# TARGET T0336 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0336.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 35.1964 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.822 0.118 0.037 0.016 0.005 0.001 0.001 2 S 0.620 0.223 0.104 0.039 0.011 0.003 0.001 3 M 0.563 0.148 0.108 0.097 0.061 0.022 0.002 4 E 0.495 0.284 0.138 0.056 0.019 0.008 0.001 5 E 0.624 0.218 0.087 0.042 0.019 0.008 0.002 6 E 0.483 0.253 0.144 0.080 0.030 0.008 0.001 7 E 0.295 0.232 0.224 0.165 0.065 0.017 0.001 8 F 0.437 0.264 0.179 0.088 0.027 0.006 0.001 9 D 0.469 0.342 0.136 0.044 0.008 0.001 0.001 10 I 0.399 0.213 0.189 0.145 0.047 0.007 0.001 11 R 0.666 0.214 0.079 0.033 0.008 0.001 0.001 12 E 0.829 0.134 0.029 0.007 0.001 0.001 0.001 13 A 0.722 0.206 0.058 0.013 0.001 0.001 0.001 14 L 0.557 0.236 0.135 0.061 0.011 0.001 0.001 15 A 0.866 0.105 0.022 0.006 0.001 0.001 0.001 16 N 0.891 0.087 0.016 0.005 0.001 0.001 0.001 17 G 0.745 0.169 0.060 0.021 0.005 0.001 0.001 18 E 0.767 0.172 0.044 0.013 0.003 0.001 0.001 19 H 0.454 0.310 0.159 0.060 0.014 0.002 0.001 20 L 0.169 0.173 0.244 0.252 0.130 0.029 0.002 21 E 0.319 0.311 0.213 0.107 0.039 0.010 0.001 22 K 0.181 0.288 0.263 0.167 0.075 0.024 0.003 23 I 0.136 0.121 0.140 0.233 0.235 0.124 0.012 24 L 0.110 0.162 0.188 0.226 0.189 0.110 0.015 25 I 0.197 0.199 0.194 0.187 0.130 0.079 0.013 26 M 0.096 0.114 0.136 0.185 0.218 0.208 0.043 27 A 0.130 0.163 0.197 0.235 0.168 0.092 0.015 28 K 0.220 0.306 0.218 0.141 0.075 0.034 0.006 29 Y 0.094 0.099 0.147 0.255 0.248 0.145 0.011 30 D 0.098 0.117 0.151 0.201 0.235 0.180 0.018 31 E 0.340 0.345 0.200 0.089 0.022 0.004 0.001 32 S 0.261 0.403 0.229 0.085 0.019 0.003 0.001 33 V 0.036 0.066 0.101 0.239 0.351 0.200 0.007 34 L 0.005 0.018 0.062 0.201 0.384 0.311 0.018 35 K 0.143 0.389 0.313 0.125 0.026 0.004 0.001 36 K 0.051 0.190 0.358 0.302 0.087 0.012 0.001 37 L 0.009 0.016 0.025 0.103 0.379 0.449 0.018 38 I 0.012 0.040 0.153 0.382 0.321 0.090 0.002 39 E 0.205 0.512 0.210 0.061 0.011 0.002 0.001 40 L 0.055 0.154 0.293 0.340 0.131 0.026 0.001 41 L 0.047 0.082 0.148 0.296 0.303 0.119 0.005 42 D 0.423 0.375 0.143 0.046 0.011 0.002 0.001 43 D 0.697 0.201 0.064 0.028 0.008 0.002 0.001 44 D 0.423 0.254 0.170 0.103 0.039 0.011 0.001 45 L 0.436 0.293 0.159 0.074 0.028 0.009 0.001 46 W 0.256 0.189 0.165 0.169 0.137 0.072 0.012 47 T 0.205 0.213 0.190 0.174 0.130 0.073 0.016 48 V 0.132 0.113 0.140 0.204 0.219 0.160 0.033 49 V 0.127 0.157 0.150 0.176 0.185 0.150 0.054 50 K 0.133 0.148 0.169 0.199 0.193 0.112 0.046 51 N 0.041 0.052 0.081 0.142 0.184 0.288 0.213 52 A 0.018 0.023 0.034 0.065 0.100 0.250 0.510 53 I 0.005 0.015 0.034 0.078 0.178 0.373 0.318 54 S 0.005 0.015 0.049 0.188 0.334 0.289 0.120 55 I 0.003 0.004 0.008 0.020 0.083 0.406 0.476 56 I 0.002 0.003 0.004 0.012 0.056 0.436 0.488 57 M 0.007 0.032 0.095 0.216 0.296 0.270 0.085 58 V 0.007 0.026 0.078 0.195 0.309 0.312 0.073 59 I 0.002 0.005 0.013 0.062 0.224 0.495 0.198 60 A 0.008 0.038 0.103 0.238 0.321 0.257 0.035 61 K 0.055 0.229 0.285 0.257 0.130 0.038 0.006 62 T 0.030 0.102 0.194 0.308 0.237 0.113 0.015 63 R 0.065 0.157 0.226 0.272 0.188 0.084 0.009 64 E 0.367 0.343 0.162 0.086 0.032 0.009 0.002 65 D 0.429 0.317 0.158 0.069 0.021 0.006 0.001 66 L 0.187 0.232 0.249 0.197 0.099 0.033 0.003 67 Y 0.096 0.092 0.129 0.221 0.267 0.173 0.021 68 E 0.150 0.244 0.225 0.194 0.119 0.059 0.010 69 P 0.246 0.246 0.176 0.160 0.105 0.056 0.013 70 M 0.079 0.143 0.192 0.257 0.206 0.110 0.014 71 L 0.047 0.063 0.122 0.251 0.299 0.191 0.027 72 K 0.250 0.357 0.242 0.108 0.032 0.009 0.001 73 K 0.161 0.248 0.251 0.201 0.102 0.034 0.004 74 L 0.052 0.088 0.112 0.197 0.275 0.246 0.029 75 F 0.032 0.059 0.124 0.264 0.315 0.190 0.015 76 S 0.159 0.333 0.266 0.160 0.058 0.021 0.003 77 L 0.057 0.103 0.173 0.274 0.247 0.133 0.013 78 L 0.073 0.093 0.158 0.273 0.269 0.126 0.009 79 K 0.308 0.340 0.211 0.104 0.030 0.005 0.001 80 K 0.497 0.298 0.134 0.054 0.014 0.003 0.001 81 S 0.397 0.269 0.172 0.111 0.040 0.010 0.001 82 E 0.450 0.268 0.157 0.085 0.029 0.010 0.001 83 A 0.536 0.255 0.113 0.061 0.025 0.009 0.001 84 I 0.365 0.262 0.167 0.121 0.062 0.021 0.002 85 P 0.215 0.219 0.199 0.186 0.122 0.052 0.007 86 L 0.156 0.202 0.228 0.219 0.132 0.054 0.009 87 T 0.097 0.155 0.185 0.228 0.201 0.114 0.021 88 Q 0.056 0.130 0.222 0.288 0.216 0.079 0.009 89 E 0.050 0.183 0.244 0.239 0.169 0.092 0.022 90 I 0.006 0.018 0.051 0.128 0.232 0.370 0.197 91 A 0.008 0.016 0.025 0.070 0.203 0.423 0.255 92 K 0.006 0.031 0.103 0.244 0.283 0.225 0.108 93 A 0.004 0.009 0.020 0.049 0.128 0.421 0.368 94 F 0.001 0.003 0.006 0.016 0.066 0.339 0.568 95 G 0.005 0.011 0.025 0.062 0.141 0.378 0.378 96 Q 0.014 0.026 0.046 0.090 0.192 0.375 0.258 97 M 0.006 0.011 0.027 0.093 0.248 0.452 0.162 98 A 0.008 0.030 0.078 0.209 0.361 0.282 0.033 99 K 0.038 0.179 0.305 0.306 0.138 0.031 0.003 100 E 0.152 0.349 0.257 0.159 0.062 0.016 0.004 101 K 0.271 0.350 0.215 0.112 0.036 0.013 0.002 102 P 0.252 0.232 0.216 0.180 0.091 0.028 0.001 103 E 0.401 0.394 0.142 0.046 0.014 0.003 0.001 104 L 0.037 0.131 0.241 0.329 0.207 0.054 0.002 105 V 0.011 0.041 0.106 0.283 0.407 0.147 0.006 106 K 0.147 0.459 0.279 0.095 0.017 0.002 0.001 107 S 0.053 0.252 0.384 0.241 0.061 0.009 0.001 108 M 0.005 0.016 0.037 0.141 0.396 0.383 0.023 109 I 0.007 0.054 0.191 0.345 0.282 0.114 0.007 110 P 0.031 0.114 0.173 0.211 0.226 0.216 0.030 111 V 0.016 0.078 0.192 0.303 0.249 0.143 0.019 112 L 0.005 0.009 0.022 0.096 0.301 0.475 0.092 113 F 0.043 0.153 0.259 0.298 0.184 0.059 0.004 114 A 0.152 0.371 0.231 0.149 0.068 0.026 0.003 115 N 0.063 0.154 0.268 0.302 0.156 0.052 0.005 116 Y 0.030 0.065 0.151 0.316 0.305 0.125 0.007 117 R 0.328 0.410 0.177 0.062 0.017 0.005 0.001 118 I 0.240 0.176 0.185 0.219 0.137 0.040 0.002 119 G 0.385 0.408 0.150 0.045 0.010 0.002 0.001 120 D 0.116 0.146 0.219 0.304 0.176 0.038 0.002 121 E 0.424 0.365 0.146 0.051 0.011 0.001 0.001 122 K 0.504 0.332 0.115 0.040 0.007 0.001 0.001 123 T 0.202 0.296 0.276 0.175 0.045 0.005 0.001 124 K 0.140 0.345 0.300 0.163 0.045 0.006 0.001 125 I 0.020 0.048 0.103 0.248 0.354 0.213 0.015 126 N 0.019 0.118 0.273 0.345 0.183 0.056 0.005 127 V 0.004 0.016 0.037 0.099 0.262 0.457 0.124 128 S 0.021 0.116 0.228 0.313 0.209 0.099 0.014 129 Y 0.011 0.094 0.216 0.265 0.221 0.156 0.037 130 A 0.003 0.010 0.024 0.090 0.239 0.468 0.166 131 L 0.005 0.037 0.094 0.204 0.325 0.294 0.041 132 E 0.063 0.256 0.269 0.213 0.121 0.064 0.014 133 E 0.011 0.087 0.264 0.346 0.208 0.075 0.008 134 I 0.006 0.015 0.034 0.132 0.344 0.409 0.060 135 A 0.033 0.153 0.245 0.303 0.204 0.059 0.003 136 K 0.319 0.408 0.174 0.073 0.020 0.005 0.001 137 A 0.119 0.212 0.281 0.267 0.099 0.021 0.001 138 N 0.265 0.310 0.235 0.135 0.041 0.012 0.001 139 P 0.501 0.309 0.117 0.051 0.017 0.004 0.001 140 M 0.390 0.323 0.160 0.083 0.033 0.010 0.001 141 L 0.091 0.153 0.218 0.276 0.189 0.070 0.004 142 M 0.027 0.050 0.098 0.211 0.326 0.260 0.027 143 A 0.168 0.336 0.300 0.149 0.039 0.008 0.001 144 S 0.137 0.301 0.287 0.183 0.071 0.019 0.002 145 I 0.027 0.043 0.056 0.123 0.290 0.411 0.050 146 V 0.010 0.024 0.074 0.199 0.349 0.316 0.027 147 R 0.088 0.334 0.360 0.167 0.041 0.009 0.001 148 D 0.056 0.105 0.236 0.349 0.202 0.050 0.003 149 F 0.023 0.025 0.024 0.077 0.285 0.519 0.048 150 M 0.029 0.075 0.191 0.332 0.283 0.088 0.003 151 S 0.202 0.423 0.226 0.111 0.031 0.007 0.001 152 M 0.058 0.144 0.301 0.336 0.129 0.030 0.002 153 L 0.050 0.056 0.106 0.257 0.350 0.173 0.009 154 S 0.189 0.346 0.276 0.132 0.044 0.011 0.001 155 S 0.427 0.341 0.145 0.063 0.019 0.004 0.001 156 K 0.374 0.369 0.171 0.068 0.015 0.003 0.001 157 N 0.259 0.243 0.193 0.182 0.096 0.026 0.001 158 R 0.324 0.293 0.206 0.127 0.043 0.007 0.001 159 E 0.460 0.321 0.135 0.064 0.017 0.003 0.001 160 D 0.223 0.361 0.255 0.123 0.033 0.005 0.001 161 K 0.049 0.225 0.306 0.268 0.122 0.028 0.002 162 L 0.002 0.014 0.055 0.184 0.388 0.318 0.038 163 T 0.001 0.004 0.018 0.077 0.223 0.482 0.195 164 A 0.001 0.001 0.002 0.009 0.049 0.344 0.594 165 L 0.001 0.002 0.004 0.009 0.048 0.307 0.630 166 N 0.001 0.003 0.013 0.045 0.133 0.307 0.498 167 F 0.001 0.001 0.001 0.006 0.039 0.305 0.648 168 I 0.001 0.002 0.008 0.039 0.152 0.473 0.324 169 E 0.004 0.048 0.120 0.223 0.283 0.266 0.056 170 A 0.005 0.049 0.180 0.339 0.283 0.126 0.018 171 M 0.007 0.024 0.055 0.150 0.306 0.391 0.067 172 G 0.036 0.119 0.194 0.290 0.243 0.109 0.010 173 E 0.286 0.373 0.199 0.103 0.032 0.006 0.001 174 N 0.318 0.364 0.207 0.086 0.020 0.004 0.001 175 S 0.162 0.241 0.219 0.211 0.119 0.046 0.003 176 F 0.161 0.243 0.251 0.214 0.101 0.029 0.002 177 K 0.436 0.320 0.142 0.069 0.025 0.008 0.001 178 Y 0.107 0.182 0.247 0.251 0.149 0.059 0.005 179 V 0.028 0.040 0.071 0.159 0.310 0.349 0.043 180 N 0.124 0.273 0.278 0.217 0.081 0.024 0.002 181 P 0.119 0.290 0.238 0.178 0.105 0.057 0.011 182 F 0.015 0.036 0.077 0.195 0.316 0.327 0.035 183 L 0.005 0.017 0.054 0.153 0.322 0.385 0.063 184 P 0.067 0.247 0.375 0.226 0.068 0.016 0.001 185 R 0.033 0.094 0.217 0.339 0.241 0.070 0.005 186 I 0.008 0.012 0.011 0.031 0.177 0.643 0.119 187 I 0.004 0.010 0.044 0.185 0.403 0.339 0.016 188 N 0.026 0.256 0.344 0.236 0.097 0.039 0.003 189 L 0.006 0.020 0.108 0.378 0.365 0.118 0.005 190 L 0.002 0.004 0.010 0.064 0.324 0.546 0.050 191 H 0.036 0.172 0.349 0.302 0.119 0.021 0.001 192 D 0.146 0.444 0.276 0.106 0.024 0.003 0.001 193 G 0.056 0.138 0.243 0.348 0.174 0.039 0.002 194 D 0.391 0.335 0.171 0.077 0.022 0.004 0.001 195 E 0.461 0.323 0.131 0.059 0.020 0.004 0.001 196 I 0.206 0.216 0.226 0.210 0.108 0.031 0.002 197 V 0.109 0.138 0.199 0.258 0.201 0.086 0.008 198 R 0.229 0.267 0.223 0.158 0.081 0.036 0.005 199 A 0.294 0.239 0.176 0.151 0.092 0.040 0.007 200 S 0.372 0.260 0.159 0.112 0.061 0.029 0.007 201 A 0.192 0.188 0.166 0.183 0.146 0.101 0.023 202 V 0.158 0.179 0.200 0.220 0.151 0.079 0.013 203 E 0.288 0.238 0.180 0.146 0.092 0.045 0.011 204 A 0.162 0.182 0.189 0.181 0.143 0.115 0.029 205 L 0.167 0.165 0.160 0.182 0.166 0.133 0.027 206 V 0.166 0.140 0.135 0.182 0.189 0.147 0.042 207 H 0.157 0.147 0.154 0.190 0.169 0.144 0.041 208 L 0.165 0.126 0.111 0.118 0.142 0.224 0.114 209 A 0.167 0.118 0.137 0.190 0.192 0.155 0.040 210 T 0.181 0.284 0.241 0.164 0.083 0.037 0.010 211 L 0.042 0.064 0.083 0.160 0.239 0.323 0.087 212 N 0.018 0.044 0.086 0.170 0.262 0.335 0.085 213 D 0.047 0.196 0.288 0.239 0.146 0.069 0.016 214 K 0.009 0.023 0.089 0.255 0.342 0.233 0.049 215 L 0.004 0.007 0.007 0.021 0.136 0.593 0.231 216 R 0.010 0.040 0.132 0.316 0.306 0.173 0.023 217 K 0.017 0.130 0.267 0.305 0.182 0.092 0.007 218 V 0.003 0.006 0.022 0.117 0.333 0.455 0.065 219 V 0.002 0.010 0.035 0.156 0.407 0.360 0.031 220 I 0.040 0.215 0.311 0.270 0.133 0.030 0.002 221 K 0.080 0.301 0.337 0.218 0.056 0.006 0.001 222 R 0.067 0.230 0.290 0.266 0.114 0.032 0.002 223 L 0.092 0.151 0.229 0.300 0.186 0.042 0.001 224 E 0.565 0.317 0.088 0.025 0.005 0.001 0.001 225 E 0.453 0.356 0.131 0.047 0.011 0.002 0.001 226 L 0.085 0.143 0.229 0.304 0.189 0.049 0.001 227 N 0.485 0.309 0.137 0.054 0.013 0.002 0.001 228 D 0.433 0.325 0.154 0.065 0.018 0.004 0.001 229 T 0.082 0.151 0.214 0.260 0.200 0.088 0.004 230 S 0.094 0.160 0.215 0.241 0.191 0.091 0.008 231 S 0.217 0.306 0.226 0.144 0.069 0.033 0.004 232 L 0.077 0.144 0.228 0.273 0.187 0.083 0.008 233 V 0.037 0.038 0.054 0.141 0.310 0.374 0.045 234 N 0.067 0.203 0.274 0.259 0.139 0.052 0.005 235 K 0.213 0.374 0.231 0.122 0.043 0.015 0.002 236 T 0.050 0.095 0.167 0.298 0.253 0.124 0.013 237 V 0.051 0.088 0.133 0.225 0.276 0.208 0.018 238 K 0.200 0.275 0.254 0.177 0.072 0.020 0.002 239 E 0.245 0.383 0.223 0.101 0.035 0.012 0.002 240 G 0.041 0.078 0.144 0.267 0.287 0.170 0.013 241 I 0.129 0.112 0.151 0.279 0.243 0.084 0.003 242 S 0.282 0.428 0.205 0.069 0.013 0.002 0.001 243 R 0.241 0.278 0.216 0.165 0.076 0.022 0.001 244 L 0.145 0.117 0.157 0.223 0.240 0.114 0.004 245 L 0.246 0.256 0.243 0.173 0.067 0.013 0.001 246 L 0.298 0.338 0.236 0.096 0.027 0.005 0.001 247 L 0.237 0.145 0.184 0.236 0.151 0.045 0.001 248 E 0.547 0.275 0.127 0.041 0.008 0.002 0.001 249 G 0.753 0.168 0.050 0.021 0.006 0.002 0.001 250 H 0.738 0.166 0.064 0.027 0.005 0.001 0.001 251 S 0.863 0.109 0.021 0.006 0.001 0.001 0.001 252 S 0.899 0.076 0.017 0.006 0.002 0.001 0.001 253 S 0.863 0.103 0.025 0.007 0.001 0.001 0.001