# TARGET T0341 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0341.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 857 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.001 0.001 0.005 0.005 0.002 0.002 0.986 2 A 0.004 0.006 0.110 0.246 0.008 0.155 0.471 3 A 0.002 0.007 0.246 0.183 0.084 0.165 0.313 4 R 0.002 0.004 0.465 0.100 0.051 0.125 0.252 5 R 0.006 0.005 0.384 0.137 0.076 0.307 0.085 6 A 0.021 0.013 0.242 0.074 0.081 0.300 0.268 7 L 0.053 0.004 0.002 0.003 0.093 0.008 0.836 8 K 0.240 0.001 0.001 0.001 0.580 0.003 0.176 9 A 0.989 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 10 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 11 L 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 12 V 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 13 D 0.407 0.002 0.001 0.001 0.020 0.002 0.568 14 L 0.086 0.002 0.027 0.004 0.296 0.318 0.267 15 N 0.018 0.007 0.059 0.005 0.225 0.617 0.070 16 G 0.079 0.008 0.093 0.013 0.273 0.307 0.226 17 T 0.331 0.033 0.030 0.019 0.156 0.070 0.360 18 L 0.593 0.123 0.014 0.015 0.051 0.034 0.170 19 H 0.596 0.059 0.013 0.020 0.056 0.038 0.219 20 I 0.273 0.023 0.023 0.025 0.162 0.152 0.342 21 E 0.045 0.012 0.048 0.045 0.290 0.269 0.292 22 D 0.015 0.007 0.109 0.092 0.287 0.216 0.274 23 A 0.011 0.006 0.213 0.182 0.194 0.266 0.128 24 A 0.006 0.010 0.176 0.329 0.112 0.132 0.235 25 V 0.004 0.006 0.062 0.530 0.064 0.042 0.290 26 P 0.001 0.001 0.026 0.855 0.020 0.060 0.036 27 G 0.001 0.001 0.014 0.905 0.015 0.039 0.024 28 A 0.001 0.001 0.004 0.958 0.011 0.012 0.015 29 Q 0.001 0.001 0.001 0.984 0.004 0.005 0.005 30 E 0.001 0.001 0.001 0.987 0.002 0.006 0.004 31 A 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.006 0.002 32 L 0.001 0.001 0.001 0.988 0.003 0.005 0.003 33 K 0.001 0.001 0.001 0.983 0.003 0.010 0.003 34 R 0.001 0.001 0.001 0.967 0.003 0.025 0.004 35 L 0.001 0.001 0.003 0.930 0.008 0.043 0.015 36 R 0.001 0.001 0.009 0.839 0.015 0.115 0.019 37 A 0.001 0.002 0.022 0.671 0.027 0.236 0.042 38 T 0.002 0.002 0.025 0.349 0.099 0.439 0.085 39 S 0.006 0.003 0.014 0.096 0.142 0.536 0.203 40 V 0.037 0.012 0.006 0.040 0.195 0.029 0.682 41 M 0.150 0.028 0.010 0.035 0.105 0.028 0.644 42 V 0.408 0.023 0.044 0.113 0.061 0.052 0.300 43 R 0.538 0.014 0.050 0.114 0.065 0.039 0.180 44 F 0.644 0.014 0.049 0.103 0.047 0.033 0.110 45 V 0.605 0.018 0.029 0.119 0.051 0.044 0.134 46 T 0.379 0.021 0.029 0.144 0.116 0.094 0.216 47 N 0.151 0.009 0.037 0.174 0.210 0.194 0.225 48 T 0.054 0.012 0.042 0.148 0.231 0.235 0.279 49 T 0.042 0.015 0.050 0.168 0.215 0.212 0.298 50 K 0.040 0.013 0.043 0.177 0.201 0.220 0.306 51 E 0.030 0.022 0.037 0.220 0.238 0.135 0.319 52 T 0.016 0.014 0.021 0.259 0.147 0.055 0.487 53 K 0.003 0.002 0.032 0.794 0.038 0.051 0.080 54 K 0.003 0.001 0.027 0.882 0.018 0.031 0.038 55 D 0.002 0.002 0.022 0.912 0.011 0.024 0.027 56 L 0.001 0.001 0.007 0.943 0.010 0.018 0.020 57 L 0.001 0.001 0.005 0.952 0.008 0.020 0.013 58 E 0.002 0.001 0.004 0.944 0.008 0.029 0.013 59 R 0.001 0.001 0.004 0.938 0.009 0.028 0.019 60 L 0.002 0.002 0.010 0.905 0.018 0.035 0.028 61 K 0.002 0.001 0.021 0.856 0.014 0.084 0.023 62 K 0.002 0.001 0.026 0.734 0.023 0.186 0.028 63 L 0.001 0.002 0.024 0.412 0.051 0.459 0.050 64 E 0.004 0.006 0.024 0.127 0.095 0.537 0.207 65 F 0.016 0.016 0.030 0.069 0.139 0.066 0.665 66 E 0.060 0.030 0.048 0.085 0.115 0.079 0.583 67 I 0.053 0.018 0.076 0.138 0.157 0.085 0.473 68 S 0.054 0.017 0.071 0.153 0.134 0.085 0.486 69 E 0.031 0.005 0.203 0.404 0.066 0.151 0.138 70 D 0.033 0.004 0.242 0.387 0.071 0.157 0.107 71 E 0.053 0.009 0.221 0.386 0.087 0.131 0.114 72 I 0.119 0.025 0.098 0.393 0.087 0.100 0.179 73 F 0.138 0.027 0.053 0.343 0.117 0.090 0.232 74 T 0.098 0.019 0.038 0.305 0.124 0.087 0.329 75 S 0.024 0.006 0.056 0.512 0.075 0.101 0.226 76 L 0.009 0.002 0.045 0.734 0.051 0.077 0.083 77 T 0.005 0.002 0.031 0.837 0.029 0.051 0.045 78 A 0.005 0.002 0.016 0.882 0.025 0.026 0.044 79 A 0.004 0.001 0.008 0.921 0.013 0.022 0.031 80 R 0.004 0.001 0.005 0.945 0.012 0.017 0.016 81 N 0.005 0.001 0.004 0.948 0.009 0.017 0.016 82 L 0.004 0.001 0.005 0.940 0.009 0.023 0.018 83 I 0.005 0.002 0.007 0.915 0.013 0.034 0.023 84 E 0.003 0.001 0.012 0.866 0.013 0.083 0.021 85 Q 0.004 0.001 0.016 0.751 0.024 0.168 0.037 86 K 0.005 0.003 0.023 0.615 0.059 0.195 0.101 87 Q 0.012 0.006 0.033 0.474 0.091 0.185 0.200 88 V 0.021 0.006 0.057 0.353 0.118 0.152 0.293 89 R 0.037 0.006 0.087 0.414 0.104 0.165 0.187 90 P 0.061 0.007 0.087 0.466 0.093 0.137 0.150 91 M 0.118 0.012 0.070 0.481 0.068 0.099 0.153 92 L 0.228 0.015 0.051 0.421 0.054 0.077 0.152 93 L 0.243 0.018 0.046 0.410 0.058 0.080 0.145 94 L 0.192 0.017 0.035 0.434 0.078 0.087 0.157 95 D 0.104 0.010 0.033 0.416 0.097 0.127 0.213 96 D 0.047 0.008 0.036 0.340 0.123 0.178 0.268 97 R 0.029 0.007 0.045 0.402 0.137 0.146 0.234 98 A 0.028 0.007 0.051 0.448 0.125 0.154 0.186 99 L 0.024 0.007 0.057 0.499 0.099 0.136 0.177 100 P 0.017 0.006 0.045 0.549 0.084 0.075 0.224 101 E 0.017 0.006 0.039 0.663 0.059 0.067 0.150 102 F 0.016 0.004 0.039 0.708 0.046 0.077 0.110 103 T 0.012 0.004 0.039 0.732 0.037 0.081 0.095 104 G 0.012 0.004 0.037 0.713 0.041 0.081 0.112 105 V 0.012 0.003 0.036 0.747 0.034 0.075 0.094 106 Q 0.010 0.002 0.035 0.733 0.038 0.088 0.093 107 T 0.011 0.003 0.037 0.690 0.048 0.109 0.102 108 Q 0.021 0.004 0.039 0.678 0.045 0.110 0.104 109 D 0.029 0.004 0.041 0.670 0.057 0.100 0.099 110 P 0.041 0.004 0.031 0.698 0.050 0.089 0.086 111 N 0.072 0.005 0.029 0.687 0.048 0.068 0.091 112 A 0.140 0.007 0.032 0.648 0.039 0.055 0.079 113 V 0.214 0.010 0.035 0.566 0.036 0.058 0.082 114 V 0.197 0.010 0.037 0.545 0.044 0.085 0.082 115 I 0.173 0.010 0.038 0.441 0.073 0.132 0.133 116 G 0.115 0.010 0.051 0.312 0.126 0.176 0.210 117 L 0.065 0.008 0.082 0.192 0.161 0.249 0.243 118 A 0.060 0.013 0.117 0.163 0.176 0.233 0.237 119 P 0.066 0.019 0.112 0.138 0.185 0.149 0.332 120 E 0.062 0.019 0.113 0.139 0.189 0.157 0.321 121 H 0.033 0.020 0.076 0.177 0.179 0.115 0.400 122 F 0.017 0.009 0.042 0.157 0.134 0.054 0.588 123 H 0.006 0.003 0.087 0.383 0.079 0.302 0.140 124 Y 0.005 0.006 0.070 0.460 0.074 0.257 0.127 125 Q 0.004 0.005 0.023 0.764 0.056 0.028 0.120 126 L 0.004 0.002 0.005 0.934 0.011 0.012 0.032 127 L 0.003 0.001 0.004 0.958 0.006 0.014 0.014 128 N 0.001 0.001 0.002 0.975 0.004 0.011 0.007 129 Q 0.001 0.001 0.001 0.983 0.004 0.006 0.004 130 A 0.001 0.001 0.001 0.981 0.003 0.008 0.005 131 F 0.001 0.001 0.001 0.982 0.002 0.011 0.004 132 R 0.001 0.001 0.002 0.971 0.005 0.013 0.008 133 L 0.001 0.001 0.007 0.951 0.004 0.031 0.006 134 L 0.001 0.001 0.014 0.880 0.008 0.085 0.011 135 L 0.001 0.001 0.012 0.335 0.044 0.589 0.018 136 D 0.002 0.001 0.004 0.016 0.055 0.841 0.082 137 G 0.020 0.002 0.001 0.001 0.127 0.008 0.841 138 A 0.241 0.003 0.001 0.001 0.282 0.005 0.469 139 P 0.947 0.006 0.001 0.001 0.009 0.001 0.036 140 L 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 141 I 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 142 A 0.931 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.059 143 I 0.436 0.006 0.002 0.003 0.125 0.017 0.409 144 H 0.079 0.003 0.007 0.011 0.403 0.064 0.433 145 K 0.025 0.012 0.029 0.030 0.396 0.155 0.352 146 A 0.032 0.032 0.074 0.115 0.225 0.142 0.380 147 R 0.028 0.010 0.120 0.182 0.163 0.229 0.269 148 Y 0.034 0.012 0.091 0.248 0.147 0.218 0.250 149 Y 0.032 0.015 0.076 0.370 0.134 0.115 0.259 150 K 0.028 0.009 0.057 0.460 0.086 0.091 0.269 151 R 0.027 0.010 0.077 0.551 0.066 0.083 0.187 152 K 0.026 0.005 0.092 0.605 0.055 0.111 0.106 153 D 0.025 0.006 0.089 0.606 0.041 0.141 0.092 154 G 0.034 0.009 0.110 0.508 0.067 0.149 0.122 155 L 0.030 0.011 0.127 0.474 0.075 0.149 0.134 156 A 0.028 0.012 0.098 0.392 0.137 0.139 0.193 157 L 0.013 0.008 0.086 0.294 0.137 0.305 0.157 158 G 0.011 0.011 0.053 0.207 0.131 0.306 0.280 159 P 0.008 0.006 0.073 0.524 0.068 0.089 0.231 160 G 0.004 0.002 0.054 0.790 0.034 0.058 0.058 161 P 0.004 0.002 0.046 0.864 0.015 0.046 0.023 162 F 0.002 0.002 0.019 0.942 0.005 0.021 0.009 163 V 0.002 0.001 0.005 0.973 0.003 0.009 0.007 164 T 0.003 0.001 0.005 0.976 0.002 0.011 0.003 165 A 0.002 0.001 0.004 0.976 0.002 0.013 0.002 166 L 0.003 0.001 0.004 0.979 0.002 0.009 0.003 167 E 0.003 0.001 0.008 0.967 0.003 0.015 0.003 168 Y 0.004 0.001 0.012 0.933 0.006 0.040 0.004 169 A 0.006 0.001 0.019 0.880 0.013 0.070 0.010 170 T 0.025 0.008 0.019 0.661 0.055 0.180 0.052 171 D 0.034 0.006 0.023 0.344 0.131 0.212 0.252 172 T 0.045 0.007 0.035 0.244 0.209 0.142 0.318 173 K 0.069 0.010 0.056 0.202 0.194 0.166 0.304 174 A 0.083 0.017 0.093 0.168 0.151 0.152 0.337 175 M 0.177 0.028 0.088 0.153 0.143 0.117 0.294 176 V 0.171 0.025 0.076 0.184 0.091 0.187 0.267 177 V 0.144 0.021 0.039 0.086 0.209 0.208 0.293 178 G 0.084 0.013 0.013 0.024 0.341 0.126 0.399 179 K 0.059 0.023 0.005 0.009 0.336 0.028 0.541 180 P 0.029 0.050 0.004 0.013 0.160 0.015 0.729 181 E 0.011 0.005 0.004 0.024 0.068 0.015 0.873 182 K 0.001 0.001 0.049 0.774 0.034 0.076 0.066 183 T 0.001 0.001 0.025 0.925 0.008 0.028 0.011 184 F 0.001 0.001 0.012 0.961 0.007 0.010 0.009 185 F 0.001 0.001 0.001 0.990 0.002 0.002 0.004 186 L 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.003 0.002 187 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 188 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 189 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 190 R 0.001 0.001 0.001 0.985 0.001 0.013 0.001 191 D 0.001 0.001 0.002 0.904 0.002 0.089 0.001 192 A 0.001 0.001 0.004 0.349 0.035 0.598 0.014 193 D 0.001 0.001 0.003 0.008 0.067 0.799 0.121 194 C 0.005 0.015 0.001 0.001 0.194 0.009 0.774 195 A 0.012 0.012 0.001 0.001 0.036 0.002 0.938 196 P 0.010 0.004 0.557 0.037 0.141 0.167 0.085 197 E 0.015 0.005 0.596 0.031 0.083 0.230 0.039 198 E 0.115 0.007 0.521 0.031 0.085 0.092 0.150 199 A 0.730 0.023 0.024 0.015 0.019 0.014 0.174 200 V 0.881 0.013 0.007 0.007 0.014 0.015 0.064 201 M 0.925 0.015 0.005 0.003 0.008 0.012 0.031 202 I 0.842 0.009 0.004 0.004 0.026 0.019 0.096 203 G 0.440 0.019 0.005 0.004 0.195 0.068 0.268 204 D 0.055 0.013 0.007 0.009 0.288 0.061 0.567 205 D 0.013 0.009 0.019 0.026 0.241 0.078 0.613 206 C 0.004 0.002 0.106 0.368 0.116 0.320 0.082 207 R 0.003 0.002 0.094 0.532 0.082 0.241 0.045 208 D 0.003 0.006 0.039 0.730 0.093 0.070 0.058 209 D 0.002 0.006 0.008 0.878 0.025 0.038 0.043 210 V 0.002 0.001 0.003 0.958 0.004 0.020 0.012 211 D 0.001 0.001 0.004 0.969 0.004 0.017 0.005 212 G 0.001 0.001 0.004 0.974 0.004 0.011 0.005 213 A 0.002 0.001 0.009 0.971 0.004 0.006 0.007 214 Q 0.002 0.001 0.024 0.940 0.005 0.022 0.006 215 N 0.003 0.001 0.034 0.794 0.014 0.137 0.017 216 I 0.005 0.003 0.034 0.330 0.051 0.529 0.048 217 G 0.018 0.008 0.011 0.022 0.057 0.701 0.183 218 M 0.070 0.004 0.004 0.005 0.117 0.019 0.781 219 L 0.262 0.002 0.008 0.007 0.530 0.006 0.184 220 G 0.930 0.012 0.003 0.005 0.005 0.002 0.044 221 I 0.978 0.001 0.001 0.005 0.002 0.002 0.011 222 L 0.986 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.007 223 V 0.938 0.003 0.001 0.004 0.004 0.001 0.049 224 K 0.640 0.005 0.002 0.009 0.060 0.018 0.266 225 T 0.155 0.007 0.015 0.020 0.261 0.198 0.344 226 G 0.034 0.015 0.030 0.015 0.373 0.280 0.252 227 K 0.061 0.026 0.039 0.044 0.350 0.147 0.333 228 Y 0.039 0.033 0.041 0.066 0.242 0.100 0.480 229 K 0.022 0.022 0.039 0.120 0.197 0.088 0.512 230 A 0.010 0.007 0.131 0.359 0.098 0.163 0.232 231 A 0.010 0.005 0.200 0.380 0.065 0.202 0.138 232 D 0.012 0.011 0.249 0.326 0.080 0.151 0.170 233 E 0.019 0.012 0.172 0.283 0.125 0.142 0.246 234 E 0.024 0.009 0.142 0.247 0.106 0.211 0.261 235 K 0.020 0.013 0.143 0.196 0.130 0.215 0.283 236 I 0.019 0.011 0.106 0.104 0.175 0.203 0.382 237 N 0.036 0.011 0.071 0.056 0.165 0.215 0.446 238 P 0.071 0.045 0.029 0.055 0.264 0.069 0.466 239 P 0.103 0.033 0.014 0.026 0.100 0.037 0.687 240 P 0.191 0.018 0.012 0.012 0.090 0.049 0.628 241 Y 0.498 0.016 0.011 0.007 0.217 0.029 0.223 242 L 0.822 0.044 0.005 0.003 0.025 0.005 0.096 243 T 0.836 0.026 0.003 0.003 0.007 0.005 0.121 244 C 0.483 0.037 0.003 0.003 0.032 0.015 0.427 245 E 0.092 0.030 0.004 0.002 0.475 0.049 0.349 246 S 0.017 0.016 0.001 0.003 0.733 0.010 0.220 247 F 0.001 0.002 0.119 0.750 0.036 0.045 0.046 248 P 0.001 0.001 0.142 0.779 0.013 0.054 0.011 249 H 0.001 0.003 0.107 0.831 0.009 0.044 0.006 250 A 0.001 0.001 0.006 0.966 0.008 0.010 0.008 251 V 0.001 0.001 0.002 0.979 0.003 0.008 0.007 252 D 0.001 0.001 0.002 0.973 0.003 0.015 0.007 253 H 0.001 0.001 0.003 0.975 0.003 0.012 0.007 254 I 0.001 0.002 0.005 0.951 0.011 0.020 0.011 255 L 0.001 0.001 0.008 0.826 0.010 0.139 0.015 256 Q 0.001 0.001 0.011 0.631 0.033 0.265 0.058 257 H 0.001 0.002 0.017 0.368 0.062 0.416 0.134 258 L 0.002 0.014 0.014 0.146 0.005 0.377 0.442 259 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999