# TARGET T0361 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0361.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.29976 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.069 0.019 0.014 0.017 0.012 0.017 0.024 0.003 0.001 0.003 0.822 2 A 0.030 0.009 0.009 0.023 0.024 0.039 0.087 0.002 0.001 0.004 0.772 3 T 0.114 0.008 0.005 0.019 0.016 0.027 0.122 0.002 0.001 0.007 0.679 4 L 0.161 0.022 0.006 0.037 0.018 0.029 0.112 0.003 0.001 0.007 0.606 5 T 0.115 0.023 0.006 0.045 0.024 0.037 0.309 0.002 0.001 0.011 0.427 6 E 0.081 0.021 0.006 0.027 0.008 0.016 0.184 0.001 0.001 0.010 0.645 7 D 0.085 0.045 0.003 0.028 0.009 0.013 0.305 0.003 0.001 0.018 0.493 8 D 0.070 0.044 0.002 0.005 0.003 0.003 0.453 0.002 0.001 0.021 0.397 9 V 0.031 0.240 0.004 0.008 0.005 0.010 0.407 0.002 0.001 0.012 0.281 10 L 0.035 0.600 0.002 0.014 0.019 0.043 0.152 0.006 0.001 0.012 0.116 11 E 0.032 0.830 0.001 0.005 0.007 0.025 0.033 0.007 0.001 0.003 0.057 12 Q 0.074 0.832 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 0.070 13 L 0.086 0.872 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.025 14 D 0.057 0.643 0.016 0.003 0.004 0.007 0.024 0.044 0.001 0.001 0.200 15 A 0.114 0.391 0.048 0.007 0.005 0.007 0.058 0.053 0.001 0.002 0.314 16 Q 0.264 0.443 0.016 0.007 0.002 0.004 0.078 0.025 0.001 0.004 0.157 17 D 0.105 0.349 0.016 0.009 0.002 0.003 0.120 0.015 0.001 0.007 0.375 18 N 0.049 0.349 0.015 0.003 0.001 0.001 0.084 0.004 0.001 0.002 0.492 19 L 0.066 0.573 0.005 0.004 0.002 0.005 0.083 0.005 0.001 0.004 0.253 20 F 0.025 0.813 0.002 0.005 0.002 0.006 0.032 0.005 0.001 0.002 0.109 21 S 0.021 0.830 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.004 0.001 0.001 0.129 22 F 0.019 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.022 23 M 0.014 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.010 24 K 0.007 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.017 25 T 0.012 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.019 26 A 0.011 0.972 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.010 27 H 0.003 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.009 28 S 0.005 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.023 29 I 0.010 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.014 30 L 0.007 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 31 L 0.005 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.009 32 Q 0.011 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.026 33 G 0.026 0.916 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.042 34 I 0.012 0.974 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 35 R 0.003 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.030 36 Q 0.088 0.868 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.001 0.001 0.024 37 F 0.179 0.770 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.021 38 L 0.109 0.634 0.080 0.004 0.005 0.006 0.005 0.033 0.001 0.001 0.122 39 P 0.011 0.020 0.015 0.007 0.002 0.005 0.001 0.008 0.001 0.001 0.930 40 S 0.091 0.016 0.006 0.054 0.021 0.044 0.029 0.029 0.001 0.001 0.709 41 L 0.685 0.015 0.013 0.057 0.022 0.012 0.013 0.016 0.001 0.002 0.166 42 F 0.087 0.028 0.019 0.181 0.054 0.072 0.041 0.005 0.001 0.002 0.511 43 V 0.009 0.003 0.004 0.193 0.093 0.162 0.090 0.001 0.001 0.001 0.444 44 D 0.029 0.002 0.001 0.137 0.045 0.095 0.128 0.001 0.001 0.004 0.559 45 N 0.015 0.002 0.003 0.047 0.020 0.034 0.128 0.001 0.001 0.006 0.744 46 D 0.029 0.002 0.001 0.021 0.007 0.011 0.413 0.001 0.001 0.013 0.503 47 E 0.104 0.005 0.001 0.015 0.004 0.005 0.245 0.001 0.001 0.024 0.597 48 E 0.064 0.024 0.001 0.010 0.006 0.006 0.431 0.001 0.001 0.012 0.446 49 I 0.057 0.083 0.002 0.009 0.015 0.039 0.437 0.001 0.001 0.012 0.345 50 V 0.033 0.456 0.001 0.021 0.063 0.137 0.056 0.001 0.001 0.002 0.229 51 E 0.037 0.531 0.001 0.003 0.025 0.057 0.020 0.001 0.001 0.001 0.324 52 Y 0.093 0.608 0.002 0.003 0.028 0.048 0.006 0.008 0.001 0.001 0.203 53 A 0.155 0.561 0.004 0.006 0.022 0.022 0.007 0.028 0.001 0.001 0.193 54 V 0.117 0.545 0.040 0.021 0.025 0.067 0.019 0.031 0.001 0.003 0.132 55 K 0.075 0.215 0.037 0.052 0.035 0.111 0.046 0.024 0.001 0.001 0.404 56 P 0.002 0.004 0.002 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.983 57 L 0.027 0.019 0.002 0.036 0.016 0.047 0.165 0.002 0.001 0.003 0.684 58 L 0.302 0.073 0.003 0.021 0.011 0.014 0.063 0.002 0.001 0.002 0.508 59 A 0.150 0.373 0.001 0.034 0.016 0.021 0.049 0.006 0.001 0.003 0.349 60 Q 0.301 0.150 0.006 0.006 0.004 0.011 0.071 0.002 0.001 0.006 0.443 61 S 0.344 0.142 0.009 0.016 0.013 0.018 0.078 0.012 0.001 0.005 0.364 62 G 0.215 0.063 0.033 0.027 0.022 0.026 0.070 0.009 0.001 0.005 0.530 63 P 0.009 0.003 0.007 0.003 0.003 0.003 0.013 0.001 0.001 0.001 0.957 64 L 0.041 0.011 0.008 0.037 0.018 0.060 0.097 0.001 0.001 0.004 0.723 65 D 0.051 0.012 0.001 0.024 0.008 0.017 0.057 0.001 0.001 0.001 0.829 66 D 0.143 0.045 0.001 0.045 0.013 0.022 0.055 0.002 0.001 0.005 0.669 67 I 0.221 0.086 0.007 0.046 0.015 0.031 0.164 0.001 0.001 0.008 0.421 68 D 0.045 0.142 0.004 0.067 0.015 0.029 0.202 0.002 0.001 0.003 0.492 69 V 0.032 0.306 0.003 0.025 0.013 0.014 0.056 0.001 0.001 0.002 0.548 70 A 0.010 0.641 0.002 0.017 0.017 0.070 0.107 0.001 0.001 0.006 0.129 71 L 0.010 0.852 0.002 0.006 0.011 0.023 0.020 0.003 0.001 0.001 0.073 72 R 0.006 0.962 0.001 0.002 0.003 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.019 73 L 0.002 0.977 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.014 74 I 0.015 0.971 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 75 Y 0.003 0.966 0.001 0.003 0.003 0.007 0.001 0.013 0.001 0.001 0.003 76 A 0.064 0.863 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 0.040 77 L 0.052 0.747 0.089 0.004 0.008 0.009 0.008 0.035 0.001 0.001 0.047 78 G 0.208 0.192 0.028 0.014 0.009 0.011 0.025 0.213 0.001 0.009 0.293 79 K 0.038 0.016 0.883 0.003 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.049 80 M 0.020 0.089 0.020 0.135 0.052 0.089 0.138 0.009 0.001 0.003 0.445 81 D 0.047 0.057 0.010 0.145 0.019 0.037 0.084 0.003 0.001 0.004 0.595 82 K 0.018 0.101 0.002 0.039 0.006 0.008 0.063 0.001 0.001 0.002 0.760 83 W 0.060 0.109 0.003 0.020 0.007 0.017 0.392 0.003 0.001 0.018 0.371 84 L 0.157 0.294 0.006 0.024 0.009 0.016 0.221 0.006 0.001 0.009 0.258 85 Y 0.058 0.752 0.003 0.011 0.005 0.008 0.030 0.003 0.001 0.003 0.127 86 A 0.019 0.764 0.003 0.002 0.001 0.003 0.015 0.002 0.001 0.001 0.189 87 D 0.043 0.752 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.010 0.001 0.001 0.179 88 I 0.057 0.880 0.004 0.001 0.001 0.001 0.008 0.006 0.001 0.001 0.041 89 T 0.008 0.910 0.004 0.001 0.001 0.001 0.013 0.003 0.001 0.001 0.060 90 H 0.012 0.901 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.009 0.001 0.001 0.065 91 F 0.012 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 92 S 0.003 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.012 93 Q 0.011 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.014 94 Y 0.008 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.009 95 W 0.006 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.007 96 H 0.014 0.944 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.028 97 Y 0.047 0.911 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.023 98 L 0.080 0.861 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.029 99 N 0.063 0.719 0.028 0.005 0.006 0.009 0.008 0.047 0.001 0.001 0.114 100 E 0.157 0.422 0.031 0.010 0.009 0.011 0.019 0.048 0.001 0.001 0.292 101 Q 0.311 0.197 0.024 0.013 0.008 0.008 0.064 0.041 0.001 0.004 0.331 102 D 0.118 0.046 0.040 0.017 0.005 0.008 0.091 0.017 0.001 0.007 0.651 103 E 0.093 0.029 0.048 0.037 0.013 0.018 0.217 0.009 0.001 0.013 0.522 104 T 0.262 0.017 0.010 0.018 0.011 0.014 0.262 0.004 0.001 0.015 0.387 105 P 0.012 0.003 0.004 0.007 0.002 0.003 0.015 0.001 0.001 0.001 0.953 106 G 0.024 0.005 0.001 0.020 0.016 0.028 0.339 0.001 0.001 0.008 0.559 107 F 0.348 0.017 0.004 0.029 0.025 0.045 0.169 0.002 0.001 0.033 0.329 108 A 0.126 0.114 0.003 0.081 0.062 0.109 0.114 0.004 0.001 0.009 0.378 109 D 0.081 0.051 0.003 0.036 0.034 0.053 0.142 0.003 0.001 0.008 0.590 110 D 0.105 0.060 0.004 0.039 0.016 0.029 0.062 0.003 0.001 0.008 0.673 111 I 0.102 0.075 0.008 0.051 0.056 0.076 0.295 0.008 0.001 0.015 0.313 112 T 0.144 0.160 0.020 0.073 0.064 0.109 0.172 0.005 0.001 0.010 0.244 113 W 0.056 0.252 0.005 0.122 0.101 0.159 0.050 0.004 0.001 0.004 0.247 114 D 0.047 0.161 0.005 0.024 0.028 0.064 0.078 0.002 0.001 0.003 0.588 115 F 0.047 0.117 0.005 0.015 0.018 0.028 0.027 0.003 0.001 0.002 0.738 116 I 0.101 0.280 0.008 0.039 0.024 0.090 0.125 0.008 0.001 0.014 0.310 117 S 0.097 0.261 0.007 0.023 0.022 0.051 0.115 0.012 0.001 0.007 0.405 118 N 0.163 0.460 0.003 0.011 0.010 0.011 0.027 0.013 0.001 0.002 0.301 119 V 0.128 0.625 0.011 0.007 0.007 0.012 0.024 0.005 0.001 0.004 0.178 120 N 0.029 0.582 0.007 0.009 0.019 0.023 0.082 0.007 0.001 0.003 0.240 121 S 0.052 0.571 0.008 0.006 0.013 0.020 0.071 0.006 0.001 0.002 0.249 122 I 0.044 0.761 0.004 0.010 0.021 0.032 0.032 0.008 0.001 0.002 0.086 123 T 0.085 0.647 0.007 0.009 0.018 0.036 0.060 0.019 0.001 0.006 0.113 124 R 0.114 0.631 0.021 0.009 0.015 0.024 0.022 0.029 0.001 0.002 0.132 125 N 0.241 0.439 0.013 0.010 0.009 0.013 0.019 0.052 0.001 0.004 0.200 126 A 0.126 0.144 0.069 0.007 0.004 0.006 0.027 0.014 0.001 0.003 0.599 127 T 0.056 0.062 0.022 0.019 0.011 0.017 0.101 0.015 0.001 0.004 0.693 128 L 0.248 0.059 0.019 0.023 0.009 0.015 0.151 0.010 0.001 0.009 0.457 129 Y 0.098 0.119 0.008 0.027 0.008 0.015 0.091 0.003 0.001 0.005 0.625 130 D 0.047 0.116 0.003 0.013 0.006 0.010 0.147 0.001 0.001 0.003 0.653 131 A 0.078 0.163 0.002 0.007 0.004 0.006 0.106 0.002 0.001 0.003 0.630 132 L 0.116 0.442 0.003 0.014 0.012 0.023 0.101 0.006 0.001 0.007 0.276 133 K 0.125 0.521 0.006 0.005 0.006 0.016 0.091 0.005 0.001 0.005 0.221 134 A 0.086 0.625 0.002 0.003 0.003 0.005 0.012 0.007 0.001 0.001 0.258 135 M 0.136 0.588 0.003 0.002 0.003 0.003 0.007 0.012 0.001 0.001 0.245 136 K 0.168 0.514 0.011 0.002 0.003 0.005 0.034 0.018 0.001 0.003 0.243 137 F 0.217 0.434 0.021 0.005 0.005 0.010 0.025 0.038 0.001 0.003 0.243 138 A 0.143 0.355 0.026 0.009 0.005 0.007 0.027 0.014 0.001 0.002 0.412 139 D 0.086 0.187 0.007 0.010 0.009 0.008 0.079 0.014 0.001 0.002 0.596 140 F 0.107 0.253 0.023 0.017 0.006 0.011 0.051 0.005 0.001 0.004 0.524 141 A 0.042 0.369 0.007 0.045 0.019 0.028 0.193 0.006 0.001 0.004 0.286 142 V 0.078 0.441 0.006 0.021 0.010 0.025 0.135 0.005 0.001 0.005 0.275 143 W 0.034 0.793 0.003 0.024 0.012 0.022 0.016 0.004 0.001 0.001 0.091 144 S 0.017 0.764 0.001 0.005 0.005 0.007 0.019 0.003 0.001 0.001 0.176 145 E 0.033 0.786 0.002 0.003 0.004 0.007 0.020 0.007 0.001 0.001 0.136 146 A 0.072 0.755 0.004 0.003 0.004 0.005 0.022 0.016 0.001 0.002 0.118 147 R 0.054 0.838 0.009 0.002 0.002 0.004 0.019 0.008 0.001 0.002 0.061 148 F 0.037 0.844 0.012 0.002 0.002 0.005 0.007 0.007 0.001 0.001 0.083 149 S 0.026 0.839 0.003 0.003 0.003 0.004 0.006 0.012 0.001 0.001 0.104 150 G 0.137 0.526 0.004 0.003 0.003 0.002 0.013 0.053 0.001 0.002 0.257 151 M 0.146 0.640 0.096 0.002 0.001 0.002 0.016 0.004 0.001 0.001 0.091 152 V 0.019 0.726 0.010 0.014 0.011 0.017 0.040 0.014 0.001 0.001 0.148 153 K 0.028 0.734 0.005 0.012 0.007 0.016 0.023 0.005 0.001 0.002 0.168 154 T 0.030 0.758 0.003 0.003 0.002 0.004 0.015 0.007 0.001 0.001 0.176 155 A 0.044 0.818 0.005 0.005 0.004 0.006 0.018 0.013 0.001 0.002 0.084 156 L 0.027 0.870 0.014 0.005 0.005 0.009 0.016 0.006 0.001 0.002 0.047 157 T 0.005 0.947 0.003 0.003 0.004 0.007 0.008 0.003 0.001 0.001 0.019 158 L 0.004 0.960 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.023 159 A 0.013 0.949 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.025 160 V 0.006 0.963 0.005 0.002 0.002 0.005 0.004 0.005 0.001 0.001 0.007 161 T 0.006 0.972 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.011 162 T 0.009 0.942 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.037 163 T 0.020 0.936 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.030 164 L 0.024 0.928 0.013 0.001 0.001 0.002 0.004 0.006 0.001 0.001 0.020 165 K 0.014 0.941 0.005 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.001 0.001 0.027 166 E 0.087 0.800 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.001 0.001 0.069 167 L 0.229 0.661 0.019 0.001 0.001 0.001 0.002 0.035 0.001 0.001 0.049 168 T 0.153 0.341 0.092 0.009 0.010 0.013 0.028 0.062 0.001 0.002 0.289 169 P 0.007 0.014 0.042 0.005 0.001 0.003 0.005 0.002 0.001 0.001 0.920