# TARGET T0358 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0358.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.03747 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.150 0.225 0.249 0.096 0.106 0.035 0.063 0.036 0.026 0.013 0.001 2 T 0.141 0.384 0.253 0.053 0.087 0.034 0.010 0.005 0.026 0.007 0.001 3 Q 0.218 0.309 0.278 0.052 0.052 0.035 0.016 0.003 0.033 0.005 0.001 4 S 0.296 0.153 0.335 0.089 0.030 0.055 0.013 0.003 0.019 0.002 0.003 5 V 0.230 0.414 0.148 0.113 0.047 0.020 0.005 0.001 0.020 0.001 0.001 6 L 0.136 0.230 0.355 0.115 0.036 0.050 0.038 0.004 0.031 0.003 0.002 7 L 0.021 0.291 0.472 0.002 0.020 0.022 0.010 0.001 0.159 0.001 0.001 8 P 0.017 0.002 0.904 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 9 P 0.135 0.004 0.645 0.032 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.156 10 G 0.059 0.076 0.309 0.003 0.233 0.003 0.010 0.024 0.016 0.268 0.001 11 P 0.601 0.005 0.234 0.078 0.002 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 12 F 0.373 0.131 0.141 0.199 0.053 0.029 0.026 0.025 0.015 0.009 0.001 13 T 0.485 0.161 0.171 0.072 0.034 0.041 0.005 0.002 0.028 0.002 0.001 14 R 0.901 0.020 0.026 0.033 0.003 0.005 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 15 R 0.895 0.013 0.024 0.034 0.003 0.011 0.009 0.005 0.005 0.001 0.001 16 Q 0.861 0.020 0.020 0.084 0.002 0.006 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 17 A 0.785 0.057 0.090 0.019 0.016 0.008 0.010 0.005 0.005 0.003 0.001 18 Q 0.888 0.028 0.027 0.046 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 A 0.822 0.067 0.036 0.034 0.027 0.004 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 20 V 0.633 0.219 0.036 0.063 0.019 0.013 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 21 T 0.435 0.272 0.136 0.050 0.037 0.032 0.010 0.003 0.024 0.002 0.001 22 T 0.284 0.352 0.085 0.110 0.127 0.018 0.003 0.002 0.017 0.003 0.001 23 T 0.144 0.543 0.132 0.037 0.098 0.019 0.007 0.005 0.014 0.002 0.001 24 Y 0.077 0.575 0.132 0.050 0.069 0.036 0.010 0.001 0.049 0.002 0.001 25 S 0.201 0.479 0.157 0.063 0.062 0.017 0.005 0.001 0.012 0.003 0.001 26 N 0.066 0.166 0.097 0.113 0.079 0.068 0.338 0.006 0.065 0.001 0.001 27 I 0.033 0.692 0.176 0.016 0.031 0.023 0.002 0.001 0.026 0.001 0.001 28 T 0.033 0.701 0.163 0.008 0.037 0.033 0.002 0.001 0.023 0.001 0.001 29 L 0.042 0.689 0.146 0.032 0.024 0.035 0.003 0.001 0.029 0.001 0.001 30 E 0.059 0.487 0.254 0.024 0.052 0.069 0.010 0.001 0.040 0.003 0.001 31 D 0.152 0.159 0.142 0.169 0.057 0.153 0.066 0.004 0.091 0.006 0.001 32 D 0.243 0.087 0.139 0.236 0.074 0.079 0.062 0.009 0.059 0.007 0.007 33 Q 0.335 0.038 0.133 0.436 0.010 0.012 0.020 0.006 0.006 0.002 0.002 34 G 0.060 0.014 0.072 0.035 0.082 0.003 0.059 0.454 0.003 0.217 0.001 35 S 0.137 0.148 0.436 0.132 0.049 0.038 0.031 0.008 0.013 0.005 0.003 36 H 0.034 0.542 0.218 0.044 0.091 0.032 0.009 0.004 0.021 0.003 0.001 37 F 0.020 0.729 0.113 0.013 0.097 0.010 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 38 R 0.013 0.745 0.156 0.005 0.038 0.015 0.002 0.001 0.025 0.001 0.001 39 L 0.012 0.496 0.423 0.001 0.016 0.034 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 40 V 0.016 0.701 0.194 0.003 0.013 0.039 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 41 V 0.013 0.743 0.186 0.007 0.013 0.023 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 42 R 0.028 0.443 0.371 0.018 0.035 0.062 0.008 0.001 0.033 0.002 0.001 43 D 0.019 0.151 0.571 0.017 0.053 0.108 0.011 0.001 0.063 0.006 0.001 44 T 0.827 0.021 0.019 0.099 0.008 0.006 0.008 0.004 0.006 0.001 0.001 45 E 0.256 0.018 0.062 0.622 0.005 0.006 0.019 0.003 0.007 0.002 0.001 46 G 0.030 0.007 0.058 0.024 0.067 0.002 0.071 0.637 0.002 0.102 0.001 47 R 0.141 0.293 0.434 0.039 0.024 0.032 0.014 0.001 0.019 0.001 0.002 48 M 0.058 0.324 0.531 0.008 0.011 0.044 0.003 0.001 0.018 0.001 0.001 49 V 0.073 0.724 0.112 0.017 0.029 0.022 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 50 W 0.061 0.483 0.313 0.006 0.045 0.063 0.002 0.001 0.024 0.001 0.001 51 R 0.104 0.555 0.160 0.032 0.038 0.058 0.006 0.001 0.045 0.001 0.001 52 A 0.158 0.400 0.196 0.054 0.119 0.030 0.012 0.003 0.024 0.004 0.001 53 W 0.223 0.289 0.188 0.136 0.069 0.029 0.028 0.006 0.025 0.008 0.001 54 N 0.118 0.074 0.130 0.238 0.050 0.096 0.213 0.024 0.050 0.005 0.001 55 F 0.125 0.257 0.352 0.089 0.059 0.040 0.033 0.009 0.028 0.007 0.001 56 E 0.089 0.107 0.643 0.004 0.016 0.028 0.010 0.002 0.090 0.011 0.001 57 P 0.530 0.002 0.377 0.017 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.006 0.054 58 D 0.336 0.038 0.102 0.244 0.022 0.075 0.107 0.033 0.038 0.005 0.001 59 A 0.405 0.050 0.184 0.282 0.021 0.012 0.019 0.008 0.008 0.010 0.001 60 G 0.519 0.019 0.125 0.066 0.041 0.012 0.054 0.096 0.006 0.063 0.001 61 E 0.716 0.021 0.103 0.121 0.008 0.011 0.010 0.006 0.002 0.002 0.001 62 G 0.794 0.017 0.073 0.046 0.015 0.007 0.008 0.017 0.007 0.016 0.001 63 L 0.960 0.003 0.010 0.022 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 N 0.960 0.003 0.009 0.020 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 65 R 0.964 0.008 0.006 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 Y 0.936 0.009 0.013 0.036 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 I 0.880 0.036 0.029 0.034 0.002 0.010 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 68 R 0.892 0.022 0.024 0.045 0.004 0.007 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 69 T 0.714 0.065 0.036 0.147 0.018 0.007 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 70 S 0.268 0.038 0.062 0.539 0.022 0.005 0.039 0.013 0.010 0.003 0.001 71 G 0.058 0.005 0.036 0.014 0.054 0.002 0.094 0.382 0.003 0.352 0.001 72 I 0.204 0.237 0.440 0.041 0.030 0.033 0.002 0.001 0.009 0.002 0.003 73 R 0.211 0.186 0.319 0.091 0.013 0.112 0.020 0.004 0.037 0.004 0.001 74 T 0.263 0.343 0.171 0.067 0.093 0.023 0.010 0.003 0.022 0.005 0.001 75 D 0.397 0.086 0.191 0.122 0.036 0.078 0.048 0.005 0.032 0.003 0.002 76 T 0.454 0.130 0.082 0.272 0.024 0.016 0.005 0.002 0.014 0.001 0.001 77 A 0.436 0.133 0.238 0.053 0.056 0.021 0.020 0.008 0.023 0.012 0.001 78 T 0.593 0.095 0.180 0.079 0.016 0.020 0.004 0.002 0.008 0.002 0.002 79 R 0.495 0.153 0.153 0.083 0.025 0.039 0.018 0.004 0.026 0.002 0.001 80 L 0.440 0.182 0.232 0.061 0.016 0.038 0.006 0.002 0.020 0.002 0.001 81 E 0.537 0.156 0.139 0.066 0.027 0.033 0.017 0.004 0.016 0.004 0.001 82 H 0.413 0.157 0.121 0.162 0.043 0.035 0.030 0.006 0.028 0.004 0.001 83 H 0.349 0.147 0.130 0.208 0.037 0.038 0.045 0.008 0.032 0.004 0.001 84 H 0.345 0.145 0.136 0.194 0.041 0.045 0.052 0.008 0.029 0.006 0.001 85 H 0.296 0.146 0.165 0.220 0.038 0.046 0.049 0.010 0.026 0.005 0.001 86 H 0.236 0.158 0.189 0.222 0.035 0.055 0.051 0.011 0.038 0.005 0.001 87 H 0.197 0.208 0.240 0.112 0.067 0.047 0.063 0.013 0.040 0.014 0.001