# TARGET T0337 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0337.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1361 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.007 0.001 0.004 0.059 0.061 0.867 2 D 0.037 0.012 0.017 0.134 0.125 0.675 3 C 0.029 0.010 0.036 0.200 0.198 0.527 4 M 0.036 0.012 0.081 0.137 0.270 0.464 5 R 0.042 0.006 0.094 0.192 0.251 0.415 6 K 0.058 0.012 0.065 0.132 0.202 0.531 7 L 0.024 0.020 0.026 0.217 0.182 0.531 8 D 0.011 0.010 0.006 0.184 0.101 0.688 9 R 0.001 0.001 0.006 0.987 0.004 0.003 10 V 0.001 0.001 0.004 0.992 0.003 0.001 11 D 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 12 M 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 13 Q 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 15 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 16 K 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 17 I 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.002 18 L 0.001 0.001 0.007 0.968 0.014 0.010 19 S 0.001 0.002 0.012 0.878 0.075 0.032 20 E 0.001 0.002 0.010 0.840 0.087 0.060 21 N 0.002 0.002 0.023 0.151 0.528 0.294 22 S 0.003 0.003 0.032 0.062 0.601 0.298 23 R 0.014 0.013 0.029 0.021 0.435 0.488 24 L 0.023 0.025 0.006 0.011 0.283 0.652 25 T 0.009 0.009 0.001 0.006 0.061 0.915 26 Y 0.001 0.001 0.012 0.969 0.009 0.009 27 R 0.001 0.001 0.008 0.983 0.006 0.003 28 E 0.001 0.001 0.009 0.977 0.011 0.002 29 L 0.001 0.001 0.009 0.983 0.005 0.002 30 A 0.001 0.001 0.010 0.981 0.007 0.002 31 D 0.001 0.001 0.020 0.956 0.016 0.008 32 I 0.002 0.001 0.017 0.899 0.031 0.051 33 L 0.005 0.006 0.012 0.848 0.040 0.089 34 N 0.003 0.003 0.002 0.023 0.071 0.898 35 T 0.008 0.007 0.001 0.012 0.059 0.914 36 T 0.004 0.003 0.001 0.007 0.034 0.951 37 R 0.001 0.001 0.004 0.973 0.008 0.014 38 Q 0.001 0.001 0.006 0.985 0.006 0.003 39 R 0.001 0.001 0.008 0.982 0.009 0.002 40 I 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.002 41 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 42 R 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.002 43 R 0.001 0.001 0.003 0.990 0.003 0.003 44 I 0.001 0.001 0.002 0.992 0.003 0.002 45 D 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.001 46 K 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.002 47 L 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.002 48 K 0.001 0.001 0.006 0.990 0.003 0.001 49 K 0.001 0.001 0.005 0.991 0.003 0.001 50 L 0.001 0.001 0.007 0.967 0.006 0.019 51 G 0.001 0.001 0.002 0.005 0.048 0.944 52 I 0.131 0.014 0.023 0.015 0.177 0.640 53 I 0.595 0.014 0.038 0.019 0.147 0.187 54 R 0.720 0.008 0.027 0.022 0.132 0.091 55 K 0.770 0.001 0.012 0.022 0.096 0.099 56 F 0.802 0.003 0.006 0.014 0.073 0.103 57 T 0.904 0.003 0.001 0.006 0.034 0.052 58 I 0.947 0.004 0.001 0.003 0.014 0.031 59 I 0.856 0.009 0.003 0.006 0.036 0.090 60 P 0.575 0.018 0.007 0.013 0.084 0.302 61 D 0.190 0.016 0.023 0.026 0.262 0.483 62 I 0.005 0.001 0.678 0.203 0.095 0.018 63 D 0.004 0.001 0.800 0.129 0.059 0.008 64 K 0.007 0.002 0.811 0.112 0.062 0.006 65 L 0.048 0.009 0.237 0.235 0.312 0.159 66 G 0.097 0.009 0.024 0.026 0.278 0.566 67 Y 0.390 0.005 0.006 0.010 0.201 0.387 68 M 0.806 0.002 0.001 0.002 0.059 0.130 69 Y 0.969 0.001 0.001 0.001 0.007 0.022 70 A 0.993 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 71 I 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 72 V 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 73 L 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 74 I 0.974 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 75 K 0.880 0.002 0.001 0.001 0.026 0.090 76 S 0.456 0.008 0.002 0.003 0.122 0.408 77 K 0.129 0.017 0.006 0.003 0.279 0.566 78 V 0.024 0.007 0.004 0.003 0.373 0.589 79 P 0.008 0.006 0.106 0.099 0.478 0.302 80 S 0.007 0.007 0.191 0.213 0.402 0.179 81 D 0.003 0.003 0.255 0.483 0.196 0.060 82 A 0.001 0.001 0.051 0.867 0.050 0.031 83 D 0.001 0.001 0.024 0.939 0.021 0.014 84 K 0.001 0.001 0.013 0.969 0.011 0.006 85 V 0.001 0.001 0.009 0.980 0.008 0.003 86 I 0.001 0.001 0.006 0.986 0.005 0.002 87 S 0.001 0.001 0.009 0.981 0.008 0.001 88 E 0.001 0.001 0.010 0.976 0.009 0.005 89 I 0.001 0.001 0.026 0.940 0.029 0.003 90 S 0.001 0.001 0.037 0.845 0.097 0.018 91 D 0.001 0.001 0.047 0.456 0.235 0.259 92 I 0.009 0.015 0.034 0.067 0.576 0.300 93 E 0.027 0.002 0.029 0.048 0.506 0.388 94 Y 0.218 0.007 0.041 0.043 0.466 0.224 95 V 0.815 0.010 0.005 0.033 0.076 0.061 96 K 0.893 0.001 0.002 0.033 0.023 0.048 97 S 0.946 0.001 0.001 0.027 0.010 0.014 98 V 0.912 0.002 0.001 0.048 0.015 0.022 99 E 0.855 0.002 0.003 0.051 0.040 0.049 100 K 0.672 0.008 0.007 0.073 0.099 0.140 101 G 0.278 0.011 0.010 0.032 0.318 0.352 102 V 0.102 0.012 0.011 0.051 0.358 0.466 103 G 0.077 0.019 0.010 0.021 0.351 0.523 104 R 0.100 0.019 0.031 0.088 0.428 0.334 105 Y 0.160 0.010 0.026 0.087 0.449 0.268 106 N 0.292 0.005 0.013 0.024 0.395 0.271 107 I 0.890 0.002 0.002 0.009 0.043 0.054 108 I 0.977 0.001 0.001 0.006 0.007 0.009 109 V 0.983 0.001 0.001 0.013 0.002 0.002 110 R 0.980 0.001 0.001 0.018 0.001 0.002 111 L 0.969 0.001 0.001 0.024 0.002 0.005 112 L 0.933 0.001 0.001 0.020 0.007 0.038 113 L 0.685 0.003 0.001 0.009 0.056 0.246 114 P 0.230 0.005 0.006 0.009 0.192 0.558 115 K 0.058 0.012 0.009 0.008 0.287 0.626 116 D 0.018 0.005 0.004 0.010 0.201 0.763 117 I 0.001 0.001 0.042 0.915 0.029 0.013 118 K 0.001 0.001 0.026 0.955 0.014 0.004 119 D 0.001 0.001 0.024 0.958 0.014 0.003 120 A 0.001 0.001 0.007 0.986 0.004 0.002 121 E 0.001 0.001 0.003 0.993 0.002 0.001 122 N 0.001 0.001 0.006 0.986 0.005 0.003 123 L 0.001 0.001 0.003 0.985 0.004 0.007 124 I 0.001 0.001 0.002 0.988 0.005 0.004 125 S 0.001 0.001 0.002 0.990 0.004 0.003 126 E 0.001 0.001 0.002 0.991 0.004 0.002 127 F 0.001 0.001 0.006 0.980 0.009 0.004 128 L 0.001 0.001 0.013 0.968 0.014 0.004 129 Q 0.002 0.001 0.031 0.923 0.029 0.015 130 R 0.003 0.003 0.035 0.702 0.080 0.178 131 I 0.004 0.017 0.069 0.222 0.582 0.107 132 K 0.003 0.001 0.041 0.056 0.807 0.092 133 N 0.002 0.001 0.027 0.014 0.835 0.121 134 A 0.047 0.026 0.040 0.015 0.819 0.052 135 E 0.251 0.014 0.044 0.038 0.366 0.287 136 N 0.541 0.015 0.048 0.027 0.231 0.138 137 V 0.848 0.005 0.006 0.005 0.068 0.067 138 E 0.858 0.002 0.002 0.004 0.032 0.101 139 V 0.941 0.002 0.001 0.004 0.015 0.037 140 I 0.948 0.001 0.001 0.006 0.012 0.032 141 L 0.960 0.001 0.002 0.007 0.008 0.022 142 I 0.908 0.002 0.005 0.016 0.023 0.046 143 S 0.790 0.002 0.011 0.039 0.055 0.102 144 E 0.730 0.003 0.012 0.046 0.066 0.144 145 V 0.685 0.005 0.016 0.063 0.075 0.157 146 R 0.608 0.009 0.019 0.134 0.078 0.152 147 K 0.528 0.006 0.025 0.186 0.105 0.151 148 F 0.360 0.007 0.034 0.212 0.113 0.273 149 E 0.259 0.007 0.034 0.159 0.138 0.403 150 I 0.154 0.012 0.026 0.132 0.111 0.564 151 I 0.010 0.001 0.001 0.003 0.022 0.964