# TARGET T0337 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0337.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 448.202 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.373 0.119 0.135 0.111 0.062 0.054 0.059 0.036 0.028 0.015 0.009 2 D 0.065 0.133 0.083 0.234 0.192 0.114 0.098 0.048 0.022 0.009 0.003 3 C 0.087 0.138 0.075 0.097 0.099 0.096 0.141 0.115 0.078 0.049 0.024 4 M 0.108 0.078 0.114 0.177 0.189 0.147 0.111 0.039 0.021 0.010 0.005 5 R 0.113 0.104 0.307 0.215 0.125 0.059 0.051 0.014 0.007 0.003 0.001 6 K 0.102 0.121 0.171 0.323 0.151 0.074 0.039 0.011 0.005 0.002 0.001 7 L 0.016 0.032 0.139 0.048 0.037 0.055 0.161 0.155 0.169 0.125 0.062 8 D 0.009 0.039 0.180 0.152 0.173 0.194 0.171 0.052 0.021 0.007 0.002 9 R 0.164 0.109 0.521 0.147 0.039 0.012 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 10 V 0.007 0.028 0.170 0.121 0.134 0.170 0.222 0.079 0.042 0.019 0.008 11 D 0.001 0.003 0.061 0.014 0.015 0.036 0.221 0.201 0.219 0.146 0.085 12 M 0.006 0.015 0.215 0.237 0.219 0.160 0.100 0.031 0.011 0.005 0.001 13 Q 0.006 0.033 0.491 0.226 0.141 0.068 0.027 0.005 0.001 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.020 0.006 0.007 0.013 0.108 0.152 0.274 0.254 0.167 15 V 0.001 0.001 0.012 0.005 0.011 0.036 0.267 0.198 0.191 0.166 0.113 16 K 0.001 0.005 0.682 0.203 0.078 0.021 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 17 I 0.001 0.002 0.041 0.049 0.142 0.297 0.339 0.088 0.028 0.010 0.003 18 L 0.001 0.001 0.007 0.002 0.002 0.003 0.030 0.081 0.247 0.325 0.302 19 S 0.001 0.003 0.030 0.057 0.157 0.218 0.350 0.118 0.048 0.015 0.005 20 E 0.021 0.041 0.760 0.125 0.036 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 21 N 0.017 0.044 0.065 0.087 0.137 0.182 0.274 0.106 0.053 0.026 0.008 22 S 0.106 0.065 0.048 0.034 0.022 0.034 0.118 0.142 0.169 0.151 0.110 23 R 0.242 0.139 0.170 0.160 0.122 0.081 0.054 0.016 0.009 0.005 0.002 24 L 0.137 0.099 0.166 0.112 0.094 0.096 0.124 0.073 0.053 0.031 0.015 25 T 0.020 0.171 0.071 0.145 0.114 0.104 0.117 0.083 0.070 0.060 0.044 26 Y 0.029 0.021 0.038 0.040 0.063 0.117 0.212 0.133 0.145 0.109 0.093 27 R 0.313 0.111 0.222 0.167 0.090 0.050 0.034 0.008 0.003 0.001 0.001 28 E 0.012 0.039 0.180 0.359 0.222 0.109 0.060 0.013 0.004 0.001 0.001 29 L 0.001 0.002 0.032 0.009 0.008 0.010 0.044 0.082 0.205 0.282 0.323 30 A 0.001 0.001 0.024 0.029 0.076 0.171 0.367 0.177 0.102 0.036 0.014 31 D 0.017 0.029 0.778 0.136 0.029 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 32 I 0.001 0.007 0.017 0.034 0.117 0.270 0.397 0.099 0.039 0.015 0.005 33 L 0.006 0.005 0.012 0.008 0.006 0.009 0.053 0.108 0.217 0.273 0.303 34 N 0.369 0.223 0.148 0.113 0.071 0.039 0.025 0.006 0.003 0.002 0.001 35 T 0.054 0.094 0.183 0.134 0.127 0.111 0.143 0.078 0.045 0.022 0.009 36 T 0.069 0.384 0.140 0.115 0.068 0.061 0.071 0.037 0.024 0.018 0.013 37 R 0.050 0.077 0.118 0.171 0.202 0.184 0.141 0.032 0.016 0.006 0.004 38 Q 0.765 0.115 0.074 0.033 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 39 R 0.009 0.042 0.067 0.250 0.220 0.226 0.141 0.032 0.009 0.002 0.001 40 I 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.008 0.080 0.154 0.255 0.279 0.217 41 A 0.001 0.003 0.093 0.178 0.220 0.295 0.160 0.034 0.011 0.004 0.001 42 R 0.001 0.018 0.543 0.292 0.105 0.029 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 43 R 0.001 0.001 0.003 0.003 0.006 0.030 0.227 0.241 0.219 0.173 0.098 44 I 0.001 0.001 0.006 0.003 0.006 0.017 0.170 0.182 0.228 0.222 0.166 45 D 0.001 0.005 0.724 0.147 0.077 0.029 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 46 K 0.001 0.007 0.084 0.247 0.311 0.249 0.089 0.011 0.002 0.001 0.001 47 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.031 0.087 0.289 0.312 0.273 48 K 0.001 0.001 0.016 0.075 0.170 0.261 0.336 0.099 0.029 0.010 0.003 49 K 0.009 0.028 0.904 0.046 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 L 0.001 0.008 0.020 0.139 0.205 0.291 0.235 0.073 0.018 0.008 0.002 51 G 0.408 0.233 0.065 0.066 0.052 0.051 0.061 0.029 0.019 0.010 0.005 52 I 0.002 0.026 0.050 0.127 0.158 0.162 0.197 0.104 0.083 0.052 0.038 53 I 0.001 0.003 0.007 0.010 0.017 0.027 0.108 0.149 0.227 0.246 0.206 54 R 0.022 0.076 0.069 0.299 0.235 0.128 0.104 0.038 0.018 0.006 0.005 55 K 0.161 0.164 0.087 0.212 0.135 0.098 0.080 0.033 0.019 0.009 0.004 56 F 0.006 0.008 0.006 0.032 0.051 0.088 0.173 0.187 0.210 0.143 0.097 57 T 0.065 0.150 0.074 0.255 0.166 0.106 0.094 0.041 0.027 0.015 0.009 58 I 0.005 0.008 0.005 0.017 0.022 0.031 0.099 0.144 0.210 0.248 0.211 59 I 0.024 0.075 0.051 0.207 0.192 0.165 0.147 0.066 0.043 0.019 0.011 60 P 0.016 0.016 0.009 0.028 0.047 0.071 0.148 0.159 0.196 0.170 0.141 61 D 0.085 0.273 0.076 0.237 0.138 0.076 0.059 0.026 0.016 0.008 0.005 62 I 0.064 0.035 0.021 0.072 0.117 0.141 0.188 0.131 0.121 0.070 0.040 63 D 0.561 0.169 0.080 0.129 0.039 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 64 K 0.034 0.084 0.074 0.191 0.172 0.171 0.159 0.060 0.034 0.014 0.007 65 L 0.008 0.008 0.006 0.024 0.032 0.060 0.142 0.177 0.205 0.181 0.157 66 G 0.408 0.240 0.088 0.122 0.068 0.039 0.021 0.006 0.004 0.002 0.002 67 Y 0.013 0.023 0.035 0.094 0.106 0.132 0.222 0.136 0.118 0.079 0.042 68 M 0.071 0.097 0.043 0.180 0.193 0.163 0.131 0.050 0.035 0.021 0.014 69 Y 0.002 0.002 0.002 0.008 0.010 0.020 0.096 0.148 0.239 0.251 0.221 70 A 0.004 0.015 0.023 0.094 0.129 0.200 0.219 0.123 0.093 0.063 0.038 71 I 0.001 0.002 0.003 0.007 0.008 0.018 0.090 0.168 0.244 0.266 0.193 72 V 0.001 0.002 0.003 0.014 0.019 0.032 0.101 0.180 0.229 0.240 0.178 73 L 0.001 0.002 0.005 0.009 0.015 0.025 0.096 0.141 0.261 0.250 0.196 74 I 0.002 0.007 0.015 0.071 0.098 0.101 0.196 0.173 0.185 0.103 0.049 75 K 0.004 0.013 0.015 0.069 0.122 0.163 0.294 0.163 0.106 0.041 0.010 76 S 0.098 0.096 0.066 0.218 0.176 0.116 0.127 0.057 0.031 0.011 0.003 77 K 0.045 0.076 0.030 0.124 0.170 0.156 0.195 0.106 0.059 0.029 0.009 78 V 0.186 0.371 0.074 0.175 0.084 0.047 0.033 0.016 0.008 0.005 0.002 79 P 0.341 0.117 0.030 0.119 0.121 0.098 0.096 0.042 0.023 0.009 0.003 80 S 0.741 0.157 0.025 0.038 0.017 0.008 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 81 D 0.069 0.467 0.080 0.176 0.091 0.060 0.035 0.011 0.006 0.003 0.001 82 A 0.020 0.024 0.013 0.051 0.108 0.191 0.238 0.149 0.111 0.062 0.033 83 D 0.576 0.167 0.112 0.089 0.034 0.013 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 84 K 0.018 0.061 0.213 0.446 0.180 0.058 0.019 0.003 0.001 0.001 0.001 85 V 0.001 0.003 0.012 0.008 0.009 0.021 0.107 0.185 0.252 0.240 0.163 86 I 0.001 0.001 0.027 0.075 0.174 0.269 0.287 0.099 0.044 0.017 0.006 87 S 0.008 0.019 0.888 0.067 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 E 0.001 0.002 0.032 0.051 0.109 0.299 0.387 0.084 0.024 0.009 0.003 89 I 0.001 0.001 0.012 0.002 0.002 0.005 0.063 0.135 0.264 0.279 0.236 90 S 0.007 0.023 0.231 0.255 0.245 0.143 0.071 0.017 0.005 0.002 0.001 91 D 0.058 0.121 0.725 0.074 0.018 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 I 0.001 0.005 0.009 0.018 0.043 0.106 0.333 0.186 0.153 0.093 0.053 93 E 0.676 0.174 0.066 0.048 0.017 0.008 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 94 Y 0.041 0.095 0.113 0.203 0.180 0.159 0.135 0.042 0.020 0.010 0.004 95 V 0.003 0.005 0.013 0.017 0.024 0.051 0.157 0.172 0.218 0.193 0.147 96 K 0.011 0.026 0.045 0.184 0.200 0.184 0.158 0.085 0.059 0.032 0.016 97 S 0.014 0.052 0.083 0.186 0.194 0.173 0.162 0.072 0.038 0.018 0.007 98 V 0.006 0.008 0.034 0.035 0.027 0.030 0.092 0.159 0.236 0.221 0.151 99 E 0.007 0.012 0.022 0.082 0.136 0.186 0.274 0.135 0.083 0.041 0.021 100 K 0.025 0.076 0.185 0.279 0.167 0.102 0.075 0.041 0.027 0.015 0.007 101 G 0.016 0.027 0.029 0.078 0.108 0.152 0.225 0.149 0.121 0.065 0.030 102 V 0.104 0.121 0.046 0.102 0.074 0.075 0.143 0.115 0.108 0.069 0.043 103 G 0.187 0.107 0.037 0.138 0.119 0.111 0.118 0.071 0.054 0.036 0.022 104 R 0.119 0.230 0.101 0.221 0.160 0.096 0.048 0.013 0.007 0.003 0.001 105 Y 0.012 0.012 0.008 0.041 0.049 0.060 0.174 0.179 0.196 0.173 0.098 106 N 0.013 0.038 0.033 0.136 0.174 0.221 0.179 0.085 0.064 0.036 0.022 107 I 0.001 0.003 0.004 0.011 0.014 0.025 0.143 0.218 0.252 0.219 0.110 108 I 0.001 0.002 0.005 0.021 0.032 0.064 0.132 0.183 0.186 0.193 0.180 109 V 0.001 0.001 0.004 0.004 0.004 0.006 0.040 0.105 0.249 0.335 0.250 110 R 0.002 0.006 0.018 0.102 0.148 0.138 0.204 0.175 0.129 0.057 0.023 111 L 0.001 0.002 0.006 0.006 0.006 0.015 0.081 0.129 0.285 0.294 0.175 112 L 0.005 0.015 0.022 0.139 0.195 0.159 0.210 0.132 0.084 0.030 0.008 113 L 0.010 0.041 0.017 0.052 0.058 0.086 0.203 0.189 0.172 0.117 0.054 114 P 0.080 0.079 0.053 0.178 0.188 0.139 0.132 0.078 0.047 0.019 0.006 115 K 0.394 0.169 0.045 0.121 0.094 0.067 0.057 0.029 0.014 0.007 0.003 116 D 0.128 0.318 0.064 0.171 0.114 0.073 0.058 0.032 0.021 0.014 0.006 117 I 0.050 0.059 0.025 0.073 0.082 0.119 0.177 0.146 0.138 0.084 0.046 118 K 0.671 0.183 0.066 0.057 0.016 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 119 D 0.208 0.175 0.191 0.214 0.100 0.058 0.037 0.011 0.004 0.001 0.001 120 A 0.007 0.008 0.018 0.031 0.038 0.087 0.222 0.176 0.184 0.140 0.087 121 E 0.008 0.013 0.078 0.104 0.131 0.218 0.279 0.097 0.048 0.018 0.006 122 N 0.011 0.034 0.691 0.178 0.055 0.020 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 123 L 0.001 0.009 0.050 0.075 0.128 0.234 0.273 0.119 0.063 0.034 0.014 124 I 0.001 0.001 0.011 0.004 0.005 0.012 0.094 0.147 0.272 0.264 0.190 125 S 0.001 0.004 0.111 0.152 0.260 0.250 0.169 0.036 0.012 0.004 0.001 126 E 0.009 0.034 0.629 0.206 0.081 0.029 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 127 F 0.001 0.001 0.017 0.014 0.025 0.062 0.258 0.215 0.211 0.132 0.064 128 L 0.001 0.001 0.009 0.005 0.007 0.015 0.105 0.161 0.244 0.252 0.199 129 Q 0.002 0.017 0.431 0.239 0.196 0.074 0.029 0.008 0.003 0.001 0.001 130 R 0.011 0.062 0.353 0.188 0.150 0.133 0.076 0.015 0.007 0.003 0.001 131 I 0.002 0.003 0.004 0.009 0.018 0.040 0.188 0.215 0.223 0.168 0.130 132 K 0.630 0.205 0.048 0.069 0.025 0.013 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 133 N 0.264 0.220 0.145 0.188 0.103 0.050 0.021 0.005 0.002 0.001 0.001 134 A 0.009 0.006 0.004 0.011 0.014 0.022 0.068 0.106 0.197 0.236 0.326 135 E 0.068 0.163 0.119 0.268 0.168 0.118 0.068 0.017 0.007 0.003 0.002 136 N 0.149 0.266 0.148 0.239 0.117 0.050 0.022 0.006 0.002 0.001 0.001 137 V 0.020 0.009 0.008 0.023 0.027 0.048 0.135 0.171 0.202 0.185 0.173 138 E 0.064 0.197 0.124 0.318 0.198 0.068 0.024 0.004 0.002 0.001 0.001 139 V 0.005 0.007 0.006 0.016 0.017 0.027 0.112 0.158 0.243 0.229 0.180 140 I 0.014 0.040 0.057 0.243 0.237 0.210 0.119 0.042 0.021 0.011 0.006 141 L 0.009 0.015 0.020 0.025 0.026 0.042 0.160 0.183 0.230 0.183 0.106 142 I 0.010 0.033 0.061 0.201 0.178 0.151 0.145 0.090 0.068 0.042 0.023 143 S 0.016 0.027 0.051 0.043 0.043 0.054 0.157 0.164 0.204 0.155 0.086 144 E 0.051 0.072 0.133 0.308 0.219 0.109 0.067 0.025 0.012 0.004 0.002 145 V 0.075 0.101 0.162 0.125 0.102 0.105 0.154 0.081 0.056 0.029 0.012 146 R 0.066 0.091 0.112 0.253 0.199 0.113 0.081 0.043 0.025 0.013 0.005 147 K 0.048 0.093 0.066 0.100 0.105 0.117 0.183 0.121 0.088 0.053 0.025 148 F 0.117 0.127 0.172 0.218 0.157 0.088 0.065 0.029 0.017 0.008 0.003 149 E 0.242 0.166 0.118 0.150 0.103 0.077 0.074 0.033 0.019 0.011 0.005 150 I 0.129 0.120 0.083 0.134 0.100 0.079 0.105 0.082 0.077 0.057 0.032 151 I 0.240 0.117 0.063 0.086 0.078 0.075 0.098 0.075 0.077 0.056 0.036