# TARGET T0363 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0363.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.3435 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.078 0.160 0.011 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.081 0.072 0.534 2 A 0.070 0.111 0.010 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.073 0.077 0.607 3 H 0.094 0.104 0.008 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.076 0.082 0.576 4 H 0.098 0.078 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.061 0.083 0.627 5 H 0.074 0.024 0.004 0.001 0.003 0.002 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.109 0.112 0.613 6 H 0.036 0.031 0.002 0.002 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.064 0.073 0.112 0.664 7 H 0.072 0.009 0.006 0.003 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.066 0.110 0.673 8 H 0.029 0.005 0.003 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.080 0.047 0.128 0.678 9 S 0.150 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.093 0.066 0.094 0.577 10 L 0.072 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.055 0.081 0.141 0.633 11 N 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.288 0.054 0.113 0.520 12 Q 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 0.008 0.005 0.003 0.002 0.002 0.003 0.362 0.040 0.096 0.455 13 I 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.650 0.026 0.055 0.250 14 N 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.005 0.015 0.013 0.790 0.063 0.014 0.085 15 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.005 0.763 0.057 0.023 0.143 16 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.916 0.047 0.004 0.027 17 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.914 0.026 0.007 0.048 18 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.867 0.052 0.010 0.067 19 Y 0.003 0.003 0.001 0.001 0.038 0.041 0.022 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.656 0.028 0.039 0.161 20 A 0.003 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.540 0.024 0.068 0.355 21 F 0.368 0.097 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.132 0.054 0.296 22 P 0.269 0.022 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.054 0.072 0.558 23 E 0.026 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.020 0.076 0.847 24 R 0.047 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.171 0.079 0.089 0.581 25 Y 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.116 0.063 0.111 0.691 26 Y 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.001 0.030 0.007 0.005 0.004 0.533 0.068 0.041 0.261 27 L 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.009 0.001 0.003 0.222 0.035 0.061 0.657 28 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.025 0.006 0.753 0.035 0.019 0.152 29 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.464 0.021 0.037 0.469 30 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.023 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.834 0.015 0.014 0.101 31 Q 0.001 0.002 0.001 0.001 0.015 0.003 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.204 0.061 0.064 0.633 32 V 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.509 0.033 0.058 0.379 33 D 0.661 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.056 0.040 0.205 34 E 0.029 0.051 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.020 0.101 0.767 35 G 0.018 0.147 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.010 0.079 0.699 36 I 0.009 0.068 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 0.509 0.053 0.251 37 T 0.002 0.931 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.049 0.002 0.012 38 V 0.007 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.002 0.018 39 Q 0.005 0.218 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.735 0.007 0.029 40 T 0.011 0.547 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.368 0.023 0.042 41 A 0.030 0.224 0.045 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.588 0.033 0.072 42 I 0.091 0.091 0.117 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.487 0.057 0.147 43 T 0.194 0.056 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.032 0.083 0.625 44 Q 0.019 0.141 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.061 0.073 0.695 45 S 0.042 0.056 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.261 0.154 0.462 46 G 0.146 0.127 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.294 0.127 0.292 47 I 0.179 0.110 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.171 0.080 0.440 48 L 0.360 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.052 0.094 0.474 49 S 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.010 0.089 0.868 50 Q 0.038 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.014 0.086 0.829 51 F 0.584 0.027 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.069 0.071 0.227 52 P 0.155 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.015 0.113 0.676 53 E 0.043 0.014 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.096 0.048 0.132 0.657 54 I 0.019 0.006 0.001 0.001 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.077 0.212 0.606 55 D 0.067 0.082 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.420 0.081 0.309 56 L 0.258 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.101 0.081 0.526 57 S 0.027 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.073 0.032 0.106 0.755 58 T 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.018 0.117 0.823 59 N 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.441 0.048 0.094 0.402 60 K 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.381 0.139 0.059 0.384 61 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.560 0.050 0.051 0.323 62 G 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.011 0.002 0.771 0.032 0.021 0.150 63 I 0.018 0.002 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.612 0.078 0.039 0.232 64 F 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.643 0.050 0.040 0.259 65 S 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.182 0.046 0.077 0.675 66 R 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.564 0.041 0.067 0.306 67 P 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.030 0.116 0.812 68 I 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.535 0.042 0.073 0.314 69 K 0.402 0.044 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.033 0.062 0.438 70 L 0.040 0.061 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.068 0.064 0.077 0.682 71 T 0.082 0.132 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.034 0.062 0.669 72 D 0.124 0.175 0.001 0.001 0.001 0.009 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.127 0.078 0.073 0.397 73 V 0.054 0.014 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.119 0.100 0.634 74 L 0.209 0.002 0.004 0.002 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.156 0.112 0.098 0.400 75 K 0.612 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.043 0.046 0.268 76 E 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.030 0.128 0.790 77 G 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 0.030 0.181 0.709 78 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.434 0.099 0.109 0.347 79 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.646 0.094 0.041 0.204 80 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.800 0.028 0.023 0.145 81 E 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.012 0.004 0.859 0.045 0.009 0.055 82 I 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.517 0.051 0.076 0.339 83 Y 0.025 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.541 0.076 0.065 0.285 84 R 0.170 0.032 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.322 0.091 0.105 0.269 85 P 0.132 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.194 0.078 0.121 0.457 86 L 0.072 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.381 0.065 0.109 0.368 87 L 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.210 0.023 0.189 0.569 88 A 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.128 0.008 0.134 0.721 89 D 0.226 0.440 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.068 0.039 0.204 90 P 0.228 0.536 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.075 0.019 0.137 91 K 0.056 0.507 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.063 0.031 0.330 92 E 0.083 0.381 0.007 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.084 0.035 0.384 93 I 0.087 0.105 0.028 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.134 0.050 0.571 94 R 0.277 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.020 0.043 0.633 95 R 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.006 0.036 0.944 96 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.006 0.051 0.933 97 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.011 0.073 0.902