# TARGET T0363 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0363.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.3435 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.057 0.100 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.011 0.088 0.674 2 A 0.056 0.122 0.009 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.010 0.073 0.656 3 H 0.055 0.172 0.008 0.002 0.005 0.003 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.090 0.010 0.061 0.584 4 H 0.049 0.141 0.006 0.001 0.006 0.002 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.063 0.010 0.061 0.645 5 H 0.071 0.149 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.010 0.003 0.069 0.010 0.073 0.595 6 H 0.085 0.161 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.002 0.001 0.065 0.013 0.091 0.564 7 H 0.113 0.184 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.012 0.004 0.024 0.010 0.003 0.001 0.088 0.013 0.062 0.471 8 H 0.097 0.183 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.066 0.017 0.061 0.544 9 S 0.123 0.137 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.038 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.093 0.019 0.067 0.502 10 L 0.169 0.129 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.014 0.069 0.535 11 N 0.085 0.069 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.170 0.022 0.125 0.515 12 Q 0.258 0.013 0.029 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 0.023 0.094 0.504 13 I 0.088 0.022 0.010 0.011 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.603 0.009 0.024 0.226 14 N 0.004 0.003 0.002 0.001 0.029 0.012 0.013 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.676 0.002 0.070 0.180 15 I 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.866 0.001 0.016 0.110 16 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.966 0.001 0.010 0.016 17 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.908 0.001 0.011 0.073 18 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.982 0.001 0.003 0.009 19 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.105 0.052 0.058 0.015 0.598 0.002 0.021 0.143 20 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.817 0.007 0.022 0.147 21 F 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.017 0.051 0.005 0.004 0.002 0.003 0.004 0.319 0.008 0.099 0.430 22 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 23 E 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.003 0.219 0.721 24 R 0.610 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.013 0.041 0.306 25 Y 0.219 0.070 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.100 0.006 0.106 0.490 26 Y 0.078 0.050 0.013 0.002 0.092 0.014 0.006 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.161 0.006 0.087 0.482 27 L 0.084 0.056 0.003 0.001 0.003 0.030 0.005 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.354 0.005 0.038 0.410 28 K 0.040 0.024 0.005 0.001 0.002 0.004 0.034 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.697 0.007 0.025 0.154 29 S 0.083 0.021 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.257 0.018 0.042 0.558 30 F 0.046 0.014 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 0.002 0.001 0.769 0.004 0.012 0.117 31 Q 0.006 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.013 0.004 0.002 0.001 0.484 0.004 0.050 0.410 32 V 0.002 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.621 0.004 0.034 0.309 33 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.116 0.002 0.302 0.546 34 E 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 0.004 0.079 0.831 35 G 0.065 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.105 0.014 0.166 0.646 36 I 0.882 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.008 0.015 0.078 37 T 0.012 0.020 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.002 0.291 0.644 38 V 0.007 0.024 0.002 0.001 0.008 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.246 0.007 0.072 0.620 39 Q 0.004 0.078 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.021 0.286 0.577 40 T 0.018 0.080 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.694 0.204 41 A 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 42 I 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 43 T 0.003 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.010 44 Q 0.009 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.010 45 S 0.024 0.901 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.001 0.021 46 G 0.210 0.528 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.074 0.010 0.158 47 I 0.019 0.154 0.448 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.122 0.235 48 L 0.122 0.196 0.009 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.015 0.095 0.484 49 S 0.291 0.155 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.017 0.063 0.451 50 Q 0.445 0.161 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.058 0.016 0.286 51 F 0.514 0.146 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.028 0.016 0.249 52 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 53 E 0.016 0.007 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.078 0.012 0.044 0.004 0.081 0.738 54 I 0.392 0.031 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 0.009 0.057 0.428 55 D 0.130 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.020 0.225 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.096 0.007 0.055 0.410 56 L 0.049 0.027 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.124 0.012 0.169 0.603 57 S 0.013 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.006 0.722 0.228 58 T 0.354 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.083 0.308 0.224 59 N 0.269 0.234 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.088 0.077 0.042 0.275 60 K 0.089 0.034 0.143 0.001 0.003 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.212 0.028 0.167 0.315 61 I 0.040 0.039 0.008 0.004 0.003 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.457 0.004 0.061 0.349 62 G 0.008 0.034 0.001 0.001 0.005 0.012 0.256 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.554 0.002 0.026 0.087 63 I 0.005 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.762 0.002 0.024 0.151 64 F 0.004 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.883 0.002 0.022 0.068 65 S 0.010 0.020 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.632 0.007 0.041 0.275 66 R 0.033 0.007 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.770 0.003 0.030 0.146 67 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 68 I 0.003 0.002 0.001 0.001 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.788 0.002 0.023 0.159 69 K 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.001 0.249 0.712 70 L 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.296 0.008 0.061 0.613 71 T 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.201 0.006 0.106 0.665 72 D 0.457 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.046 0.009 0.060 0.416 73 V 0.095 0.045 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.033 0.012 0.105 0.700 74 L 0.077 0.094 0.002 0.001 0.002 0.004 0.004 0.006 0.002 0.026 0.002 0.002 0.019 0.004 0.001 0.001 0.381 0.012 0.116 0.245 75 K 0.014 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.004 0.730 0.175 76 E 0.039 0.080 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.097 0.033 0.165 0.564 77 G 0.054 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.356 0.037 0.084 0.447 78 D 0.857 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.010 0.016 0.093 79 R 0.030 0.011 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.512 0.003 0.093 0.340 80 I 0.004 0.002 0.001 0.001 0.009 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.854 0.001 0.023 0.095 81 E 0.002 0.003 0.001 0.001 0.007 0.004 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.841 0.001 0.027 0.104 82 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.888 0.001 0.014 0.088 83 Y 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.814 0.004 0.028 0.144 84 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.013 0.726 0.003 0.041 0.205 85 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 86 L 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.002 0.017 0.004 0.002 0.457 0.006 0.084 0.405 87 L 0.078 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.003 0.251 0.008 0.073 0.568 88 A 0.096 0.008 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.178 0.008 0.079 0.620 89 D 0.080 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.007 0.149 0.659 90 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.988 91 K 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.639 0.345 92 E 0.072 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.693 0.210 93 I 0.057 0.818 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.114 94 R 0.022 0.854 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.010 0.098 95 R 0.061 0.813 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.026 0.003 0.089 96 E 0.105 0.598 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.102 0.011 0.159 97 G 0.108 0.105 0.090 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.059 0.042 0.579