# TARGET T0351 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0351.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.042 0.003 0.014 0.557 0.092 0.292 2 I 0.080 0.011 0.012 0.525 0.074 0.298 3 L 0.082 0.006 0.016 0.689 0.064 0.142 4 Y 0.131 0.004 0.031 0.588 0.120 0.126 5 D 0.131 0.003 0.032 0.637 0.116 0.081 6 A 0.135 0.002 0.020 0.745 0.054 0.044 7 I 0.067 0.002 0.011 0.877 0.022 0.022 8 M 0.105 0.001 0.015 0.831 0.025 0.023 9 Y 0.125 0.004 0.014 0.745 0.041 0.071 10 K 0.173 0.021 0.012 0.453 0.095 0.246 11 Y 0.108 0.016 0.014 0.078 0.399 0.384 12 P 0.045 0.009 0.065 0.058 0.532 0.292 13 N 0.037 0.018 0.070 0.034 0.627 0.212 14 A 0.060 0.053 0.044 0.024 0.582 0.238 15 V 0.062 0.034 0.025 0.022 0.374 0.483 16 S 0.075 0.020 0.073 0.040 0.418 0.374 17 R 0.075 0.008 0.298 0.035 0.405 0.178 18 K 0.207 0.011 0.227 0.033 0.344 0.178 19 D 0.403 0.017 0.142 0.032 0.231 0.175 20 F 0.634 0.012 0.023 0.030 0.132 0.169 21 E 0.836 0.005 0.006 0.021 0.044 0.088 22 L 0.885 0.010 0.004 0.026 0.033 0.042 23 R 0.804 0.016 0.003 0.034 0.079 0.063 24 N 0.563 0.013 0.008 0.045 0.224 0.147 25 D 0.189 0.013 0.015 0.027 0.494 0.262 26 G 0.082 0.011 0.018 0.016 0.561 0.312 27 N 0.092 0.009 0.011 0.014 0.422 0.452 28 G 0.244 0.014 0.010 0.042 0.242 0.448 29 S 0.509 0.020 0.010 0.082 0.094 0.286 30 Y 0.738 0.017 0.016 0.107 0.039 0.082 31 I 0.708 0.010 0.018 0.161 0.040 0.063 32 E 0.733 0.002 0.030 0.130 0.043 0.061 33 K 0.649 0.006 0.042 0.182 0.052 0.069 34 W 0.483 0.014 0.034 0.228 0.085 0.156 35 N 0.250 0.018 0.020 0.130 0.189 0.393 36 L 0.091 0.016 0.005 0.049 0.207 0.632 37 R 0.061 0.018 0.008 0.036 0.285 0.592 38 A 0.031 0.008 0.010 0.016 0.353 0.583 39 P 0.023 0.008 0.011 0.011 0.282 0.666 40 L 0.049 0.022 0.007 0.010 0.169 0.744 41 P 0.038 0.033 0.002 0.011 0.113 0.802 42 T 0.010 0.009 0.001 0.023 0.045 0.912 43 Q 0.001 0.001 0.006 0.990 0.002 0.002 44 A 0.001 0.001 0.009 0.988 0.003 0.001 45 E 0.001 0.001 0.009 0.986 0.004 0.001 46 L 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.002 47 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 48 T 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 49 W 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.001 50 W 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 51 E 0.001 0.001 0.005 0.993 0.002 0.001 52 E 0.001 0.001 0.004 0.991 0.003 0.002 53 L 0.001 0.001 0.010 0.975 0.008 0.006 54 Q 0.001 0.001 0.012 0.928 0.037 0.022 55 K 0.001 0.003 0.010 0.837 0.067 0.083 56 N 0.001 0.003 0.006 0.056 0.388 0.546 57 P 0.001 0.001 0.020 0.006 0.634 0.339 58 P 0.001 0.002 0.075 0.002 0.719 0.201 59 Y 0.002 0.005 0.110 0.004 0.643 0.236 60 E 0.005 0.014 0.036 0.010 0.443 0.494 61 P 0.004 0.006 0.004 0.009 0.163 0.813 62 P 0.004 0.004 0.094 0.514 0.189 0.195 63 D 0.013 0.003 0.061 0.716 0.118 0.090 64 Q 0.020 0.003 0.054 0.835 0.054 0.034 65 V 0.036 0.003 0.019 0.880 0.024 0.038 66 E 0.047 0.003 0.018 0.857 0.027 0.047 67 L 0.039 0.002 0.020 0.869 0.029 0.041 68 L 0.029 0.002 0.016 0.867 0.032 0.054 69 A 0.012 0.001 0.023 0.915 0.024 0.025 70 Q 0.008 0.001 0.027 0.908 0.030 0.027 71 E 0.009 0.002 0.026 0.880 0.039 0.045 72 L 0.005 0.001 0.016 0.890 0.044 0.044 73 S 0.006 0.001 0.011 0.878 0.041 0.063 74 Q 0.008 0.001 0.010 0.884 0.038 0.060 75 E 0.009 0.001 0.006 0.896 0.029 0.059 76 K 0.004 0.001 0.005 0.934 0.023 0.034 77 L 0.003 0.001 0.005 0.957 0.016 0.019 78 A 0.002 0.001 0.005 0.959 0.013 0.021 79 R 0.002 0.001 0.007 0.962 0.014 0.014 80 K 0.002 0.001 0.008 0.960 0.015 0.014 81 Q 0.004 0.001 0.007 0.952 0.016 0.021 82 L 0.003 0.001 0.006 0.964 0.010 0.017 83 E 0.002 0.001 0.009 0.969 0.010 0.009 84 E 0.003 0.001 0.007 0.967 0.012 0.011 85 L 0.002 0.001 0.005 0.968 0.012 0.013 86 N 0.002 0.001 0.007 0.961 0.013 0.016 87 K 0.002 0.001 0.014 0.924 0.033 0.026 88 T 0.003 0.001 0.021 0.860 0.079 0.036 89 L 0.003 0.002 0.017 0.789 0.129 0.060 90 G 0.007 0.003 0.027 0.539 0.268 0.156 91 N 0.012 0.003 0.047 0.588 0.228 0.123 92 E 0.036 0.011 0.067 0.553 0.188 0.145 93 L 0.028 0.008 0.104 0.570 0.208 0.081 94 S 0.043 0.003 0.073 0.525 0.236 0.120 95 D 0.037 0.003 0.056 0.518 0.196 0.191 96 I 0.117 0.009 0.019 0.487 0.143 0.226 97 K 0.177 0.009 0.011 0.451 0.072 0.280 98 L 0.297 0.008 0.034 0.415 0.102 0.144 99 S 0.350 0.008 0.048 0.333 0.109 0.152 100 L 0.336 0.006 0.103 0.364 0.105 0.086 101 L 0.445 0.004 0.068 0.283 0.106 0.094 102 S 0.452 0.006 0.074 0.252 0.101 0.116 103 L 0.427 0.019 0.038 0.196 0.121 0.198 104 K 0.185 0.011 0.023 0.170 0.175 0.435 105 G 0.092 0.009 0.037 0.106 0.195 0.562 106 D 0.086 0.018 0.047 0.116 0.221 0.512 107 Y 0.016 0.004 0.384 0.418 0.122 0.056 108 A 0.017 0.002 0.246 0.532 0.150 0.053 109 E 0.018 0.003 0.222 0.558 0.159 0.041 110 L 0.029 0.008 0.106 0.574 0.176 0.107 111 E 0.044 0.013 0.080 0.517 0.208 0.138 112 H 0.034 0.014 0.084 0.491 0.215 0.162 113 H 0.033 0.008 0.078 0.317 0.268 0.297 114 H 0.034 0.011 0.073 0.158 0.298 0.427 115 H 0.038 0.010 0.052 0.088 0.279 0.533 116 H 0.034 0.017 0.021 0.074 0.151 0.704 117 H 0.004 0.001 0.001 0.003 0.028 0.964