# TARGET T0359 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0359.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1676 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 2 M 0.056 0.020 0.012 0.003 0.013 0.036 0.859 3 S 0.078 0.004 0.035 0.003 0.401 0.129 0.350 4 E 0.246 0.003 0.027 0.001 0.309 0.070 0.345 5 T 0.710 0.004 0.002 0.001 0.017 0.003 0.263 6 F 0.946 0.002 0.001 0.001 0.008 0.001 0.042 7 D 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 8 V 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 9 E 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 10 L 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 11 T 0.831 0.003 0.001 0.001 0.021 0.005 0.139 12 K 0.449 0.010 0.002 0.001 0.134 0.042 0.362 13 N 0.176 0.011 0.007 0.001 0.317 0.162 0.327 14 V 0.098 0.013 0.027 0.001 0.296 0.321 0.244 15 Q 0.059 0.009 0.041 0.001 0.300 0.378 0.212 16 G 0.183 0.020 0.038 0.001 0.204 0.164 0.390 17 L 0.463 0.024 0.017 0.001 0.135 0.067 0.293 18 G 0.832 0.008 0.005 0.001 0.041 0.018 0.095 19 I 0.930 0.002 0.001 0.001 0.007 0.002 0.057 20 T 0.982 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 21 I 0.979 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 22 A 0.919 0.004 0.001 0.003 0.014 0.007 0.053 23 G 0.622 0.005 0.005 0.004 0.073 0.048 0.243 24 Y 0.308 0.018 0.010 0.003 0.217 0.098 0.346 25 I 0.216 0.044 0.015 0.005 0.262 0.162 0.296 26 G 0.088 0.024 0.020 0.004 0.348 0.143 0.375 27 D 0.058 0.017 0.079 0.017 0.200 0.095 0.534 28 K 0.031 0.013 0.255 0.034 0.167 0.324 0.177 29 K 0.038 0.016 0.256 0.026 0.119 0.366 0.179 30 L 0.083 0.026 0.159 0.034 0.186 0.319 0.193 31 E 0.075 0.018 0.044 0.007 0.238 0.141 0.478 32 P 0.122 0.016 0.049 0.007 0.183 0.145 0.479 33 S 0.214 0.010 0.035 0.006 0.235 0.149 0.351 34 G 0.741 0.010 0.010 0.002 0.051 0.025 0.160 35 I 0.932 0.003 0.001 0.002 0.006 0.003 0.053 36 F 0.986 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 37 V 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 38 K 0.922 0.001 0.001 0.002 0.031 0.004 0.040 39 S 0.879 0.002 0.002 0.003 0.029 0.004 0.080 40 I 0.749 0.031 0.001 0.003 0.047 0.003 0.166 41 T 0.309 0.007 0.002 0.003 0.051 0.005 0.623 42 K 0.024 0.003 0.025 0.053 0.089 0.763 0.042 43 S 0.008 0.002 0.015 0.027 0.144 0.754 0.049 44 S 0.024 0.022 0.012 0.044 0.327 0.059 0.511 45 A 0.022 0.015 0.032 0.673 0.042 0.157 0.058 46 V 0.046 0.010 0.098 0.562 0.051 0.179 0.054 47 E 0.096 0.016 0.158 0.444 0.038 0.085 0.162 48 H 0.111 0.032 0.130 0.353 0.096 0.200 0.079 49 D 0.058 0.013 0.052 0.052 0.054 0.702 0.069 50 G 0.062 0.002 0.018 0.012 0.246 0.438 0.222 51 R 0.298 0.035 0.008 0.004 0.100 0.031 0.524 52 I 0.283 0.303 0.001 0.001 0.028 0.001 0.384 53 Q 0.081 0.004 0.001 0.001 0.013 0.001 0.901 54 I 0.009 0.002 0.026 0.007 0.124 0.818 0.015 55 G 0.028 0.001 0.016 0.001 0.038 0.888 0.030 56 D 0.189 0.004 0.007 0.001 0.068 0.007 0.725 57 Q 0.910 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.083 58 I 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 59 I 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 60 A 0.958 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.036 61 V 0.853 0.011 0.001 0.001 0.009 0.015 0.110 62 D 0.385 0.004 0.005 0.002 0.075 0.429 0.100 63 G 0.119 0.002 0.008 0.001 0.257 0.537 0.077 64 T 0.460 0.047 0.015 0.003 0.175 0.079 0.221 65 N 0.520 0.064 0.012 0.004 0.064 0.051 0.284 66 L 0.224 0.028 0.113 0.014 0.106 0.128 0.387 67 Q 0.100 0.011 0.131 0.026 0.118 0.406 0.208 68 G 0.039 0.007 0.078 0.027 0.210 0.442 0.197 69 F 0.039 0.016 0.009 0.024 0.166 0.028 0.719 70 T 0.040 0.044 0.005 0.061 0.061 0.019 0.771 71 N 0.003 0.002 0.008 0.905 0.014 0.021 0.048 72 Q 0.001 0.001 0.003 0.988 0.002 0.004 0.003 73 Q 0.001 0.001 0.003 0.992 0.001 0.002 0.002 74 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 75 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 76 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 77 V 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.006 0.001 78 L 0.001 0.001 0.003 0.981 0.001 0.013 0.001 79 R 0.001 0.001 0.011 0.918 0.003 0.065 0.002 80 H 0.001 0.001 0.024 0.638 0.009 0.318 0.009 81 T 0.008 0.005 0.031 0.079 0.231 0.507 0.139 82 G 0.005 0.001 0.013 0.001 0.239 0.540 0.201 83 Q 0.060 0.002 0.005 0.001 0.535 0.073 0.325 84 T 0.670 0.006 0.002 0.001 0.043 0.005 0.274 85 V 0.978 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.018 86 L 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 87 L 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 88 T 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 89 L 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 90 M 0.904 0.003 0.001 0.001 0.013 0.001 0.078 91 R 0.668 0.009 0.001 0.002 0.031 0.008 0.282 92 R 0.137 0.005 0.009 0.002 0.280 0.115 0.451 93 G 0.053 0.008 0.013 0.003 0.427 0.140 0.357 94 E 0.033 0.005 0.018 0.003 0.284 0.068 0.588 95 T 0.043 0.018 0.019 0.004 0.152 0.063 0.699 96 S 0.052 0.018 0.016 0.005 0.057 0.051 0.802 97 V 0.017 0.003 0.003 0.001 0.012 0.003 0.962