# TARGET T0363 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0363.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.2742 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.498 0.152 0.142 0.102 0.038 0.022 0.016 0.005 0.018 0.004 0.001 2 A 0.475 0.130 0.175 0.120 0.028 0.032 0.014 0.005 0.016 0.005 0.001 3 H 0.402 0.198 0.143 0.122 0.041 0.033 0.022 0.005 0.029 0.005 0.001 4 H 0.364 0.141 0.204 0.135 0.030 0.050 0.036 0.006 0.027 0.004 0.001 5 H 0.347 0.165 0.182 0.142 0.040 0.045 0.038 0.007 0.030 0.004 0.001 6 H 0.347 0.183 0.169 0.154 0.037 0.049 0.024 0.006 0.027 0.003 0.001 7 H 0.330 0.220 0.165 0.125 0.048 0.047 0.021 0.005 0.033 0.004 0.001 8 H 0.321 0.259 0.176 0.119 0.049 0.028 0.016 0.004 0.025 0.004 0.001 9 S 0.183 0.249 0.272 0.099 0.048 0.068 0.024 0.006 0.045 0.005 0.001 10 L 0.337 0.201 0.244 0.067 0.039 0.032 0.030 0.004 0.036 0.009 0.001 11 N 0.343 0.087 0.126 0.263 0.031 0.048 0.073 0.011 0.011 0.005 0.002 12 Q 0.082 0.466 0.153 0.156 0.070 0.020 0.021 0.002 0.029 0.001 0.001 13 I 0.005 0.718 0.195 0.004 0.040 0.013 0.002 0.001 0.023 0.001 0.001 14 N 0.004 0.471 0.424 0.003 0.007 0.069 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001 15 I 0.001 0.832 0.084 0.001 0.041 0.010 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 16 E 0.002 0.495 0.427 0.001 0.004 0.055 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 17 I 0.002 0.782 0.151 0.001 0.010 0.026 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 18 A 0.004 0.886 0.058 0.001 0.019 0.017 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 19 Y 0.004 0.682 0.203 0.003 0.008 0.060 0.003 0.001 0.037 0.001 0.001 20 A 0.025 0.576 0.150 0.015 0.164 0.026 0.004 0.001 0.036 0.002 0.001 21 F 0.008 0.187 0.587 0.001 0.024 0.059 0.010 0.001 0.119 0.001 0.003 22 P 0.561 0.002 0.298 0.019 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.103 23 E 0.714 0.024 0.094 0.108 0.009 0.020 0.013 0.006 0.005 0.002 0.006 24 R 0.321 0.201 0.120 0.202 0.048 0.026 0.043 0.014 0.021 0.003 0.002 25 Y 0.131 0.440 0.230 0.059 0.060 0.024 0.016 0.003 0.036 0.001 0.001 26 Y 0.073 0.558 0.167 0.044 0.074 0.045 0.008 0.002 0.028 0.001 0.001 27 L 0.034 0.497 0.352 0.012 0.038 0.047 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 28 K 0.227 0.426 0.085 0.147 0.085 0.015 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 29 S 0.008 0.721 0.138 0.005 0.102 0.010 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 30 F 0.004 0.834 0.061 0.005 0.050 0.007 0.001 0.001 0.038 0.001 0.001 31 Q 0.008 0.662 0.205 0.004 0.012 0.070 0.002 0.001 0.037 0.001 0.001 32 V 0.023 0.553 0.302 0.007 0.028 0.054 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 33 D 0.055 0.182 0.611 0.044 0.015 0.059 0.004 0.001 0.027 0.002 0.001 34 E 0.128 0.055 0.750 0.030 0.010 0.008 0.011 0.001 0.004 0.002 0.001 35 G 0.017 0.001 0.005 0.082 0.005 0.001 0.034 0.816 0.002 0.037 0.001 36 I 0.002 0.128 0.835 0.002 0.009 0.017 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 37 T 0.007 0.174 0.748 0.001 0.026 0.037 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 38 V 0.991 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 Q 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 T 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 Q 0.956 0.001 0.001 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 S 0.786 0.004 0.022 0.178 0.002 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 46 G 0.327 0.001 0.012 0.021 0.008 0.003 0.135 0.416 0.001 0.076 0.001 47 I 0.809 0.035 0.093 0.030 0.006 0.022 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 48 L 0.853 0.021 0.022 0.093 0.002 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 49 S 0.786 0.073 0.037 0.063 0.026 0.004 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 50 Q 0.526 0.112 0.059 0.234 0.016 0.019 0.010 0.002 0.022 0.001 0.001 51 F 0.029 0.149 0.195 0.003 0.014 0.019 0.014 0.001 0.575 0.001 0.001 52 P 0.499 0.003 0.406 0.024 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 53 E 0.267 0.112 0.170 0.310 0.038 0.036 0.023 0.021 0.018 0.006 0.001 54 I 0.105 0.355 0.359 0.089 0.029 0.040 0.004 0.001 0.016 0.001 0.001 55 D 0.018 0.117 0.373 0.018 0.025 0.311 0.024 0.001 0.110 0.002 0.001 56 L 0.779 0.025 0.046 0.114 0.003 0.017 0.005 0.003 0.007 0.001 0.001 57 S 0.737 0.024 0.056 0.143 0.012 0.010 0.006 0.006 0.004 0.003 0.001 58 T 0.337 0.092 0.070 0.400 0.041 0.012 0.021 0.007 0.017 0.004 0.001 59 N 0.083 0.149 0.292 0.147 0.037 0.073 0.147 0.006 0.062 0.001 0.001 60 K 0.089 0.274 0.425 0.035 0.021 0.098 0.015 0.001 0.038 0.001 0.003 61 I 0.058 0.590 0.207 0.078 0.018 0.027 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 62 G 0.028 0.261 0.186 0.010 0.410 0.013 0.009 0.033 0.013 0.036 0.001 63 I 0.046 0.741 0.093 0.022 0.036 0.031 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 64 F 0.029 0.470 0.158 0.066 0.072 0.067 0.060 0.002 0.071 0.004 0.001 65 S 0.087 0.084 0.162 0.147 0.275 0.021 0.078 0.075 0.012 0.054 0.005 66 R 0.008 0.664 0.209 0.001 0.042 0.011 0.005 0.001 0.060 0.001 0.001 67 P 0.016 0.012 0.871 0.002 0.001 0.057 0.001 0.001 0.002 0.001 0.040 68 I 0.049 0.561 0.229 0.014 0.049 0.048 0.004 0.001 0.044 0.001 0.001 69 K 0.024 0.247 0.598 0.005 0.018 0.057 0.007 0.001 0.039 0.003 0.001 70 L 0.398 0.076 0.347 0.068 0.011 0.064 0.010 0.003 0.015 0.002 0.005 71 T 0.590 0.053 0.048 0.237 0.022 0.017 0.015 0.005 0.010 0.002 0.001 72 D 0.209 0.238 0.185 0.102 0.092 0.043 0.063 0.005 0.060 0.002 0.001 73 V 0.325 0.214 0.328 0.051 0.008 0.046 0.004 0.001 0.023 0.001 0.001 74 L 0.362 0.214 0.253 0.080 0.025 0.042 0.004 0.002 0.016 0.002 0.001 75 K 0.116 0.365 0.360 0.037 0.060 0.017 0.011 0.002 0.028 0.004 0.001 76 E 0.121 0.017 0.810 0.028 0.002 0.010 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 77 G 0.013 0.001 0.004 0.017 0.004 0.001 0.033 0.855 0.001 0.074 0.001 78 D 0.013 0.092 0.750 0.031 0.007 0.073 0.017 0.001 0.015 0.001 0.001 79 R 0.012 0.639 0.256 0.013 0.048 0.017 0.006 0.001 0.008 0.001 0.001 80 I 0.006 0.849 0.103 0.002 0.019 0.007 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 81 E 0.006 0.690 0.231 0.001 0.014 0.035 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 82 I 0.015 0.694 0.182 0.008 0.014 0.064 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 83 Y 0.026 0.610 0.208 0.014 0.051 0.040 0.005 0.001 0.043 0.001 0.001 84 R 0.014 0.527 0.244 0.001 0.054 0.023 0.014 0.001 0.122 0.001 0.001 85 P 0.061 0.014 0.787 0.004 0.001 0.082 0.001 0.001 0.004 0.001 0.048 86 L 0.105 0.319 0.410 0.026 0.028 0.073 0.009 0.002 0.027 0.001 0.002 87 L 0.216 0.303 0.266 0.063 0.017 0.089 0.012 0.002 0.028 0.002 0.002 88 A 0.105 0.296 0.273 0.125 0.121 0.043 0.010 0.006 0.013 0.007 0.001 89 D 0.005 0.138 0.318 0.002 0.056 0.110 0.014 0.001 0.353 0.002 0.001 90 P 0.932 0.001 0.029 0.023 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 91 K 0.912 0.005 0.017 0.052 0.002 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 92 E 0.872 0.015 0.028 0.072 0.003 0.004 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 93 I 0.821 0.046 0.047 0.057 0.007 0.007 0.007 0.002 0.005 0.001 0.001 94 R 0.643 0.102 0.104 0.089 0.016 0.019 0.008 0.002 0.012 0.002 0.001 95 R 0.494 0.170 0.171 0.088 0.021 0.022 0.013 0.003 0.015 0.002 0.001 96 E 0.280 0.097 0.275 0.212 0.012 0.040 0.039 0.006 0.034 0.003 0.001 97 G 0.093 0.052 0.125 0.026 0.134 0.007 0.085 0.214 0.012 0.253 0.001