# TARGET T0337 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0337.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1092 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.611 0.217 0.100 0.051 0.016 0.004 0.001 2 D 0.571 0.183 0.110 0.077 0.044 0.014 0.002 3 C 0.455 0.174 0.105 0.115 0.096 0.048 0.008 4 M 0.423 0.185 0.130 0.127 0.079 0.047 0.009 5 R 0.327 0.223 0.179 0.143 0.088 0.034 0.006 6 K 0.340 0.288 0.160 0.106 0.070 0.030 0.006 7 L 0.190 0.129 0.163 0.228 0.191 0.091 0.008 8 D 0.231 0.259 0.210 0.177 0.092 0.029 0.001 9 R 0.314 0.407 0.186 0.070 0.019 0.004 0.001 10 V 0.074 0.139 0.226 0.316 0.193 0.049 0.003 11 D 0.030 0.062 0.095 0.215 0.350 0.232 0.016 12 M 0.102 0.329 0.334 0.186 0.044 0.006 0.001 13 Q 0.079 0.315 0.358 0.189 0.050 0.008 0.001 14 L 0.005 0.010 0.022 0.102 0.389 0.439 0.034 15 V 0.003 0.014 0.053 0.214 0.380 0.303 0.032 16 K 0.042 0.360 0.346 0.185 0.054 0.013 0.001 17 I 0.008 0.046 0.208 0.435 0.244 0.057 0.003 18 L 0.004 0.009 0.014 0.070 0.339 0.514 0.050 19 S 0.028 0.119 0.283 0.350 0.185 0.033 0.002 20 E 0.301 0.429 0.187 0.066 0.013 0.003 0.001 21 N 0.125 0.294 0.275 0.188 0.091 0.024 0.002 22 S 0.051 0.130 0.185 0.304 0.231 0.088 0.010 23 R 0.125 0.276 0.274 0.192 0.097 0.033 0.003 24 L 0.124 0.236 0.233 0.219 0.139 0.044 0.005 25 T 0.097 0.219 0.215 0.239 0.161 0.062 0.008 26 Y 0.071 0.121 0.171 0.257 0.246 0.119 0.016 27 R 0.207 0.383 0.259 0.118 0.029 0.005 0.001 28 E 0.113 0.336 0.290 0.179 0.065 0.015 0.002 29 L 0.006 0.018 0.054 0.191 0.431 0.284 0.017 30 A 0.033 0.117 0.247 0.344 0.206 0.049 0.003 31 D 0.276 0.540 0.148 0.032 0.004 0.001 0.001 32 I 0.109 0.253 0.316 0.231 0.077 0.013 0.001 33 L 0.024 0.058 0.120 0.284 0.343 0.159 0.012 34 N 0.153 0.347 0.252 0.149 0.073 0.023 0.002 35 T 0.065 0.081 0.144 0.243 0.279 0.167 0.021 36 T 0.096 0.248 0.209 0.221 0.161 0.062 0.004 37 R 0.080 0.244 0.312 0.233 0.100 0.028 0.003 38 Q 0.347 0.379 0.165 0.071 0.027 0.009 0.002 39 R 0.050 0.204 0.280 0.281 0.138 0.039 0.008 40 I 0.014 0.025 0.058 0.165 0.376 0.322 0.040 41 A 0.039 0.198 0.333 0.288 0.112 0.027 0.003 42 R 0.138 0.434 0.267 0.121 0.032 0.007 0.001 43 R 0.005 0.017 0.049 0.178 0.406 0.319 0.027 44 I 0.005 0.015 0.048 0.197 0.396 0.312 0.026 45 D 0.097 0.457 0.284 0.120 0.032 0.008 0.002 46 K 0.052 0.180 0.331 0.307 0.107 0.022 0.001 47 L 0.028 0.067 0.106 0.245 0.378 0.166 0.010 48 K 0.150 0.321 0.296 0.175 0.049 0.008 0.001 49 K 0.514 0.315 0.111 0.046 0.012 0.002 0.001 50 L 0.192 0.343 0.273 0.138 0.045 0.009 0.001 51 G 0.319 0.347 0.190 0.104 0.033 0.007 0.001 52 I 0.074 0.179 0.234 0.256 0.193 0.061 0.004 53 I 0.055 0.078 0.112 0.266 0.320 0.159 0.011 54 R 0.123 0.341 0.297 0.177 0.051 0.010 0.001 55 K 0.137 0.269 0.287 0.202 0.083 0.020 0.002 56 F 0.044 0.117 0.181 0.310 0.261 0.081 0.005 57 T 0.036 0.138 0.236 0.297 0.212 0.077 0.005 58 I 0.009 0.020 0.046 0.134 0.276 0.441 0.075 59 I 0.022 0.098 0.213 0.310 0.226 0.121 0.012 60 P 0.011 0.028 0.057 0.154 0.348 0.353 0.048 61 D 0.053 0.215 0.279 0.279 0.135 0.036 0.003 62 I 0.104 0.207 0.209 0.245 0.162 0.065 0.008 63 D 0.295 0.398 0.189 0.084 0.025 0.007 0.001 64 K 0.230 0.333 0.214 0.143 0.063 0.016 0.001 65 L 0.103 0.159 0.238 0.274 0.179 0.047 0.001 66 G 0.205 0.390 0.224 0.132 0.041 0.008 0.001 67 Y 0.074 0.176 0.212 0.260 0.211 0.062 0.004 68 M 0.021 0.212 0.332 0.324 0.090 0.020 0.001 69 Y 0.001 0.006 0.024 0.104 0.350 0.426 0.089 70 A 0.001 0.010 0.047 0.153 0.307 0.371 0.111 71 I 0.001 0.003 0.011 0.035 0.129 0.539 0.283 72 V 0.001 0.001 0.010 0.049 0.142 0.391 0.406 73 L 0.001 0.001 0.002 0.009 0.056 0.451 0.481 74 I 0.001 0.010 0.073 0.281 0.329 0.259 0.049 75 K 0.001 0.005 0.014 0.058 0.287 0.570 0.065 76 S 0.005 0.081 0.267 0.407 0.194 0.043 0.002 77 K 0.010 0.054 0.168 0.359 0.350 0.058 0.001 78 V 0.375 0.484 0.115 0.023 0.003 0.001 0.001 79 P 0.630 0.273 0.075 0.019 0.003 0.001 0.001 80 S 0.800 0.165 0.029 0.004 0.001 0.001 0.001 81 D 0.136 0.322 0.278 0.197 0.061 0.006 0.001 82 A 0.025 0.107 0.324 0.351 0.170 0.022 0.001 83 D 0.352 0.506 0.122 0.017 0.002 0.001 0.001 84 K 0.057 0.396 0.391 0.140 0.015 0.001 0.001 85 V 0.003 0.010 0.034 0.165 0.545 0.239 0.005 86 I 0.009 0.100 0.290 0.403 0.175 0.022 0.001 87 S 0.139 0.608 0.201 0.044 0.007 0.001 0.001 88 E 0.006 0.055 0.274 0.459 0.183 0.023 0.001 89 I 0.004 0.012 0.032 0.158 0.456 0.326 0.012 90 S 0.120 0.367 0.289 0.161 0.051 0.010 0.001 91 D 0.343 0.501 0.124 0.027 0.004 0.001 0.001 92 I 0.012 0.081 0.282 0.413 0.184 0.027 0.001 93 E 0.236 0.468 0.204 0.069 0.021 0.003 0.001 94 Y 0.050 0.170 0.268 0.316 0.166 0.028 0.001 95 V 0.012 0.030 0.065 0.198 0.401 0.273 0.021 96 K 0.062 0.215 0.269 0.250 0.150 0.049 0.005 97 S 0.109 0.255 0.254 0.201 0.108 0.056 0.016 98 V 0.037 0.048 0.069 0.140 0.269 0.323 0.114 99 E 0.031 0.064 0.120 0.228 0.266 0.214 0.076 100 K 0.179 0.256 0.212 0.165 0.100 0.061 0.027 101 G 0.187 0.148 0.149 0.206 0.171 0.106 0.033 102 V 0.192 0.168 0.129 0.147 0.157 0.154 0.052 103 G 0.231 0.208 0.173 0.180 0.126 0.062 0.020 104 R 0.188 0.327 0.220 0.150 0.072 0.033 0.009 105 Y 0.048 0.100 0.142 0.225 0.256 0.177 0.053 106 N 0.019 0.069 0.136 0.231 0.251 0.216 0.078 107 I 0.003 0.008 0.023 0.067 0.168 0.463 0.267 108 I 0.003 0.008 0.029 0.100 0.230 0.378 0.251 109 V 0.001 0.003 0.007 0.019 0.076 0.397 0.497 110 R 0.006 0.023 0.080 0.207 0.262 0.297 0.126 111 L 0.004 0.014 0.028 0.063 0.177 0.485 0.229 112 L 0.009 0.050 0.130 0.276 0.287 0.208 0.040 113 L 0.020 0.045 0.080 0.195 0.344 0.289 0.027 114 P 0.092 0.224 0.241 0.246 0.155 0.041 0.002 115 K 0.288 0.335 0.212 0.117 0.038 0.010 0.001 116 D 0.481 0.315 0.128 0.055 0.017 0.003 0.001 117 I 0.148 0.231 0.257 0.234 0.104 0.025 0.001 118 K 0.579 0.300 0.087 0.027 0.006 0.001 0.001 119 D 0.294 0.413 0.194 0.073 0.021 0.004 0.001 120 A 0.032 0.077 0.168 0.308 0.301 0.108 0.006 121 E 0.034 0.140 0.232 0.296 0.210 0.080 0.007 122 N 0.179 0.432 0.257 0.098 0.027 0.006 0.001 123 L 0.018 0.106 0.280 0.356 0.194 0.044 0.002 124 I 0.003 0.005 0.010 0.054 0.280 0.571 0.078 125 S 0.011 0.063 0.181 0.352 0.292 0.094 0.007 126 E 0.104 0.478 0.281 0.104 0.027 0.005 0.001 127 F 0.010 0.050 0.193 0.418 0.257 0.070 0.002 128 L 0.007 0.017 0.040 0.151 0.419 0.350 0.016 129 Q 0.135 0.333 0.279 0.178 0.062 0.012 0.001 130 R 0.331 0.449 0.153 0.053 0.012 0.002 0.001 131 I 0.051 0.166 0.321 0.330 0.115 0.016 0.001 132 K 0.401 0.407 0.136 0.042 0.012 0.002 0.001 133 N 0.197 0.288 0.252 0.188 0.064 0.010 0.001 134 A 0.052 0.088 0.149 0.292 0.307 0.107 0.005 135 E 0.208 0.350 0.231 0.139 0.058 0.013 0.001 136 N 0.166 0.328 0.269 0.156 0.059 0.019 0.003 137 V 0.034 0.060 0.101 0.222 0.323 0.226 0.035 138 E 0.044 0.129 0.202 0.273 0.210 0.116 0.026 139 V 0.063 0.107 0.125 0.180 0.233 0.235 0.056 140 I 0.104 0.159 0.214 0.239 0.176 0.092 0.017 141 L 0.116 0.123 0.111 0.171 0.210 0.213 0.056 142 I 0.122 0.134 0.165 0.227 0.206 0.125 0.022 143 S 0.173 0.145 0.150 0.212 0.197 0.108 0.015 144 E 0.238 0.273 0.214 0.162 0.081 0.028 0.005 145 V 0.276 0.239 0.218 0.154 0.086 0.025 0.002 146 R 0.308 0.225 0.169 0.152 0.103 0.040 0.004 147 K 0.356 0.261 0.197 0.130 0.045 0.010 0.001 148 F 0.653 0.219 0.081 0.032 0.012 0.003 0.001 149 E 0.631 0.207 0.085 0.050 0.020 0.006 0.001 150 I 0.733 0.149 0.061 0.038 0.014 0.004 0.001 151 I 0.757 0.141 0.054 0.030 0.013 0.004 0.001