# TARGET T0361 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0361.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.29976 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.040 0.007 0.007 0.009 0.112 0.825 2 A 0.158 0.019 0.012 0.021 0.125 0.665 3 T 0.184 0.023 0.019 0.020 0.151 0.603 4 L 0.155 0.066 0.019 0.046 0.147 0.567 5 T 0.199 0.051 0.028 0.132 0.362 0.228 6 E 0.092 0.009 0.036 0.484 0.261 0.118 7 D 0.028 0.004 0.025 0.541 0.298 0.104 8 D 0.080 0.017 0.026 0.594 0.226 0.056 9 V 0.110 0.019 0.030 0.643 0.098 0.100 10 L 0.077 0.010 0.079 0.697 0.084 0.053 11 E 0.064 0.004 0.118 0.661 0.104 0.049 12 Q 0.052 0.007 0.074 0.682 0.111 0.074 13 L 0.011 0.005 0.049 0.584 0.162 0.190 14 D 0.004 0.005 0.023 0.456 0.179 0.334 15 A 0.001 0.001 0.050 0.779 0.095 0.075 16 Q 0.004 0.003 0.079 0.651 0.171 0.093 17 D 0.005 0.006 0.057 0.680 0.169 0.084 18 N 0.007 0.006 0.029 0.657 0.082 0.219 19 L 0.001 0.001 0.006 0.978 0.006 0.009 20 F 0.001 0.001 0.003 0.990 0.003 0.004 21 S 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 22 F 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 23 M 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 24 K 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 25 T 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 26 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 27 H 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 28 S 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 29 I 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 30 L 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 31 L 0.001 0.001 0.006 0.989 0.003 0.002 32 Q 0.001 0.001 0.005 0.988 0.004 0.003 33 G 0.001 0.001 0.008 0.966 0.007 0.019 34 I 0.001 0.001 0.019 0.957 0.010 0.013 35 R 0.002 0.001 0.048 0.894 0.037 0.018 36 Q 0.003 0.001 0.035 0.872 0.051 0.039 37 F 0.007 0.007 0.037 0.761 0.086 0.102 38 L 0.019 0.008 0.063 0.374 0.293 0.244 39 P 0.014 0.001 0.206 0.345 0.276 0.159 40 S 0.074 0.002 0.173 0.528 0.143 0.079 41 L 0.212 0.006 0.058 0.619 0.062 0.042 42 F 0.434 0.014 0.022 0.406 0.052 0.071 43 V 0.503 0.015 0.018 0.271 0.118 0.075 44 D 0.288 0.014 0.020 0.185 0.313 0.180 45 N 0.072 0.011 0.025 0.122 0.388 0.382 46 D 0.020 0.011 0.019 0.124 0.353 0.473 47 E 0.012 0.003 0.045 0.699 0.150 0.091 48 E 0.022 0.003 0.036 0.848 0.075 0.016 49 I 0.063 0.004 0.029 0.816 0.072 0.015 50 V 0.070 0.002 0.017 0.874 0.026 0.011 51 E 0.104 0.001 0.015 0.858 0.016 0.007 52 Y 0.160 0.001 0.018 0.781 0.025 0.015 53 A 0.234 0.005 0.012 0.640 0.041 0.067 54 V 0.146 0.015 0.007 0.699 0.029 0.103 55 K 0.136 0.004 0.021 0.550 0.090 0.199 56 P 0.065 0.002 0.060 0.624 0.126 0.123 57 L 0.086 0.021 0.088 0.491 0.151 0.162 58 L 0.073 0.055 0.062 0.465 0.218 0.127 59 A 0.074 0.018 0.077 0.247 0.378 0.206 60 Q 0.042 0.007 0.048 0.089 0.552 0.262 61 S 0.038 0.009 0.031 0.067 0.562 0.293 62 G 0.049 0.014 0.008 0.004 0.473 0.452 63 P 0.065 0.026 0.021 0.007 0.370 0.510 64 L 0.055 0.021 0.327 0.049 0.419 0.128 65 D 0.093 0.007 0.302 0.057 0.389 0.152 66 D 0.166 0.005 0.324 0.097 0.245 0.163 67 I 0.385 0.020 0.046 0.185 0.120 0.244 68 D 0.387 0.008 0.011 0.241 0.042 0.312 69 V 0.592 0.005 0.005 0.318 0.013 0.067 70 A 0.564 0.002 0.003 0.380 0.010 0.042 71 L 0.688 0.002 0.003 0.257 0.016 0.034 72 R 0.661 0.003 0.012 0.246 0.040 0.039 73 L 0.513 0.004 0.053 0.313 0.080 0.037 74 I 0.368 0.004 0.107 0.383 0.109 0.029 75 Y 0.230 0.004 0.167 0.437 0.130 0.031 76 A 0.094 0.005 0.061 0.639 0.115 0.086 77 L 0.046 0.005 0.062 0.479 0.146 0.263 78 G 0.076 0.007 0.053 0.254 0.201 0.410 79 K 0.161 0.015 0.049 0.200 0.158 0.416 80 M 0.150 0.044 0.021 0.202 0.151 0.432 81 D 0.078 0.013 0.011 0.202 0.107 0.589 82 K 0.003 0.001 0.048 0.905 0.025 0.018 83 W 0.004 0.001 0.036 0.937 0.016 0.007 84 L 0.005 0.001 0.032 0.947 0.011 0.005 85 Y 0.004 0.001 0.011 0.970 0.007 0.007 86 A 0.003 0.001 0.013 0.958 0.013 0.013 87 D 0.002 0.001 0.009 0.961 0.010 0.017 88 I 0.001 0.001 0.003 0.990 0.003 0.004 89 T 0.001 0.001 0.003 0.993 0.002 0.002 90 H 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.002 91 F 0.001 0.001 0.002 0.992 0.003 0.002 92 S 0.001 0.001 0.003 0.988 0.004 0.003 93 Q 0.001 0.001 0.004 0.987 0.005 0.003 94 Y 0.001 0.001 0.003 0.987 0.004 0.005 95 W 0.001 0.001 0.006 0.984 0.004 0.005 96 H 0.001 0.001 0.008 0.982 0.005 0.004 97 Y 0.001 0.001 0.007 0.975 0.007 0.009 98 L 0.001 0.001 0.012 0.911 0.025 0.049 99 N 0.004 0.005 0.030 0.577 0.165 0.219 100 E 0.005 0.005 0.057 0.341 0.349 0.243 101 Q 0.007 0.005 0.039 0.082 0.609 0.257 102 D 0.008 0.004 0.043 0.025 0.658 0.262 103 E 0.021 0.025 0.039 0.028 0.540 0.346 104 T 0.039 0.027 0.028 0.016 0.585 0.306 105 P 0.049 0.022 0.051 0.021 0.527 0.329 106 G 0.084 0.036 0.051 0.030 0.516 0.283 107 F 0.126 0.059 0.043 0.043 0.522 0.207 108 A 0.132 0.054 0.016 0.056 0.396 0.346 109 D 0.094 0.015 0.015 0.080 0.422 0.374 110 D 0.064 0.004 0.058 0.374 0.349 0.150 111 I 0.217 0.021 0.071 0.397 0.190 0.104 112 T 0.302 0.019 0.059 0.487 0.084 0.049 113 W 0.229 0.013 0.039 0.553 0.081 0.085 114 D 0.198 0.009 0.057 0.462 0.149 0.125 115 F 0.092 0.007 0.152 0.548 0.120 0.080 116 I 0.051 0.009 0.183 0.543 0.164 0.050 117 S 0.037 0.004 0.277 0.452 0.175 0.054 118 N 0.079 0.005 0.182 0.389 0.216 0.129 119 V 0.215 0.016 0.041 0.313 0.214 0.201 120 N 0.292 0.009 0.028 0.229 0.151 0.291 121 S 0.479 0.010 0.039 0.183 0.120 0.169 122 I 0.521 0.010 0.037 0.201 0.111 0.119 123 T 0.373 0.015 0.035 0.284 0.138 0.156 124 R 0.173 0.016 0.021 0.338 0.161 0.290 125 N 0.059 0.008 0.018 0.191 0.194 0.530 126 A 0.045 0.007 0.054 0.347 0.227 0.320 127 T 0.056 0.017 0.052 0.405 0.196 0.273 128 L 0.038 0.009 0.055 0.636 0.124 0.138 129 Y 0.023 0.006 0.043 0.754 0.071 0.102 130 D 0.015 0.002 0.060 0.765 0.089 0.069 131 A 0.007 0.002 0.075 0.828 0.056 0.031 132 L 0.008 0.003 0.054 0.841 0.059 0.036 133 K 0.008 0.003 0.073 0.766 0.088 0.062 134 A 0.009 0.002 0.065 0.630 0.143 0.151 135 M 0.016 0.012 0.052 0.486 0.229 0.205 136 K 0.012 0.011 0.042 0.504 0.204 0.228 137 F 0.009 0.006 0.042 0.278 0.340 0.325 138 A 0.006 0.003 0.071 0.459 0.267 0.194 139 D 0.015 0.005 0.060 0.509 0.189 0.222 140 F 0.012 0.003 0.022 0.882 0.042 0.039 141 A 0.025 0.002 0.010 0.901 0.028 0.034 142 V 0.053 0.003 0.010 0.897 0.021 0.016 143 W 0.058 0.003 0.010 0.883 0.028 0.018 144 S 0.035 0.002 0.014 0.902 0.026 0.021 145 E 0.018 0.001 0.025 0.913 0.026 0.018 146 A 0.012 0.002 0.023 0.905 0.032 0.027 147 R 0.009 0.003 0.025 0.864 0.043 0.057 148 F 0.011 0.003 0.024 0.859 0.058 0.045 149 S 0.010 0.001 0.021 0.789 0.112 0.067 150 G 0.029 0.002 0.024 0.681 0.152 0.113 151 M 0.150 0.008 0.015 0.703 0.050 0.073 152 V 0.236 0.005 0.011 0.698 0.015 0.035 153 K 0.113 0.002 0.009 0.839 0.012 0.025 154 T 0.025 0.001 0.007 0.952 0.005 0.011 155 A 0.009 0.001 0.009 0.971 0.004 0.008 156 L 0.005 0.001 0.009 0.980 0.003 0.003 157 T 0.002 0.001 0.004 0.990 0.002 0.001 158 L 0.003 0.001 0.004 0.989 0.003 0.001 159 A 0.001 0.001 0.003 0.993 0.002 0.001 160 V 0.001 0.001 0.006 0.988 0.003 0.001 161 T 0.002 0.001 0.007 0.987 0.003 0.001 162 T 0.002 0.001 0.006 0.987 0.003 0.001 163 T 0.001 0.001 0.006 0.983 0.003 0.006 164 L 0.001 0.001 0.008 0.983 0.004 0.005 165 K 0.001 0.001 0.012 0.975 0.007 0.006 166 E 0.002 0.001 0.008 0.934 0.012 0.043 167 L 0.002 0.005 0.005 0.685 0.029 0.274 168 T 0.002 0.002 0.001 0.023 0.038 0.934 169 P 0.001 0.001 0.001 0.003 0.029 0.966