# TARGET T0332 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0332.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1412 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.045 0.273 0.141 0.068 0.098 0.052 0.073 0.104 0.062 0.056 0.028 2 G 0.078 0.086 0.101 0.130 0.080 0.063 0.032 0.074 0.073 0.173 0.109 3 K 0.079 0.189 0.088 0.024 0.166 0.023 0.039 0.115 0.147 0.096 0.033 4 S 0.112 0.101 0.052 0.016 0.124 0.014 0.041 0.118 0.136 0.209 0.077 5 I 0.134 0.127 0.056 0.018 0.146 0.017 0.038 0.089 0.136 0.153 0.084 6 S 0.039 0.169 0.109 0.042 0.124 0.054 0.081 0.140 0.116 0.102 0.024 7 R 0.184 0.176 0.038 0.006 0.377 0.004 0.012 0.040 0.040 0.075 0.048 8 L 0.303 0.100 0.007 0.001 0.555 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.026 9 I 0.131 0.070 0.005 0.001 0.785 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 10 V 0.310 0.032 0.002 0.001 0.643 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 11 V 0.284 0.084 0.007 0.002 0.569 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.045 12 A 0.326 0.083 0.027 0.014 0.327 0.012 0.012 0.011 0.006 0.038 0.144 13 S 0.045 0.141 0.042 0.045 0.123 0.102 0.205 0.119 0.099 0.052 0.026 14 L 0.234 0.133 0.063 0.005 0.285 0.003 0.006 0.014 0.028 0.110 0.117 15 I 0.185 0.170 0.032 0.019 0.298 0.020 0.028 0.061 0.078 0.042 0.068 16 D 0.045 0.066 0.051 0.070 0.090 0.080 0.172 0.101 0.134 0.142 0.049 17 K 0.121 0.262 0.149 0.025 0.268 0.007 0.020 0.034 0.035 0.028 0.050 18 P 0.065 0.203 0.057 0.015 0.141 0.012 0.020 0.142 0.219 0.087 0.039 19 T 0.020 0.075 0.080 0.061 0.044 0.145 0.233 0.167 0.098 0.063 0.014 20 N 0.103 0.140 0.049 0.023 0.124 0.011 0.031 0.228 0.058 0.153 0.081 21 L 0.002 0.004 0.002 0.002 0.004 0.006 0.016 0.667 0.273 0.021 0.003 22 G 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.012 0.842 0.124 0.009 0.001 23 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.907 0.084 0.005 0.001 24 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.944 0.046 0.004 0.001 25 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.026 0.001 0.001 26 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.954 0.040 0.002 0.001 27 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.973 0.024 0.001 0.001 28 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.962 0.036 0.001 0.001 29 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.865 0.117 0.001 0.001 30 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.895 0.063 0.006 0.001 31 F 0.001 0.668 0.256 0.002 0.067 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 G 0.211 0.002 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.118 0.652 33 A 0.304 0.116 0.029 0.001 0.488 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.050 34 S 0.002 0.001 0.001 0.020 0.005 0.220 0.642 0.087 0.018 0.003 0.001 35 V 0.271 0.069 0.005 0.001 0.639 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 36 L 0.147 0.023 0.001 0.001 0.820 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 37 V 0.291 0.025 0.005 0.001 0.588 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.083 38 V 0.200 0.235 0.060 0.018 0.293 0.007 0.009 0.005 0.002 0.033 0.136 39 G 0.029 0.233 0.197 0.170 0.081 0.070 0.060 0.021 0.026 0.090 0.023 40 S 0.141 0.241 0.125 0.035 0.227 0.021 0.025 0.038 0.041 0.043 0.064 41 L 0.058 0.058 0.028 0.017 0.095 0.029 0.048 0.121 0.310 0.180 0.056 42 Q 0.103 0.088 0.051 0.018 0.164 0.021 0.077 0.128 0.137 0.155 0.057 43 C 0.073 0.188 0.084 0.019 0.153 0.017 0.039 0.103 0.105 0.179 0.041 44 I 0.118 0.231 0.134 0.024 0.194 0.019 0.041 0.096 0.045 0.048 0.051 45 S 0.044 0.173 0.106 0.032 0.094 0.031 0.033 0.132 0.113 0.194 0.047 46 D 0.062 0.217 0.116 0.024 0.172 0.011 0.017 0.200 0.089 0.061 0.031 47 K 0.010 0.016 0.006 0.002 0.018 0.003 0.009 0.593 0.255 0.076 0.011 48 Q 0.015 0.030 0.008 0.002 0.029 0.003 0.025 0.753 0.095 0.035 0.005 49 F 0.055 0.019 0.003 0.002 0.054 0.003 0.007 0.678 0.104 0.057 0.018 50 Q 0.016 0.023 0.004 0.005 0.045 0.012 0.027 0.747 0.099 0.016 0.006 51 H 0.063 0.033 0.007 0.003 0.085 0.005 0.042 0.633 0.074 0.039 0.016 52 L 0.052 0.068 0.030 0.015 0.090 0.023 0.072 0.460 0.090 0.076 0.024 53 S 0.148 0.090 0.027 0.010 0.165 0.007 0.018 0.242 0.069 0.146 0.078 54 V 0.025 0.104 0.030 0.031 0.065 0.079 0.154 0.317 0.121 0.059 0.016 55 S 0.095 0.143 0.115 0.024 0.113 0.009 0.015 0.103 0.059 0.228 0.095 56 A 0.043 0.044 0.013 0.005 0.058 0.004 0.012 0.324 0.337 0.133 0.027 57 E 0.018 0.039 0.014 0.009 0.035 0.018 0.043 0.392 0.383 0.041 0.010 58 Q 0.032 0.066 0.017 0.006 0.086 0.010 0.075 0.470 0.180 0.043 0.014 59 W 0.076 0.037 0.013 0.005 0.082 0.009 0.049 0.162 0.175 0.350 0.042 60 L 0.059 0.527 0.124 0.001 0.249 0.001 0.002 0.020 0.007 0.003 0.008 61 P 0.039 0.486 0.082 0.004 0.236 0.005 0.018 0.063 0.031 0.026 0.010 62 L 0.328 0.061 0.012 0.004 0.256 0.007 0.022 0.067 0.079 0.059 0.104 63 V 0.055 0.221 0.051 0.017 0.332 0.024 0.042 0.113 0.086 0.039 0.020 64 E 0.275 0.093 0.016 0.001 0.407 0.002 0.012 0.023 0.022 0.070 0.079 65 V 0.107 0.348 0.142 0.004 0.349 0.001 0.005 0.008 0.004 0.011 0.021 66 K 0.046 0.518 0.182 0.008 0.187 0.003 0.008 0.010 0.006 0.013 0.019 67 P 0.066 0.259 0.109 0.016 0.174 0.011 0.015 0.193 0.117 0.017 0.024 68 P 0.002 0.012 0.006 0.006 0.006 0.034 0.065 0.587 0.230 0.048 0.004 69 Q 0.038 0.114 0.037 0.002 0.056 0.001 0.007 0.495 0.064 0.165 0.020 70 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.870 0.111 0.015 0.001 71 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.952 0.046 0.001 0.001 72 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.019 0.002 0.001 73 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.959 0.034 0.005 0.001 74 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.922 0.071 0.005 0.001 75 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.917 0.068 0.003 0.001 76 Q 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.031 0.889 0.050 0.023 0.001 77 K 0.006 0.013 0.003 0.001 0.016 0.003 0.028 0.757 0.112 0.059 0.003 78 K 0.013 0.017 0.013 0.002 0.007 0.003 0.020 0.682 0.194 0.033 0.015 79 T 0.004 0.009 0.009 0.004 0.007 0.010 0.074 0.658 0.181 0.041 0.003 80 E 0.001 0.562 0.333 0.034 0.030 0.007 0.016 0.012 0.003 0.002 0.001 81 G 0.039 0.005 0.006 0.006 0.006 0.002 0.002 0.003 0.010 0.498 0.422 82 Y 0.067 0.469 0.050 0.001 0.400 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.007 83 T 0.119 0.156 0.010 0.001 0.698 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.007 84 I 0.401 0.077 0.007 0.001 0.496 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.014 85 I 0.214 0.098 0.013 0.014 0.551 0.020 0.019 0.011 0.003 0.009 0.048 86 G 0.233 0.157 0.040 0.008 0.480 0.003 0.003 0.007 0.002 0.017 0.051 87 V 0.184 0.218 0.046 0.020 0.339 0.016 0.017 0.025 0.011 0.045 0.080 88 E 0.076 0.355 0.211 0.031 0.243 0.010 0.010 0.017 0.009 0.017 0.021 89 Q 0.146 0.122 0.049 0.018 0.153 0.018 0.033 0.148 0.134 0.106 0.074 90 T 0.032 0.219 0.183 0.075 0.096 0.040 0.045 0.110 0.095 0.086 0.019 91 A 0.080 0.097 0.039 0.029 0.087 0.032 0.083 0.236 0.180 0.090 0.047 92 K 0.044 0.146 0.092 0.036 0.115 0.033 0.059 0.172 0.128 0.136 0.040 93 S 0.234 0.084 0.022 0.006 0.225 0.008 0.018 0.083 0.061 0.165 0.093 94 L 0.036 0.471 0.195 0.013 0.216 0.007 0.010 0.026 0.008 0.008 0.008 95 D 0.209 0.287 0.077 0.002 0.343 0.001 0.002 0.011 0.004 0.013 0.052 96 L 0.035 0.020 0.005 0.003 0.037 0.004 0.008 0.253 0.529 0.082 0.025 97 T 0.010 0.027 0.010 0.007 0.025 0.018 0.064 0.466 0.306 0.059 0.008 98 Q 0.076 0.054 0.015 0.006 0.113 0.009 0.048 0.268 0.205 0.183 0.024 99 Y 0.143 0.120 0.038 0.012 0.274 0.013 0.046 0.125 0.089 0.090 0.050 100 C 0.164 0.105 0.053 0.018 0.193 0.024 0.043 0.057 0.060 0.169 0.114 101 F 0.157 0.301 0.108 0.015 0.243 0.005 0.015 0.041 0.033 0.038 0.043 102 P 0.046 0.186 0.224 0.045 0.084 0.025 0.033 0.099 0.137 0.093 0.028 103 E 0.018 0.183 0.090 0.038 0.078 0.058 0.129 0.210 0.149 0.040 0.007 104 K 0.175 0.052 0.008 0.005 0.182 0.008 0.032 0.090 0.101 0.216 0.129 105 S 0.189 0.122 0.019 0.002 0.641 0.001 0.002 0.003 0.002 0.004 0.014 106 L 0.079 0.108 0.003 0.001 0.808 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 L 0.313 0.024 0.001 0.001 0.646 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 108 L 0.454 0.022 0.005 0.001 0.396 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.112 109 L 0.077 0.061 0.030 0.073 0.088 0.042 0.083 0.058 0.029 0.326 0.134 110 G 0.005 0.095 0.260 0.447 0.018 0.091 0.020 0.011 0.013 0.032 0.007 111 N 0.126 0.196 0.108 0.022 0.294 0.007 0.010 0.047 0.047 0.076 0.068 112 E 0.038 0.055 0.031 0.021 0.060 0.048 0.117 0.225 0.278 0.092 0.035 113 R 0.038 0.065 0.051 0.061 0.060 0.043 0.087 0.130 0.160 0.254 0.051 114 E 0.012 0.147 0.145 0.103 0.054 0.077 0.180 0.078 0.084 0.106 0.013 115 G 0.016 0.035 0.108 0.124 0.010 0.034 0.034 0.033 0.061 0.453 0.092 116 I 0.021 0.545 0.283 0.008 0.102 0.003 0.008 0.010 0.005 0.007 0.008 117 P 0.003 0.743 0.199 0.002 0.043 0.001 0.001 0.005 0.002 0.002 0.001 118 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.691 0.294 0.002 0.001 119 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.896 0.076 0.021 0.002 120 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.777 0.162 0.058 0.001 121 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.826 0.162 0.007 0.001 122 Q 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.003 0.031 0.839 0.115 0.005 0.001 123 Q 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.003 0.053 0.407 0.153 0.371 0.005 124 L 0.180 0.200 0.046 0.003 0.306 0.003 0.016 0.127 0.037 0.033 0.049 125 D 0.006 0.003 0.001 0.013 0.006 0.089 0.345 0.431 0.084 0.020 0.004 126 V 0.071 0.359 0.059 0.003 0.414 0.001 0.005 0.047 0.014 0.017 0.009 127 C 0.288 0.042 0.001 0.001 0.608 0.001 0.003 0.011 0.004 0.008 0.031 128 V 0.123 0.062 0.002 0.001 0.790 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.011 129 E 0.269 0.060 0.003 0.001 0.559 0.001 0.002 0.005 0.002 0.022 0.076 130 I 0.134 0.304 0.080 0.005 0.417 0.002 0.005 0.011 0.003 0.010 0.029 131 P 0.197 0.260 0.080 0.005 0.281 0.004 0.017 0.032 0.016 0.030 0.079 132 Q 0.127 0.193 0.121 0.059 0.178 0.058 0.039 0.058 0.057 0.057 0.052 133 Q 0.012 0.098 0.068 0.181 0.038 0.183 0.183 0.142 0.069 0.019 0.007 134 G 0.024 0.037 0.058 0.088 0.022 0.037 0.031 0.090 0.122 0.415 0.075 135 I 0.070 0.079 0.023 0.015 0.108 0.027 0.087 0.257 0.146 0.155 0.034 136 I 0.143 0.144 0.029 0.009 0.258 0.016 0.025 0.207 0.064 0.041 0.063 137 R 0.045 0.048 0.020 0.037 0.066 0.071 0.122 0.380 0.091 0.076 0.044 138 S 0.138 0.142 0.056 0.014 0.238 0.005 0.010 0.219 0.055 0.084 0.040 139 L 0.005 0.033 0.015 0.006 0.017 0.005 0.008 0.802 0.098 0.010 0.002 140 N 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.937 0.049 0.003 0.001 141 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.921 0.074 0.001 0.001 142 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.941 0.056 0.001 0.001 143 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.913 0.085 0.001 0.001 144 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.938 0.061 0.001 0.001 145 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.953 0.047 0.001 0.001 146 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.962 0.037 0.001 0.001 147 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.024 0.001 0.001 148 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.968 0.031 0.001 0.001 149 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.021 0.001 0.001 150 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.024 0.001 0.001 151 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.980 0.018 0.001 0.001 152 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.975 0.022 0.001 0.001 153 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.940 0.049 0.002 0.001 154 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.867 0.105 0.012 0.001 155 Q 0.002 0.005 0.002 0.001 0.003 0.005 0.089 0.749 0.131 0.011 0.001 156 Q 0.013 0.040 0.019 0.006 0.028 0.010 0.117 0.550 0.136 0.073 0.008 157 L 0.052 0.038 0.014 0.008 0.047 0.017 0.080 0.342 0.162 0.197 0.041 158 L 0.058 0.203 0.080 0.033 0.126 0.032 0.068 0.190 0.093 0.081 0.036 159 S 0.058 0.177 0.125 0.047 0.135 0.031 0.058 0.168 0.080 0.084 0.038