# TARGET T0359 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0359.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 540.766 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.048 0.013 0.023 0.040 0.062 0.166 0.010 0.638 2 M 0.122 0.023 0.038 0.043 0.064 0.113 0.026 0.571 3 S 0.090 0.008 0.014 0.020 0.030 0.455 0.017 0.365 4 E 0.073 0.009 0.016 0.029 0.035 0.158 0.016 0.664 5 T 0.114 0.018 0.014 0.055 0.105 0.368 0.010 0.316 6 F 0.083 0.015 0.040 0.194 0.237 0.184 0.012 0.235 7 D 0.036 0.011 0.021 0.275 0.437 0.070 0.002 0.148 8 V 0.004 0.004 0.014 0.367 0.559 0.011 0.001 0.040 9 E 0.004 0.004 0.011 0.365 0.575 0.010 0.001 0.031 10 L 0.004 0.006 0.021 0.389 0.497 0.010 0.002 0.070 11 T 0.008 0.013 0.027 0.338 0.499 0.026 0.002 0.088 12 K 0.016 0.019 0.031 0.165 0.321 0.057 0.007 0.386 13 N 0.031 0.019 0.018 0.055 0.133 0.121 0.015 0.608 14 V 0.152 0.021 0.024 0.042 0.058 0.134 0.040 0.530 15 Q 0.055 0.019 0.028 0.034 0.031 0.177 0.029 0.629 16 G 0.059 0.015 0.034 0.035 0.047 0.118 0.027 0.665 17 L 0.133 0.020 0.114 0.102 0.114 0.131 0.014 0.372 18 G 0.075 0.006 0.155 0.171 0.248 0.115 0.011 0.218 19 I 0.030 0.005 0.189 0.200 0.266 0.040 0.003 0.266 20 T 0.004 0.002 0.276 0.305 0.322 0.018 0.002 0.070 21 I 0.007 0.003 0.120 0.186 0.367 0.036 0.002 0.279 22 A 0.003 0.004 0.274 0.231 0.370 0.024 0.002 0.092 23 G 0.014 0.005 0.099 0.160 0.233 0.074 0.008 0.406 24 Y 0.062 0.004 0.163 0.076 0.169 0.113 0.012 0.401 25 I 0.024 0.004 0.060 0.062 0.098 0.123 0.004 0.623 26 G 0.019 0.005 0.023 0.037 0.071 0.116 0.007 0.722 27 D 0.062 0.006 0.015 0.022 0.039 0.113 0.008 0.734 28 K 0.058 0.010 0.017 0.020 0.026 0.123 0.008 0.738 29 K 0.078 0.010 0.011 0.021 0.036 0.441 0.014 0.389 30 L 0.212 0.032 0.022 0.035 0.057 0.157 0.026 0.460 31 E 0.089 0.033 0.025 0.046 0.075 0.179 0.012 0.541 32 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.994 33 S 0.026 0.006 0.028 0.080 0.100 0.102 0.012 0.646 34 G 0.327 0.003 0.061 0.063 0.084 0.059 0.029 0.374 35 I 0.072 0.002 0.315 0.204 0.186 0.041 0.004 0.175 36 F 0.008 0.001 0.197 0.248 0.319 0.038 0.001 0.188 37 V 0.004 0.001 0.176 0.177 0.491 0.027 0.001 0.122 38 K 0.001 0.001 0.263 0.344 0.340 0.014 0.001 0.036 39 S 0.004 0.002 0.137 0.252 0.311 0.029 0.002 0.262 40 I 0.012 0.001 0.311 0.110 0.265 0.032 0.004 0.265 41 T 0.010 0.004 0.118 0.159 0.241 0.164 0.003 0.301 42 K 0.005 0.002 0.021 0.017 0.054 0.049 0.003 0.850 43 S 0.027 0.012 0.027 0.025 0.051 0.165 0.016 0.678 44 S 0.305 0.007 0.013 0.013 0.013 0.139 0.030 0.480 45 A 0.038 0.009 0.026 0.022 0.028 0.094 0.005 0.778 46 V 0.064 0.034 0.018 0.076 0.225 0.153 0.006 0.425 47 E 0.136 0.071 0.026 0.097 0.275 0.122 0.011 0.262 48 H 0.132 0.146 0.018 0.070 0.127 0.088 0.023 0.396 49 D 0.137 0.143 0.034 0.056 0.057 0.074 0.045 0.455 50 G 0.415 0.054 0.021 0.100 0.032 0.016 0.169 0.193 51 R 0.514 0.005 0.072 0.033 0.077 0.119 0.018 0.162 52 I 0.013 0.004 0.055 0.137 0.175 0.048 0.004 0.565 53 Q 0.019 0.006 0.039 0.202 0.402 0.188 0.003 0.139 54 I 0.002 0.001 0.011 0.033 0.029 0.017 0.001 0.906 55 G 0.007 0.009 0.085 0.227 0.300 0.086 0.008 0.278 56 D 0.403 0.002 0.027 0.065 0.118 0.184 0.016 0.185 57 Q 0.051 0.005 0.230 0.305 0.240 0.086 0.005 0.078 58 I 0.011 0.003 0.048 0.310 0.570 0.027 0.001 0.031 59 I 0.004 0.002 0.236 0.334 0.381 0.009 0.001 0.033 60 A 0.002 0.003 0.142 0.363 0.415 0.013 0.001 0.061 61 V 0.003 0.004 0.173 0.257 0.411 0.026 0.002 0.123 62 D 0.003 0.005 0.090 0.121 0.260 0.084 0.004 0.432 63 G 0.021 0.008 0.097 0.093 0.175 0.097 0.022 0.489 64 T 0.223 0.004 0.049 0.034 0.060 0.318 0.012 0.300 65 N 0.023 0.004 0.035 0.030 0.038 0.124 0.007 0.740 66 L 0.070 0.034 0.082 0.116 0.192 0.095 0.007 0.404 67 Q 0.046 0.017 0.101 0.069 0.108 0.289 0.012 0.357 68 G 0.153 0.012 0.019 0.030 0.065 0.133 0.015 0.572 69 F 0.216 0.031 0.077 0.050 0.067 0.153 0.008 0.397 70 T 0.017 0.024 0.019 0.020 0.031 0.385 0.005 0.498 71 N 0.039 0.032 0.015 0.008 0.047 0.080 0.006 0.773 72 Q 0.015 0.041 0.004 0.002 0.010 0.313 0.002 0.613 73 Q 0.023 0.073 0.001 0.001 0.002 0.455 0.003 0.442 74 A 0.012 0.835 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.130 75 V 0.001 0.973 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.021 76 E 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 77 V 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 78 L 0.005 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 79 R 0.010 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 80 H 0.067 0.851 0.003 0.004 0.003 0.003 0.039 0.031 81 T 0.260 0.471 0.012 0.007 0.005 0.009 0.129 0.107 82 G 0.186 0.161 0.027 0.019 0.009 0.024 0.218 0.355 83 Q 0.118 0.029 0.117 0.048 0.030 0.124 0.107 0.426 84 T 0.075 0.005 0.068 0.061 0.059 0.142 0.020 0.568 85 V 0.070 0.002 0.121 0.263 0.322 0.120 0.005 0.098 86 L 0.012 0.001 0.112 0.339 0.419 0.050 0.001 0.066 87 L 0.001 0.001 0.086 0.458 0.437 0.006 0.001 0.012 88 T 0.001 0.001 0.049 0.441 0.504 0.002 0.001 0.004 89 L 0.001 0.001 0.055 0.389 0.539 0.002 0.001 0.015 90 M 0.001 0.001 0.110 0.313 0.552 0.005 0.001 0.019 91 R 0.001 0.001 0.062 0.316 0.515 0.019 0.001 0.086 92 R 0.003 0.001 0.060 0.104 0.387 0.053 0.002 0.389 93 G 0.014 0.001 0.019 0.025 0.067 0.141 0.008 0.725 94 E 0.115 0.002 0.015 0.014 0.017 0.150 0.018 0.669 95 T 0.096 0.008 0.036 0.031 0.024 0.159 0.016 0.629 96 S 0.047 0.007 0.026 0.024 0.040 0.116 0.009 0.731 97 V 0.054 0.022 0.097 0.077 0.129 0.109 0.006 0.506