# TARGET T0363 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0363.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.3435 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.054 0.010 0.016 0.045 0.175 0.700 2 A 0.104 0.017 0.025 0.082 0.204 0.568 3 H 0.117 0.019 0.032 0.068 0.234 0.529 4 H 0.127 0.018 0.040 0.061 0.268 0.486 5 H 0.174 0.016 0.045 0.049 0.278 0.439 6 H 0.211 0.012 0.037 0.050 0.256 0.435 7 H 0.239 0.019 0.041 0.070 0.281 0.349 8 H 0.248 0.022 0.037 0.049 0.280 0.364 9 S 0.218 0.019 0.066 0.035 0.276 0.386 10 L 0.198 0.010 0.238 0.031 0.311 0.212 11 N 0.305 0.004 0.153 0.016 0.283 0.240 12 Q 0.678 0.004 0.040 0.004 0.102 0.172 13 I 0.930 0.003 0.001 0.001 0.014 0.051 14 N 0.969 0.001 0.001 0.001 0.005 0.025 15 I 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 16 E 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 17 I 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 18 A 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 19 Y 0.967 0.001 0.001 0.001 0.006 0.025 20 A 0.804 0.006 0.001 0.002 0.030 0.158 21 F 0.355 0.017 0.004 0.002 0.367 0.255 22 P 0.059 0.005 0.066 0.011 0.785 0.075 23 E 0.029 0.002 0.099 0.014 0.810 0.047 24 R 0.087 0.006 0.091 0.010 0.770 0.036 25 Y 0.455 0.012 0.023 0.009 0.304 0.196 26 Y 0.826 0.018 0.008 0.008 0.054 0.086 27 L 0.932 0.002 0.006 0.007 0.025 0.028 28 K 0.961 0.001 0.003 0.007 0.009 0.019 29 S 0.960 0.001 0.002 0.008 0.010 0.020 30 F 0.941 0.004 0.001 0.004 0.010 0.041 31 Q 0.912 0.003 0.001 0.001 0.017 0.066 32 V 0.598 0.035 0.001 0.002 0.083 0.282 33 D 0.099 0.010 0.003 0.002 0.861 0.023 34 E 0.012 0.001 0.007 0.005 0.959 0.015 35 G 0.003 0.001 0.010 0.005 0.955 0.026 36 I 0.153 0.149 0.005 0.012 0.604 0.077 37 T 0.142 0.059 0.002 0.068 0.027 0.703 38 V 0.016 0.003 0.003 0.963 0.003 0.011 39 Q 0.004 0.001 0.001 0.991 0.001 0.002 40 T 0.003 0.001 0.001 0.994 0.002 0.001 41 A 0.002 0.001 0.001 0.995 0.002 0.001 42 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 43 T 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.002 44 Q 0.001 0.001 0.002 0.990 0.003 0.004 45 S 0.001 0.001 0.002 0.972 0.006 0.019 46 G 0.004 0.004 0.016 0.361 0.072 0.544 47 I 0.020 0.021 0.118 0.412 0.131 0.298 48 L 0.028 0.004 0.347 0.310 0.199 0.112 49 S 0.031 0.007 0.270 0.373 0.202 0.118 50 Q 0.048 0.019 0.145 0.383 0.209 0.197 51 F 0.030 0.014 0.042 0.054 0.589 0.271 52 P 0.012 0.003 0.172 0.055 0.554 0.204 53 E 0.040 0.009 0.338 0.050 0.454 0.109 54 I 0.123 0.049 0.229 0.054 0.398 0.147 55 D 0.092 0.039 0.083 0.052 0.488 0.247 56 L 0.020 0.008 0.200 0.077 0.644 0.051 57 S 0.021 0.003 0.146 0.040 0.742 0.048 58 T 0.048 0.006 0.157 0.031 0.699 0.059 59 N 0.222 0.031 0.024 0.011 0.462 0.249 60 K 0.451 0.023 0.007 0.005 0.123 0.390 61 I 0.886 0.017 0.003 0.002 0.028 0.063 62 G 0.947 0.004 0.002 0.001 0.015 0.031 63 I 0.945 0.004 0.004 0.002 0.019 0.026 64 F 0.822 0.005 0.006 0.005 0.070 0.092 65 S 0.459 0.005 0.010 0.009 0.221 0.296 66 R 0.436 0.009 0.007 0.005 0.197 0.345 67 P 0.549 0.013 0.010 0.009 0.108 0.311 68 I 0.516 0.048 0.014 0.019 0.104 0.299 69 K 0.433 0.031 0.019 0.023 0.259 0.234 70 L 0.150 0.009 0.141 0.217 0.327 0.155 71 T 0.068 0.003 0.207 0.249 0.384 0.089 72 D 0.150 0.011 0.181 0.177 0.403 0.078 73 V 0.229 0.028 0.115 0.234 0.185 0.209 74 L 0.275 0.072 0.089 0.161 0.196 0.207 75 K 0.154 0.017 0.130 0.122 0.452 0.125 76 E 0.070 0.008 0.259 0.095 0.451 0.117 77 G 0.036 0.004 0.092 0.019 0.718 0.131 78 D 0.103 0.004 0.021 0.003 0.580 0.289 79 R 0.600 0.011 0.003 0.001 0.088 0.296 80 I 0.943 0.004 0.001 0.001 0.014 0.038 81 E 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 82 I 0.986 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 83 Y 0.916 0.002 0.001 0.001 0.014 0.067 84 R 0.672 0.004 0.002 0.002 0.080 0.240 85 P 0.392 0.008 0.013 0.005 0.223 0.359 86 L 0.377 0.022 0.043 0.014 0.276 0.269 87 L 0.396 0.032 0.042 0.016 0.244 0.269 88 A 0.320 0.054 0.019 0.026 0.160 0.420 89 D 0.104 0.027 0.007 0.048 0.188 0.626 90 P 0.005 0.001 0.055 0.845 0.061 0.033 91 K 0.003 0.001 0.111 0.822 0.053 0.011 92 E 0.002 0.001 0.081 0.878 0.033 0.004 93 I 0.003 0.001 0.038 0.910 0.038 0.010 94 R 0.009 0.007 0.017 0.844 0.071 0.052 95 R 0.008 0.004 0.008 0.705 0.106 0.169 96 E 0.007 0.006 0.004 0.168 0.140 0.676 97 G 0.002 0.001 0.001 0.001 0.048 0.947