# TARGET T0363 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0363.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.3435 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.094 0.036 0.007 0.020 0.026 0.033 0.070 0.003 0.001 0.004 0.706 2 A 0.054 0.026 0.005 0.021 0.024 0.037 0.098 0.002 0.001 0.005 0.727 3 H 0.099 0.031 0.005 0.026 0.032 0.055 0.182 0.003 0.001 0.011 0.557 4 H 0.114 0.043 0.005 0.017 0.019 0.031 0.132 0.002 0.001 0.008 0.630 5 H 0.130 0.062 0.005 0.023 0.031 0.045 0.120 0.003 0.001 0.009 0.572 6 H 0.132 0.071 0.005 0.021 0.035 0.051 0.158 0.003 0.001 0.009 0.513 7 H 0.145 0.077 0.007 0.026 0.063 0.085 0.093 0.006 0.001 0.009 0.490 8 H 0.080 0.078 0.008 0.027 0.069 0.103 0.111 0.004 0.001 0.008 0.512 9 S 0.095 0.047 0.003 0.026 0.086 0.097 0.124 0.006 0.001 0.008 0.507 10 L 0.100 0.036 0.010 0.034 0.052 0.077 0.080 0.004 0.001 0.012 0.595 11 N 0.062 0.027 0.003 0.061 0.149 0.123 0.254 0.006 0.001 0.011 0.303 12 Q 0.196 0.021 0.010 0.058 0.045 0.081 0.116 0.006 0.001 0.024 0.442 13 I 0.057 0.012 0.011 0.246 0.291 0.216 0.074 0.003 0.001 0.007 0.084 14 N 0.015 0.002 0.009 0.233 0.139 0.161 0.104 0.001 0.001 0.005 0.333 15 I 0.002 0.001 0.007 0.380 0.229 0.266 0.015 0.001 0.001 0.001 0.099 16 E 0.001 0.001 0.001 0.551 0.177 0.236 0.018 0.001 0.001 0.001 0.017 17 I 0.001 0.001 0.001 0.529 0.172 0.199 0.015 0.001 0.001 0.001 0.083 18 A 0.001 0.001 0.001 0.746 0.088 0.149 0.006 0.001 0.001 0.001 0.010 19 Y 0.001 0.001 0.001 0.519 0.122 0.218 0.028 0.001 0.001 0.001 0.110 20 A 0.003 0.001 0.001 0.577 0.107 0.177 0.028 0.001 0.001 0.003 0.103 21 F 0.004 0.001 0.001 0.143 0.165 0.283 0.118 0.001 0.001 0.003 0.283 22 P 0.001 0.001 0.001 0.014 0.009 0.019 0.010 0.001 0.001 0.001 0.946 23 E 0.008 0.001 0.001 0.022 0.047 0.121 0.232 0.001 0.001 0.008 0.561 24 R 0.450 0.008 0.001 0.010 0.015 0.027 0.056 0.001 0.001 0.021 0.410 25 Y 0.316 0.067 0.003 0.027 0.063 0.044 0.055 0.003 0.001 0.005 0.416 26 Y 0.125 0.039 0.007 0.072 0.130 0.177 0.086 0.002 0.001 0.008 0.354 27 L 0.033 0.021 0.009 0.070 0.130 0.291 0.049 0.001 0.001 0.003 0.392 28 K 0.011 0.008 0.002 0.136 0.308 0.363 0.035 0.001 0.001 0.001 0.133 29 S 0.017 0.005 0.003 0.060 0.121 0.229 0.045 0.001 0.001 0.003 0.516 30 F 0.012 0.002 0.003 0.176 0.312 0.315 0.033 0.001 0.001 0.002 0.142 31 Q 0.005 0.001 0.002 0.137 0.153 0.280 0.070 0.001 0.001 0.003 0.347 32 V 0.005 0.002 0.001 0.176 0.188 0.261 0.069 0.001 0.001 0.003 0.294 33 D 0.006 0.002 0.001 0.102 0.085 0.155 0.095 0.001 0.001 0.003 0.551 34 E 0.011 0.003 0.001 0.029 0.017 0.055 0.125 0.001 0.001 0.005 0.754 35 G 0.131 0.005 0.002 0.025 0.010 0.020 0.186 0.002 0.001 0.026 0.594 36 I 0.368 0.024 0.010 0.021 0.008 0.012 0.204 0.001 0.001 0.017 0.335 37 T 0.011 0.035 0.001 0.010 0.006 0.006 0.199 0.001 0.001 0.001 0.731 38 V 0.005 0.095 0.001 0.005 0.003 0.007 0.031 0.001 0.001 0.001 0.852 39 Q 0.014 0.501 0.001 0.003 0.006 0.032 0.167 0.001 0.001 0.007 0.267 40 T 0.014 0.681 0.001 0.001 0.002 0.014 0.166 0.002 0.001 0.002 0.119 41 A 0.014 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 42 I 0.006 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 43 T 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 44 Q 0.016 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.013 45 S 0.028 0.943 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.012 46 G 0.087 0.744 0.009 0.001 0.001 0.001 0.005 0.050 0.001 0.001 0.103 47 I 0.054 0.642 0.239 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 0.001 0.001 0.047 48 L 0.015 0.728 0.007 0.015 0.010 0.014 0.021 0.015 0.001 0.001 0.175 49 S 0.100 0.556 0.004 0.018 0.007 0.012 0.023 0.019 0.001 0.002 0.258 50 Q 0.263 0.399 0.018 0.006 0.004 0.004 0.011 0.024 0.001 0.002 0.269 51 F 0.295 0.270 0.081 0.029 0.017 0.030 0.033 0.019 0.001 0.004 0.222 52 P 0.003 0.004 0.005 0.004 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.975 53 E 0.041 0.012 0.002 0.044 0.030 0.053 0.058 0.008 0.001 0.003 0.750 54 I 0.588 0.026 0.011 0.025 0.012 0.021 0.040 0.005 0.001 0.009 0.262 55 D 0.160 0.051 0.004 0.052 0.042 0.034 0.143 0.010 0.001 0.003 0.502 56 L 0.027 0.006 0.007 0.044 0.016 0.019 0.032 0.001 0.001 0.003 0.844 57 S 0.021 0.006 0.001 0.037 0.033 0.040 0.532 0.001 0.001 0.007 0.321 58 T 0.184 0.009 0.003 0.021 0.012 0.020 0.203 0.003 0.001 0.047 0.498 59 N 0.228 0.034 0.009 0.096 0.050 0.067 0.269 0.004 0.001 0.037 0.207 60 K 0.143 0.008 0.012 0.094 0.083 0.077 0.264 0.003 0.001 0.034 0.280 61 I 0.023 0.005 0.018 0.241 0.146 0.179 0.057 0.001 0.001 0.004 0.327 62 G 0.004 0.001 0.001 0.294 0.254 0.293 0.045 0.001 0.001 0.001 0.105 63 I 0.008 0.002 0.002 0.236 0.166 0.242 0.035 0.001 0.001 0.002 0.307 64 F 0.002 0.001 0.001 0.291 0.175 0.389 0.029 0.001 0.001 0.001 0.112 65 S 0.008 0.002 0.001 0.261 0.125 0.285 0.060 0.001 0.001 0.005 0.254 66 R 0.014 0.002 0.001 0.191 0.111 0.168 0.058 0.001 0.001 0.005 0.449 67 P 0.004 0.001 0.001 0.033 0.023 0.043 0.033 0.001 0.001 0.002 0.860 68 I 0.031 0.002 0.002 0.099 0.086 0.196 0.109 0.001 0.001 0.010 0.466 69 K 0.058 0.007 0.002 0.043 0.051 0.098 0.102 0.001 0.001 0.007 0.631 70 L 0.025 0.011 0.002 0.026 0.033 0.063 0.043 0.001 0.001 0.003 0.793 71 T 0.037 0.017 0.001 0.027 0.035 0.087 0.163 0.001 0.001 0.007 0.624 72 D 0.131 0.026 0.002 0.010 0.035 0.033 0.139 0.001 0.001 0.009 0.613 73 V 0.132 0.113 0.005 0.012 0.036 0.051 0.153 0.002 0.001 0.009 0.487 74 L 0.082 0.169 0.003 0.029 0.141 0.203 0.150 0.004 0.001 0.011 0.209 75 K 0.088 0.355 0.004 0.018 0.060 0.101 0.094 0.004 0.001 0.006 0.268 76 E 0.102 0.325 0.002 0.004 0.032 0.037 0.054 0.013 0.001 0.004 0.428 77 G 0.464 0.168 0.008 0.008 0.016 0.027 0.059 0.035 0.001 0.026 0.189 78 D 0.378 0.051 0.104 0.009 0.030 0.020 0.131 0.012 0.001 0.024 0.241 79 R 0.034 0.023 0.127 0.044 0.049 0.060 0.170 0.002 0.001 0.007 0.484 80 I 0.024 0.015 0.010 0.121 0.154 0.208 0.092 0.001 0.001 0.003 0.373 81 E 0.015 0.016 0.001 0.253 0.208 0.303 0.085 0.001 0.001 0.003 0.116 82 I 0.009 0.025 0.002 0.109 0.140 0.309 0.046 0.001 0.001 0.002 0.359 83 Y 0.012 0.016 0.002 0.252 0.179 0.438 0.020 0.001 0.001 0.002 0.078 84 R 0.007 0.010 0.001 0.121 0.140 0.356 0.037 0.001 0.001 0.002 0.323 85 P 0.002 0.002 0.001 0.067 0.045 0.054 0.008 0.001 0.001 0.001 0.820 86 L 0.032 0.009 0.002 0.123 0.100 0.224 0.113 0.003 0.001 0.006 0.388 87 L 0.245 0.045 0.003 0.102 0.045 0.110 0.076 0.013 0.001 0.013 0.347 88 A 0.190 0.082 0.014 0.166 0.072 0.115 0.100 0.014 0.001 0.009 0.238 89 D 0.105 0.016 0.006 0.029 0.035 0.041 0.410 0.004 0.001 0.004 0.350 90 P 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.991 91 K 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.006 0.648 0.001 0.001 0.004 0.334 92 E 0.345 0.008 0.001 0.005 0.004 0.008 0.400 0.001 0.001 0.057 0.172 93 I 0.302 0.471 0.001 0.020 0.007 0.008 0.023 0.003 0.001 0.002 0.164 94 R 0.236 0.468 0.005 0.016 0.009 0.022 0.025 0.002 0.001 0.006 0.212 95 R 0.176 0.361 0.006 0.009 0.008 0.027 0.017 0.008 0.001 0.001 0.387 96 E 0.138 0.211 0.003 0.012 0.018 0.024 0.008 0.038 0.001 0.001 0.547 97 G 0.182 0.119 0.010 0.012 0.020 0.018 0.030 0.028 0.001 0.003 0.579