# TARGET T0363 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment /projects/compbio/experiments/protein-predict/casp7/T0363/T0363.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.3435 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.057 0.049 0.118 0.186 0.012 0.095 0.019 0.008 0.011 0.007 0.057 0.080 0.256 0.007 0.007 0.031 2 A 0.029 0.073 0.162 0.191 0.017 0.088 0.025 0.013 0.005 0.003 0.063 0.070 0.217 0.012 0.011 0.019 3 H 0.015 0.078 0.131 0.212 0.013 0.101 0.017 0.022 0.008 0.005 0.047 0.070 0.232 0.008 0.019 0.023 4 H 0.023 0.063 0.108 0.204 0.013 0.096 0.018 0.016 0.012 0.008 0.078 0.053 0.251 0.011 0.013 0.035 5 H 0.037 0.067 0.121 0.211 0.008 0.070 0.013 0.017 0.008 0.004 0.076 0.070 0.253 0.006 0.015 0.024 6 H 0.030 0.074 0.131 0.178 0.009 0.073 0.014 0.012 0.010 0.006 0.065 0.081 0.259 0.008 0.011 0.038 7 H 0.039 0.057 0.132 0.231 0.018 0.096 0.023 0.011 0.007 0.003 0.070 0.042 0.223 0.010 0.010 0.029 8 H 0.022 0.114 0.193 0.299 0.011 0.049 0.011 0.023 0.005 0.003 0.031 0.048 0.154 0.003 0.013 0.022 9 S 0.020 0.024 0.043 0.071 0.078 0.319 0.030 0.017 0.008 0.014 0.065 0.041 0.226 0.018 0.005 0.020 10 L 0.019 0.073 0.049 0.049 0.007 0.095 0.017 0.078 0.007 0.003 0.341 0.034 0.172 0.017 0.029 0.011 11 N 0.015 0.300 0.061 0.164 0.001 0.018 0.006 0.014 0.038 0.007 0.018 0.180 0.087 0.001 0.051 0.039 12 Q 0.213 0.035 0.228 0.184 0.001 0.004 0.003 0.001 0.032 0.001 0.001 0.004 0.032 0.001 0.002 0.259 13 I 0.063 0.008 0.723 0.187 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 14 N 0.001 0.021 0.194 0.778 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 I 0.001 0.001 0.006 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 E 0.001 0.002 0.023 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 I 0.001 0.001 0.002 0.953 0.003 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 A 0.001 0.063 0.005 0.901 0.011 0.013 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 Y 0.001 0.008 0.001 0.943 0.009 0.026 0.001 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 A 0.003 0.092 0.069 0.792 0.009 0.016 0.001 0.004 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 21 F 0.006 0.016 0.012 0.325 0.064 0.542 0.004 0.004 0.001 0.009 0.004 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 22 P 0.001 0.023 0.005 0.025 0.017 0.530 0.001 0.037 0.001 0.002 0.341 0.005 0.010 0.001 0.001 0.001 23 E 0.002 0.428 0.003 0.040 0.001 0.019 0.001 0.018 0.024 0.004 0.136 0.304 0.013 0.001 0.003 0.003 24 R 0.069 0.063 0.100 0.116 0.003 0.020 0.019 0.006 0.065 0.005 0.031 0.242 0.168 0.005 0.026 0.063 25 Y 0.025 0.017 0.739 0.042 0.001 0.013 0.009 0.002 0.002 0.001 0.009 0.008 0.101 0.001 0.004 0.028 26 Y 0.025 0.104 0.311 0.361 0.003 0.055 0.006 0.003 0.004 0.001 0.012 0.013 0.075 0.001 0.001 0.026 27 L 0.020 0.047 0.139 0.502 0.009 0.196 0.012 0.002 0.002 0.001 0.008 0.009 0.047 0.002 0.001 0.004 28 K 0.003 0.280 0.132 0.533 0.001 0.011 0.001 0.010 0.001 0.001 0.006 0.004 0.011 0.001 0.003 0.004 29 S 0.003 0.005 0.048 0.928 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 30 F 0.020 0.005 0.319 0.643 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 31 Q 0.001 0.003 0.027 0.948 0.010 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 V 0.002 0.010 0.009 0.778 0.087 0.107 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 33 D 0.001 0.018 0.001 0.042 0.709 0.193 0.011 0.004 0.001 0.003 0.011 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 34 E 0.001 0.034 0.001 0.019 0.002 0.018 0.001 0.753 0.003 0.001 0.140 0.009 0.001 0.001 0.018 0.001 35 G 0.003 0.129 0.014 0.019 0.001 0.003 0.001 0.001 0.633 0.040 0.006 0.046 0.004 0.001 0.002 0.099 36 I 0.719 0.011 0.155 0.075 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.014 0.001 0.001 0.005 37 T 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.001 0.001 0.001 38 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.976 0.003 0.012 0.001 0.001 0.001 39 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.985 0.012 0.001 0.001 0.001 40 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 41 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 42 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 43 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 44 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.279 0.686 0.004 0.017 45 S 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.319 0.001 0.658 0.003 46 G 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.004 0.721 0.003 0.001 0.249 47 I 0.128 0.002 0.002 0.002 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.032 0.047 0.761 0.008 0.002 0.004 48 L 0.001 0.012 0.036 0.004 0.001 0.005 0.010 0.001 0.001 0.001 0.018 0.070 0.819 0.008 0.012 0.004 49 S 0.001 0.008 0.012 0.026 0.001 0.007 0.007 0.002 0.001 0.001 0.006 0.014 0.879 0.002 0.011 0.023 50 Q 0.011 0.036 0.117 0.090 0.001 0.010 0.018 0.001 0.003 0.001 0.006 0.018 0.575 0.013 0.011 0.089 51 F 0.019 0.006 0.176 0.052 0.007 0.114 0.075 0.001 0.001 0.001 0.009 0.012 0.485 0.015 0.012 0.016 52 P 0.010 0.120 0.094 0.063 0.002 0.051 0.012 0.013 0.001 0.001 0.146 0.030 0.412 0.006 0.013 0.025 53 E 0.025 0.158 0.037 0.220 0.008 0.042 0.019 0.003 0.028 0.002 0.029 0.080 0.153 0.047 0.007 0.141 54 I 0.023 0.050 0.611 0.177 0.001 0.003 0.011 0.006 0.001 0.001 0.005 0.006 0.056 0.001 0.033 0.015 55 D 0.003 0.003 0.035 0.015 0.004 0.860 0.005 0.002 0.001 0.007 0.003 0.006 0.049 0.001 0.001 0.006 56 L 0.004 0.019 0.003 0.008 0.001 0.019 0.001 0.004 0.001 0.001 0.909 0.003 0.025 0.001 0.001 0.001 57 S 0.002 0.173 0.008 0.026 0.001 0.011 0.002 0.002 0.008 0.001 0.007 0.737 0.014 0.002 0.006 0.002 58 T 0.025 0.023 0.325 0.087 0.003 0.015 0.035 0.002 0.010 0.001 0.014 0.010 0.249 0.008 0.027 0.166 59 N 0.030 0.070 0.668 0.103 0.001 0.017 0.007 0.003 0.003 0.001 0.005 0.011 0.049 0.001 0.005 0.026 60 K 0.039 0.038 0.304 0.413 0.032 0.031 0.020 0.007 0.004 0.002 0.024 0.003 0.032 0.026 0.002 0.023 61 I 0.015 0.026 0.217 0.665 0.004 0.012 0.001 0.023 0.002 0.001 0.004 0.003 0.014 0.001 0.009 0.004 62 G 0.005 0.010 0.068 0.778 0.033 0.039 0.004 0.002 0.009 0.015 0.005 0.002 0.011 0.002 0.001 0.017 63 I 0.045 0.036 0.027 0.717 0.052 0.077 0.004 0.016 0.001 0.001 0.011 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 64 F 0.003 0.088 0.044 0.564 0.016 0.173 0.002 0.042 0.011 0.010 0.021 0.011 0.007 0.001 0.002 0.003 65 S 0.018 0.171 0.044 0.599 0.005 0.055 0.003 0.010 0.023 0.009 0.027 0.017 0.009 0.001 0.002 0.006 66 R 0.056 0.069 0.118 0.564 0.005 0.063 0.004 0.007 0.006 0.005 0.048 0.030 0.014 0.001 0.002 0.007 67 P 0.022 0.067 0.293 0.534 0.007 0.027 0.003 0.003 0.005 0.001 0.008 0.009 0.009 0.001 0.002 0.010 68 I 0.008 0.042 0.096 0.818 0.002 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.005 0.001 0.001 0.003 69 K 0.003 0.013 0.016 0.138 0.015 0.784 0.002 0.002 0.001 0.004 0.005 0.005 0.010 0.001 0.001 0.001 70 L 0.002 0.020 0.003 0.027 0.003 0.257 0.001 0.009 0.001 0.001 0.655 0.007 0.014 0.001 0.001 0.001 71 T 0.001 0.421 0.008 0.047 0.001 0.006 0.001 0.003 0.006 0.001 0.009 0.485 0.009 0.001 0.002 0.001 72 D 0.016 0.007 0.079 0.203 0.002 0.049 0.006 0.003 0.011 0.002 0.047 0.031 0.496 0.002 0.012 0.032 73 V 0.021 0.019 0.462 0.058 0.010 0.020 0.034 0.002 0.002 0.001 0.058 0.020 0.222 0.016 0.002 0.054 74 L 0.017 0.044 0.092 0.224 0.037 0.081 0.019 0.031 0.003 0.002 0.017 0.072 0.333 0.007 0.012 0.010 75 K 0.001 0.001 0.002 0.002 0.473 0.004 0.173 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.010 0.326 0.001 0.002 76 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.594 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.001 0.395 0.001 77 G 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.375 0.209 0.009 0.003 0.005 0.005 0.004 0.379 78 D 0.977 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.005 0.002 79 R 0.049 0.014 0.799 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.113 80 I 0.129 0.008 0.643 0.201 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.002 81 E 0.001 0.012 0.182 0.787 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 82 I 0.001 0.004 0.005 0.944 0.002 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 83 Y 0.001 0.050 0.027 0.891 0.004 0.015 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 84 R 0.001 0.008 0.011 0.842 0.008 0.090 0.001 0.004 0.001 0.001 0.021 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 85 P 0.003 0.164 0.059 0.520 0.015 0.150 0.004 0.004 0.001 0.001 0.023 0.022 0.030 0.001 0.001 0.002 86 L 0.006 0.059 0.017 0.651 0.006 0.117 0.003 0.013 0.004 0.003 0.045 0.034 0.035 0.001 0.002 0.004 87 L 0.009 0.228 0.064 0.337 0.018 0.155 0.012 0.004 0.006 0.002 0.038 0.026 0.076 0.004 0.003 0.019 88 A 0.018 0.107 0.113 0.658 0.001 0.008 0.001 0.017 0.002 0.002 0.011 0.013 0.030 0.001 0.007 0.011 89 D 0.001 0.002 0.004 0.008 0.001 0.936 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.009 0.030 0.001 0.001 0.001 90 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.944 0.002 0.033 0.001 0.001 0.001 91 K 0.001 0.012 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.951 0.026 0.001 0.001 0.001 92 E 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.959 0.004 0.002 0.012 93 I 0.001 0.006 0.109 0.009 0.001 0.003 0.041 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.786 0.007 0.006 0.020 94 R 0.005 0.010 0.069 0.031 0.004 0.019 0.036 0.004 0.001 0.001 0.004 0.010 0.750 0.011 0.014 0.032 95 R 0.004 0.002 0.016 0.007 0.119 0.009 0.153 0.002 0.001 0.002 0.010 0.002 0.080 0.575 0.002 0.016 96 E 0.004 0.046 0.028 0.019 0.017 0.007 0.040 0.135 0.002 0.001 0.016 0.011 0.074 0.042 0.545 0.012 97 G 0.006 0.030 0.046 0.024 0.014 0.013 0.059 0.028 0.103 0.100 0.017 0.017 0.087 0.033 0.052 0.372