# TARGET T0337 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0337.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1361 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.072 0.306 0.132 0.023 0.203 0.015 0.033 0.092 0.052 0.045 0.028 2 D 0.101 0.183 0.092 0.022 0.162 0.021 0.052 0.142 0.088 0.082 0.055 3 C 0.048 0.154 0.089 0.021 0.099 0.015 0.030 0.243 0.166 0.103 0.032 4 M 0.093 0.088 0.036 0.011 0.131 0.019 0.046 0.248 0.166 0.119 0.044 5 R 0.035 0.262 0.082 0.025 0.157 0.028 0.052 0.219 0.081 0.041 0.018 6 K 0.178 0.191 0.085 0.003 0.168 0.003 0.016 0.092 0.040 0.128 0.096 7 L 0.052 0.204 0.092 0.026 0.129 0.014 0.016 0.190 0.103 0.140 0.035 8 D 0.005 0.577 0.299 0.010 0.034 0.002 0.001 0.057 0.007 0.006 0.001 9 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.857 0.136 0.002 0.001 10 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.971 0.023 0.002 0.001 11 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.953 0.038 0.008 0.001 12 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.974 0.026 0.001 0.001 13 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.980 0.019 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.014 0.001 0.001 15 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.960 0.039 0.001 0.001 16 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.964 0.033 0.001 0.001 17 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.940 0.047 0.004 0.001 18 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.822 0.138 0.018 0.001 19 S 0.002 0.006 0.003 0.001 0.002 0.003 0.043 0.782 0.128 0.027 0.002 20 E 0.003 0.076 0.025 0.014 0.019 0.052 0.265 0.414 0.087 0.041 0.004 21 N 0.134 0.029 0.010 0.003 0.075 0.003 0.016 0.041 0.041 0.336 0.313 22 S 0.070 0.239 0.063 0.004 0.197 0.004 0.013 0.189 0.115 0.067 0.040 23 R 0.074 0.148 0.033 0.006 0.132 0.016 0.055 0.217 0.093 0.174 0.053 24 L 0.055 0.394 0.165 0.017 0.223 0.010 0.019 0.064 0.015 0.021 0.018 25 T 0.002 0.601 0.313 0.003 0.018 0.001 0.001 0.056 0.003 0.002 0.001 26 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.858 0.138 0.003 0.001 27 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.021 0.001 0.001 28 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.973 0.023 0.004 0.001 29 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.027 0.001 0.001 30 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.955 0.042 0.002 0.001 31 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.903 0.080 0.002 0.001 32 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.890 0.065 0.007 0.001 33 L 0.005 0.770 0.103 0.005 0.081 0.002 0.004 0.017 0.006 0.005 0.001 34 N 0.085 0.003 0.003 0.002 0.010 0.003 0.005 0.011 0.011 0.421 0.445 35 T 0.053 0.299 0.168 0.014 0.163 0.008 0.023 0.057 0.044 0.127 0.044 36 T 0.017 0.479 0.280 0.016 0.105 0.001 0.002 0.029 0.015 0.048 0.007 37 R 0.002 0.018 0.008 0.001 0.005 0.001 0.002 0.704 0.247 0.011 0.001 38 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.951 0.044 0.001 0.001 39 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.023 0.003 0.001 40 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.958 0.036 0.006 0.001 41 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.973 0.026 0.001 0.001 42 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.012 0.001 0.001 43 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.011 0.001 0.001 44 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.976 0.024 0.001 0.001 45 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.018 0.001 0.001 46 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.010 0.001 0.001 47 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.973 0.024 0.001 0.001 48 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.929 0.067 0.001 0.001 49 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.052 0.889 0.049 0.005 0.001 50 L 0.001 0.814 0.158 0.003 0.019 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 51 G 0.063 0.002 0.002 0.002 0.007 0.001 0.001 0.015 0.023 0.478 0.406 52 I 0.051 0.377 0.043 0.008 0.178 0.018 0.058 0.166 0.070 0.025 0.007 53 I 0.560 0.014 0.003 0.004 0.193 0.003 0.004 0.010 0.006 0.013 0.191 54 R 0.006 0.030 0.019 0.134 0.029 0.425 0.271 0.055 0.021 0.006 0.002 55 K 0.348 0.068 0.015 0.003 0.337 0.003 0.010 0.033 0.021 0.068 0.096 56 F 0.304 0.094 0.011 0.004 0.424 0.002 0.002 0.011 0.010 0.036 0.103 57 T 0.104 0.252 0.058 0.004 0.501 0.001 0.003 0.015 0.016 0.023 0.023 58 I 0.271 0.179 0.026 0.003 0.403 0.005 0.008 0.012 0.008 0.015 0.071 59 I 0.197 0.180 0.040 0.004 0.505 0.002 0.006 0.016 0.006 0.013 0.034 60 P 0.065 0.180 0.090 0.039 0.180 0.080 0.123 0.112 0.044 0.051 0.036 61 D 0.336 0.091 0.028 0.001 0.479 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.057 62 I 0.003 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.254 0.699 0.030 0.003 63 D 0.002 0.005 0.003 0.001 0.002 0.013 0.095 0.421 0.421 0.035 0.002 64 K 0.007 0.007 0.003 0.003 0.006 0.010 0.071 0.357 0.281 0.249 0.007 65 L 0.076 0.270 0.143 0.061 0.137 0.037 0.059 0.053 0.046 0.060 0.058 66 G 0.019 0.027 0.110 0.313 0.016 0.135 0.025 0.032 0.043 0.192 0.086 67 Y 0.182 0.201 0.052 0.012 0.380 0.008 0.013 0.034 0.027 0.058 0.032 68 M 0.416 0.057 0.009 0.006 0.385 0.005 0.008 0.015 0.006 0.016 0.076 69 Y 0.284 0.057 0.009 0.021 0.542 0.020 0.025 0.009 0.003 0.005 0.026 70 A 0.237 0.059 0.004 0.002 0.687 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 71 I 0.418 0.016 0.001 0.001 0.536 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 72 V 0.233 0.062 0.004 0.003 0.661 0.004 0.004 0.005 0.001 0.003 0.022 73 L 0.373 0.046 0.002 0.001 0.477 0.001 0.002 0.004 0.002 0.018 0.073 74 I 0.280 0.102 0.008 0.003 0.548 0.005 0.004 0.004 0.002 0.007 0.039 75 K 0.343 0.052 0.010 0.003 0.386 0.002 0.003 0.005 0.006 0.045 0.145 76 S 0.129 0.248 0.092 0.031 0.280 0.016 0.022 0.024 0.045 0.069 0.044 77 K 0.040 0.128 0.144 0.105 0.095 0.064 0.180 0.076 0.070 0.076 0.022 78 V 0.043 0.472 0.259 0.011 0.156 0.002 0.008 0.019 0.009 0.008 0.012 79 P 0.016 0.084 0.023 0.007 0.050 0.015 0.029 0.436 0.299 0.031 0.010 80 S 0.006 0.019 0.013 0.007 0.012 0.032 0.071 0.521 0.233 0.078 0.009 81 D 0.034 0.053 0.018 0.002 0.037 0.002 0.006 0.498 0.092 0.233 0.025 82 A 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.855 0.121 0.015 0.001 83 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.956 0.039 0.001 0.001 84 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.019 0.002 0.001 85 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.955 0.038 0.005 0.001 86 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.893 0.103 0.003 0.001 87 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.933 0.053 0.001 0.001 88 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.829 0.112 0.034 0.001 89 I 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.025 0.572 0.361 0.030 0.002 90 S 0.001 0.007 0.002 0.002 0.002 0.008 0.056 0.627 0.279 0.015 0.001 91 D 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.069 0.133 0.768 0.012 92 I 0.156 0.266 0.044 0.001 0.313 0.001 0.002 0.055 0.059 0.025 0.078 93 E 0.003 0.011 0.006 0.007 0.013 0.053 0.165 0.535 0.196 0.008 0.002 94 Y 0.034 0.036 0.006 0.002 0.044 0.001 0.011 0.281 0.192 0.365 0.027 95 V 0.417 0.010 0.001 0.001 0.154 0.002 0.006 0.103 0.049 0.073 0.184 96 K 0.014 0.011 0.002 0.042 0.039 0.162 0.236 0.427 0.053 0.008 0.007 97 S 0.256 0.095 0.010 0.002 0.491 0.001 0.008 0.081 0.012 0.022 0.023 98 V 0.316 0.032 0.003 0.008 0.345 0.016 0.016 0.167 0.023 0.022 0.053 99 E 0.134 0.087 0.017 0.013 0.315 0.011 0.020 0.241 0.058 0.055 0.050 100 K 0.180 0.077 0.022 0.009 0.122 0.018 0.106 0.216 0.078 0.081 0.092 101 G 0.095 0.115 0.082 0.072 0.128 0.074 0.127 0.130 0.059 0.077 0.043 102 V 0.058 0.205 0.072 0.119 0.092 0.087 0.088 0.082 0.066 0.091 0.041 103 G 0.028 0.062 0.158 0.316 0.035 0.097 0.033 0.047 0.061 0.131 0.033 104 R 0.122 0.104 0.049 0.028 0.176 0.034 0.058 0.097 0.094 0.173 0.065 105 Y 0.161 0.185 0.053 0.017 0.359 0.012 0.020 0.051 0.038 0.047 0.058 106 N 0.186 0.018 0.005 0.028 0.162 0.085 0.209 0.119 0.043 0.071 0.074 107 I 0.123 0.211 0.022 0.001 0.633 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.005 108 I 0.309 0.024 0.001 0.001 0.655 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 109 V 0.228 0.028 0.001 0.001 0.728 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 110 R 0.224 0.054 0.001 0.001 0.695 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 111 L 0.324 0.047 0.003 0.002 0.572 0.002 0.002 0.003 0.001 0.004 0.040 112 L 0.309 0.061 0.015 0.008 0.333 0.007 0.016 0.022 0.010 0.068 0.151 113 L 0.049 0.376 0.307 0.032 0.152 0.007 0.009 0.015 0.009 0.022 0.022 114 P 0.125 0.310 0.110 0.017 0.235 0.011 0.017 0.051 0.033 0.044 0.046 115 K 0.017 0.099 0.048 0.041 0.060 0.181 0.240 0.127 0.108 0.064 0.014 116 D 0.262 0.216 0.068 0.001 0.322 0.001 0.001 0.012 0.004 0.026 0.088 117 I 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.553 0.416 0.020 0.002 118 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.880 0.100 0.004 0.001 119 D 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.878 0.066 0.049 0.002 120 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.915 0.074 0.009 0.001 121 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.963 0.034 0.001 0.001 122 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.973 0.022 0.002 0.001 123 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.963 0.030 0.004 0.001 124 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.916 0.071 0.011 0.001 125 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.920 0.070 0.001 0.001 126 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.936 0.033 0.004 0.001 127 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.841 0.098 0.037 0.001 128 L 0.004 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.006 0.696 0.257 0.024 0.003 129 Q 0.001 0.006 0.002 0.001 0.003 0.004 0.038 0.756 0.180 0.008 0.001 130 R 0.007 0.007 0.004 0.002 0.009 0.007 0.087 0.424 0.214 0.226 0.013 131 I 0.206 0.186 0.055 0.004 0.352 0.001 0.003 0.031 0.035 0.052 0.075 132 K 0.002 0.010 0.007 0.030 0.006 0.158 0.335 0.314 0.126 0.011 0.002 133 N 0.089 0.036 0.017 0.005 0.057 0.002 0.008 0.044 0.074 0.506 0.162 134 A 0.310 0.051 0.009 0.005 0.236 0.006 0.007 0.025 0.061 0.116 0.173 135 E 0.009 0.028 0.013 0.055 0.032 0.192 0.275 0.238 0.122 0.027 0.008 136 N 0.415 0.047 0.011 0.002 0.323 0.002 0.008 0.023 0.019 0.051 0.097 137 V 0.264 0.077 0.008 0.008 0.357 0.010 0.010 0.042 0.045 0.099 0.078 138 E 0.228 0.079 0.009 0.008 0.510 0.007 0.017 0.051 0.018 0.024 0.048 139 V 0.355 0.068 0.005 0.005 0.501 0.004 0.006 0.014 0.004 0.009 0.030 140 I 0.205 0.103 0.009 0.006 0.613 0.007 0.009 0.023 0.004 0.005 0.016 141 L 0.385 0.055 0.005 0.002 0.487 0.002 0.005 0.017 0.002 0.004 0.036 142 I 0.374 0.062 0.009 0.007 0.366 0.012 0.016 0.027 0.007 0.028 0.093 143 S 0.225 0.172 0.023 0.014 0.375 0.018 0.018 0.040 0.018 0.037 0.061 144 E 0.293 0.108 0.024 0.005 0.353 0.007 0.015 0.044 0.031 0.056 0.064 145 V 0.197 0.229 0.037 0.011 0.373 0.011 0.019 0.057 0.024 0.016 0.026 146 R 0.210 0.186 0.035 0.010 0.399 0.011 0.020 0.063 0.020 0.015 0.031 147 K 0.179 0.112 0.024 0.029 0.257 0.048 0.074 0.159 0.046 0.032 0.041 148 F 0.150 0.134 0.031 0.043 0.236 0.039 0.046 0.136 0.064 0.063 0.058 149 E 0.113 0.195 0.092 0.028 0.249 0.019 0.043 0.133 0.051 0.045 0.032 150 I 0.127 0.187 0.058 0.016 0.214 0.014 0.038 0.208 0.058 0.044 0.034 151 I 0.102 0.193 0.056 0.022 0.190 0.029 0.047 0.198 0.075 0.050 0.037