# TARGET T0337 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0337.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1361 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.807 0.140 0.037 0.012 0.003 0.001 0.001 2 D 0.831 0.127 0.031 0.009 0.002 0.001 0.001 3 C 0.552 0.248 0.124 0.059 0.015 0.002 0.001 4 M 0.346 0.247 0.194 0.137 0.058 0.015 0.001 5 R 0.497 0.271 0.140 0.066 0.021 0.004 0.001 6 K 0.407 0.359 0.165 0.054 0.012 0.002 0.001 7 L 0.071 0.091 0.166 0.294 0.265 0.108 0.005 8 D 0.162 0.247 0.259 0.211 0.093 0.027 0.002 9 R 0.324 0.465 0.155 0.043 0.010 0.002 0.001 10 V 0.032 0.085 0.193 0.378 0.240 0.068 0.003 11 D 0.014 0.047 0.085 0.174 0.348 0.303 0.029 12 M 0.062 0.201 0.355 0.287 0.082 0.013 0.001 13 Q 0.046 0.275 0.390 0.225 0.056 0.008 0.001 14 L 0.004 0.006 0.014 0.073 0.322 0.543 0.038 15 V 0.002 0.009 0.038 0.149 0.400 0.382 0.019 16 K 0.046 0.346 0.392 0.171 0.037 0.008 0.001 17 I 0.016 0.053 0.218 0.426 0.240 0.045 0.002 18 L 0.015 0.021 0.022 0.075 0.288 0.521 0.059 19 S 0.066 0.139 0.271 0.329 0.160 0.033 0.001 20 E 0.307 0.422 0.184 0.066 0.017 0.004 0.001 21 N 0.184 0.209 0.248 0.244 0.090 0.023 0.002 22 S 0.106 0.113 0.146 0.253 0.255 0.119 0.008 23 R 0.165 0.318 0.250 0.155 0.073 0.032 0.006 24 L 0.176 0.195 0.163 0.174 0.166 0.099 0.028 25 T 0.078 0.239 0.283 0.243 0.107 0.045 0.006 26 Y 0.034 0.073 0.164 0.296 0.282 0.139 0.014 27 R 0.210 0.395 0.263 0.102 0.024 0.005 0.001 28 E 0.161 0.425 0.284 0.106 0.021 0.003 0.001 29 L 0.039 0.037 0.059 0.235 0.419 0.204 0.007 30 A 0.060 0.154 0.254 0.332 0.171 0.029 0.001 31 D 0.420 0.420 0.124 0.031 0.004 0.001 0.001 32 I 0.237 0.309 0.270 0.140 0.037 0.007 0.001 33 L 0.139 0.133 0.197 0.250 0.189 0.087 0.005 34 N 0.491 0.310 0.124 0.050 0.019 0.006 0.001 35 T 0.406 0.242 0.164 0.120 0.050 0.016 0.002 36 T 0.314 0.288 0.198 0.123 0.052 0.022 0.002 37 R 0.316 0.331 0.210 0.100 0.033 0.010 0.001 38 Q 0.654 0.219 0.074 0.033 0.014 0.005 0.001 39 R 0.287 0.343 0.219 0.114 0.031 0.006 0.001 40 I 0.034 0.046 0.095 0.269 0.365 0.179 0.012 41 A 0.092 0.269 0.324 0.225 0.075 0.015 0.001 42 R 0.183 0.496 0.224 0.075 0.017 0.004 0.001 43 R 0.014 0.049 0.145 0.325 0.326 0.134 0.006 44 I 0.014 0.030 0.084 0.236 0.395 0.228 0.011 45 D 0.182 0.476 0.249 0.078 0.014 0.002 0.001 46 K 0.098 0.443 0.330 0.112 0.015 0.002 0.001 47 L 0.036 0.070 0.143 0.377 0.313 0.060 0.001 48 K 0.319 0.390 0.196 0.079 0.015 0.001 0.001 49 K 0.788 0.174 0.030 0.007 0.001 0.001 0.001 50 L 0.265 0.401 0.244 0.077 0.012 0.001 0.001 51 G 0.090 0.271 0.318 0.224 0.081 0.014 0.001 52 I 0.047 0.104 0.178 0.287 0.287 0.093 0.004 53 I 0.010 0.022 0.055 0.159 0.348 0.367 0.039 54 R 0.194 0.266 0.240 0.171 0.086 0.035 0.008 55 K 0.160 0.261 0.236 0.184 0.104 0.047 0.008 56 F 0.054 0.090 0.139 0.240 0.266 0.187 0.024 57 T 0.046 0.117 0.213 0.298 0.217 0.097 0.011 58 I 0.018 0.030 0.050 0.119 0.263 0.408 0.113 59 I 0.058 0.117 0.175 0.254 0.225 0.147 0.024 60 P 0.047 0.080 0.141 0.221 0.264 0.206 0.041 61 D 0.146 0.241 0.217 0.200 0.124 0.062 0.010 62 I 0.135 0.204 0.215 0.241 0.149 0.051 0.006 63 D 0.477 0.324 0.125 0.052 0.016 0.005 0.001 64 K 0.187 0.289 0.244 0.179 0.077 0.022 0.002 65 L 0.058 0.094 0.150 0.232 0.270 0.179 0.018 66 G 0.103 0.227 0.224 0.217 0.149 0.068 0.011 67 Y 0.036 0.138 0.246 0.276 0.185 0.097 0.022 68 M 0.002 0.013 0.028 0.081 0.262 0.496 0.118 69 Y 0.001 0.013 0.063 0.202 0.312 0.278 0.130 70 A 0.001 0.001 0.006 0.019 0.081 0.466 0.427 71 I 0.001 0.002 0.012 0.043 0.114 0.390 0.439 72 V 0.001 0.001 0.004 0.016 0.092 0.454 0.432 73 L 0.001 0.005 0.034 0.138 0.307 0.394 0.122 74 I 0.001 0.001 0.004 0.026 0.188 0.592 0.189 75 K 0.006 0.091 0.275 0.352 0.203 0.070 0.003 76 S 0.012 0.073 0.161 0.331 0.334 0.087 0.003 77 K 0.145 0.362 0.338 0.129 0.023 0.003 0.001 78 V 0.353 0.339 0.187 0.095 0.023 0.003 0.001 79 P 0.449 0.351 0.147 0.044 0.008 0.001 0.001 80 S 0.737 0.217 0.036 0.008 0.002 0.001 0.001 81 D 0.098 0.340 0.337 0.174 0.045 0.006 0.001 82 A 0.009 0.037 0.151 0.397 0.342 0.063 0.001 83 D 0.166 0.517 0.258 0.052 0.007 0.001 0.001 84 K 0.048 0.398 0.412 0.125 0.015 0.001 0.001 85 V 0.001 0.004 0.014 0.124 0.518 0.332 0.005 86 I 0.003 0.049 0.252 0.439 0.224 0.034 0.001 87 S 0.218 0.631 0.130 0.019 0.002 0.001 0.001 88 E 0.007 0.100 0.371 0.415 0.098 0.009 0.001 89 I 0.003 0.009 0.043 0.257 0.514 0.173 0.002 90 S 0.112 0.462 0.297 0.106 0.021 0.002 0.001 91 D 0.461 0.428 0.088 0.020 0.003 0.001 0.001 92 I 0.015 0.091 0.264 0.396 0.196 0.038 0.001 93 E 0.155 0.401 0.269 0.128 0.038 0.008 0.001 94 Y 0.036 0.130 0.212 0.293 0.228 0.093 0.008 95 V 0.007 0.027 0.074 0.206 0.350 0.297 0.038 96 K 0.062 0.202 0.264 0.229 0.146 0.077 0.019 97 S 0.052 0.141 0.196 0.218 0.189 0.159 0.045 98 V 0.029 0.044 0.069 0.168 0.293 0.310 0.087 99 E 0.120 0.200 0.209 0.217 0.147 0.086 0.021 100 K 0.256 0.273 0.182 0.135 0.083 0.055 0.016 101 G 0.138 0.153 0.174 0.227 0.185 0.105 0.018 102 V 0.175 0.201 0.197 0.172 0.127 0.097 0.031 103 G 0.181 0.166 0.143 0.168 0.172 0.133 0.037 104 R 0.159 0.298 0.254 0.168 0.080 0.034 0.007 105 Y 0.026 0.055 0.097 0.203 0.299 0.258 0.061 106 N 0.022 0.076 0.151 0.233 0.257 0.194 0.067 107 I 0.006 0.017 0.038 0.087 0.200 0.435 0.217 108 I 0.008 0.031 0.090 0.170 0.202 0.288 0.211 109 V 0.001 0.002 0.005 0.020 0.092 0.402 0.478 110 R 0.001 0.009 0.038 0.134 0.264 0.374 0.180 111 L 0.002 0.006 0.013 0.041 0.157 0.519 0.262 112 L 0.007 0.040 0.125 0.255 0.273 0.256 0.044 113 L 0.009 0.056 0.133 0.264 0.334 0.189 0.014 114 P 0.054 0.150 0.223 0.296 0.216 0.058 0.003 115 K 0.226 0.403 0.243 0.100 0.023 0.004 0.001 116 D 0.256 0.329 0.218 0.137 0.047 0.012 0.001 117 I 0.114 0.234 0.313 0.237 0.083 0.018 0.001 118 K 0.749 0.199 0.038 0.010 0.003 0.001 0.001 119 D 0.224 0.387 0.247 0.109 0.028 0.004 0.001 120 A 0.024 0.034 0.092 0.301 0.388 0.154 0.006 121 E 0.065 0.255 0.343 0.240 0.081 0.015 0.001 122 N 0.168 0.440 0.272 0.090 0.023 0.006 0.001 123 L 0.023 0.035 0.104 0.285 0.373 0.171 0.009 124 I 0.023 0.041 0.061 0.131 0.297 0.396 0.051 125 S 0.084 0.223 0.325 0.252 0.090 0.024 0.002 126 E 0.119 0.389 0.291 0.148 0.042 0.010 0.001 127 F 0.010 0.038 0.109 0.307 0.353 0.171 0.012 128 L 0.008 0.022 0.058 0.209 0.427 0.258 0.017 129 Q 0.158 0.387 0.288 0.133 0.030 0.004 0.001 130 R 0.145 0.429 0.278 0.117 0.025 0.004 0.001 131 I 0.026 0.076 0.175 0.340 0.285 0.093 0.004 132 K 0.244 0.369 0.240 0.109 0.031 0.007 0.001 133 N 0.274 0.347 0.208 0.117 0.042 0.010 0.001 134 A 0.059 0.085 0.142 0.286 0.298 0.122 0.007 135 E 0.281 0.365 0.215 0.101 0.031 0.007 0.001 136 N 0.233 0.307 0.223 0.143 0.065 0.026 0.004 137 V 0.041 0.072 0.117 0.239 0.302 0.203 0.026 138 E 0.053 0.130 0.212 0.246 0.193 0.130 0.036 139 V 0.023 0.046 0.075 0.144 0.232 0.349 0.131 140 I 0.022 0.051 0.103 0.192 0.246 0.285 0.101 141 L 0.028 0.043 0.063 0.104 0.182 0.370 0.209 142 I 0.029 0.045 0.070 0.135 0.217 0.338 0.167 143 S 0.037 0.060 0.095 0.186 0.275 0.276 0.071 144 E 0.169 0.255 0.215 0.184 0.110 0.053 0.014 145 V 0.200 0.268 0.213 0.176 0.095 0.042 0.006 146 R 0.155 0.227 0.249 0.219 0.111 0.035 0.003 147 K 0.227 0.212 0.197 0.200 0.117 0.044 0.003 148 F 0.588 0.230 0.103 0.055 0.019 0.005 0.001 149 E 0.589 0.259 0.101 0.039 0.009 0.002 0.001 150 I 0.607 0.222 0.102 0.048 0.017 0.004 0.001 151 I 0.475 0.176 0.135 0.120 0.068 0.024 0.002