# TARGET T0359 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-strand_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 22 (1 strand_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0359.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1676 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.047 0.188 0.167 0.227 0.068 0.021 0.084 0.010 0.003 0.002 0.005 0.006 0.003 0.004 0.004 0.008 0.010 0.073 0.022 0.006 0.010 0.032 2 M 0.016 0.156 0.374 0.202 0.013 0.058 0.044 0.007 0.006 0.002 0.003 0.014 0.007 0.004 0.002 0.016 0.017 0.012 0.020 0.005 0.010 0.012 3 S 0.024 0.174 0.158 0.235 0.022 0.020 0.196 0.010 0.005 0.003 0.005 0.007 0.005 0.005 0.004 0.009 0.014 0.032 0.013 0.004 0.010 0.043 4 E 0.023 0.188 0.116 0.230 0.011 0.018 0.062 0.008 0.019 0.006 0.006 0.023 0.017 0.009 0.004 0.061 0.073 0.011 0.052 0.011 0.032 0.018 5 T 0.020 0.165 0.034 0.143 0.003 0.010 0.041 0.005 0.018 0.013 0.013 0.008 0.027 0.014 0.082 0.045 0.086 0.006 0.028 0.006 0.019 0.216 6 F 0.002 0.054 0.010 0.017 0.001 0.001 0.004 0.001 0.023 0.043 0.026 0.046 0.021 0.017 0.007 0.108 0.342 0.006 0.037 0.069 0.151 0.014 7 D 0.008 0.020 0.005 0.016 0.001 0.001 0.005 0.001 0.044 0.021 0.029 0.017 0.054 0.028 0.086 0.136 0.146 0.002 0.034 0.015 0.031 0.300 8 V 0.001 0.014 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.067 0.052 0.038 0.023 0.031 0.020 0.109 0.181 0.017 0.011 0.159 0.218 0.037 9 E 0.001 0.012 0.002 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.049 0.040 0.058 0.043 0.055 0.033 0.024 0.104 0.160 0.020 0.006 0.166 0.112 0.105 10 L 0.001 0.024 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.056 0.031 0.019 0.024 0.022 0.051 0.101 0.035 0.105 0.002 0.231 0.133 0.127 11 T 0.002 0.048 0.012 0.018 0.004 0.003 0.003 0.001 0.029 0.029 0.037 0.034 0.041 0.020 0.015 0.090 0.051 0.250 0.002 0.139 0.113 0.059 12 K 0.005 0.099 0.049 0.104 0.007 0.007 0.009 0.002 0.015 0.024 0.038 0.018 0.014 0.015 0.012 0.059 0.031 0.131 0.003 0.161 0.092 0.104 13 N 0.026 0.165 0.069 0.141 0.059 0.011 0.019 0.005 0.010 0.013 0.009 0.021 0.010 0.008 0.007 0.036 0.022 0.247 0.005 0.028 0.058 0.033 14 V 0.019 0.074 0.432 0.091 0.018 0.094 0.067 0.007 0.007 0.004 0.012 0.007 0.005 0.004 0.003 0.018 0.011 0.030 0.005 0.016 0.024 0.052 15 Q 0.055 0.139 0.175 0.137 0.026 0.013 0.217 0.013 0.009 0.005 0.005 0.009 0.005 0.007 0.002 0.044 0.029 0.024 0.018 0.017 0.036 0.015 16 G 0.158 0.101 0.053 0.111 0.047 0.034 0.161 0.010 0.011 0.003 0.006 0.005 0.008 0.006 0.010 0.041 0.036 0.004 0.068 0.009 0.030 0.086 17 L 0.005 0.250 0.052 0.107 0.002 0.006 0.015 0.004 0.016 0.022 0.016 0.009 0.012 0.018 0.008 0.099 0.113 0.008 0.101 0.023 0.086 0.028 18 G 0.020 0.030 0.013 0.024 0.011 0.004 0.016 0.004 0.029 0.014 0.016 0.032 0.034 0.018 0.014 0.126 0.133 0.006 0.154 0.065 0.086 0.149 19 I 0.001 0.031 0.005 0.007 0.001 0.003 0.003 0.002 0.028 0.028 0.039 0.013 0.020 0.026 0.033 0.147 0.237 0.012 0.072 0.041 0.103 0.150 20 T 0.002 0.008 0.004 0.004 0.002 0.001 0.002 0.002 0.033 0.032 0.032 0.084 0.054 0.031 0.010 0.109 0.186 0.027 0.021 0.177 0.115 0.065 21 I 0.002 0.014 0.006 0.004 0.001 0.002 0.002 0.002 0.021 0.024 0.044 0.028 0.020 0.018 0.049 0.104 0.121 0.041 0.005 0.215 0.114 0.165 22 A 0.005 0.022 0.021 0.016 0.004 0.004 0.008 0.003 0.031 0.042 0.059 0.059 0.057 0.030 0.011 0.103 0.117 0.079 0.004 0.180 0.102 0.046 23 G 0.057 0.042 0.028 0.040 0.057 0.007 0.032 0.005 0.012 0.017 0.027 0.022 0.014 0.019 0.021 0.069 0.074 0.078 0.010 0.181 0.120 0.070 24 Y 0.037 0.149 0.088 0.059 0.017 0.028 0.046 0.011 0.009 0.016 0.018 0.018 0.018 0.012 0.021 0.054 0.042 0.060 0.025 0.069 0.059 0.145 25 I 0.011 0.302 0.119 0.169 0.005 0.011 0.020 0.006 0.003 0.008 0.008 0.008 0.005 0.004 0.005 0.032 0.033 0.102 0.018 0.041 0.054 0.037 26 G 0.112 0.124 0.130 0.172 0.087 0.025 0.074 0.013 0.002 0.002 0.004 0.008 0.003 0.003 0.004 0.016 0.015 0.048 0.037 0.023 0.022 0.077 27 D 0.029 0.236 0.197 0.131 0.023 0.084 0.065 0.018 0.002 0.001 0.004 0.006 0.002 0.002 0.003 0.013 0.020 0.042 0.073 0.011 0.015 0.023 28 K 0.018 0.065 0.436 0.105 0.019 0.039 0.106 0.050 0.002 0.001 0.002 0.006 0.002 0.002 0.001 0.007 0.008 0.031 0.025 0.019 0.006 0.049 29 K 0.062 0.143 0.172 0.120 0.011 0.016 0.219 0.056 0.002 0.001 0.002 0.006 0.001 0.002 0.002 0.011 0.014 0.072 0.023 0.021 0.012 0.031 30 L 0.098 0.128 0.161 0.124 0.015 0.048 0.172 0.010 0.002 0.001 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.009 0.006 0.029 0.047 0.016 0.016 0.110 31 E 0.040 0.230 0.103 0.173 0.044 0.012 0.035 0.009 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.001 0.023 0.016 0.053 0.168 0.031 0.035 0.015 32 P 0.034 0.069 0.244 0.230 0.022 0.051 0.059 0.011 0.004 0.001 0.002 0.004 0.003 0.002 0.004 0.010 0.011 0.008 0.052 0.010 0.010 0.159 33 S 0.018 0.160 0.091 0.161 0.007 0.010 0.142 0.009 0.010 0.005 0.005 0.010 0.006 0.007 0.002 0.073 0.103 0.008 0.042 0.045 0.071 0.018 34 G 0.090 0.046 0.013 0.105 0.032 0.010 0.044 0.006 0.012 0.003 0.003 0.005 0.012 0.010 0.015 0.067 0.069 0.003 0.213 0.036 0.042 0.165 35 I 0.001 0.044 0.004 0.016 0.001 0.002 0.002 0.002 0.010 0.024 0.019 0.015 0.016 0.012 0.010 0.115 0.200 0.006 0.072 0.165 0.219 0.047 36 F 0.001 0.016 0.004 0.008 0.001 0.001 0.002 0.002 0.025 0.022 0.017 0.033 0.040 0.034 0.014 0.121 0.127 0.003 0.026 0.188 0.129 0.187 37 V 0.001 0.011 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.045 0.042 0.017 0.018 0.015 0.021 0.142 0.142 0.009 0.009 0.171 0.290 0.041 38 K 0.002 0.009 0.009 0.004 0.001 0.002 0.003 0.002 0.050 0.045 0.051 0.062 0.094 0.061 0.035 0.134 0.049 0.025 0.007 0.152 0.134 0.071 39 S 0.003 0.012 0.003 0.002 0.002 0.001 0.007 0.002 0.024 0.048 0.061 0.047 0.037 0.031 0.018 0.065 0.026 0.045 0.002 0.416 0.123 0.025 40 I 0.005 0.091 0.040 0.025 0.001 0.008 0.006 0.003 0.051 0.061 0.046 0.029 0.068 0.068 0.049 0.102 0.076 0.010 0.008 0.059 0.071 0.125 41 T 0.004 0.301 0.037 0.122 0.008 0.007 0.005 0.005 0.017 0.038 0.026 0.039 0.033 0.022 0.011 0.059 0.019 0.064 0.006 0.063 0.097 0.016 42 K 0.018 0.109 0.247 0.338 0.024 0.059 0.023 0.010 0.007 0.011 0.017 0.009 0.015 0.012 0.017 0.018 0.006 0.012 0.003 0.006 0.015 0.023 43 S 0.046 0.178 0.181 0.106 0.025 0.025 0.276 0.011 0.004 0.010 0.007 0.020 0.005 0.013 0.003 0.017 0.006 0.002 0.009 0.015 0.034 0.007 44 S 0.006 0.482 0.026 0.342 0.021 0.040 0.011 0.015 0.002 0.001 0.003 0.002 0.002 0.002 0.002 0.005 0.006 0.006 0.014 0.003 0.006 0.003 45 A 0.004 0.032 0.422 0.096 0.006 0.316 0.007 0.066 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.005 0.012 0.002 0.002 0.002 0.013 46 V 0.003 0.023 0.057 0.016 0.001 0.026 0.237 0.585 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.021 0.003 0.002 0.002 0.012 47 E 0.004 0.054 0.074 0.035 0.001 0.024 0.143 0.542 0.003 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.001 0.010 0.011 0.027 0.006 0.007 0.008 0.039 48 H 0.012 0.138 0.306 0.093 0.002 0.009 0.097 0.220 0.003 0.001 0.002 0.006 0.002 0.003 0.003 0.009 0.012 0.039 0.004 0.010 0.011 0.017 49 D 0.051 0.076 0.178 0.166 0.004 0.008 0.439 0.008 0.003 0.003 0.005 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.007 0.006 0.008 0.005 0.013 0.005 50 G 0.536 0.008 0.009 0.007 0.257 0.002 0.135 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.003 0.001 0.022 0.002 0.006 0.002 51 R 0.004 0.073 0.017 0.077 0.001 0.005 0.007 0.003 0.002 0.002 0.006 0.003 0.003 0.004 0.008 0.005 0.004 0.006 0.738 0.006 0.007 0.021 52 I 0.005 0.217 0.057 0.120 0.003 0.007 0.008 0.004 0.018 0.013 0.015 0.075 0.041 0.030 0.004 0.029 0.043 0.018 0.021 0.021 0.042 0.208 53 Q 0.004 0.348 0.058 0.152 0.004 0.006 0.007 0.002 0.022 0.009 0.010 0.009 0.012 0.011 0.029 0.035 0.011 0.037 0.123 0.007 0.024 0.081 54 I 0.005 0.156 0.085 0.359 0.008 0.018 0.011 0.003 0.026 0.020 0.016 0.029 0.052 0.016 0.015 0.036 0.019 0.044 0.021 0.007 0.031 0.024 55 G 0.032 0.054 0.066 0.101 0.086 0.015 0.124 0.009 0.026 0.013 0.023 0.099 0.043 0.028 0.012 0.035 0.030 0.007 0.005 0.107 0.046 0.038 56 D 0.006 0.124 0.041 0.114 0.002 0.013 0.035 0.010 0.063 0.039 0.026 0.019 0.050 0.023 0.020 0.142 0.138 0.003 0.015 0.030 0.057 0.029 57 Q 0.005 0.033 0.022 0.021 0.003 0.004 0.015 0.007 0.033 0.028 0.019 0.015 0.040 0.030 0.019 0.121 0.416 0.002 0.007 0.028 0.076 0.057 58 I 0.002 0.024 0.006 0.004 0.001 0.002 0.005 0.004 0.032 0.033 0.046 0.026 0.032 0.023 0.024 0.179 0.200 0.035 0.017 0.087 0.146 0.072 59 I 0.001 0.010 0.004 0.003 0.001 0.002 0.002 0.003 0.020 0.046 0.050 0.031 0.041 0.049 0.017 0.116 0.059 0.183 0.014 0.060 0.107 0.179 60 A 0.001 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.025 0.040 0.038 0.059 0.020 0.032 0.010 0.091 0.055 0.119 0.006 0.196 0.177 0.110 61 V 0.002 0.059 0.017 0.015 0.001 0.003 0.001 0.004 0.033 0.058 0.041 0.016 0.036 0.017 0.070 0.049 0.032 0.434 0.002 0.020 0.041 0.050 62 D 0.036 0.034 0.109 0.105 0.016 0.009 0.055 0.004 0.028 0.054 0.078 0.049 0.058 0.023 0.022 0.057 0.031 0.109 0.001 0.056 0.049 0.016 63 G 0.550 0.009 0.004 0.003 0.204 0.004 0.168 0.001 0.001 0.002 0.006 0.002 0.002 0.005 0.002 0.005 0.003 0.010 0.004 0.003 0.008 0.004 64 T 0.008 0.112 0.038 0.062 0.006 0.013 0.011 0.003 0.003 0.008 0.009 0.006 0.005 0.006 0.002 0.011 0.009 0.016 0.634 0.007 0.014 0.016 65 N 0.012 0.325 0.065 0.217 0.010 0.011 0.010 0.015 0.004 0.004 0.006 0.013 0.014 0.005 0.005 0.013 0.015 0.033 0.025 0.006 0.015 0.179 66 L 0.021 0.106 0.478 0.062 0.006 0.057 0.023 0.018 0.003 0.002 0.007 0.006 0.004 0.005 0.009 0.011 0.014 0.011 0.100 0.004 0.009 0.046 67 Q 0.035 0.088 0.185 0.109 0.010 0.009 0.336 0.035 0.002 0.001 0.004 0.011 0.004 0.004 0.002 0.009 0.005 0.007 0.122 0.005 0.009 0.007 68 G 0.281 0.058 0.033 0.043 0.079 0.039 0.343 0.020 0.001 0.001 0.002 0.005 0.002 0.005 0.006 0.004 0.001 0.002 0.045 0.013 0.006 0.013 69 F 0.022 0.257 0.170 0.186 0.008 0.066 0.052 0.032 0.002 0.001 0.002 0.007 0.003 0.007 0.002 0.011 0.003 0.001 0.121 0.022 0.015 0.010 70 T 0.010 0.312 0.055 0.465 0.011 0.033 0.018 0.031 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.023 0.010 0.012 0.007 71 N 0.009 0.024 0.074 0.043 0.011 0.764 0.007 0.053 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.003 0.001 72 Q 0.001 0.003 0.022 0.004 0.001 0.489 0.009 0.470 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.007 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 E 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.007 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 V 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.002 0.005 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 L 0.001 0.001 0.080 0.001 0.001 0.002 0.021 0.892 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 R 0.008 0.003 0.128 0.001 0.001 0.005 0.116 0.718 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.002 0.004 80 H 0.007 0.008 0.590 0.003 0.001 0.005 0.235 0.126 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.002 0.001 0.007 81 T 0.090 0.093 0.359 0.143 0.003 0.011 0.239 0.014 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.018 0.005 0.001 0.004 0.003 82 G 0.701 0.014 0.033 0.019 0.109 0.007 0.084 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.015 0.001 0.002 0.003 83 Q 0.010 0.151 0.043 0.167 0.005 0.007 0.036 0.002 0.007 0.009 0.008 0.005 0.011 0.009 0.007 0.027 0.023 0.009 0.434 0.002 0.016 0.010 84 T 0.006 0.073 0.022 0.050 0.004 0.004 0.014 0.002 0.038 0.023 0.021 0.070 0.172 0.039 0.014 0.085 0.124 0.002 0.035 0.007 0.031 0.166 85 V 0.001 0.060 0.004 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.168 0.069 0.030 0.048 0.036 0.080 0.106 0.170 0.006 0.049 0.008 0.085 0.033 86 L 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.081 0.054 0.039 0.078 0.263 0.045 0.029 0.169 0.127 0.001 0.020 0.011 0.035 0.040 87 L 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.124 0.173 0.047 0.059 0.064 0.087 0.082 0.160 0.005 0.004 0.068 0.063 0.026 88 T 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.113 0.067 0.115 0.138 0.057 0.014 0.105 0.082 0.010 0.001 0.104 0.079 0.032 89 L 0.001 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.166 0.078 0.017 0.061 0.042 0.089 0.088 0.039 0.102 0.001 0.068 0.093 0.100 90 M 0.001 0.011 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.089 0.056 0.060 0.071 0.051 0.010 0.091 0.041 0.073 0.001 0.194 0.155 0.042 91 R 0.003 0.144 0.020 0.082 0.003 0.003 0.004 0.002 0.025 0.086 0.054 0.018 0.032 0.020 0.050 0.068 0.032 0.117 0.002 0.076 0.097 0.061 92 R 0.024 0.114 0.120 0.212 0.021 0.014 0.024 0.002 0.022 0.060 0.040 0.020 0.029 0.020 0.014 0.045 0.031 0.049 0.003 0.037 0.072 0.027 93 G 0.128 0.139 0.070 0.134 0.150 0.011 0.154 0.005 0.007 0.008 0.018 0.013 0.008 0.017 0.006 0.022 0.016 0.011 0.012 0.017 0.041 0.014 94 E 0.022 0.298 0.135 0.230 0.015 0.032 0.063 0.004 0.007 0.008 0.008 0.007 0.006 0.007 0.009 0.017 0.010 0.008 0.047 0.010 0.022 0.034 95 T 0.009 0.338 0.122 0.320 0.014 0.018 0.024 0.007 0.006 0.004 0.006 0.008 0.006 0.008 0.003 0.020 0.014 0.007 0.024 0.008 0.019 0.016 96 S 0.012 0.219 0.070 0.510 0.020 0.016 0.033 0.010 0.004 0.002 0.003 0.004 0.004 0.005 0.010 0.008 0.006 0.004 0.019 0.004 0.010 0.026 97 V 0.008 0.313 0.134 0.272 0.008 0.045 0.041 0.017 0.008 0.006 0.006 0.011 0.008 0.008 0.006 0.018 0.012 0.008 0.024 0.011 0.022 0.013