# TARGET T0363 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0363.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.3435 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.221 0.119 0.074 0.110 0.086 0.081 0.094 0.071 0.067 0.048 0.029 2 A 0.220 0.137 0.075 0.118 0.093 0.080 0.095 0.064 0.056 0.039 0.023 3 H 0.192 0.140 0.101 0.148 0.120 0.094 0.090 0.052 0.035 0.019 0.008 4 H 0.282 0.152 0.095 0.135 0.100 0.073 0.071 0.039 0.029 0.016 0.008 5 H 0.180 0.115 0.097 0.145 0.116 0.095 0.096 0.060 0.048 0.032 0.017 6 H 0.173 0.117 0.070 0.128 0.102 0.092 0.118 0.074 0.062 0.041 0.022 7 H 0.149 0.092 0.094 0.140 0.111 0.107 0.125 0.075 0.056 0.032 0.019 8 H 0.140 0.115 0.123 0.122 0.114 0.109 0.123 0.062 0.046 0.029 0.018 9 S 0.144 0.172 0.107 0.208 0.120 0.082 0.081 0.038 0.025 0.015 0.009 10 L 0.085 0.054 0.077 0.136 0.157 0.151 0.132 0.077 0.066 0.043 0.021 11 N 0.197 0.113 0.159 0.217 0.118 0.083 0.069 0.024 0.012 0.005 0.003 12 Q 0.025 0.091 0.147 0.336 0.200 0.110 0.059 0.019 0.008 0.003 0.002 13 I 0.002 0.002 0.003 0.007 0.011 0.022 0.112 0.185 0.263 0.246 0.145 14 N 0.028 0.134 0.136 0.417 0.205 0.061 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 15 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.024 0.079 0.249 0.351 0.293 16 E 0.006 0.025 0.028 0.286 0.298 0.198 0.112 0.032 0.011 0.003 0.001 17 I 0.001 0.004 0.003 0.009 0.011 0.029 0.135 0.190 0.274 0.217 0.125 18 A 0.001 0.002 0.002 0.019 0.033 0.056 0.145 0.211 0.256 0.179 0.096 19 Y 0.002 0.011 0.009 0.039 0.054 0.082 0.195 0.200 0.218 0.125 0.064 20 A 0.003 0.007 0.007 0.038 0.044 0.046 0.114 0.194 0.256 0.202 0.088 21 F 0.013 0.040 0.013 0.117 0.153 0.185 0.216 0.142 0.082 0.030 0.010 22 P 0.062 0.105 0.039 0.162 0.173 0.146 0.143 0.092 0.052 0.022 0.005 23 E 0.410 0.199 0.060 0.174 0.082 0.038 0.020 0.009 0.005 0.002 0.001 24 R 0.221 0.165 0.066 0.213 0.131 0.086 0.062 0.028 0.017 0.007 0.004 25 Y 0.061 0.050 0.035 0.087 0.088 0.119 0.163 0.149 0.130 0.081 0.038 26 Y 0.035 0.062 0.053 0.184 0.168 0.160 0.176 0.083 0.044 0.022 0.011 27 L 0.008 0.012 0.035 0.053 0.064 0.080 0.146 0.162 0.186 0.150 0.104 28 K 0.017 0.049 0.105 0.232 0.224 0.164 0.121 0.049 0.024 0.011 0.005 29 S 0.103 0.145 0.137 0.285 0.167 0.087 0.048 0.016 0.008 0.003 0.002 30 F 0.001 0.002 0.003 0.008 0.018 0.036 0.121 0.150 0.235 0.225 0.200 31 Q 0.101 0.374 0.183 0.232 0.081 0.021 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 32 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.010 0.052 0.100 0.200 0.245 0.381 33 D 0.368 0.345 0.094 0.122 0.050 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 34 E 0.287 0.234 0.067 0.187 0.098 0.062 0.044 0.012 0.005 0.002 0.001 35 G 0.444 0.163 0.052 0.149 0.089 0.056 0.029 0.008 0.005 0.003 0.002 36 I 0.004 0.010 0.009 0.035 0.066 0.127 0.242 0.194 0.173 0.091 0.049 37 T 0.017 0.259 0.113 0.254 0.156 0.091 0.061 0.023 0.013 0.008 0.005 38 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.033 0.130 0.170 0.238 0.216 0.194 39 Q 0.056 0.040 0.039 0.186 0.243 0.214 0.139 0.043 0.025 0.010 0.005 40 T 0.008 0.060 0.065 0.363 0.216 0.132 0.101 0.033 0.014 0.005 0.002 41 A 0.001 0.002 0.013 0.015 0.012 0.015 0.057 0.129 0.235 0.285 0.235 42 I 0.001 0.001 0.011 0.016 0.026 0.043 0.128 0.169 0.215 0.228 0.162 43 T 0.001 0.009 0.228 0.257 0.225 0.131 0.090 0.034 0.017 0.006 0.002 44 Q 0.001 0.008 0.033 0.065 0.106 0.249 0.321 0.116 0.059 0.029 0.013 45 S 0.003 0.004 0.003 0.010 0.013 0.027 0.125 0.213 0.252 0.234 0.117 46 G 0.307 0.243 0.078 0.143 0.077 0.060 0.048 0.021 0.012 0.007 0.005 47 I 0.007 0.012 0.017 0.023 0.026 0.031 0.081 0.124 0.220 0.237 0.223 48 L 0.014 0.036 0.031 0.107 0.150 0.156 0.226 0.119 0.091 0.043 0.026 49 S 0.150 0.116 0.120 0.197 0.137 0.095 0.095 0.044 0.027 0.012 0.007 50 Q 0.089 0.103 0.070 0.183 0.162 0.149 0.135 0.055 0.034 0.015 0.007 51 F 0.004 0.006 0.004 0.019 0.035 0.073 0.148 0.203 0.213 0.179 0.116 52 P 0.303 0.297 0.078 0.134 0.073 0.040 0.033 0.016 0.012 0.008 0.005 53 E 0.245 0.082 0.061 0.165 0.125 0.107 0.102 0.051 0.033 0.019 0.010 54 I 0.026 0.017 0.007 0.026 0.037 0.061 0.150 0.167 0.202 0.177 0.130 55 D 0.088 0.226 0.127 0.269 0.118 0.073 0.047 0.022 0.015 0.009 0.008 56 L 0.049 0.030 0.026 0.055 0.066 0.091 0.142 0.134 0.147 0.139 0.119 57 S 0.324 0.209 0.122 0.160 0.081 0.047 0.033 0.012 0.007 0.003 0.002 58 T 0.190 0.175 0.079 0.235 0.142 0.075 0.059 0.022 0.013 0.007 0.004 59 N 0.043 0.054 0.031 0.106 0.113 0.113 0.147 0.129 0.119 0.086 0.059 60 K 0.017 0.067 0.061 0.200 0.229 0.207 0.137 0.045 0.023 0.010 0.005 61 I 0.002 0.003 0.003 0.009 0.012 0.021 0.080 0.158 0.245 0.255 0.211 62 G 0.008 0.012 0.009 0.052 0.082 0.120 0.214 0.182 0.153 0.098 0.072 63 I 0.005 0.008 0.009 0.020 0.021 0.031 0.089 0.147 0.246 0.238 0.185 64 F 0.006 0.009 0.006 0.035 0.046 0.067 0.150 0.169 0.201 0.169 0.141 65 S 0.016 0.022 0.013 0.044 0.061 0.072 0.146 0.171 0.195 0.153 0.107 66 R 0.104 0.112 0.042 0.160 0.169 0.128 0.129 0.074 0.047 0.025 0.010 67 P 0.174 0.089 0.049 0.152 0.131 0.116 0.124 0.069 0.052 0.029 0.015 68 I 0.054 0.035 0.018 0.052 0.069 0.087 0.184 0.163 0.147 0.120 0.072 69 K 0.196 0.305 0.096 0.188 0.097 0.053 0.033 0.014 0.009 0.006 0.004 70 L 0.048 0.041 0.028 0.067 0.086 0.119 0.155 0.138 0.131 0.109 0.078 71 T 0.376 0.180 0.082 0.143 0.099 0.052 0.039 0.014 0.008 0.004 0.002 72 D 0.185 0.159 0.125 0.221 0.143 0.074 0.057 0.020 0.010 0.005 0.003 73 V 0.135 0.151 0.074 0.161 0.119 0.096 0.112 0.056 0.045 0.030 0.021 74 L 0.004 0.004 0.004 0.011 0.023 0.047 0.119 0.137 0.191 0.197 0.262 75 K 0.124 0.336 0.284 0.169 0.054 0.019 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 76 E 0.325 0.176 0.098 0.193 0.100 0.058 0.037 0.009 0.003 0.001 0.001 77 G 0.719 0.128 0.031 0.060 0.032 0.015 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 78 D 0.006 0.040 0.029 0.134 0.191 0.228 0.225 0.082 0.041 0.017 0.007 79 R 0.005 0.021 0.019 0.078 0.120 0.177 0.220 0.139 0.105 0.071 0.046 80 I 0.009 0.004 0.005 0.010 0.013 0.028 0.115 0.165 0.234 0.236 0.182 81 E 0.008 0.016 0.023 0.100 0.123 0.123 0.201 0.169 0.126 0.074 0.040 82 I 0.006 0.012 0.012 0.026 0.021 0.028 0.077 0.119 0.202 0.250 0.247 83 Y 0.005 0.010 0.018 0.068 0.087 0.100 0.158 0.170 0.178 0.126 0.080 84 R 0.014 0.032 0.038 0.089 0.101 0.123 0.223 0.169 0.125 0.064 0.023 85 P 0.061 0.079 0.081 0.172 0.162 0.129 0.136 0.083 0.056 0.029 0.011 86 L 0.046 0.047 0.042 0.083 0.073 0.079 0.145 0.144 0.159 0.118 0.065 87 L 0.145 0.131 0.064 0.180 0.149 0.110 0.110 0.054 0.035 0.016 0.007 88 A 0.094 0.061 0.046 0.077 0.068 0.083 0.137 0.136 0.142 0.100 0.055 89 D 0.185 0.311 0.066 0.149 0.104 0.069 0.055 0.029 0.018 0.010 0.005 90 P 0.214 0.190 0.045 0.099 0.082 0.074 0.085 0.072 0.068 0.047 0.024 91 K 0.462 0.186 0.063 0.100 0.077 0.046 0.037 0.014 0.009 0.004 0.002 92 E 0.486 0.162 0.123 0.140 0.049 0.020 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 93 I 0.121 0.067 0.104 0.123 0.110 0.121 0.151 0.087 0.063 0.037 0.015 94 R 0.076 0.066 0.161 0.152 0.109 0.120 0.143 0.086 0.050 0.026 0.010 95 R 0.094 0.103 0.339 0.161 0.101 0.075 0.067 0.032 0.017 0.009 0.003 96 E 0.165 0.160 0.265 0.163 0.105 0.060 0.041 0.018 0.012 0.007 0.003 97 G 0.255 0.159 0.089 0.102 0.086 0.065 0.081 0.053 0.048 0.039 0.023