# TARGET T0354 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0354.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 85.0152 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.218 0.232 0.292 0.058 0.106 0.018 0.026 0.016 0.015 0.020 0.001 2 E 0.245 0.118 0.459 0.039 0.033 0.056 0.014 0.006 0.016 0.014 0.001 3 I 0.893 0.017 0.030 0.034 0.003 0.011 0.003 0.002 0.005 0.001 0.001 4 Q 0.974 0.003 0.008 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 E 0.990 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 I 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 S 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 I 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 E 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 A 0.977 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 L 0.907 0.001 0.004 0.083 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 E 0.968 0.001 0.010 0.016 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 16 D 0.626 0.003 0.006 0.343 0.002 0.008 0.003 0.006 0.002 0.001 0.001 17 I 0.275 0.097 0.424 0.100 0.007 0.060 0.015 0.001 0.020 0.001 0.001 18 K 0.228 0.072 0.147 0.404 0.023 0.022 0.048 0.032 0.020 0.004 0.001 19 G 0.105 0.074 0.467 0.027 0.062 0.076 0.070 0.075 0.021 0.021 0.001 20 K 0.495 0.168 0.077 0.197 0.027 0.014 0.006 0.001 0.012 0.002 0.001 21 D 0.072 0.192 0.147 0.251 0.078 0.122 0.093 0.002 0.042 0.001 0.001 22 I 0.022 0.640 0.249 0.010 0.031 0.027 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 23 I 0.045 0.758 0.101 0.020 0.028 0.024 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 24 E 0.006 0.769 0.159 0.003 0.016 0.018 0.002 0.001 0.027 0.001 0.001 25 L 0.022 0.700 0.162 0.005 0.019 0.040 0.001 0.001 0.051 0.001 0.001 26 D 0.012 0.116 0.356 0.008 0.008 0.400 0.029 0.001 0.068 0.001 0.001 27 T 0.442 0.107 0.103 0.245 0.017 0.048 0.005 0.001 0.031 0.001 0.001 28 S 0.647 0.028 0.108 0.172 0.011 0.008 0.007 0.004 0.003 0.011 0.001 29 K 0.285 0.034 0.040 0.157 0.029 0.016 0.383 0.036 0.015 0.005 0.001 30 L 0.428 0.130 0.116 0.226 0.019 0.036 0.016 0.004 0.019 0.004 0.001 31 T 0.157 0.316 0.244 0.089 0.100 0.043 0.010 0.005 0.032 0.004 0.001 32 S 0.358 0.156 0.205 0.066 0.090 0.050 0.031 0.011 0.024 0.008 0.002 33 L 0.566 0.085 0.078 0.200 0.011 0.032 0.007 0.003 0.017 0.001 0.001 34 F 0.266 0.307 0.196 0.091 0.080 0.030 0.007 0.003 0.018 0.002 0.001 35 Q 0.692 0.057 0.056 0.161 0.012 0.010 0.006 0.001 0.004 0.001 0.001 36 R 0.030 0.679 0.062 0.021 0.191 0.004 0.005 0.001 0.006 0.001 0.001 37 M 0.019 0.813 0.102 0.004 0.031 0.010 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 38 I 0.017 0.771 0.145 0.002 0.010 0.026 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 39 V 0.035 0.637 0.167 0.012 0.008 0.084 0.002 0.001 0.054 0.001 0.001 40 A 0.032 0.494 0.261 0.027 0.083 0.061 0.007 0.001 0.032 0.002 0.001 41 T 0.027 0.416 0.134 0.044 0.320 0.024 0.005 0.002 0.025 0.005 0.001 42 G 0.505 0.075 0.161 0.079 0.094 0.018 0.014 0.014 0.005 0.034 0.001 43 D 0.398 0.033 0.055 0.461 0.007 0.025 0.006 0.001 0.012 0.001 0.001 44 S 0.464 0.097 0.194 0.084 0.107 0.015 0.011 0.006 0.012 0.011 0.001 45 N 0.952 0.001 0.006 0.023 0.001 0.001 0.006 0.007 0.001 0.001 0.001 46 R 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 Q 0.992 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 K 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 A 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 L 0.976 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 A 0.988 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 N 0.989 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 S 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 V 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 Q 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 K 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 L 0.992 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 K 0.992 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 E 0.973 0.002 0.004 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 A 0.339 0.003 0.031 0.622 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 63 G 0.006 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.271 0.701 0.001 0.012 0.001 64 V 0.023 0.245 0.658 0.013 0.013 0.031 0.003 0.001 0.012 0.001 0.001 65 D 0.031 0.108 0.693 0.015 0.006 0.119 0.007 0.001 0.019 0.001 0.001 66 I 0.059 0.353 0.465 0.013 0.014 0.055 0.002 0.001 0.037 0.001 0.001 67 V 0.158 0.241 0.403 0.090 0.010 0.069 0.004 0.001 0.023 0.001 0.001 68 G 0.046 0.170 0.184 0.025 0.434 0.015 0.014 0.048 0.009 0.056 0.001 69 S 0.170 0.411 0.202 0.067 0.093 0.025 0.005 0.003 0.019 0.003 0.001 70 E 0.118 0.382 0.231 0.152 0.058 0.017 0.008 0.001 0.031 0.003 0.001 71 G 0.069 0.027 0.119 0.027 0.195 0.010 0.031 0.209 0.006 0.306 0.001 72 H 0.192 0.188 0.462 0.066 0.034 0.029 0.004 0.002 0.017 0.004 0.002 73 E 0.494 0.088 0.181 0.142 0.015 0.019 0.027 0.009 0.017 0.006 0.002 74 S 0.208 0.108 0.291 0.221 0.063 0.013 0.047 0.013 0.017 0.019 0.001 75 G 0.037 0.017 0.060 0.037 0.096 0.003 0.072 0.562 0.003 0.112 0.001 76 E 0.032 0.433 0.358 0.063 0.041 0.039 0.010 0.001 0.023 0.001 0.001 77 W 0.004 0.580 0.356 0.002 0.027 0.015 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 78 V 0.002 0.894 0.058 0.001 0.012 0.011 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 79 L 0.002 0.394 0.531 0.001 0.002 0.057 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 80 V 0.006 0.797 0.068 0.003 0.043 0.040 0.001 0.001 0.042 0.001 0.001 81 D 0.008 0.306 0.408 0.006 0.047 0.161 0.003 0.001 0.059 0.002 0.001 82 A 0.307 0.070 0.128 0.368 0.031 0.025 0.038 0.005 0.025 0.002 0.002 83 G 0.143 0.014 0.065 0.041 0.101 0.002 0.022 0.187 0.001 0.424 0.001 84 D 0.123 0.128 0.176 0.389 0.053 0.038 0.059 0.005 0.025 0.001 0.004 85 V 0.011 0.716 0.207 0.005 0.037 0.010 0.004 0.001 0.010 0.001 0.001 86 V 0.010 0.736 0.200 0.002 0.007 0.025 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 87 V 0.021 0.767 0.149 0.003 0.010 0.025 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 88 H 0.031 0.598 0.207 0.005 0.035 0.075 0.006 0.001 0.042 0.001 0.001 89 V 0.062 0.604 0.209 0.018 0.027 0.046 0.002 0.001 0.032 0.001 0.001 90 M 0.054 0.467 0.328 0.025 0.065 0.032 0.006 0.001 0.018 0.003 0.001 91 L 0.027 0.237 0.549 0.001 0.024 0.032 0.004 0.001 0.124 0.003 0.001 92 P 0.774 0.002 0.186 0.007 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 93 A 0.899 0.008 0.033 0.029 0.004 0.004 0.007 0.010 0.001 0.004 0.001 94 V 0.857 0.018 0.022 0.082 0.004 0.008 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 95 R 0.807 0.049 0.052 0.046 0.011 0.009 0.015 0.002 0.006 0.002 0.001 96 D 0.832 0.033 0.027 0.069 0.013 0.009 0.009 0.003 0.003 0.001 0.001 97 Y 0.818 0.046 0.015 0.102 0.005 0.006 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 98 Y 0.578 0.207 0.081 0.049 0.027 0.014 0.009 0.002 0.031 0.002 0.001 99 D 0.471 0.027 0.153 0.020 0.008 0.235 0.026 0.004 0.052 0.002 0.003 100 I 0.950 0.005 0.006 0.030 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 E 0.967 0.006 0.007 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 A 0.923 0.012 0.009 0.039 0.005 0.003 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 103 L 0.859 0.015 0.024 0.088 0.002 0.006 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 104 W 0.548 0.048 0.052 0.311 0.010 0.010 0.009 0.005 0.008 0.001 0.001 105 G 0.305 0.068 0.226 0.185 0.043 0.012 0.050 0.042 0.013 0.055 0.001 106 G 0.133 0.016 0.070 0.104 0.049 0.006 0.141 0.349 0.003 0.128 0.001 107 Q 0.145 0.121 0.303 0.165 0.052 0.062 0.098 0.013 0.028 0.010 0.001 108 K 0.029 0.278 0.467 0.001 0.022 0.026 0.017 0.001 0.157 0.001 0.001 109 P 0.205 0.005 0.666 0.016 0.001 0.049 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 110 S 0.188 0.319 0.245 0.094 0.056 0.048 0.012 0.005 0.030 0.001 0.001 111 F 0.111 0.541 0.181 0.031 0.078 0.016 0.005 0.001 0.034 0.002 0.001 112 A 0.105 0.151 0.596 0.031 0.007 0.082 0.007 0.001 0.019 0.001 0.001 113 V 0.176 0.307 0.295 0.103 0.034 0.035 0.010 0.002 0.037 0.001 0.001 114 G 0.133 0.058 0.201 0.030 0.171 0.015 0.040 0.121 0.010 0.221 0.001 115 A 0.345 0.164 0.309 0.090 0.050 0.016 0.005 0.002 0.011 0.005 0.003 116 A 0.335 0.097 0.294 0.184 0.014 0.038 0.014 0.005 0.012 0.003 0.003 117 K 0.070 0.341 0.339 0.004 0.054 0.020 0.017 0.001 0.151 0.003 0.001 118 P 0.147 0.006 0.699 0.011 0.001 0.050 0.001 0.001 0.002 0.001 0.083 119 W 0.536 0.069 0.196 0.109 0.019 0.031 0.010 0.011 0.013 0.004 0.002 120 S 0.533 0.095 0.188 0.064 0.063 0.013 0.013 0.008 0.009 0.015 0.001 121 A 0.663 0.046 0.122 0.090 0.024 0.020 0.019 0.005 0.008 0.002 0.001 122 V 0.726 0.074 0.084 0.082 0.008 0.012 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 123 L 0.629 0.104 0.145 0.058 0.015 0.024 0.005 0.002 0.016 0.002 0.001 124 E 0.625 0.083 0.171 0.056 0.015 0.021 0.010 0.003 0.011 0.003 0.002 125 H 0.536 0.069 0.160 0.135 0.019 0.027 0.026 0.006 0.017 0.003 0.002 126 H 0.447 0.093 0.139 0.234 0.016 0.031 0.015 0.003 0.021 0.002 0.001 127 H 0.321 0.093 0.130 0.229 0.034 0.055 0.080 0.012 0.036 0.008 0.001 128 H 0.263 0.096 0.159 0.309 0.032 0.045 0.053 0.009 0.027 0.006 0.001 129 H 0.251 0.093 0.185 0.254 0.030 0.050 0.078 0.023 0.030 0.006 0.001 130 H 0.252 0.178 0.232 0.163 0.048 0.040 0.041 0.010 0.029 0.007 0.001