# TARGET T0351 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0351.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.018 0.008 0.013 0.495 0.129 0.338 2 I 0.024 0.009 0.007 0.698 0.048 0.214 3 L 0.005 0.002 0.006 0.965 0.009 0.014 4 Y 0.011 0.001 0.008 0.949 0.018 0.012 5 D 0.008 0.001 0.008 0.952 0.024 0.007 6 A 0.011 0.001 0.008 0.965 0.012 0.004 7 I 0.005 0.001 0.004 0.983 0.004 0.003 8 M 0.007 0.001 0.008 0.970 0.007 0.007 9 Y 0.013 0.001 0.010 0.944 0.013 0.018 10 K 0.030 0.005 0.010 0.820 0.032 0.103 11 Y 0.036 0.021 0.011 0.100 0.302 0.529 12 P 0.022 0.009 0.030 0.057 0.534 0.347 13 N 0.032 0.011 0.041 0.027 0.622 0.267 14 A 0.081 0.041 0.027 0.013 0.495 0.343 15 V 0.085 0.031 0.019 0.011 0.269 0.585 16 S 0.134 0.027 0.034 0.015 0.337 0.453 17 R 0.132 0.017 0.144 0.020 0.419 0.268 18 K 0.255 0.008 0.109 0.020 0.368 0.240 19 D 0.438 0.011 0.092 0.021 0.248 0.190 20 F 0.633 0.012 0.018 0.021 0.125 0.191 21 E 0.821 0.009 0.005 0.012 0.047 0.106 22 L 0.858 0.022 0.005 0.013 0.045 0.057 23 R 0.799 0.024 0.005 0.012 0.092 0.068 24 N 0.516 0.013 0.011 0.015 0.293 0.152 25 D 0.156 0.011 0.016 0.010 0.604 0.203 26 G 0.098 0.014 0.017 0.010 0.583 0.278 27 N 0.081 0.026 0.009 0.012 0.414 0.458 28 G 0.113 0.014 0.006 0.011 0.322 0.534 29 S 0.300 0.012 0.013 0.021 0.181 0.474 30 Y 0.746 0.026 0.020 0.029 0.063 0.116 31 I 0.817 0.014 0.019 0.041 0.048 0.061 32 E 0.842 0.004 0.020 0.040 0.033 0.060 33 K 0.796 0.008 0.017 0.051 0.038 0.090 34 W 0.621 0.011 0.029 0.058 0.079 0.203 35 N 0.386 0.021 0.019 0.024 0.107 0.444 36 L 0.167 0.018 0.011 0.011 0.173 0.620 37 R 0.081 0.013 0.009 0.009 0.197 0.690 38 A 0.029 0.006 0.007 0.003 0.220 0.735 39 P 0.015 0.011 0.011 0.007 0.180 0.777 40 L 0.008 0.010 0.003 0.004 0.079 0.896 41 P 0.008 0.016 0.002 0.008 0.085 0.882 42 T 0.004 0.007 0.001 0.047 0.060 0.881 43 Q 0.001 0.001 0.007 0.981 0.006 0.006 44 A 0.001 0.001 0.006 0.991 0.002 0.001 45 E 0.001 0.001 0.008 0.987 0.003 0.001 46 L 0.001 0.001 0.002 0.992 0.002 0.003 47 E 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.002 48 T 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 49 W 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 50 W 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 51 E 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 52 E 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 53 L 0.001 0.001 0.005 0.981 0.007 0.007 54 Q 0.001 0.002 0.009 0.900 0.041 0.047 55 K 0.001 0.004 0.009 0.761 0.083 0.142 56 N 0.002 0.005 0.005 0.087 0.336 0.565 57 P 0.001 0.001 0.008 0.005 0.722 0.264 58 P 0.001 0.003 0.062 0.004 0.803 0.127 59 Y 0.001 0.005 0.081 0.009 0.766 0.137 60 E 0.003 0.010 0.020 0.012 0.631 0.324 61 P 0.001 0.005 0.004 0.015 0.144 0.830 62 P 0.001 0.004 0.086 0.763 0.081 0.065 63 D 0.004 0.002 0.062 0.827 0.070 0.035 64 Q 0.003 0.001 0.049 0.910 0.026 0.011 65 V 0.008 0.001 0.023 0.939 0.015 0.014 66 E 0.013 0.002 0.029 0.916 0.023 0.017 67 L 0.007 0.001 0.026 0.919 0.025 0.021 68 L 0.006 0.002 0.012 0.925 0.021 0.034 69 A 0.003 0.001 0.019 0.942 0.017 0.018 70 Q 0.003 0.001 0.028 0.902 0.035 0.031 71 E 0.004 0.002 0.040 0.851 0.054 0.050 72 L 0.004 0.003 0.021 0.829 0.063 0.081 73 S 0.002 0.001 0.007 0.820 0.040 0.130 74 Q 0.001 0.001 0.005 0.943 0.016 0.034 75 E 0.002 0.001 0.004 0.957 0.014 0.021 76 K 0.003 0.001 0.005 0.953 0.020 0.019 77 L 0.003 0.001 0.006 0.955 0.016 0.020 78 A 0.002 0.001 0.005 0.965 0.009 0.017 79 R 0.002 0.001 0.006 0.961 0.011 0.019 80 K 0.001 0.001 0.005 0.977 0.006 0.010 81 Q 0.001 0.001 0.005 0.980 0.006 0.008 82 L 0.001 0.001 0.005 0.974 0.007 0.014 83 E 0.001 0.001 0.005 0.973 0.009 0.012 84 E 0.001 0.001 0.004 0.977 0.009 0.009 85 L 0.001 0.001 0.005 0.962 0.015 0.016 86 N 0.001 0.001 0.008 0.877 0.046 0.066 87 K 0.001 0.001 0.011 0.924 0.032 0.031 88 T 0.001 0.001 0.006 0.964 0.014 0.014 89 L 0.001 0.001 0.004 0.973 0.011 0.011 90 G 0.002 0.001 0.009 0.941 0.021 0.026 91 N 0.002 0.001 0.013 0.949 0.020 0.015 92 E 0.003 0.001 0.011 0.957 0.017 0.011 93 L 0.002 0.001 0.013 0.947 0.028 0.009 94 S 0.003 0.001 0.020 0.875 0.074 0.027 95 D 0.009 0.001 0.040 0.718 0.154 0.078 96 I 0.085 0.011 0.030 0.498 0.223 0.153 97 K 0.199 0.011 0.015 0.315 0.110 0.350 98 L 0.381 0.011 0.029 0.174 0.132 0.273 99 S 0.436 0.007 0.055 0.118 0.151 0.233 100 L 0.637 0.008 0.075 0.116 0.074 0.091 101 L 0.693 0.004 0.043 0.093 0.063 0.103 102 S 0.606 0.007 0.047 0.086 0.078 0.176 103 L 0.440 0.027 0.027 0.104 0.105 0.298 104 K 0.186 0.014 0.021 0.077 0.208 0.494 105 G 0.082 0.009 0.044 0.057 0.275 0.533 106 D 0.093 0.015 0.083 0.097 0.301 0.411 107 Y 0.028 0.006 0.424 0.325 0.158 0.059 108 A 0.035 0.006 0.281 0.322 0.247 0.109 109 E 0.029 0.007 0.270 0.393 0.226 0.074 110 L 0.047 0.011 0.193 0.406 0.222 0.120 111 E 0.084 0.014 0.145 0.391 0.230 0.136 112 H 0.072 0.019 0.127 0.381 0.239 0.162 113 H 0.061 0.018 0.077 0.223 0.313 0.308 114 H 0.051 0.013 0.047 0.081 0.388 0.419 115 H 0.039 0.011 0.034 0.053 0.372 0.491 116 H 0.040 0.019 0.016 0.044 0.232 0.649 117 H 0.026 0.010 0.003 0.012 0.110 0.839