This file specifies which residues will be varied Column 2: Chain Column 4-7: sequential residue number Column 9-12: pdb residue number Column 14-18: id (described below) Column 21-40: amino acids to be used NATAA => use native amino acid ALLAA => all amino acids NATRO => native amino acid and rotamer PIKAA => select inividual amino acids POLAR => polar amino acids APOLA => apolar amino acids The following demo lines are in the proper format A 1 3 NATAA A 2 4 ALLAA A 3 6 NATRO A 4 7 NATAA B 5 1 PIKAA DFLM B 6 2 PIKAA HIL B 7 3 POLAR ------------------------------------------------- start A 1 1 NATAA M A 2 2 NATAA I A 3 3 NATAA L A 4 4 NATAA Y A 5 5 NATAA D A 6 6 NATAA A A 7 7 NATAA I A 8 8 NATAA M A 9 9 NATAA Y A 10 10 NATAA K A 11 11 NATAA Y A 12 12 NATRO P A 13 13 NATAA N A 14 14 NATAA A A 15 15 NATAA V A 16 16 NATAA S A 17 17 NATAA R A 18 18 NATAA K A 19 19 NATAA D A 20 20 NATAA F A 21 21 NATAA E A 22 22 NATAA L A 23 23 NATAA R A 24 24 NATAA N A 25 25 NATAA D A 26 26 NATAA G A 27 27 NATAA N A 28 28 NATAA G A 29 29 NATAA S A 30 30 NATAA Y A 31 31 NATAA I A 32 32 NATAA E A 33 33 NATAA K A 34 34 NATAA W A 35 35 NATAA N A 36 36 NATAA L A 37 37 NATAA R A 38 38 NATAA A A 39 39 NATRO P A 40 40 NATAA L A 41 41 NATRO P A 42 42 NATAA T A 43 43 NATAA Q A 44 44 NATAA A A 45 45 NATAA E A 46 46 NATAA L A 47 47 NATAA E A 48 48 NATAA T A 49 49 NATAA W A 50 50 NATAA W A 51 51 NATAA E A 52 52 NATAA E A 53 53 NATAA L A 54 54 NATAA Q A 55 55 NATAA K A 56 56 NATAA N A 57 57 NATRO P A 58 58 NATRO P A 59 59 NATAA Y A 60 60 NATAA E A 61 61 NATRO P A 62 62 NATRO P A 63 63 NATAA D A 64 64 NATAA Q A 65 65 NATAA V A 66 66 NATAA E A 67 67 NATAA L A 68 68 NATAA L A 69 69 NATAA A A 70 70 NATAA Q A 71 71 NATAA E A 72 72 NATAA L A 73 73 NATAA S A 74 74 NATAA Q A 75 75 NATAA E A 76 76 NATAA K A 77 77 NATAA L A 78 78 NATAA A A 79 79 NATAA R A 80 80 NATAA K A 81 81 NATAA Q A 82 82 NATAA L A 83 83 NATAA E A 84 84 NATAA E A 85 85 NATAA L A 86 86 NATAA N A 87 87 NATAA K A 88 88 NATAA T A 89 89 NATAA L A 90 90 NATAA G A 91 91 NATAA N A 92 92 NATAA E A 93 93 NATAA L A 94 94 NATAA S A 95 95 NATAA D A 96 96 NATAA I A 97 97 NATAA K A 98 98 NATAA L A 99 99 NATAA S A 100 100 NATAA L A 101 101 NATAA L A 102 102 NATAA S A 103 103 NATAA L A 104 104 NATAA K A 105 105 NATAA G A 106 106 NATAA D A 107 107 NATAA Y A 108 108 NATAA A A 109 109 NATAA E A 110 110 NATAA L A 111 111 NATAA E A 112 112 NATAA H A 113 113 NATAA H A 114 114 NATAA H A 115 115 NATAA H A 116 116 NATAA H A 117 117 NATAA H