# TARGET T0363 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0363.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.3435 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.042 0.019 0.030 0.030 0.047 0.075 0.006 0.750 2 A 0.046 0.030 0.036 0.033 0.064 0.079 0.007 0.705 3 H 0.075 0.045 0.037 0.043 0.080 0.110 0.011 0.600 4 H 0.067 0.047 0.029 0.024 0.039 0.082 0.011 0.701 5 H 0.114 0.065 0.037 0.029 0.046 0.090 0.013 0.607 6 H 0.133 0.067 0.035 0.036 0.051 0.112 0.017 0.548 7 H 0.109 0.070 0.042 0.038 0.074 0.075 0.013 0.580 8 H 0.103 0.079 0.042 0.054 0.097 0.128 0.015 0.483 9 S 0.124 0.080 0.022 0.040 0.068 0.167 0.021 0.478 10 L 0.145 0.081 0.031 0.032 0.071 0.084 0.018 0.538 11 N 0.090 0.081 0.021 0.062 0.054 0.158 0.031 0.503 12 Q 0.208 0.036 0.041 0.039 0.057 0.134 0.042 0.443 13 I 0.196 0.048 0.075 0.206 0.180 0.090 0.016 0.187 14 N 0.027 0.009 0.139 0.243 0.277 0.062 0.009 0.234 15 I 0.012 0.006 0.136 0.266 0.316 0.032 0.003 0.230 16 E 0.004 0.001 0.379 0.296 0.270 0.010 0.001 0.039 17 I 0.002 0.002 0.116 0.209 0.317 0.027 0.001 0.324 18 A 0.001 0.002 0.556 0.156 0.262 0.006 0.001 0.017 19 Y 0.007 0.006 0.248 0.247 0.284 0.037 0.003 0.168 20 A 0.013 0.008 0.262 0.131 0.348 0.024 0.013 0.200 21 F 0.028 0.004 0.098 0.121 0.218 0.123 0.006 0.402 22 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 23 E 0.006 0.001 0.007 0.026 0.088 0.261 0.004 0.607 24 R 0.536 0.005 0.005 0.008 0.010 0.115 0.016 0.305 25 Y 0.376 0.069 0.023 0.069 0.055 0.108 0.011 0.288 26 Y 0.148 0.062 0.065 0.151 0.211 0.097 0.011 0.256 27 L 0.050 0.056 0.092 0.211 0.338 0.054 0.007 0.194 28 K 0.016 0.037 0.057 0.377 0.433 0.020 0.006 0.053 29 S 0.011 0.020 0.049 0.180 0.277 0.024 0.005 0.434 30 F 0.013 0.009 0.119 0.369 0.397 0.015 0.005 0.073 31 Q 0.018 0.007 0.065 0.246 0.258 0.042 0.005 0.359 32 V 0.012 0.005 0.160 0.169 0.316 0.029 0.005 0.303 33 D 0.005 0.007 0.042 0.051 0.102 0.079 0.002 0.711 34 E 0.011 0.006 0.020 0.014 0.031 0.086 0.005 0.828 35 G 0.163 0.019 0.019 0.012 0.014 0.145 0.024 0.603 36 I 0.591 0.014 0.045 0.016 0.016 0.131 0.014 0.173 37 T 0.020 0.055 0.031 0.034 0.031 0.157 0.003 0.669 38 V 0.019 0.194 0.032 0.032 0.156 0.069 0.003 0.496 39 Q 0.015 0.299 0.018 0.014 0.046 0.206 0.004 0.398 40 T 0.027 0.443 0.003 0.003 0.007 0.245 0.005 0.268 41 A 0.007 0.961 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.027 42 I 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 43 T 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 44 Q 0.017 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.009 45 S 0.034 0.932 0.004 0.002 0.001 0.001 0.015 0.011 46 G 0.143 0.664 0.026 0.005 0.004 0.010 0.061 0.088 47 I 0.092 0.671 0.069 0.007 0.010 0.047 0.015 0.089 48 L 0.076 0.599 0.035 0.009 0.020 0.064 0.020 0.178 49 S 0.134 0.556 0.019 0.007 0.007 0.041 0.028 0.208 50 Q 0.183 0.354 0.055 0.006 0.008 0.046 0.104 0.243 51 F 0.280 0.269 0.055 0.028 0.029 0.031 0.027 0.282 52 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 53 E 0.016 0.014 0.018 0.032 0.073 0.091 0.006 0.751 54 I 0.511 0.031 0.068 0.022 0.030 0.048 0.012 0.279 55 D 0.090 0.080 0.043 0.077 0.073 0.121 0.009 0.507 56 L 0.095 0.046 0.089 0.042 0.080 0.054 0.007 0.587 57 S 0.052 0.029 0.028 0.026 0.050 0.502 0.010 0.303 58 T 0.295 0.032 0.021 0.019 0.029 0.235 0.036 0.334 59 N 0.230 0.151 0.080 0.057 0.040 0.152 0.038 0.252 60 K 0.092 0.031 0.215 0.066 0.087 0.129 0.032 0.348 61 I 0.025 0.022 0.224 0.149 0.170 0.048 0.006 0.356 62 G 0.019 0.008 0.282 0.199 0.310 0.044 0.009 0.129 63 I 0.016 0.005 0.246 0.133 0.165 0.037 0.003 0.395 64 F 0.007 0.003 0.416 0.151 0.281 0.037 0.005 0.099 65 S 0.024 0.004 0.118 0.066 0.149 0.099 0.009 0.531 66 R 0.027 0.002 0.432 0.168 0.139 0.043 0.007 0.182 67 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 68 I 0.010 0.001 0.233 0.102 0.286 0.076 0.004 0.289 69 K 0.019 0.002 0.034 0.048 0.046 0.097 0.002 0.751 70 L 0.041 0.006 0.056 0.038 0.175 0.080 0.005 0.599 71 T 0.055 0.008 0.041 0.026 0.049 0.285 0.004 0.532 72 D 0.139 0.020 0.034 0.045 0.044 0.211 0.016 0.492 73 V 0.103 0.046 0.032 0.037 0.058 0.102 0.010 0.612 74 L 0.098 0.086 0.100 0.122 0.238 0.091 0.016 0.249 75 K 0.050 0.128 0.044 0.125 0.182 0.172 0.018 0.282 76 E 0.051 0.102 0.035 0.056 0.108 0.058 0.033 0.557 77 G 0.124 0.055 0.033 0.055 0.041 0.058 0.160 0.473 78 D 0.674 0.003 0.021 0.021 0.016 0.077 0.066 0.123 79 R 0.065 0.002 0.138 0.122 0.123 0.158 0.008 0.385 80 I 0.021 0.002 0.036 0.283 0.530 0.055 0.002 0.072 81 E 0.016 0.001 0.111 0.341 0.442 0.022 0.001 0.067 82 I 0.002 0.001 0.051 0.382 0.431 0.014 0.001 0.118 83 Y 0.002 0.002 0.113 0.249 0.574 0.006 0.001 0.053 84 R 0.002 0.001 0.079 0.419 0.407 0.015 0.001 0.075 85 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 86 L 0.013 0.002 0.101 0.138 0.474 0.141 0.004 0.128 87 L 0.350 0.011 0.049 0.059 0.079 0.091 0.008 0.353 88 A 0.142 0.031 0.119 0.129 0.201 0.048 0.019 0.312 89 D 0.133 0.028 0.039 0.119 0.132 0.124 0.005 0.420 90 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 91 K 0.002 0.001 0.002 0.005 0.020 0.901 0.001 0.067 92 E 0.322 0.013 0.001 0.002 0.004 0.588 0.005 0.065 93 I 0.064 0.853 0.003 0.007 0.008 0.009 0.001 0.055 94 R 0.021 0.785 0.013 0.020 0.031 0.028 0.005 0.096 95 R 0.157 0.495 0.018 0.025 0.040 0.031 0.033 0.200 96 E 0.180 0.483 0.012 0.023 0.049 0.021 0.047 0.184 97 G 0.192 0.128 0.013 0.020 0.022 0.022 0.092 0.510