# TARGET T0361 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0361.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.8219 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.512 0.127 0.138 0.147 0.022 0.020 0.017 0.003 0.011 0.001 0.001 2 A 0.542 0.111 0.184 0.093 0.023 0.020 0.013 0.003 0.009 0.003 0.001 3 T 0.272 0.301 0.149 0.169 0.049 0.022 0.012 0.003 0.021 0.001 0.001 4 L 0.087 0.295 0.446 0.041 0.035 0.061 0.009 0.001 0.024 0.001 0.001 5 T 0.045 0.433 0.333 0.019 0.090 0.035 0.003 0.002 0.034 0.005 0.001 6 E 0.899 0.019 0.019 0.035 0.005 0.009 0.004 0.002 0.004 0.004 0.001 7 D 0.859 0.014 0.028 0.077 0.004 0.006 0.006 0.002 0.003 0.001 0.001 8 D 0.851 0.006 0.015 0.069 0.004 0.013 0.030 0.006 0.005 0.001 0.001 9 V 0.960 0.009 0.006 0.021 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 L 0.954 0.016 0.009 0.016 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 E 0.963 0.013 0.009 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 Q 0.926 0.005 0.013 0.050 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 L 0.851 0.014 0.038 0.084 0.001 0.007 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 14 D 0.684 0.012 0.040 0.220 0.004 0.016 0.014 0.003 0.006 0.001 0.001 15 A 0.623 0.031 0.055 0.240 0.012 0.010 0.011 0.005 0.007 0.005 0.001 16 Q 0.791 0.022 0.085 0.061 0.011 0.009 0.005 0.004 0.004 0.008 0.001 17 D 0.877 0.004 0.020 0.067 0.004 0.013 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 18 N 0.723 0.020 0.030 0.146 0.011 0.035 0.006 0.002 0.025 0.002 0.001 19 L 0.990 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 F 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 S 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 F 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 M 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 H 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 S 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 L 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 L 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 Q 0.967 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 G 0.981 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.003 0.001 34 I 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 R 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 Q 0.981 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 F 0.780 0.001 0.002 0.213 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 L 0.862 0.011 0.049 0.009 0.001 0.008 0.023 0.003 0.032 0.002 0.001 39 P 0.959 0.001 0.029 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 S 0.892 0.009 0.018 0.052 0.012 0.003 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 41 L 0.875 0.017 0.010 0.093 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 F 0.682 0.079 0.053 0.093 0.014 0.037 0.022 0.002 0.015 0.002 0.001 43 V 0.624 0.187 0.069 0.074 0.007 0.020 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 44 D 0.577 0.049 0.137 0.136 0.026 0.030 0.025 0.006 0.010 0.003 0.001 45 N 0.144 0.130 0.190 0.209 0.037 0.132 0.046 0.002 0.107 0.002 0.001 46 D 0.380 0.057 0.183 0.129 0.018 0.129 0.028 0.006 0.064 0.004 0.002 47 E 0.955 0.004 0.013 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 E 0.980 0.001 0.005 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 I 0.989 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 V 0.993 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 E 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 Y 0.992 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 A 0.985 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 V 0.974 0.004 0.003 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 K 0.985 0.002 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 P 0.991 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 L 0.957 0.001 0.002 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 L 0.908 0.007 0.030 0.045 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 59 A 0.696 0.019 0.046 0.213 0.005 0.008 0.007 0.003 0.004 0.001 0.001 60 Q 0.346 0.076 0.167 0.281 0.024 0.017 0.065 0.008 0.013 0.003 0.001 61 S 0.231 0.062 0.132 0.451 0.017 0.028 0.046 0.013 0.017 0.002 0.001 62 G 0.026 0.073 0.332 0.005 0.212 0.005 0.018 0.035 0.036 0.258 0.001 63 P 0.249 0.013 0.436 0.072 0.003 0.096 0.005 0.001 0.004 0.002 0.120 64 L 0.286 0.122 0.285 0.197 0.022 0.047 0.015 0.009 0.015 0.002 0.001 65 D 0.470 0.176 0.145 0.108 0.052 0.011 0.013 0.006 0.011 0.007 0.001 66 D 0.367 0.136 0.205 0.193 0.021 0.040 0.012 0.005 0.015 0.002 0.003 67 I 0.088 0.529 0.283 0.015 0.039 0.022 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 68 D 0.216 0.137 0.465 0.008 0.009 0.135 0.003 0.001 0.022 0.001 0.002 69 V 0.899 0.060 0.015 0.009 0.004 0.007 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 70 A 0.934 0.030 0.018 0.006 0.001 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 71 L 0.969 0.010 0.009 0.007 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 R 0.977 0.009 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 L 0.992 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 I 0.987 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 Y 0.952 0.007 0.003 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 A 0.936 0.014 0.012 0.024 0.003 0.002 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 77 L 0.637 0.010 0.056 0.283 0.002 0.006 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 78 G 0.211 0.014 0.049 0.090 0.066 0.004 0.138 0.381 0.003 0.045 0.001 79 K 0.311 0.199 0.200 0.142 0.043 0.054 0.028 0.003 0.015 0.004 0.001 80 M 0.085 0.360 0.404 0.036 0.020 0.055 0.007 0.001 0.031 0.001 0.001 81 D 0.071 0.075 0.693 0.011 0.017 0.103 0.004 0.001 0.022 0.002 0.001 82 K 0.967 0.004 0.003 0.019 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 83 W 0.944 0.004 0.009 0.036 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 84 L 0.863 0.009 0.014 0.102 0.001 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 85 Y 0.899 0.016 0.025 0.041 0.004 0.006 0.005 0.001 0.002 0.002 0.001 86 A 0.938 0.007 0.022 0.024 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 D 0.714 0.013 0.039 0.142 0.008 0.044 0.004 0.001 0.034 0.001 0.001 88 I 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 T 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 H 0.982 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 F 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 S 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 Q 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 Y 0.982 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 W 0.991 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 H 0.985 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 Y 0.957 0.002 0.004 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 L 0.798 0.012 0.019 0.162 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 99 N 0.605 0.034 0.056 0.188 0.010 0.036 0.048 0.007 0.012 0.003 0.001 100 E 0.468 0.118 0.104 0.244 0.022 0.014 0.012 0.005 0.012 0.002 0.001 101 Q 0.335 0.114 0.216 0.203 0.024 0.029 0.022 0.005 0.047 0.004 0.001 102 D 0.407 0.029 0.162 0.211 0.019 0.038 0.092 0.026 0.006 0.009 0.001 103 E 0.235 0.137 0.148 0.319 0.054 0.028 0.043 0.015 0.016 0.005 0.001 104 T 0.027 0.268 0.447 0.007 0.018 0.019 0.011 0.001 0.202 0.001 0.001 105 P 0.104 0.005 0.855 0.005 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 106 G 0.220 0.089 0.156 0.081 0.140 0.017 0.026 0.195 0.009 0.067 0.001 107 F 0.218 0.166 0.274 0.139 0.089 0.038 0.023 0.010 0.028 0.012 0.001 108 A 0.467 0.116 0.152 0.183 0.032 0.018 0.008 0.004 0.011 0.009 0.001 109 D 0.406 0.107 0.201 0.094 0.075 0.060 0.023 0.004 0.023 0.006 0.001 110 D 0.790 0.018 0.036 0.109 0.007 0.019 0.010 0.004 0.006 0.001 0.001 111 I 0.741 0.080 0.049 0.087 0.013 0.013 0.004 0.002 0.011 0.001 0.001 112 T 0.779 0.072 0.031 0.083 0.005 0.017 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 113 W 0.756 0.074 0.059 0.043 0.016 0.024 0.011 0.002 0.013 0.002 0.001 114 D 0.766 0.037 0.043 0.063 0.021 0.029 0.022 0.005 0.013 0.001 0.001 115 F 0.885 0.014 0.011 0.070 0.003 0.008 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 116 I 0.785 0.048 0.046 0.095 0.003 0.014 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 117 S 0.911 0.009 0.023 0.041 0.004 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 118 N 0.471 0.012 0.011 0.316 0.012 0.014 0.105 0.044 0.013 0.002 0.001 119 V 0.434 0.252 0.227 0.047 0.006 0.022 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 120 N 0.741 0.077 0.049 0.059 0.007 0.027 0.020 0.002 0.016 0.001 0.001 121 S 0.704 0.147 0.062 0.035 0.031 0.009 0.003 0.002 0.005 0.001 0.001 122 I 0.732 0.141 0.032 0.061 0.013 0.011 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 123 T 0.533 0.204 0.080 0.102 0.035 0.021 0.004 0.001 0.017 0.002 0.001 124 R 0.554 0.118 0.126 0.091 0.029 0.032 0.027 0.004 0.015 0.002 0.001 125 N 0.265 0.084 0.108 0.318 0.022 0.054 0.082 0.007 0.057 0.003 0.001 126 A 0.482 0.083 0.223 0.057 0.045 0.028 0.037 0.011 0.023 0.009 0.002 127 T 0.617 0.065 0.156 0.095 0.017 0.028 0.007 0.003 0.007 0.004 0.002 128 L 0.589 0.057 0.094 0.179 0.007 0.036 0.011 0.004 0.020 0.003 0.001 129 Y 0.683 0.053 0.111 0.072 0.013 0.025 0.017 0.006 0.014 0.005 0.001 130 D 0.846 0.015 0.040 0.038 0.007 0.013 0.029 0.006 0.004 0.002 0.001 131 A 0.929 0.006 0.017 0.034 0.003 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 132 L 0.884 0.012 0.017 0.075 0.002 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 133 K 0.928 0.013 0.019 0.028 0.002 0.004 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 134 A 0.844 0.015 0.027 0.094 0.005 0.004 0.004 0.002 0.004 0.001 0.001 135 M 0.528 0.035 0.170 0.197 0.008 0.023 0.024 0.003 0.011 0.001 0.001 136 K 0.568 0.047 0.098 0.165 0.015 0.021 0.054 0.013 0.013 0.005 0.001 137 F 0.418 0.070 0.202 0.190 0.017 0.048 0.024 0.007 0.019 0.005 0.001 138 A 0.801 0.026 0.073 0.058 0.009 0.005 0.016 0.005 0.003 0.003 0.001 139 D 0.705 0.025 0.070 0.139 0.008 0.027 0.012 0.004 0.007 0.001 0.001 140 F 0.780 0.065 0.062 0.064 0.007 0.012 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 141 A 0.893 0.038 0.027 0.027 0.005 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 142 V 0.845 0.079 0.032 0.027 0.006 0.007 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 143 W 0.861 0.046 0.030 0.045 0.005 0.006 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 144 S 0.893 0.034 0.034 0.017 0.005 0.009 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 145 E 0.961 0.010 0.010 0.013 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 146 A 0.942 0.008 0.015 0.026 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 147 R 0.903 0.015 0.013 0.058 0.002 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 148 F 0.860 0.022 0.023 0.066 0.003 0.008 0.010 0.001 0.005 0.002 0.001 149 S 0.754 0.013 0.041 0.166 0.005 0.002 0.013 0.003 0.001 0.003 0.001 150 G 0.366 0.004 0.013 0.057 0.013 0.003 0.201 0.328 0.002 0.014 0.001 151 M 0.811 0.053 0.050 0.064 0.005 0.011 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 152 V 0.698 0.166 0.082 0.016 0.006 0.021 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 153 K 0.956 0.012 0.016 0.010 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 154 T 0.971 0.012 0.005 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 155 A 0.990 0.004 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 156 L 0.996 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 157 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 158 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 159 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 160 V 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 161 T 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 162 T 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 163 T 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 164 L 0.986 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 165 K 0.984 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 166 E 0.847 0.002 0.006 0.140 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 167 L 0.513 0.035 0.137 0.288 0.002 0.015 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 168 T 0.105 0.127 0.446 0.010 0.036 0.028 0.027 0.003 0.198 0.019 0.001 169 P 0.717 0.002 0.230 0.028 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014