# TARGET T0359 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0359.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1947 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 2 M 0.053 0.020 0.013 0.003 0.013 0.036 0.862 3 S 0.075 0.004 0.038 0.004 0.401 0.134 0.344 4 E 0.231 0.003 0.033 0.001 0.320 0.081 0.332 5 T 0.693 0.005 0.002 0.001 0.021 0.004 0.274 6 F 0.937 0.002 0.001 0.001 0.010 0.001 0.050 7 D 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 8 V 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 9 E 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 10 L 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 11 T 0.836 0.003 0.001 0.001 0.020 0.005 0.136 12 K 0.458 0.010 0.002 0.001 0.132 0.039 0.358 13 N 0.178 0.011 0.007 0.001 0.308 0.154 0.341 14 V 0.097 0.012 0.029 0.001 0.291 0.339 0.230 15 Q 0.060 0.009 0.043 0.001 0.291 0.389 0.207 16 G 0.196 0.020 0.037 0.001 0.197 0.157 0.392 17 L 0.487 0.023 0.016 0.001 0.121 0.059 0.293 18 G 0.848 0.008 0.005 0.001 0.038 0.016 0.085 19 I 0.935 0.002 0.001 0.001 0.007 0.002 0.052 20 T 0.981 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 21 I 0.973 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.019 22 A 0.892 0.004 0.001 0.003 0.018 0.012 0.069 23 G 0.553 0.006 0.006 0.005 0.103 0.080 0.247 24 Y 0.266 0.020 0.013 0.004 0.229 0.114 0.356 25 I 0.187 0.043 0.024 0.006 0.238 0.193 0.310 26 G 0.085 0.023 0.030 0.005 0.288 0.204 0.365 27 D 0.062 0.017 0.081 0.015 0.205 0.112 0.508 28 K 0.035 0.012 0.230 0.031 0.186 0.289 0.216 29 K 0.049 0.021 0.234 0.024 0.140 0.338 0.194 30 L 0.108 0.035 0.139 0.025 0.202 0.235 0.255 31 E 0.086 0.022 0.050 0.006 0.199 0.136 0.500 32 P 0.127 0.015 0.062 0.007 0.189 0.166 0.434 33 S 0.180 0.008 0.045 0.006 0.268 0.189 0.303 34 G 0.705 0.011 0.013 0.002 0.059 0.033 0.177 35 I 0.916 0.004 0.001 0.002 0.007 0.004 0.066 36 F 0.986 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 37 V 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 38 K 0.935 0.001 0.001 0.002 0.023 0.003 0.035 39 S 0.884 0.002 0.002 0.002 0.027 0.004 0.079 40 I 0.723 0.031 0.001 0.002 0.050 0.004 0.190 41 T 0.292 0.007 0.002 0.002 0.055 0.006 0.637 42 K 0.024 0.003 0.023 0.043 0.098 0.764 0.045 43 S 0.009 0.002 0.015 0.027 0.156 0.739 0.052 44 S 0.024 0.023 0.012 0.047 0.317 0.056 0.520 45 A 0.021 0.015 0.032 0.684 0.040 0.155 0.054 46 V 0.043 0.010 0.098 0.573 0.049 0.177 0.051 47 E 0.092 0.016 0.163 0.446 0.038 0.087 0.159 48 H 0.103 0.031 0.132 0.357 0.095 0.205 0.077 49 D 0.051 0.012 0.052 0.050 0.051 0.718 0.065 50 G 0.059 0.002 0.018 0.012 0.245 0.447 0.217 51 R 0.290 0.034 0.008 0.005 0.103 0.032 0.527 52 I 0.282 0.302 0.001 0.001 0.028 0.001 0.385 53 Q 0.080 0.004 0.001 0.001 0.012 0.001 0.903 54 I 0.010 0.002 0.028 0.007 0.124 0.812 0.016 55 G 0.028 0.001 0.017 0.001 0.040 0.883 0.030 56 D 0.197 0.004 0.008 0.001 0.071 0.008 0.712 57 Q 0.904 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.088 58 I 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 59 I 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 60 A 0.958 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.036 61 V 0.861 0.010 0.001 0.001 0.008 0.015 0.102 62 D 0.380 0.004 0.005 0.002 0.068 0.451 0.090 63 G 0.119 0.002 0.007 0.001 0.247 0.553 0.072 64 T 0.480 0.048 0.013 0.003 0.170 0.075 0.212 65 N 0.545 0.066 0.011 0.003 0.058 0.047 0.270 66 L 0.240 0.028 0.104 0.011 0.104 0.124 0.389 67 Q 0.107 0.011 0.123 0.020 0.119 0.419 0.200 68 G 0.041 0.008 0.072 0.020 0.220 0.439 0.200 69 F 0.040 0.017 0.007 0.017 0.178 0.023 0.718 70 T 0.038 0.043 0.004 0.041 0.055 0.015 0.803 71 N 0.002 0.002 0.009 0.921 0.010 0.019 0.036 72 Q 0.001 0.001 0.003 0.989 0.001 0.004 0.002 73 Q 0.001 0.001 0.003 0.992 0.001 0.002 0.002 74 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 75 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 76 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 77 V 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.007 0.001 78 L 0.001 0.001 0.003 0.978 0.001 0.014 0.002 79 R 0.001 0.001 0.012 0.904 0.003 0.076 0.003 80 H 0.002 0.001 0.026 0.621 0.011 0.330 0.011 81 T 0.009 0.005 0.030 0.065 0.266 0.475 0.149 82 G 0.006 0.001 0.012 0.001 0.253 0.513 0.214 83 Q 0.064 0.001 0.004 0.001 0.537 0.063 0.330 84 T 0.715 0.006 0.001 0.001 0.036 0.004 0.238 85 V 0.981 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.015 86 L 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 87 L 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 88 T 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 89 L 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 90 M 0.877 0.004 0.001 0.001 0.019 0.002 0.098 91 R 0.611 0.011 0.001 0.002 0.041 0.009 0.326 92 R 0.122 0.004 0.010 0.004 0.248 0.174 0.439 93 G 0.071 0.005 0.031 0.009 0.332 0.188 0.363 94 E 0.068 0.008 0.081 0.013 0.301 0.081 0.448 95 T 0.102 0.022 0.061 0.009 0.140 0.124 0.542 96 S 0.036 0.013 0.008 0.002 0.009 0.011 0.921 97 V 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997