# TARGET T0351 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0351.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.110 0.043 0.010 0.022 0.014 0.024 0.060 0.003 0.001 0.005 0.709 2 I 0.084 0.043 0.011 0.032 0.025 0.035 0.114 0.003 0.001 0.005 0.648 3 L 0.108 0.064 0.009 0.032 0.026 0.044 0.118 0.002 0.001 0.006 0.592 4 Y 0.022 0.146 0.004 0.054 0.026 0.081 0.101 0.001 0.001 0.003 0.562 5 D 0.020 0.234 0.001 0.022 0.020 0.031 0.072 0.001 0.001 0.002 0.597 6 A 0.054 0.536 0.001 0.020 0.028 0.052 0.093 0.003 0.001 0.004 0.209 7 I 0.019 0.809 0.001 0.025 0.024 0.045 0.012 0.002 0.001 0.001 0.062 8 M 0.045 0.825 0.001 0.006 0.012 0.020 0.009 0.005 0.001 0.001 0.075 9 Y 0.070 0.800 0.003 0.009 0.012 0.033 0.004 0.021 0.001 0.001 0.048 10 K 0.230 0.479 0.019 0.005 0.006 0.007 0.005 0.053 0.001 0.001 0.196 11 Y 0.184 0.259 0.168 0.022 0.023 0.029 0.032 0.030 0.001 0.002 0.252 12 P 0.002 0.003 0.006 0.004 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.976 13 N 0.041 0.005 0.003 0.022 0.012 0.012 0.106 0.004 0.001 0.001 0.795 14 A 0.618 0.017 0.007 0.017 0.003 0.008 0.026 0.001 0.001 0.009 0.295 15 V 0.076 0.048 0.002 0.050 0.029 0.033 0.158 0.003 0.001 0.002 0.599 16 S 0.062 0.011 0.001 0.017 0.006 0.010 0.037 0.001 0.001 0.002 0.852 17 R 0.133 0.035 0.002 0.050 0.030 0.060 0.115 0.003 0.001 0.009 0.563 18 K 0.229 0.030 0.006 0.031 0.056 0.067 0.204 0.005 0.001 0.025 0.348 19 D 0.147 0.031 0.011 0.053 0.065 0.109 0.107 0.004 0.001 0.010 0.462 20 F 0.057 0.018 0.013 0.131 0.190 0.222 0.051 0.002 0.001 0.006 0.309 21 E 0.029 0.009 0.005 0.112 0.239 0.251 0.095 0.001 0.001 0.004 0.254 22 L 0.012 0.004 0.005 0.062 0.193 0.257 0.031 0.001 0.001 0.002 0.433 23 R 0.005 0.002 0.001 0.092 0.307 0.443 0.035 0.001 0.001 0.001 0.114 24 N 0.012 0.003 0.001 0.041 0.148 0.248 0.091 0.001 0.001 0.005 0.452 25 D 0.023 0.005 0.001 0.056 0.102 0.157 0.149 0.001 0.001 0.011 0.495 26 G 0.044 0.004 0.001 0.018 0.031 0.038 0.312 0.001 0.001 0.027 0.523 27 N 0.152 0.007 0.002 0.011 0.013 0.013 0.367 0.001 0.001 0.048 0.385 28 G 0.204 0.017 0.010 0.014 0.017 0.022 0.228 0.001 0.001 0.042 0.444 29 S 0.099 0.025 0.014 0.020 0.055 0.061 0.318 0.001 0.001 0.018 0.389 30 Y 0.019 0.015 0.005 0.017 0.073 0.134 0.181 0.001 0.001 0.005 0.551 31 I 0.009 0.021 0.001 0.038 0.193 0.484 0.060 0.001 0.001 0.002 0.191 32 E 0.011 0.042 0.001 0.031 0.203 0.381 0.059 0.001 0.001 0.002 0.270 33 K 0.028 0.080 0.001 0.022 0.138 0.295 0.060 0.002 0.001 0.004 0.370 34 W 0.100 0.147 0.004 0.065 0.144 0.209 0.064 0.006 0.001 0.005 0.255 35 N 0.085 0.102 0.005 0.051 0.108 0.133 0.084 0.014 0.001 0.007 0.412 36 L 0.093 0.070 0.026 0.055 0.071 0.127 0.054 0.007 0.001 0.007 0.490 37 R 0.068 0.029 0.012 0.043 0.048 0.084 0.066 0.010 0.001 0.004 0.635 38 A 0.106 0.013 0.016 0.043 0.033 0.071 0.054 0.003 0.001 0.003 0.658 39 P 0.006 0.001 0.002 0.008 0.003 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.969 40 L 0.077 0.003 0.003 0.064 0.014 0.055 0.140 0.001 0.001 0.005 0.637 41 P 0.016 0.001 0.001 0.008 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.961 42 T 0.042 0.007 0.001 0.034 0.010 0.017 0.196 0.001 0.001 0.002 0.692 43 Q 0.056 0.013 0.001 0.012 0.001 0.003 0.061 0.001 0.001 0.002 0.851 44 A 0.024 0.087 0.001 0.012 0.004 0.005 0.226 0.001 0.001 0.002 0.641 45 E 0.088 0.127 0.001 0.004 0.002 0.008 0.541 0.001 0.001 0.007 0.222 46 L 0.059 0.815 0.001 0.007 0.002 0.005 0.018 0.002 0.001 0.001 0.090 47 E 0.010 0.923 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.061 48 T 0.009 0.862 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.002 0.001 0.001 0.112 49 W 0.014 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.032 50 W 0.004 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 51 E 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 52 E 0.008 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 53 L 0.014 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 54 Q 0.061 0.905 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.017 55 K 0.118 0.762 0.047 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.056 56 N 0.168 0.385 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 0.194 0.001 0.001 0.241 57 P 0.187 0.036 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.746 58 P 0.006 0.001 0.011 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.972 59 Y 0.059 0.002 0.007 0.033 0.002 0.010 0.098 0.001 0.001 0.001 0.786 60 E 0.223 0.003 0.002 0.041 0.002 0.005 0.043 0.001 0.001 0.002 0.679 61 P 0.034 0.003 0.001 0.027 0.002 0.004 0.043 0.001 0.001 0.001 0.886 62 P 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.984 63 D 0.041 0.005 0.001 0.050 0.007 0.020 0.274 0.001 0.001 0.006 0.596 64 Q 0.279 0.026 0.001 0.017 0.007 0.011 0.127 0.001 0.001 0.007 0.526 65 V 0.151 0.362 0.002 0.048 0.014 0.028 0.067 0.001 0.001 0.003 0.323 66 E 0.067 0.366 0.002 0.027 0.014 0.032 0.087 0.002 0.001 0.003 0.399 67 L 0.088 0.540 0.003 0.014 0.011 0.021 0.038 0.004 0.001 0.002 0.279 68 L 0.069 0.695 0.004 0.006 0.010 0.013 0.020 0.006 0.001 0.001 0.176 69 A 0.043 0.722 0.007 0.008 0.011 0.030 0.029 0.007 0.001 0.002 0.142 70 Q 0.042 0.666 0.004 0.009 0.015 0.026 0.021 0.012 0.001 0.001 0.203 71 E 0.113 0.715 0.005 0.004 0.005 0.007 0.015 0.012 0.001 0.001 0.124 72 L 0.077 0.785 0.010 0.005 0.005 0.007 0.010 0.011 0.001 0.001 0.088 73 S 0.065 0.615 0.015 0.006 0.005 0.010 0.042 0.011 0.001 0.002 0.228 74 Q 0.078 0.489 0.024 0.005 0.005 0.008 0.054 0.011 0.001 0.002 0.323 75 E 0.070 0.630 0.008 0.006 0.004 0.006 0.034 0.007 0.001 0.002 0.233 76 K 0.042 0.634 0.004 0.006 0.005 0.007 0.073 0.009 0.001 0.003 0.218 77 L 0.039 0.765 0.004 0.003 0.002 0.004 0.020 0.003 0.001 0.001 0.158 78 A 0.029 0.869 0.002 0.002 0.002 0.004 0.008 0.003 0.001 0.001 0.081 79 R 0.029 0.891 0.002 0.002 0.002 0.006 0.007 0.006 0.001 0.001 0.054 80 K 0.044 0.823 0.003 0.001 0.001 0.002 0.005 0.008 0.001 0.001 0.112 81 Q 0.050 0.873 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 0.060 82 L 0.043 0.874 0.007 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 0.001 0.001 0.062 83 E 0.020 0.822 0.007 0.002 0.001 0.003 0.009 0.009 0.001 0.001 0.126 84 E 0.071 0.707 0.005 0.001 0.002 0.004 0.026 0.016 0.001 0.002 0.164 85 L 0.124 0.745 0.009 0.001 0.002 0.002 0.008 0.010 0.001 0.001 0.099 86 N 0.037 0.802 0.005 0.005 0.005 0.004 0.014 0.020 0.001 0.001 0.107 87 K 0.073 0.639 0.012 0.003 0.003 0.004 0.034 0.020 0.001 0.003 0.207 88 T 0.243 0.558 0.028 0.002 0.003 0.004 0.042 0.018 0.001 0.004 0.098 89 L 0.128 0.524 0.024 0.009 0.005 0.007 0.073 0.036 0.001 0.004 0.189 90 G 0.129 0.287 0.020 0.012 0.007 0.007 0.096 0.041 0.001 0.012 0.389 91 N 0.112 0.302 0.061 0.003 0.001 0.002 0.102 0.004 0.001 0.007 0.405 92 E 0.031 0.290 0.004 0.006 0.004 0.005 0.168 0.012 0.001 0.003 0.477 93 L 0.128 0.405 0.006 0.014 0.007 0.014 0.101 0.017 0.001 0.014 0.294 94 S 0.049 0.801 0.004 0.003 0.003 0.009 0.029 0.003 0.001 0.002 0.098 95 D 0.050 0.815 0.001 0.002 0.002 0.004 0.005 0.016 0.001 0.001 0.104 96 I 0.118 0.791 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.077 97 K 0.049 0.822 0.007 0.003 0.008 0.008 0.016 0.020 0.001 0.002 0.066 98 L 0.033 0.759 0.039 0.010 0.017 0.033 0.018 0.013 0.001 0.002 0.076 99 S 0.021 0.718 0.006 0.050 0.042 0.067 0.022 0.014 0.001 0.001 0.057 100 L 0.048 0.565 0.009 0.038 0.039 0.063 0.036 0.032 0.001 0.003 0.166 101 L 0.062 0.491 0.019 0.151 0.083 0.075 0.015 0.028 0.001 0.002 0.074 102 S 0.069 0.341 0.029 0.078 0.052 0.077 0.069 0.033 0.001 0.007 0.244 103 L 0.061 0.175 0.046 0.158 0.111 0.133 0.051 0.020 0.001 0.005 0.238 104 K 0.060 0.086 0.014 0.131 0.055 0.098 0.116 0.020 0.001 0.008 0.411 105 G 0.071 0.040 0.049 0.094 0.043 0.060 0.102 0.007 0.001 0.012 0.522 106 D 0.043 0.024 0.008 0.044 0.025 0.040 0.285 0.003 0.001 0.007 0.521 107 Y 0.059 0.026 0.010 0.044 0.016 0.025 0.109 0.002 0.001 0.011 0.696 108 A 0.035 0.061 0.003 0.030 0.020 0.032 0.254 0.001 0.001 0.010 0.553 109 E 0.085 0.066 0.002 0.013 0.020 0.028 0.322 0.005 0.001 0.018 0.440 110 L 0.240 0.336 0.005 0.020 0.019 0.030 0.073 0.006 0.001 0.009 0.262 111 E 0.101 0.408 0.006 0.014 0.025 0.033 0.096 0.010 0.001 0.008 0.298 112 H 0.145 0.321 0.008 0.010 0.021 0.035 0.080 0.018 0.001 0.007 0.353 113 H 0.254 0.260 0.011 0.010 0.017 0.019 0.038 0.026 0.001 0.004 0.360 114 H 0.196 0.200 0.025 0.013 0.017 0.020 0.085 0.018 0.001 0.008 0.419 115 H 0.082 0.068 0.025 0.012 0.015 0.025 0.080 0.007 0.001 0.006 0.681 116 H 0.112 0.048 0.009 0.020 0.020 0.027 0.129 0.008 0.001 0.006 0.621 117 H 0.177 0.051 0.011 0.023 0.015 0.025 0.092 0.004 0.001 0.009 0.593