 0.001 0.009 0.170 0.222 0.233 0.164 0.123 0.041 0.025 0.010 0.003 44 Q 0.001 0.008 0.033 0.076 0.146 0.247 0.294 0.107 0.054 0.024 0.009 45 S 0.002 0.002 0.002 0.007 0.008 0.022 0.128 0.188 0.282 0.240 0.117 46 G 0.218 0.184 0.077 0.151 0.104 0.090 0.088 0.037 0.027 0.015 0.009 47 I 0.009 0.016 0.016 0.025 0.021 0.028 0.085 0.124 0.234 0.237 0.206 48 L 0.021 0.042 0.027 0.109 0.136 0.161 0.205 0.122 0.099 0.049 0.030 49 S 0.144 0.123 0.084 0.198 0.143 0.103 0.097 0.048 0.034 0.017 0.009 50 Q 0.054 0.078 0.056 0.166 0.190 0.177 0.149 0.067 0.039 0.017 0.007 51 F 0.005 0.007 0.005 0.023 0.039 0.076 0.176 0.193 0.216 0.163 0.097 52 P 0.246 0.331 0.084 0.143 0.079 0.046 0.035 0.015 0.010 0.006 0.004 53 E 0.265 0.110 0.069 0.162 0.118 0.087 0.083 0.045 0.032 0.019 0.010 54 I 0.037 0.021 0.008 0.029 0.039 0.061 0.138 0.152 0.209 0.175 0.133 55 D 0.099 0.244 0.101 0.284 0.125 0.067 0.042 0.017 0.011 0.006 0.004 56 L 0.061 0.037 0.020 0.054 0.062 0.086 0.148 0.134 0.152 0.134 0.112 57 S 0.338 0.239 0.114 0.150 0.068 0.042 0.027 0.010 0.007 0.004 0.003 58 T 0.144 0.148 0.083 0.247 0.152 0.095 0.071 0.027 0.018 0.010 0.005 59 N 0.052 0.067 0.034 0.114 0.122 0.122 0.156 0.110 0.103 0.071 0.049 60 K 0.014 0.052 0.048 0.176 0.217 0.203 0.166 0.064 0.036 0.016 0.007 61 I 0.003 0.004 0.005 0.015 0.019 0.030 0.096 0.146 0.233 0.244 0.206 62 G 0.013 0.019 0.016 0.060 0.082 0.110 0.197 0.161 0.150 0.111 0.081 63 I 0.006 0.008 0.008 0.019 0.020 0.028 0.087 0.130 0.235 0.252 0.206 64 F 0.008 0.011 0.009 0.034 0.046 0.062 0.137 0.156 0.200 0.182 0.154 65 S 0.015 0.021 0.015 0.044 0.051 0.066 0.125 0.148 0.205 0.171 0.139 66 R 0.093 0.103 0.048 0.153 0.142 0.132 0.154 0.077 0.056 0.029 0.013 67 P 0.156 0.110 0.056 0.167 0.139 0.119 0.112 0.061 0.043 0.024 0.012 68 I 0.065 0.044 0.020 0.056 0.071 0.086 0.163 0.140 0.155 0.117 0.083 69 K 0.223 0.316 0.072 0.189 0.095 0.051 0.026 0.011 0.009 0.005 0.003 70 L 0.054 0.041 0.024 0.060 0.080 0.108 0.154 0.132 0.139 0.116 0.093 71 T 0.353 0.214 0.087 0.148 0.085 0.047 0.034 0.013 0.010 0.005 0.004 72 D 0.141 0.160 0.105 0.241 0.147 0.087 0.071 0.023 0.013 0.007 0.004 73 V 0.109 0.150 0.087 0.187 0.122 0.101 0.107 0.048 0.042 0.026 0.021 74 L 0.003 0.002 0.002 0.007 0.010 0.020 0.065 0.090 0.176 0.211 0.414 75 K 0.103 0.318 0.225 0.213 0.082 0.035 0.017 0.003 0.002 0.001 0.001 76 E 0.243 0.190 0.107 0.249 0.115 0.056 0.029 0.007 0.003 0.001 0.001 77 G 0.710 0.134 0.032 0.066 0.030 0.014 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 78 D 0.005 0.038 0.023 0.127 0.176 0.220 0.233 0.098 0.052 0.020 0.008 79 R 0.008 0.031 0.020 0.109 0.164 0.198 0.211 0.106 0.076 0.048 0.028 80 I 0.005 0.004 0.005 0.013 0.017 0.034 0.095 0.118 0.208 0.236 0.264 81 E 0.009 0.026 0.034 0.150 0.157 0.135 0.180 0.120 0.092 0.058 0.038 82 I 0.006 0.011 0.006 0.025 0.022 0.029 0.076 0.124 0.219 0.250 0.233 83 Y 0.010 0.026 0.021 0.115 0.142 0.152 0.181 0.133 0.119 0.069 0.031 84 R 0.024 0.042 0.041 0.118 0.131 0.153 0.188 0.130 0.103 0.053 0.017 85 P 0.047 0.079 0.065 0.200 0.161 0.138 0.140 0.077 0.056 0.027 0.011 86 L 0.050 0.041 0.031 0.066 0.061 0.068 0.135 0.135 0.175 0.147 0.090 87 L 0.122 0.117 0.053 0.181 0.151 0.130 0.124 0.061 0.038 0.017 0.007 88 A 0.086 0.062 0.047 0.076 0.077 0.092 0.159 0.136 0.134 0.086 0.045 89 D 0.128 0.337 0.106 0.185 0.094 0.060 0.043 0.020 0.014 0.008 0.004 90 P 0.199 0.258 0.083 0.132 0.092 0.072 0.069 0.039 0.031 0.017 0.008 91 K 0.604 0.138 0.055 0.074 0.054 0.035 0.025 0.008 0.005 0.002 0.001 92 E 0.293 0.182 0.182 0.218 0.077 0.029 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 93 I 0.093 0.065 0.121 0.131 0.106 0.119 0.153 0.083 0.065 0.040 0.025 94 R 0.068 0.072 0.188 0.169 0.118 0.120 0.124 0.062 0.045 0.024 0.010 95 R 0.065 0.121 0.448 0.159 0.086 0.058 0.038 0.012 0.008 0.004 0.001 96 E 0.168 0.167 0.245 0.172 0.101 0.066 0.046 0.016 0.011 0.006 0.003 97 G 0.383 0.180 0.076 0.088 0.063 0.056 0.061 0.033 0.029 0.020 0.012