# TARGET T0338 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0338.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 989 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.023 0.008 0.017 0.012 0.022 0.070 0.004 0.844 2 S 0.035 0.023 0.017 0.021 0.029 0.137 0.006 0.731 3 S 0.086 0.043 0.021 0.015 0.036 0.121 0.007 0.670 4 R 0.102 0.189 0.036 0.043 0.076 0.164 0.007 0.384 5 W 0.085 0.294 0.036 0.043 0.061 0.127 0.013 0.342 6 F 0.103 0.460 0.023 0.041 0.047 0.069 0.012 0.244 7 F 0.093 0.599 0.031 0.035 0.057 0.039 0.008 0.138 8 T 0.050 0.550 0.016 0.041 0.064 0.052 0.013 0.214 9 R 0.039 0.442 0.021 0.018 0.062 0.031 0.009 0.377 10 E 0.031 0.498 0.006 0.011 0.021 0.108 0.011 0.315 11 Q 0.072 0.736 0.004 0.005 0.008 0.059 0.011 0.106 12 L 0.027 0.922 0.003 0.003 0.004 0.005 0.005 0.032 13 E 0.041 0.845 0.006 0.006 0.008 0.010 0.014 0.070 14 N 0.123 0.546 0.019 0.010 0.010 0.012 0.082 0.198 15 T 0.345 0.298 0.025 0.026 0.023 0.029 0.032 0.224 16 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 17 S 0.010 0.022 0.017 0.033 0.078 0.245 0.006 0.589 18 R 0.303 0.029 0.019 0.008 0.011 0.063 0.016 0.551 19 R 0.161 0.077 0.018 0.014 0.020 0.264 0.009 0.436 20 C 0.280 0.072 0.034 0.026 0.028 0.131 0.019 0.409 21 G 0.180 0.078 0.030 0.029 0.036 0.075 0.015 0.556 22 V 0.106 0.029 0.033 0.032 0.064 0.096 0.012 0.627 23 E 0.052 0.036 0.020 0.051 0.087 0.103 0.006 0.645 24 A 0.009 0.012 0.006 0.011 0.025 0.023 0.002 0.912 25 D 0.020 0.033 0.010 0.022 0.045 0.092 0.004 0.774 26 K 0.104 0.043 0.012 0.013 0.025 0.098 0.008 0.697 27 E 0.105 0.140 0.011 0.017 0.029 0.289 0.010 0.399 28 L 0.132 0.265 0.015 0.014 0.027 0.074 0.009 0.464 29 S 0.054 0.389 0.008 0.014 0.018 0.122 0.008 0.387 30 C 0.120 0.468 0.011 0.010 0.017 0.069 0.014 0.292 31 R 0.085 0.671 0.009 0.008 0.017 0.048 0.008 0.154 32 Q 0.018 0.701 0.005 0.005 0.009 0.032 0.004 0.226 33 Q 0.016 0.853 0.002 0.003 0.004 0.019 0.003 0.099 34 A 0.016 0.917 0.002 0.001 0.002 0.010 0.003 0.049 35 A 0.004 0.968 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.022 36 N 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 37 L 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 38 I 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 39 Q 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 40 E 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 41 M 0.006 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 42 G 0.004 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 43 Q 0.008 0.964 0.003 0.002 0.003 0.002 0.006 0.012 44 R 0.029 0.914 0.005 0.004 0.004 0.003 0.011 0.030 45 L 0.079 0.813 0.017 0.014 0.009 0.005 0.025 0.038 46 N 0.218 0.300 0.037 0.033 0.018 0.031 0.084 0.281 47 V 0.145 0.167 0.205 0.036 0.041 0.043 0.022 0.341 48 S 0.024 0.067 0.024 0.015 0.031 0.123 0.007 0.708 49 Q 0.032 0.059 0.014 0.006 0.014 0.097 0.007 0.771 50 L 0.055 0.164 0.011 0.005 0.006 0.247 0.006 0.506 51 T 0.060 0.400 0.012 0.006 0.007 0.186 0.009 0.321 52 I 0.013 0.836 0.005 0.004 0.006 0.017 0.002 0.116 53 N 0.003 0.918 0.002 0.002 0.004 0.012 0.001 0.058 54 T 0.003 0.968 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.020 55 A 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 56 I 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 57 V 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 58 Y 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 59 M 0.005 0.979 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.008 60 H 0.004 0.979 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.009 61 R 0.018 0.952 0.002 0.002 0.003 0.003 0.006 0.014 62 F 0.024 0.940 0.003 0.005 0.004 0.002 0.008 0.014 63 Y 0.029 0.883 0.013 0.013 0.013 0.005 0.013 0.031 64 M 0.056 0.749 0.023 0.029 0.032 0.015 0.025 0.072 65 H 0.082 0.598 0.040 0.033 0.041 0.014 0.031 0.161 66 H 0.105 0.332 0.052 0.061 0.057 0.041 0.042 0.309 67 S 0.033 0.077 0.033 0.029 0.026 0.040 0.016 0.747 68 F 0.089 0.059 0.067 0.053 0.085 0.066 0.012 0.568 69 T 0.053 0.048 0.035 0.042 0.064 0.203 0.009 0.546 70 K 0.067 0.061 0.023 0.022 0.047 0.118 0.009 0.654 71 F 0.069 0.166 0.022 0.018 0.026 0.211 0.011 0.477 72 N 0.129 0.135 0.016 0.013 0.018 0.150 0.028 0.511 73 K 0.113 0.130 0.020 0.010 0.013 0.081 0.017 0.615 74 N 0.109 0.138 0.020 0.012 0.017 0.280 0.016 0.406 75 I 0.149 0.236 0.020 0.012 0.021 0.188 0.011 0.363 76 I 0.027 0.722 0.018 0.017 0.023 0.044 0.004 0.145 77 S 0.007 0.734 0.015 0.015 0.022 0.039 0.003 0.166 78 S 0.005 0.888 0.005 0.007 0.010 0.014 0.002 0.070 79 T 0.003 0.961 0.002 0.003 0.004 0.006 0.001 0.019 80 A 0.002 0.986 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.006 81 L 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 82 F 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 83 L 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 A 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 A 0.011 0.978 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.002 86 K 0.048 0.912 0.003 0.005 0.003 0.001 0.016 0.012 87 V 0.027 0.885 0.016 0.010 0.015 0.004 0.009 0.034 88 E 0.017 0.808 0.010 0.012 0.023 0.016 0.010 0.104 89 E 0.022 0.753 0.011 0.009 0.010 0.016 0.014 0.165 90 Q 0.068 0.720 0.015 0.011 0.010 0.026 0.022 0.127 91 A 0.057 0.536 0.023 0.013 0.012 0.026 0.018 0.316 92 R 0.058 0.524 0.069 0.062 0.046 0.044 0.018 0.179 93 K 0.048 0.338 0.029 0.031 0.040 0.098 0.014 0.402 94 L 0.065 0.427 0.046 0.030 0.072 0.040 0.011 0.309 95 E 0.029 0.410 0.030 0.022 0.027 0.133 0.010 0.339 96 H 0.165 0.276 0.017 0.013 0.017 0.196 0.032 0.285 97 V 0.199 0.530 0.027 0.014 0.014 0.032 0.021 0.161 98 I 0.024 0.677 0.080 0.030 0.030 0.023 0.010 0.126 99 K 0.026 0.452 0.063 0.033 0.054 0.055 0.018 0.299 100 V 0.072 0.437 0.059 0.027 0.047 0.052 0.022 0.284 101 A 0.040 0.585 0.096 0.039 0.044 0.038 0.016 0.141 102 H 0.062 0.397 0.091 0.037 0.042 0.062 0.034 0.276 103 A 0.094 0.293 0.103 0.047 0.045 0.041 0.028 0.349 104 C 0.087 0.136 0.077 0.044 0.053 0.059 0.032 0.513 105 L 0.074 0.052 0.047 0.029 0.044 0.039 0.019 0.696 106 H 0.026 0.020 0.036 0.036 0.039 0.066 0.006 0.770 107 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.997 108 L 0.082 0.019 0.027 0.022 0.072 0.090 0.009 0.679 109 E 0.083 0.025 0.020 0.017 0.020 0.119 0.007 0.710 110 P 0.003 0.004 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.982 111 L 0.179 0.149 0.040 0.033 0.064 0.105 0.011 0.419 112 L 0.144 0.332 0.065 0.046 0.036 0.041 0.020 0.314 113 D 0.104 0.224 0.075 0.045 0.072 0.039 0.026 0.414 114 T 0.146 0.183 0.120 0.048 0.071 0.065 0.020 0.346 115 K 0.076 0.216 0.063 0.045 0.061 0.163 0.021 0.355 116 C 0.056 0.111 0.062 0.024 0.040 0.116 0.027 0.563 117 D 0.083 0.174 0.041 0.022 0.020 0.110 0.022 0.528 118 A 0.198 0.093 0.043 0.020 0.032 0.151 0.021 0.443 119 Y 0.090 0.124 0.021 0.035 0.054 0.182 0.013 0.480 120 L 0.083 0.184 0.035 0.051 0.107 0.121 0.010 0.409 121 Q 0.056 0.303 0.016 0.056 0.066 0.112 0.009 0.383 122 Q 0.071 0.290 0.011 0.023 0.037 0.097 0.013 0.459 123 T 0.053 0.404 0.011 0.015 0.032 0.047 0.009 0.430 124 R 0.028 0.395 0.006 0.009 0.014 0.079 0.009 0.460 125 E 0.049 0.543 0.005 0.006 0.007 0.096 0.009 0.286 126 L 0.016 0.902 0.003 0.003 0.004 0.011 0.003 0.058 127 V 0.004 0.958 0.002 0.002 0.003 0.005 0.001 0.026 128 I 0.002 0.976 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.015 129 L 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 130 E 0.005 0.973 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.015 131 T 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 132 I 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 133 M 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 134 L 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 135 Q 0.004 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 136 T 0.026 0.944 0.003 0.001 0.001 0.001 0.017 0.008 137 L 0.059 0.853 0.015 0.011 0.006 0.002 0.034 0.019 138 G 0.205 0.307 0.097 0.036 0.034 0.028 0.097 0.196 139 F 0.089 0.144 0.308 0.072 0.051 0.040 0.045 0.251 140 E 0.076 0.069 0.296 0.106 0.098 0.072 0.022 0.261 141 I 0.023 0.023 0.202 0.064 0.078 0.051 0.007 0.552 142 T 0.018 0.018 0.318 0.148 0.148 0.077 0.009 0.264 143 I 0.030 0.013 0.246 0.123 0.126 0.049 0.008 0.404 144 E 0.018 0.013 0.099 0.054 0.118 0.079 0.009 0.611 145 H 0.034 0.007 0.056 0.045 0.073 0.158 0.005 0.621 146 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.997 147 H 0.013 0.010 0.018 0.018 0.057 0.237 0.004 0.642 148 T 0.128 0.023 0.008 0.007 0.011 0.154 0.006 0.662 149 D 0.055 0.142 0.007 0.010 0.011 0.096 0.004 0.675 150 V 0.089 0.382 0.016 0.014 0.033 0.116 0.006 0.344 151 V 0.022 0.710 0.009 0.008 0.015 0.043 0.003 0.189 152 K 0.008 0.883 0.002 0.004 0.006 0.016 0.002 0.080 153 C 0.008 0.953 0.002 0.002 0.003 0.004 0.002 0.026 154 T 0.003 0.983 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 155 Q 0.003 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 156 L 0.016 0.960 0.002 0.002 0.002 0.002 0.005 0.011 157 V 0.032 0.937 0.004 0.003 0.003 0.001 0.009 0.011 158 R 0.086 0.771 0.015 0.012 0.008 0.008 0.033 0.067 159 A 0.159 0.502 0.063 0.013 0.015 0.032 0.037 0.180 160 S 0.119 0.344 0.031 0.009 0.018 0.083 0.030 0.365 161 K 0.072 0.145 0.018 0.004 0.007 0.058 0.016 0.681 162 D 0.042 0.129 0.008 0.002 0.003 0.282 0.011 0.523 163 L 0.145 0.313 0.012 0.003 0.005 0.127 0.011 0.384 164 A 0.028 0.720 0.007 0.003 0.005 0.054 0.004 0.181 165 Q 0.015 0.790 0.004 0.002 0.004 0.047 0.003 0.134 166 T 0.011 0.935 0.002 0.001 0.001 0.007 0.002 0.042 167 S 0.006 0.964 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.020 168 Y 0.002 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 169 F 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 170 M 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 171 A 0.003 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 172 T 0.006 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 173 N 0.063 0.884 0.002 0.001 0.001 0.001 0.027 0.021 174 S 0.134 0.772 0.014 0.004 0.003 0.004 0.035 0.035 175 L 0.048 0.726 0.032 0.012 0.015 0.019 0.023 0.124 176 H 0.072 0.515 0.043 0.022 0.025 0.054 0.032 0.237 177 L 0.090 0.496 0.079 0.024 0.027 0.069 0.026 0.190 178 T 0.057 0.504 0.066 0.035 0.031 0.045 0.023 0.239 179 T 0.041 0.228 0.089 0.042 0.045 0.060 0.023 0.473 180 F 0.117 0.187 0.072 0.069 0.093 0.154 0.024 0.284 181 C 0.135 0.178 0.062 0.075 0.098 0.114 0.019 0.319 182 L 0.118 0.230 0.093 0.154 0.157 0.059 0.019 0.170 183 Q 0.090 0.128 0.069 0.082 0.106 0.065 0.023 0.437 184 Y 0.077 0.085 0.078 0.058 0.090 0.063 0.024 0.527 185 K 0.028 0.050 0.019 0.032 0.037 0.080 0.004 0.751 186 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 187 T 0.007 0.033 0.005 0.007 0.019 0.188 0.002 0.739 188 V 0.108 0.166 0.005 0.002 0.003 0.100 0.006 0.609 189 I 0.012 0.868 0.002 0.001 0.002 0.025 0.001 0.089 190 A 0.004 0.957 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.030 191 C 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 192 V 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 193 C 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 194 I 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 195 H 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 196 L 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 197 A 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 198 C 0.005 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 199 K 0.023 0.958 0.002 0.001 0.001 0.001 0.011 0.005 200 W 0.049 0.889 0.014 0.003 0.003 0.002 0.022 0.019 201 S 0.117 0.660 0.029 0.016 0.012 0.012 0.062 0.091 202 N 0.197 0.180 0.051 0.018 0.016 0.031 0.087 0.420 203 W 0.171 0.068 0.105 0.020 0.024 0.066 0.043 0.502 204 E 0.058 0.033 0.040 0.016 0.021 0.179 0.029 0.625 205 I 0.101 0.020 0.073 0.039 0.040 0.076 0.010 0.641 206 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.997 207 V 0.011 0.003 0.026 0.028 0.063 0.077 0.002 0.790 208 S 0.083 0.017 0.036 0.037 0.065 0.108 0.006 0.648 209 T 0.053 0.016 0.013 0.017 0.035 0.064 0.004 0.798 210 D 0.067 0.024 0.014 0.014 0.022 0.269 0.006 0.585 211 G 0.227 0.068 0.022 0.018 0.032 0.186 0.016 0.432 212 K 0.183 0.180 0.040 0.033 0.059 0.199 0.011 0.295 213 H 0.054 0.261 0.023 0.047 0.068 0.107 0.013 0.427 214 W 0.105 0.379 0.033 0.038 0.102 0.059 0.014 0.271 215 W 0.078 0.431 0.026 0.061 0.104 0.054 0.015 0.231 216 E 0.120 0.262 0.029 0.051 0.067 0.074 0.040 0.358 217 Y 0.208 0.220 0.053 0.042 0.064 0.058 0.027 0.329 218 V 0.126 0.237 0.048 0.036 0.069 0.107 0.033 0.343 219 D 0.074 0.195 0.052 0.059 0.075 0.075 0.016 0.455 220 P 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.987 221 T 0.043 0.015 0.009 0.007 0.014 0.657 0.012 0.243 222 V 0.608 0.040 0.014 0.005 0.005 0.108 0.011 0.209 223 T 0.030 0.282 0.031 0.015 0.018 0.254 0.005 0.365 224 L 0.020 0.059 0.010 0.003 0.020 0.031 0.003 0.853 225 E 0.028 0.085 0.006 0.003 0.007 0.340 0.003 0.527 226 L 0.056 0.113 0.001 0.001 0.002 0.689 0.005 0.134 227 L 0.024 0.929 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.041 228 D 0.003 0.917 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.069 229 E 0.015 0.871 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 0.099 230 L 0.039 0.909 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.041 231 T 0.010 0.950 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.031 232 H 0.001 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 233 E 0.001 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 234 F 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 235 L 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 236 Q 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 237 I 0.006 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 238 L 0.013 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 239 E 0.044 0.907 0.005 0.002 0.001 0.003 0.016 0.023 240 K 0.108 0.702 0.020 0.003 0.003 0.005 0.078 0.081 241 T 0.195 0.474 0.032 0.010 0.009 0.021 0.029 0.230 242 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 243 N 0.007 0.019 0.007 0.008 0.017 0.291 0.005 0.646 244 R 0.471 0.031 0.006 0.002 0.002 0.123 0.015 0.350 245 L 0.211 0.284 0.015 0.005 0.008 0.109 0.005 0.362 246 K 0.093 0.350 0.026 0.013 0.018 0.123 0.008 0.368 247 K 0.069 0.524 0.017 0.011 0.013 0.061 0.008 0.297 248 I 0.119 0.602 0.015 0.014 0.033 0.045 0.012 0.159 249 R 0.054 0.741 0.019 0.022 0.032 0.023 0.009 0.100 250 N 0.041 0.668 0.022 0.022 0.031 0.024 0.015 0.177 251 W 0.091 0.476 0.036 0.024 0.035 0.043 0.024 0.270 252 R 0.093 0.469 0.018 0.020 0.028 0.068 0.021 0.283 253 A 0.084 0.406 0.047 0.020 0.046 0.069 0.017 0.311 254 N 0.062 0.412 0.020 0.020 0.026 0.106 0.023 0.331 255 Q 0.253 0.212 0.019 0.011 0.015 0.064 0.047 0.380 256 A 0.341 0.221 0.030 0.015 0.020 0.064 0.027 0.281