# TARGET T0363 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0363.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.2742 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.028 0.002 0.006 0.027 0.012 0.012 0.913 2 A 0.090 0.023 0.028 0.127 0.016 0.065 0.651 3 H 0.115 0.019 0.057 0.156 0.119 0.150 0.384 4 H 0.097 0.011 0.070 0.101 0.140 0.154 0.428 5 H 0.108 0.011 0.071 0.123 0.132 0.128 0.426 6 H 0.165 0.019 0.057 0.098 0.125 0.113 0.423 7 H 0.173 0.024 0.072 0.084 0.137 0.102 0.409 8 H 0.230 0.016 0.066 0.053 0.171 0.128 0.336 9 S 0.271 0.019 0.073 0.030 0.143 0.122 0.342 10 L 0.244 0.009 0.089 0.017 0.149 0.118 0.374 11 N 0.214 0.003 0.046 0.008 0.265 0.152 0.312 12 Q 0.676 0.007 0.015 0.003 0.048 0.041 0.210 13 I 0.878 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.114 14 N 0.980 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.015 15 I 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 16 E 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 17 I 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 A 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 19 Y 0.982 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 20 A 0.808 0.002 0.001 0.001 0.034 0.001 0.153 21 F 0.352 0.009 0.001 0.001 0.138 0.003 0.497 22 P 0.122 0.004 0.023 0.011 0.271 0.125 0.445 23 E 0.067 0.010 0.070 0.016 0.250 0.407 0.181 24 R 0.177 0.006 0.097 0.014 0.226 0.230 0.249 25 Y 0.519 0.014 0.021 0.006 0.124 0.038 0.278 26 Y 0.817 0.010 0.005 0.002 0.029 0.012 0.125 27 L 0.911 0.003 0.002 0.001 0.014 0.004 0.066 28 K 0.924 0.001 0.001 0.001 0.014 0.003 0.055 29 S 0.937 0.001 0.001 0.002 0.008 0.005 0.045 30 F 0.933 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.057 31 Q 0.941 0.005 0.001 0.001 0.002 0.002 0.048 32 V 0.632 0.026 0.001 0.002 0.010 0.004 0.326 33 D 0.150 0.002 0.001 0.001 0.040 0.012 0.795 34 E 0.004 0.001 0.005 0.003 0.140 0.840 0.008 35 G 0.009 0.001 0.006 0.002 0.056 0.909 0.017 36 I 0.066 0.029 0.001 0.004 0.067 0.003 0.830 37 T 0.132 0.130 0.001 0.008 0.022 0.001 0.708 38 V 0.001 0.001 0.004 0.992 0.001 0.001 0.002 39 Q 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 0.001 40 T 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 0.001 41 A 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.002 0.001 42 I 0.001 0.001 0.003 0.989 0.001 0.006 0.001 43 T 0.001 0.001 0.003 0.952 0.001 0.043 0.001 44 Q 0.001 0.001 0.003 0.852 0.004 0.135 0.005 45 S 0.002 0.004 0.008 0.606 0.031 0.306 0.043 46 G 0.002 0.003 0.031 0.262 0.077 0.515 0.109 47 I 0.011 0.006 0.160 0.444 0.066 0.149 0.164 48 L 0.018 0.008 0.426 0.362 0.048 0.080 0.058 49 S 0.024 0.007 0.318 0.299 0.052 0.227 0.072 50 Q 0.027 0.009 0.187 0.220 0.165 0.277 0.114 51 F 0.022 0.009 0.018 0.017 0.415 0.013 0.506 52 P 0.034 0.007 0.079 0.027 0.115 0.248 0.490 53 E 0.101 0.033 0.098 0.030 0.163 0.216 0.359 54 I 0.193 0.093 0.043 0.022 0.167 0.041 0.441 55 D 0.122 0.027 0.019 0.011 0.046 0.025 0.751 56 L 0.018 0.005 0.398 0.106 0.049 0.333 0.093 57 S 0.015 0.003 0.295 0.044 0.059 0.521 0.062 58 T 0.035 0.007 0.306 0.022 0.150 0.329 0.152 59 N 0.156 0.018 0.022 0.005 0.325 0.061 0.413 60 K 0.429 0.017 0.012 0.003 0.095 0.043 0.401 61 I 0.812 0.025 0.006 0.003 0.035 0.019 0.100 62 G 0.881 0.006 0.004 0.003 0.018 0.009 0.079 63 I 0.918 0.005 0.003 0.001 0.014 0.013 0.046 64 F 0.873 0.007 0.003 0.001 0.014 0.016 0.086 65 S 0.724 0.003 0.005 0.002 0.101 0.022 0.143 66 R 0.657 0.004 0.003 0.004 0.187 0.009 0.137 67 P 0.700 0.018 0.003 0.007 0.042 0.015 0.216 68 I 0.555 0.049 0.002 0.008 0.048 0.006 0.331 69 K 0.307 0.022 0.003 0.007 0.025 0.011 0.625 70 L 0.052 0.004 0.201 0.116 0.083 0.381 0.163 71 T 0.021 0.005 0.311 0.153 0.091 0.344 0.075 72 D 0.056 0.004 0.165 0.149 0.285 0.118 0.223 73 V 0.190 0.067 0.058 0.098 0.079 0.093 0.416 74 L 0.150 0.119 0.022 0.088 0.112 0.055 0.453 75 K 0.108 0.011 0.020 0.050 0.107 0.065 0.639 76 E 0.003 0.001 0.027 0.096 0.080 0.783 0.009 77 G 0.007 0.001 0.013 0.012 0.033 0.909 0.027 78 D 0.070 0.002 0.003 0.002 0.071 0.009 0.844 79 R 0.764 0.020 0.002 0.002 0.016 0.008 0.188 80 I 0.959 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.034 81 E 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 82 I 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 83 Y 0.862 0.002 0.001 0.001 0.018 0.001 0.116 84 R 0.619 0.002 0.004 0.006 0.099 0.003 0.267 85 P 0.366 0.006 0.029 0.015 0.089 0.046 0.449 86 L 0.355 0.018 0.060 0.030 0.079 0.078 0.381 87 L 0.367 0.026 0.028 0.025 0.083 0.097 0.373 88 A 0.154 0.036 0.009 0.015 0.204 0.064 0.517 89 D 0.043 0.012 0.001 0.009 0.067 0.011 0.857 90 P 0.004 0.001 0.087 0.729 0.008 0.133 0.037 91 K 0.004 0.001 0.112 0.783 0.008 0.079 0.014 92 E 0.007 0.001 0.150 0.798 0.004 0.025 0.016 93 I 0.019 0.003 0.036 0.888 0.007 0.019 0.028 94 R 0.034 0.005 0.036 0.819 0.024 0.055 0.028 95 R 0.031 0.007 0.023 0.666 0.031 0.195 0.047 96 E 0.023 0.009 0.006 0.250 0.007 0.098 0.607 97 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997