# TARGET T0348 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0348.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 29.7212 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.010 0.116 0.003 0.016 0.020 0.018 0.105 0.006 0.001 0.035 0.671 2 D 0.098 0.803 0.001 0.002 0.002 0.002 0.012 0.007 0.001 0.012 0.060 3 A 0.123 0.693 0.008 0.005 0.003 0.003 0.017 0.006 0.002 0.035 0.105 4 K 0.076 0.477 0.004 0.008 0.012 0.031 0.057 0.008 0.002 0.042 0.283 5 F 0.131 0.382 0.006 0.022 0.030 0.052 0.065 0.018 0.002 0.079 0.213 6 L 0.142 0.137 0.009 0.069 0.054 0.074 0.124 0.013 0.003 0.127 0.247 7 E 0.033 0.062 0.004 0.118 0.095 0.271 0.090 0.006 0.001 0.057 0.262 8 I 0.023 0.009 0.003 0.075 0.091 0.154 0.094 0.001 0.001 0.052 0.497 9 L 0.007 0.004 0.003 0.118 0.210 0.248 0.086 0.002 0.001 0.043 0.277 10 V 0.023 0.010 0.003 0.064 0.075 0.137 0.095 0.003 0.002 0.061 0.527 11 C 0.090 0.003 0.004 0.049 0.120 0.132 0.115 0.019 0.003 0.101 0.364 12 P 0.097 0.003 0.003 0.053 0.026 0.059 0.093 0.004 0.003 0.062 0.598 13 L 0.082 0.001 0.001 0.027 0.020 0.037 0.093 0.002 0.001 0.026 0.710 14 C 0.025 0.001 0.001 0.029 0.045 0.051 0.109 0.003 0.001 0.024 0.713 15 K 0.014 0.004 0.001 0.017 0.016 0.026 0.125 0.002 0.001 0.016 0.779 16 G 0.018 0.003 0.001 0.024 0.137 0.145 0.141 0.028 0.001 0.049 0.453 17 P 0.041 0.019 0.001 0.067 0.059 0.110 0.120 0.003 0.001 0.037 0.542 18 L 0.016 0.007 0.001 0.075 0.117 0.257 0.067 0.002 0.001 0.039 0.419 19 V 0.015 0.009 0.001 0.068 0.133 0.174 0.086 0.001 0.001 0.060 0.453 20 F 0.003 0.006 0.002 0.066 0.086 0.129 0.111 0.002 0.001 0.027 0.567 21 D 0.279 0.064 0.006 0.026 0.071 0.066 0.066 0.008 0.006 0.075 0.333 22 K 0.227 0.040 0.007 0.016 0.012 0.014 0.070 0.006 0.004 0.061 0.543 23 S 0.094 0.072 0.002 0.007 0.009 0.018 0.077 0.008 0.001 0.028 0.684 24 K 0.176 0.151 0.004 0.013 0.014 0.020 0.074 0.011 0.001 0.037 0.499 25 D 0.074 0.126 0.002 0.023 0.073 0.104 0.102 0.015 0.001 0.040 0.442 26 E 0.039 0.054 0.002 0.036 0.102 0.176 0.082 0.003 0.001 0.038 0.468 27 L 0.018 0.022 0.004 0.066 0.155 0.151 0.111 0.002 0.001 0.040 0.429 28 I 0.064 0.041 0.005 0.061 0.103 0.141 0.112 0.005 0.003 0.048 0.416 29 C 0.250 0.035 0.008 0.032 0.033 0.058 0.086 0.009 0.006 0.054 0.430 30 K 0.115 0.051 0.004 0.021 0.021 0.044 0.079 0.010 0.002 0.046 0.606 31 G 0.073 0.022 0.006 0.020 0.028 0.062 0.107 0.006 0.002 0.048 0.627 32 D 0.030 0.021 0.002 0.040 0.143 0.224 0.079 0.008 0.001 0.045 0.406 33 R 0.043 0.007 0.001 0.040 0.087 0.140 0.083 0.002 0.001 0.050 0.546 34 L 0.007 0.005 0.001 0.055 0.259 0.229 0.061 0.002 0.001 0.025 0.356 35 A 0.008 0.005 0.001 0.030 0.067 0.099 0.080 0.001 0.001 0.019 0.691 36 F 0.007 0.003 0.001 0.020 0.320 0.248 0.067 0.004 0.001 0.026 0.303 37 P 0.046 0.023 0.015 0.044 0.040 0.069 0.100 0.003 0.011 0.049 0.600 38 I 0.332 0.020 0.009 0.013 0.047 0.065 0.047 0.034 0.006 0.075 0.353 39 K 0.598 0.008 0.001 0.006 0.006 0.007 0.034 0.003 0.001 0.036 0.302 40 D 0.014 0.005 0.001 0.035 0.018 0.041 0.106 0.001 0.001 0.013 0.764 41 G 0.011 0.014 0.001 0.033 0.017 0.021 0.085 0.001 0.001 0.015 0.802 42 I 0.016 0.009 0.001 0.067 0.337 0.092 0.109 0.016 0.001 0.042 0.311 43 P 0.015 0.017 0.001 0.209 0.056 0.105 0.093 0.002 0.001 0.034 0.468 44 M 0.010 0.004 0.001 0.198 0.168 0.210 0.056 0.001 0.001 0.044 0.308 45 M 0.002 0.008 0.002 0.336 0.071 0.087 0.085 0.001 0.001 0.022 0.384 46 L 0.081 0.092 0.007 0.135 0.096 0.099 0.076 0.011 0.005 0.049 0.350 47 E 0.276 0.178 0.005 0.051 0.014 0.019 0.062 0.019 0.004 0.063 0.310 48 S 0.141 0.213 0.008 0.014 0.011 0.023 0.072 0.008 0.005 0.051 0.454 49 E 0.149 0.214 0.013 0.018 0.031 0.060 0.085 0.014 0.005 0.041 0.369 50 A 0.189 0.094 0.002 0.012 0.035 0.056 0.077 0.023 0.001 0.040 0.470 51 R 0.170 0.022 0.001 0.013 0.045 0.048 0.075 0.003 0.001 0.039 0.584 52 E 0.004 0.011 0.001 0.017 0.023 0.044 0.110 0.001 0.001 0.010 0.780 53 L 0.004 0.036 0.003 0.012 0.026 0.032 0.098 0.002 0.001 0.010 0.776 54 A 0.348 0.382 0.004 0.004 0.012 0.008 0.033 0.029 0.002 0.034 0.144 55 P 0.146 0.548 0.003 0.003 0.001 0.002 0.024 0.007 0.001 0.036 0.230 56 E 0.110 0.564 0.007 0.004 0.003 0.006 0.030 0.005 0.002 0.025 0.246 57 E 0.123 0.539 0.003 0.006 0.011 0.015 0.037 0.010 0.001 0.032 0.221 58 E 0.113 0.321 0.005 0.007 0.025 0.034 0.061 0.012 0.002 0.048 0.371 59 V 0.089 0.275 0.005 0.011 0.038 0.041 0.067 0.006 0.002 0.029 0.437 60 K 0.069 0.289 0.010 0.007 0.025 0.041 0.074 0.008 0.007 0.024 0.446 61 L 0.227 0.223 0.011 0.005 0.014 0.021 0.054 0.017 0.005 0.033 0.392 62 E 0.178 0.166 0.005 0.008 0.015 0.033 0.053 0.012 0.003 0.047 0.480 63 H 0.067 0.066 0.009 0.009 0.011 0.032 0.066 0.004 0.002 0.042 0.692 64 H 0.077 0.026 0.007 0.018 0.026 0.043 0.069 0.004 0.002 0.053 0.674 65 H 0.084 0.006 0.001 0.010 0.025 0.024 0.076 0.003 0.001 0.047 0.723 66 H 0.031 0.003 0.001 0.010 0.014 0.016 0.092 0.002 0.001 0.025 0.806 67 H 0.023 0.004 0.001 0.010 0.010 0.013 0.122 0.003 0.001 0.021 0.793 68 H 0.042 0.006 0.001 0.010 0.019 0.020 0.152 0.010 0.001 0.036 0.704