# TARGET T0358 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0358.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.03747 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 2 T 0.113 0.029 0.007 0.019 0.007 0.016 0.810 3 Q 0.254 0.012 0.035 0.041 0.130 0.049 0.479 4 S 0.438 0.009 0.055 0.024 0.093 0.053 0.327 5 V 0.580 0.018 0.023 0.027 0.066 0.031 0.255 6 L 0.550 0.087 0.007 0.015 0.074 0.019 0.248 7 L 0.171 0.030 0.003 0.006 0.130 0.011 0.649 8 P 0.055 0.020 0.003 0.002 0.158 0.076 0.686 9 P 0.034 0.018 0.010 0.008 0.423 0.191 0.316 10 G 0.031 0.008 0.012 0.015 0.525 0.076 0.333 11 P 0.028 0.011 0.043 0.121 0.189 0.213 0.397 12 F 0.057 0.056 0.031 0.199 0.156 0.120 0.381 13 T 0.075 0.032 0.026 0.280 0.118 0.046 0.422 14 R 0.013 0.002 0.023 0.838 0.027 0.069 0.029 15 R 0.031 0.002 0.023 0.830 0.019 0.063 0.032 16 Q 0.075 0.005 0.031 0.779 0.013 0.031 0.066 17 A 0.123 0.003 0.011 0.776 0.015 0.014 0.057 18 Q 0.251 0.003 0.008 0.661 0.026 0.020 0.031 19 A 0.344 0.003 0.006 0.576 0.021 0.030 0.020 20 V 0.448 0.006 0.003 0.480 0.014 0.023 0.027 21 T 0.606 0.006 0.004 0.301 0.022 0.026 0.035 22 T 0.601 0.003 0.008 0.224 0.031 0.046 0.086 23 T 0.604 0.009 0.016 0.128 0.055 0.089 0.099 24 Y 0.628 0.010 0.023 0.071 0.052 0.052 0.164 25 S 0.610 0.007 0.019 0.021 0.100 0.106 0.138 26 N 0.524 0.009 0.024 0.011 0.096 0.107 0.228 27 I 0.560 0.010 0.008 0.005 0.040 0.025 0.351 28 T 0.659 0.027 0.009 0.004 0.024 0.024 0.253 29 L 0.674 0.023 0.012 0.006 0.034 0.018 0.233 30 E 0.491 0.023 0.017 0.009 0.093 0.038 0.329 31 D 0.245 0.031 0.019 0.009 0.225 0.056 0.416 32 D 0.083 0.016 0.024 0.007 0.255 0.190 0.425 33 Q 0.039 0.011 0.035 0.010 0.254 0.472 0.179 34 G 0.050 0.011 0.036 0.008 0.355 0.318 0.221 35 S 0.165 0.020 0.028 0.008 0.229 0.096 0.453 36 H 0.464 0.044 0.011 0.003 0.142 0.037 0.298 37 F 0.816 0.009 0.004 0.001 0.024 0.006 0.140 38 R 0.933 0.002 0.002 0.002 0.016 0.002 0.043 39 L 0.980 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.012 40 V 0.985 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.009 41 V 0.982 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.012 42 R 0.938 0.007 0.001 0.003 0.009 0.004 0.040 43 D 0.421 0.008 0.002 0.002 0.060 0.014 0.493 44 T 0.053 0.002 0.028 0.006 0.216 0.616 0.078 45 E 0.010 0.002 0.021 0.003 0.126 0.807 0.031 46 G 0.054 0.004 0.022 0.003 0.394 0.316 0.207 47 R 0.235 0.013 0.004 0.004 0.151 0.027 0.566 48 M 0.890 0.013 0.001 0.002 0.013 0.003 0.078 49 V 0.965 0.004 0.001 0.003 0.003 0.001 0.024 50 W 0.965 0.002 0.001 0.006 0.003 0.001 0.022 51 R 0.919 0.002 0.002 0.008 0.011 0.003 0.054 52 A 0.812 0.007 0.005 0.009 0.016 0.010 0.142 53 W 0.460 0.010 0.014 0.013 0.099 0.060 0.344 54 N 0.211 0.033 0.012 0.013 0.192 0.136 0.403 55 F 0.085 0.032 0.007 0.009 0.449 0.069 0.350 56 E 0.029 0.017 0.005 0.004 0.201 0.018 0.727 57 P 0.012 0.010 0.037 0.024 0.230 0.380 0.306 58 D 0.007 0.018 0.044 0.036 0.161 0.351 0.383 59 A 0.007 0.017 0.077 0.195 0.176 0.330 0.198 60 G 0.009 0.010 0.036 0.244 0.131 0.290 0.280 61 E 0.014 0.008 0.037 0.479 0.190 0.095 0.177 62 G 0.025 0.016 0.031 0.683 0.037 0.064 0.145 63 L 0.022 0.006 0.031 0.818 0.011 0.036 0.077 64 N 0.018 0.002 0.026 0.870 0.012 0.022 0.051 65 R 0.020 0.001 0.019 0.923 0.009 0.014 0.014 66 Y 0.037 0.002 0.020 0.907 0.006 0.017 0.012 67 I 0.081 0.011 0.017 0.841 0.010 0.023 0.017 68 R 0.064 0.004 0.027 0.763 0.020 0.091 0.032 69 T 0.033 0.003 0.023 0.648 0.045 0.221 0.026 70 S 0.014 0.002 0.018 0.257 0.056 0.612 0.042 71 G 0.031 0.009 0.019 0.057 0.216 0.440 0.227 72 I 0.125 0.038 0.017 0.033 0.140 0.062 0.585 73 R 0.228 0.063 0.022 0.039 0.070 0.047 0.531 74 T 0.115 0.020 0.109 0.157 0.140 0.138 0.320 75 D 0.063 0.006 0.102 0.109 0.175 0.283 0.263 76 T 0.100 0.015 0.105 0.150 0.188 0.206 0.237 77 A 0.158 0.020 0.051 0.192 0.170 0.059 0.350 78 T 0.185 0.015 0.061 0.212 0.095 0.078 0.353 79 R 0.218 0.024 0.082 0.306 0.068 0.081 0.220 80 L 0.189 0.022 0.089 0.327 0.052 0.064 0.257 81 E 0.186 0.013 0.086 0.277 0.063 0.107 0.268 82 H 0.143 0.011 0.097 0.256 0.090 0.160 0.244 83 H 0.110 0.012 0.067 0.202 0.118 0.156 0.335 84 H 0.078 0.016 0.077 0.141 0.171 0.183 0.334 85 H 0.053 0.015 0.051 0.101 0.179 0.222 0.378 86 H 0.030 0.016 0.023 0.050 0.046 0.127 0.708 87 H 0.003 0.001 0.001 0.003 0.006 0.002 0.984