# TARGET T0337 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0337.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1361 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.405 0.108 0.074 0.099 0.070 0.057 0.063 0.043 0.040 0.026 0.016 2 D 0.362 0.261 0.082 0.123 0.068 0.041 0.033 0.015 0.009 0.004 0.002 3 C 0.113 0.127 0.061 0.129 0.119 0.127 0.131 0.078 0.061 0.036 0.017 4 M 0.133 0.127 0.055 0.128 0.115 0.107 0.130 0.076 0.066 0.038 0.026 5 R 0.185 0.129 0.159 0.180 0.133 0.092 0.071 0.026 0.016 0.007 0.002 6 K 0.251 0.196 0.138 0.244 0.099 0.041 0.021 0.006 0.003 0.001 0.001 7 L 0.012 0.022 0.022 0.033 0.032 0.053 0.141 0.144 0.197 0.188 0.154 8 D 0.017 0.067 0.079 0.143 0.166 0.193 0.201 0.076 0.040 0.013 0.005 9 R 0.399 0.182 0.252 0.120 0.031 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 10 V 0.008 0.028 0.067 0.108 0.157 0.203 0.239 0.100 0.057 0.024 0.009 11 D 0.001 0.001 0.005 0.007 0.012 0.036 0.160 0.186 0.252 0.206 0.136 12 M 0.004 0.011 0.073 0.169 0.237 0.240 0.187 0.049 0.022 0.007 0.002 13 Q 0.003 0.030 0.338 0.243 0.180 0.122 0.062 0.014 0.005 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.009 0.069 0.123 0.289 0.281 0.221 15 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.081 0.121 0.208 0.286 0.289 16 K 0.001 0.004 0.490 0.308 0.134 0.042 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 17 I 0.001 0.001 0.019 0.028 0.091 0.258 0.408 0.121 0.052 0.018 0.005 18 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.051 0.188 0.334 0.404 19 S 0.001 0.001 0.007 0.025 0.084 0.197 0.386 0.180 0.085 0.028 0.007 20 E 0.014 0.058 0.640 0.190 0.061 0.026 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 21 N 0.023 0.036 0.037 0.069 0.110 0.201 0.333 0.102 0.055 0.025 0.008 22 S 0.081 0.044 0.018 0.025 0.022 0.037 0.109 0.119 0.182 0.202 0.161 23 R 0.299 0.167 0.076 0.157 0.111 0.081 0.058 0.025 0.014 0.008 0.004 24 L 0.094 0.058 0.053 0.085 0.083 0.110 0.178 0.135 0.114 0.062 0.029 25 T 0.020 0.266 0.067 0.154 0.121 0.105 0.097 0.059 0.052 0.033 0.025 26 Y 0.017 0.011 0.011 0.034 0.063 0.089 0.160 0.143 0.179 0.154 0.138 27 R 0.334 0.141 0.124 0.151 0.109 0.073 0.045 0.012 0.007 0.003 0.001 28 E 0.006 0.039 0.116 0.439 0.232 0.104 0.047 0.010 0.004 0.002 0.001 29 L 0.001 0.002 0.008 0.005 0.004 0.005 0.028 0.068 0.190 0.270 0.420 30 A 0.001 0.001 0.010 0.018 0.051 0.170 0.296 0.201 0.144 0.077 0.032 31 D 0.019 0.047 0.753 0.130 0.032 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 32 I 0.001 0.004 0.013 0.029 0.086 0.223 0.426 0.124 0.059 0.026 0.009 33 L 0.002 0.002 0.003 0.003 0.003 0.007 0.038 0.073 0.204 0.302 0.363 34 N 0.391 0.247 0.073 0.125 0.067 0.043 0.029 0.010 0.007 0.004 0.004 35 T 0.025 0.034 0.053 0.075 0.090 0.148 0.237 0.165 0.106 0.048 0.019 36 T 0.060 0.460 0.080 0.107 0.069 0.065 0.075 0.034 0.025 0.015 0.011 37 R 0.150 0.114 0.078 0.195 0.220 0.147 0.070 0.015 0.007 0.002 0.001 38 Q 0.817 0.103 0.042 0.021 0.008 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 39 R 0.012 0.041 0.080 0.339 0.228 0.174 0.095 0.022 0.006 0.002 0.001 40 I 0.001 0.001 0.007 0.004 0.005 0.013 0.103 0.161 0.260 0.263 0.182 41 A 0.002 0.007 0.171 0.261 0.254 0.196 0.086 0.015 0.005 0.002 0.001 42 R 0.003 0.028 0.617 0.209 0.087 0.038 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 43 R 0.001 0.001 0.002 0.003 0.011 0.058 0.299 0.254 0.219 0.110 0.044 44 I 0.001 0.001 0.006 0.002 0.007 0.025 0.214 0.219 0.245 0.180 0.103 45 D 0.002 0.009 0.791 0.136 0.037 0.014 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 46 K 0.001 0.010 0.117 0.278 0.314 0.196 0.071 0.010 0.003 0.001 0.001 47 L 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.003 0.025 0.060 0.220 0.320 0.363 48 K 0.001 0.001 0.015 0.075 0.231 0.275 0.288 0.080 0.024 0.007 0.002 49 K 0.006 0.044 0.858 0.068 0.017 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 50 L 0.001 0.011 0.025 0.157 0.221 0.290 0.233 0.041 0.014 0.005 0.001 51 G 0.616 0.209 0.050 0.051 0.023 0.018 0.017 0.006 0.005 0.003 0.002 52 I 0.002 0.016 0.015 0.089 0.126 0.153 0.237 0.137 0.108 0.067 0.050 53 I 0.002 0.004 0.005 0.008 0.012 0.025 0.081 0.122 0.226 0.238 0.277 54 R 0.018 0.069 0.044 0.293 0.227 0.159 0.121 0.039 0.019 0.007 0.005 55 K 0.109 0.138 0.083 0.220 0.162 0.112 0.091 0.040 0.026 0.014 0.007 56 F 0.004 0.007 0.005 0.026 0.042 0.072 0.172 0.183 0.218 0.163 0.109 57 T 0.043 0.095 0.045 0.187 0.159 0.131 0.148 0.075 0.058 0.033 0.025 58 I 0.002 0.004 0.002 0.008 0.010 0.016 0.060 0.111 0.227 0.284 0.276 59 I 0.017 0.053 0.038 0.186 0.183 0.172 0.176 0.079 0.056 0.026 0.014 60 P 0.014 0.011 0.007 0.021 0.030 0.046 0.115 0.150 0.221 0.209 0.177 61 D 0.085 0.253 0.082 0.236 0.153 0.082 0.060 0.024 0.015 0.007 0.004 62 I 0.029 0.023 0.014 0.064 0.099 0.151 0.206 0.145 0.132 0.086 0.051 63 D 0.526 0.190 0.071 0.136 0.047 0.017 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 64 K 0.028 0.069 0.079 0.187 0.173 0.168 0.164 0.063 0.040 0.019 0.010 65 L 0.017 0.015 0.016 0.033 0.035 0.053 0.124 0.136 0.194 0.189 0.187 66 G 0.327 0.259 0.088 0.145 0.079 0.049 0.031 0.010 0.007 0.004 0.003 67 Y 0.014 0.032 0.044 0.112 0.146 0.169 0.202 0.109 0.089 0.054 0.028 68 M 0.012 0.010 0.005 0.024 0.036 0.058 0.142 0.146 0.200 0.185 0.181 69 Y 0.009 0.027 0.027 0.122 0.141 0.168 0.212 0.120 0.090 0.054 0.031 70 A 0.001 0.002 0.002 0.007 0.009 0.016 0.079 0.155 0.279 0.269 0.180 71 I 0.002 0.005 0.008 0.037 0.046 0.069 0.128 0.141 0.183 0.200 0.181 72 V 0.001 0.001 0.002 0.004 0.005 0.010 0.054 0.125 0.257 0.316 0.225 73 L 0.003 0.010 0.022 0.108 0.148 0.157 0.226 0.151 0.105 0.046 0.025 74 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.011 0.046 0.105 0.230 0.309 0.289 75 K 0.008 0.042 0.035 0.316 0.320 0.162 0.087 0.021 0.008 0.002 0.001 76 S 0.010 0.014 0.007 0.021 0.027 0.054 0.149 0.191 0.236 0.179 0.114 77 K 0.130 0.247 0.098 0.295 0.147 0.052 0.022 0.006 0.003 0.001 0.001 78 V 0.188 0.272 0.051 0.152 0.109 0.087 0.079 0.029 0.019 0.010 0.004 79 P 0.439 0.146 0.033 0.138 0.097 0.061 0.044 0.022 0.012 0.006 0.002 80 S 0.625 0.210 0.036 0.066 0.030 0.015 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 81 D 0.034 0.292 0.083 0.205 0.148 0.111 0.074 0.028 0.015 0.006 0.003 82 A 0.011 0.009 0.007 0.032 0.086 0.154 0.234 0.173 0.150 0.089 0.055 83 D 0.280 0.166 0.209 0.206 0.084 0.036 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 84 K 0.007 0.056 0.218 0.455 0.184 0.059 0.018 0.003 0.001 0.001 0.001 85 V 0.001 0.001 0.004 0.004 0.005 0.011 0.068 0.126 0.247 0.272 0.263 86 I 0.001 0.002 0.019 0.050 0.141 0.262 0.321 0.120 0.058 0.020 0.006 87 S 0.021 0.036 0.846 0.077 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 88 E 0.001 0.002 0.016 0.039 0.120 0.294 0.397 0.088 0.030 0.011 0.003 89 I 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.003 0.038 0.082 0.233 0.314 0.322 90 S 0.008 0.029 0.151 0.286 0.257 0.157 0.078 0.019 0.008 0.004 0.002 91 D 0.110 0.146 0.634 0.083 0.020 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 I 0.001 0.004 0.003 0.011 0.029 0.087 0.302 0.213 0.173 0.112 0.066 93 E 0.613 0.208 0.064 0.056 0.023 0.015 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 94 Y 0.035 0.058 0.058 0.146 0.169 0.188 0.192 0.076 0.047 0.021 0.010 95 V 0.004 0.007 0.014 0.023 0.029 0.057 0.142 0.142 0.209 0.203 0.170 96 K 0.015 0.038 0.037 0.227 0.212 0.179 0.138 0.066 0.049 0.027 0.011 97 S 0.013 0.044 0.055 0.141 0.172 0.185 0.185 0.100 0.063 0.030 0.013 98 V 0.005 0.011 0.031 0.039 0.032 0.035 0.094 0.140 0.215 0.219 0.180 99 E 0.011 0.019 0.028 0.091 0.128 0.171 0.234 0.135 0.100 0.057 0.027 100 K 0.013 0.058 0.116 0.290 0.209 0.130 0.092 0.044 0.029 0.014 0.005 101 G 0.019 0.032 0.044 0.105 0.123 0.149 0.203 0.119 0.108 0.065 0.033 102 V 0.079 0.116 0.055 0.149 0.106 0.105 0.145 0.091 0.078 0.047 0.028 103 G 0.181 0.115 0.038 0.116 0.102 0.102 0.133 0.081 0.067 0.042 0.022 104 R 0.131 0.217 0.105 0.245 0.151 0.081 0.044 0.014 0.008 0.003 0.001 105 Y 0.010 0.012 0.007 0.036 0.058 0.085 0.185 0.172 0.202 0.150 0.085 106 N 0.018 0.043 0.036 0.174 0.195 0.187 0.158 0.077 0.059 0.034 0.019 107 I 0.001 0.002 0.003 0.009 0.012 0.024 0.123 0.209 0.289 0.218 0.108 108 I 0.001 0.003 0.007 0.031 0.045 0.069 0.145 0.167 0.202 0.180 0.150 109 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.029 0.086 0.227 0.337 0.311 110 R 0.001 0.004 0.014 0.067 0.108 0.123 0.226 0.194 0.156 0.075 0.032 111 L 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.012 0.059 0.128 0.262 0.295 0.232 112 L 0.002 0.009 0.011 0.098 0.164 0.185 0.243 0.137 0.101 0.038 0.012 113 L 0.004 0.012 0.007 0.020 0.029 0.057 0.159 0.181 0.233 0.186 0.112 114 P 0.048 0.076 0.049 0.192 0.183 0.165 0.165 0.071 0.034 0.012 0.004 115 K 0.390 0.181 0.058 0.137 0.093 0.054 0.050 0.020 0.010 0.005 0.002 116 D 0.099 0.424 0.069 0.164 0.094 0.060 0.041 0.019 0.015 0.009 0.005 117 I 0.035 0.034 0.025 0.096 0.155 0.202 0.213 0.107 0.076 0.038 0.019 118 K 0.756 0.146 0.049 0.034 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 119 D 0.023 0.100 0.182 0.339 0.181 0.103 0.054 0.013 0.004 0.001 0.001 120 A 0.003 0.003 0.008 0.011 0.016 0.035 0.124 0.148 0.235 0.227 0.191 121 E 0.008 0.014 0.095 0.123 0.170 0.268 0.238 0.053 0.022 0.007 0.002 122 N 0.006 0.029 0.730 0.160 0.047 0.017 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 123 L 0.001 0.003 0.028 0.025 0.048 0.122 0.300 0.182 0.157 0.091 0.042 124 I 0.001 0.001 0.010 0.005 0.006 0.014 0.104 0.164 0.276 0.258 0.163 125 S 0.001 0.006 0.186 0.217 0.262 0.193 0.104 0.020 0.008 0.003 0.001 126 E 0.012 0.044 0.544 0.228 0.098 0.047 0.020 0.004 0.002 0.001 0.001 127 F 0.001 0.002 0.012 0.011 0.021 0.060 0.284 0.218 0.218 0.126 0.049 128 L 0.001 0.001 0.015 0.007 0.010 0.026 0.147 0.163 0.229 0.220 0.180 129 Q 0.003 0.027 0.444 0.262 0.168 0.061 0.024 0.006 0.003 0.001 0.001 130 R 0.013 0.080 0.320 0.212 0.171 0.126 0.061 0.011 0.005 0.002 0.001 131 I 0.002 0.002 0.003 0.007 0.011 0.027 0.122 0.159 0.230 0.218 0.218 132 K 0.541 0.193 0.063 0.100 0.046 0.026 0.021 0.005 0.003 0.001 0.001 133 N 0.250 0.277 0.121 0.196 0.091 0.041 0.018 0.004 0.002 0.001 0.001 134 A 0.007 0.004 0.002 0.006 0.007 0.012 0.035 0.064 0.172 0.259 0.433 135 E 0.085 0.188 0.067 0.229 0.172 0.135 0.084 0.022 0.010 0.004 0.003 136 N 0.127 0.222 0.131 0.235 0.138 0.073 0.044 0.016 0.009 0.004 0.002 137 V 0.014 0.011 0.009 0.025 0.037 0.064 0.145 0.159 0.195 0.185 0.157 138 E 0.062 0.150 0.081 0.273 0.215 0.119 0.066 0.018 0.010 0.004 0.002 139 V 0.005 0.008 0.007 0.022 0.026 0.037 0.108 0.142 0.229 0.218 0.198 140 I 0.020 0.034 0.036 0.127 0.145 0.160 0.200 0.107 0.084 0.054 0.033 141 L 0.012 0.016 0.016 0.038 0.041 0.061 0.157 0.169 0.212 0.171 0.107 142 I 0.016 0.028 0.034 0.088 0.099 0.109 0.170 0.136 0.140 0.106 0.074 143 S 0.021 0.038 0.048 0.095 0.097 0.112 0.181 0.140 0.139 0.086 0.044 144 E 0.108 0.113 0.115 0.249 0.178 0.107 0.076 0.028 0.017 0.007 0.003 145 V 0.108 0.098 0.093 0.130 0.105 0.107 0.135 0.085 0.073 0.044 0.024 146 R 0.147 0.118 0.094 0.152 0.126 0.118 0.113 0.055 0.043 0.023 0.011 147 K 0.105 0.122 0.101 0.136 0.105 0.100 0.130 0.076 0.064 0.040 0.020 148 F 0.125 0.131 0.130 0.175 0.143 0.106 0.088 0.044 0.032 0.017 0.008 149 E 0.269 0.191 0.119 0.171 0.096 0.059 0.046 0.020 0.015 0.008 0.004 150 I 0.191 0.132 0.060 0.139 0.114 0.103 0.110 0.063 0.048 0.028 0.013 151 I 0.236 0.107 0.057 0.094 0.079 0.083 0.104 0.076 0.079 0.054 0.031