# TARGET T0351 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0351.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.029 0.435 0.003 0.021 0.040 0.038 0.061 0.005 0.001 0.042 0.325 2 I 0.034 0.507 0.004 0.025 0.041 0.053 0.052 0.005 0.001 0.079 0.200 3 L 0.013 0.808 0.002 0.015 0.019 0.018 0.017 0.003 0.001 0.026 0.078 4 Y 0.031 0.699 0.003 0.021 0.040 0.062 0.023 0.005 0.001 0.039 0.076 5 D 0.022 0.609 0.003 0.061 0.051 0.081 0.025 0.005 0.001 0.052 0.091 6 A 0.029 0.202 0.018 0.088 0.074 0.117 0.064 0.010 0.005 0.201 0.192 7 I 0.053 0.144 0.007 0.122 0.125 0.188 0.068 0.013 0.002 0.134 0.143 8 M 0.040 0.016 0.003 0.125 0.099 0.195 0.073 0.002 0.001 0.138 0.309 9 Y 0.005 0.004 0.003 0.131 0.108 0.143 0.108 0.001 0.001 0.045 0.451 10 K 0.013 0.006 0.005 0.152 0.067 0.119 0.123 0.003 0.004 0.063 0.445 11 Y 0.430 0.015 0.004 0.025 0.026 0.029 0.083 0.021 0.003 0.108 0.257 12 P 0.150 0.009 0.001 0.015 0.005 0.009 0.085 0.003 0.001 0.055 0.666 13 N 0.016 0.004 0.001 0.009 0.004 0.015 0.120 0.002 0.001 0.025 0.801 14 A 0.069 0.006 0.004 0.018 0.019 0.031 0.115 0.003 0.002 0.045 0.689 15 V 0.172 0.005 0.003 0.015 0.034 0.040 0.121 0.008 0.002 0.104 0.497 16 S 0.068 0.004 0.001 0.015 0.020 0.046 0.130 0.003 0.001 0.055 0.658 17 R 0.022 0.005 0.001 0.026 0.024 0.071 0.164 0.002 0.001 0.042 0.643 18 K 0.004 0.004 0.001 0.040 0.143 0.299 0.124 0.002 0.001 0.072 0.312 19 D 0.002 0.004 0.001 0.045 0.131 0.374 0.061 0.001 0.001 0.087 0.293 20 F 0.001 0.001 0.001 0.043 0.335 0.459 0.018 0.001 0.001 0.042 0.100 21 E 0.001 0.001 0.001 0.063 0.242 0.527 0.020 0.001 0.001 0.044 0.100 22 L 0.002 0.001 0.001 0.088 0.290 0.451 0.020 0.001 0.001 0.063 0.082 23 R 0.024 0.001 0.002 0.071 0.245 0.391 0.037 0.001 0.002 0.090 0.136 24 N 0.111 0.001 0.003 0.021 0.049 0.091 0.075 0.003 0.005 0.057 0.585 25 D 0.062 0.001 0.001 0.006 0.009 0.018 0.066 0.004 0.001 0.024 0.809 26 G 0.043 0.001 0.001 0.004 0.006 0.007 0.072 0.001 0.001 0.026 0.839 27 N 0.005 0.002 0.001 0.007 0.023 0.033 0.132 0.003 0.001 0.021 0.773 28 G 0.009 0.002 0.001 0.009 0.103 0.106 0.108 0.004 0.001 0.036 0.622 29 S 0.004 0.019 0.001 0.046 0.290 0.335 0.045 0.001 0.001 0.023 0.237 30 Y 0.005 0.022 0.002 0.041 0.170 0.379 0.040 0.001 0.001 0.042 0.297 31 I 0.018 0.019 0.005 0.048 0.365 0.265 0.033 0.002 0.002 0.053 0.189 32 E 0.063 0.024 0.003 0.062 0.179 0.279 0.048 0.007 0.002 0.104 0.229 33 K 0.082 0.008 0.005 0.053 0.120 0.201 0.061 0.004 0.003 0.071 0.392 34 W 0.018 0.002 0.002 0.066 0.108 0.190 0.068 0.003 0.001 0.027 0.515 35 N 0.042 0.003 0.001 0.029 0.122 0.142 0.087 0.002 0.001 0.046 0.526 36 L 0.010 0.001 0.001 0.031 0.093 0.120 0.094 0.004 0.001 0.033 0.615 37 R 0.028 0.001 0.001 0.023 0.022 0.025 0.105 0.001 0.001 0.026 0.766 38 A 0.014 0.001 0.001 0.024 0.046 0.046 0.146 0.005 0.001 0.042 0.677 39 P 0.018 0.007 0.001 0.012 0.006 0.008 0.116 0.001 0.001 0.018 0.814 40 L 0.064 0.024 0.001 0.016 0.021 0.022 0.140 0.013 0.001 0.048 0.651 41 P 0.026 0.178 0.001 0.015 0.004 0.005 0.104 0.004 0.001 0.057 0.605 42 T 0.021 0.872 0.001 0.002 0.001 0.002 0.012 0.004 0.001 0.016 0.069 43 Q 0.031 0.913 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.021 0.028 44 A 0.009 0.198 0.001 0.002 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.747 0.029 45 E 0.003 0.787 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 0.164 0.031 46 L 0.003 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.012 47 E 0.005 0.936 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.039 0.014 48 T 0.002 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.014 0.019 49 W 0.006 0.965 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.003 0.008 50 W 0.021 0.902 0.012 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.006 0.022 0.020 51 E 0.056 0.344 0.031 0.002 0.001 0.001 0.053 0.003 0.026 0.233 0.251 52 E 0.186 0.152 0.036 0.004 0.001 0.002 0.069 0.029 0.014 0.250 0.259 53 L 0.266 0.009 0.013 0.015 0.001 0.003 0.097 0.020 0.008 0.194 0.374 54 Q 0.047 0.002 0.002 0.018 0.002 0.007 0.069 0.001 0.001 0.027 0.824 55 K 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.051 0.001 0.001 0.003 0.938 56 N 0.037 0.001 0.001 0.003 0.008 0.008 0.153 0.049 0.001 0.043 0.697 57 P 0.328 0.004 0.001 0.010 0.001 0.002 0.079 0.005 0.001 0.073 0.498 58 P 0.022 0.001 0.001 0.007 0.002 0.007 0.089 0.001 0.001 0.017 0.855 59 Y 0.013 0.002 0.001 0.030 0.007 0.019 0.119 0.001 0.001 0.021 0.787 60 E 0.058 0.026 0.001 0.022 0.015 0.013 0.126 0.003 0.001 0.028 0.708 61 P 0.110 0.059 0.001 0.009 0.016 0.014 0.123 0.026 0.001 0.045 0.597 62 P 0.075 0.252 0.001 0.009 0.004 0.006 0.078 0.005 0.001 0.029 0.540 63 D 0.050 0.688 0.003 0.009 0.004 0.009 0.037 0.005 0.001 0.019 0.175 64 Q 0.020 0.851 0.002 0.005 0.005 0.005 0.014 0.003 0.001 0.010 0.084 65 V 0.029 0.885 0.001 0.002 0.007 0.008 0.008 0.006 0.001 0.005 0.048 66 E 0.019 0.883 0.001 0.004 0.005 0.004 0.009 0.003 0.001 0.014 0.057 67 L 0.033 0.697 0.025 0.006 0.007 0.008 0.029 0.010 0.007 0.052 0.126 68 L 0.115 0.683 0.005 0.005 0.003 0.005 0.024 0.019 0.002 0.049 0.092 69 A 0.092 0.277 0.020 0.009 0.006 0.011 0.044 0.010 0.010 0.200 0.321 70 Q 0.033 0.488 0.008 0.007 0.003 0.006 0.057 0.004 0.003 0.055 0.336 71 E 0.054 0.573 0.006 0.004 0.003 0.006 0.027 0.006 0.002 0.039 0.280 72 L 0.028 0.638 0.003 0.004 0.002 0.003 0.029 0.005 0.001 0.049 0.239 73 S 0.012 0.911 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 0.009 0.054 74 Q 0.005 0.965 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.004 0.019 75 E 0.014 0.947 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.013 0.018 76 K 0.013 0.914 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.035 0.030 77 L 0.012 0.855 0.019 0.002 0.001 0.001 0.010 0.006 0.005 0.052 0.037 78 A 0.034 0.908 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.010 0.001 0.010 0.028 79 R 0.019 0.824 0.002 0.002 0.001 0.001 0.011 0.002 0.001 0.026 0.111 80 K 0.016 0.784 0.008 0.003 0.001 0.001 0.020 0.002 0.002 0.039 0.124 81 Q 0.036 0.752 0.010 0.003 0.001 0.002 0.020 0.013 0.003 0.063 0.097 82 L 0.179 0.479 0.008 0.004 0.002 0.003 0.027 0.017 0.003 0.137 0.141 83 E 0.090 0.449 0.007 0.011 0.001 0.003 0.043 0.005 0.003 0.095 0.293 84 E 0.057 0.087 0.006 0.011 0.003 0.006 0.068 0.004 0.002 0.401 0.356 85 L 0.039 0.355 0.011 0.020 0.005 0.011 0.079 0.014 0.004 0.150 0.311 86 N 0.241 0.150 0.015 0.012 0.004 0.009 0.071 0.012 0.006 0.064 0.415 87 K 0.192 0.091 0.008 0.021 0.005 0.011 0.086 0.011 0.005 0.092 0.478 88 T 0.081 0.129 0.001 0.007 0.003 0.007 0.106 0.003 0.001 0.047 0.615 89 L 0.057 0.592 0.007 0.006 0.001 0.002 0.038 0.022 0.002 0.011 0.263 90 G 0.089 0.415 0.004 0.007 0.002 0.002 0.051 0.010 0.001 0.103 0.317 91 N 0.027 0.379 0.014 0.007 0.003 0.005 0.064 0.005 0.005 0.229 0.262 92 E 0.051 0.811 0.001 0.002 0.001 0.002 0.018 0.006 0.001 0.034 0.073 93 L 0.030 0.805 0.008 0.006 0.002 0.003 0.016 0.008 0.003 0.042 0.077 94 S 0.020 0.877 0.001 0.004 0.002 0.004 0.016 0.002 0.001 0.012 0.063 95 D 0.007 0.405 0.005 0.016 0.006 0.011 0.027 0.002 0.001 0.383 0.136 96 I 0.010 0.810 0.006 0.006 0.008 0.010 0.022 0.005 0.001 0.069 0.053 97 K 0.032 0.754 0.004 0.012 0.006 0.014 0.013 0.004 0.001 0.095 0.066 98 L 0.033 0.525 0.018 0.021 0.019 0.022 0.032 0.004 0.004 0.165 0.156 99 S 0.058 0.631 0.005 0.022 0.018 0.032 0.036 0.013 0.002 0.067 0.117 100 L 0.109 0.312 0.027 0.030 0.031 0.049 0.059 0.021 0.011 0.095 0.256 101 L 0.111 0.141 0.015 0.061 0.062 0.081 0.108 0.009 0.008 0.066 0.338 102 S 0.073 0.056 0.005 0.030 0.024 0.056 0.122 0.005 0.003 0.055 0.570 103 L 0.106 0.062 0.005 0.049 0.046 0.053 0.123 0.010 0.002 0.057 0.486 104 K 0.094 0.088 0.005 0.043 0.033 0.067 0.122 0.006 0.003 0.043 0.495 105 G 0.029 0.052 0.005 0.029 0.035 0.066 0.098 0.005 0.003 0.024 0.653 106 D 0.106 0.318 0.004 0.018 0.044 0.056 0.063 0.018 0.002 0.035 0.336 107 Y 0.248 0.373 0.005 0.008 0.018 0.025 0.036 0.010 0.002 0.025 0.249 108 A 0.044 0.431 0.005 0.011 0.030 0.058 0.052 0.007 0.002 0.023 0.338 109 E 0.069 0.397 0.022 0.007 0.028 0.055 0.050 0.008 0.010 0.029 0.324 110 L 0.297 0.212 0.014 0.005 0.032 0.033 0.039 0.020 0.006 0.036 0.306 111 E 0.218 0.092 0.003 0.004 0.027 0.041 0.047 0.008 0.002 0.031 0.527 112 H 0.032 0.025 0.004 0.006 0.008 0.020 0.049 0.001 0.001 0.014 0.838 113 H 0.039 0.028 0.005 0.008 0.024 0.036 0.063 0.006 0.001 0.037 0.752 114 H 0.094 0.013 0.002 0.005 0.022 0.019 0.068 0.004 0.001 0.053 0.720 115 H 0.039 0.007 0.001 0.010 0.021 0.023 0.081 0.002 0.001 0.039 0.776 116 H 0.021 0.009 0.001 0.012 0.018 0.022 0.113 0.002 0.001 0.028 0.776 117 H 0.024 0.008 0.001 0.017 0.032 0.032 0.149 0.006 0.001 0.034 0.696