# TARGET T0332 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0332.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1414 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.001 0.021 0.644 0.003 0.020 0.031 0.001 0.001 0.001 0.188 0.059 0.021 0.011 2 G 0.001 0.006 0.742 0.002 0.040 0.019 0.001 0.001 0.001 0.083 0.093 0.003 0.011 3 K 0.001 0.008 0.347 0.001 0.155 0.035 0.001 0.001 0.001 0.227 0.217 0.004 0.006 4 S 0.001 0.010 0.378 0.003 0.209 0.037 0.001 0.001 0.001 0.130 0.216 0.003 0.009 5 I 0.001 0.023 0.448 0.005 0.163 0.025 0.001 0.001 0.004 0.190 0.122 0.009 0.009 6 S 0.001 0.010 0.517 0.023 0.046 0.006 0.001 0.002 0.019 0.229 0.116 0.013 0.016 7 R 0.003 0.004 0.394 0.084 0.018 0.001 0.005 0.009 0.069 0.302 0.084 0.014 0.014 8 L 0.011 0.001 0.097 0.006 0.001 0.001 0.031 0.232 0.550 0.028 0.001 0.019 0.021 9 I 0.008 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.048 0.717 0.213 0.001 0.001 0.003 0.004 10 V 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.944 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 11 V 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.954 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 12 A 0.009 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.051 0.775 0.147 0.001 0.001 0.002 0.003 13 S 0.004 0.001 0.086 0.015 0.001 0.001 0.015 0.386 0.453 0.020 0.006 0.006 0.006 14 L 0.002 0.005 0.372 0.018 0.013 0.002 0.004 0.038 0.296 0.148 0.073 0.016 0.013 15 I 0.002 0.027 0.586 0.005 0.024 0.004 0.002 0.012 0.079 0.153 0.061 0.005 0.040 16 D 0.001 0.032 0.273 0.014 0.035 0.014 0.002 0.005 0.034 0.403 0.163 0.012 0.012 17 K 0.001 0.007 0.331 0.002 0.015 0.014 0.001 0.001 0.010 0.561 0.049 0.006 0.004 18 P 0.001 0.010 0.308 0.002 0.044 0.151 0.001 0.002 0.005 0.198 0.271 0.001 0.008 19 T 0.001 0.043 0.216 0.001 0.023 0.376 0.001 0.002 0.008 0.201 0.112 0.008 0.008 20 N 0.001 0.007 0.058 0.001 0.019 0.849 0.001 0.001 0.002 0.025 0.036 0.001 0.003 21 L 0.001 0.001 0.012 0.001 0.004 0.963 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.001 0.001 22 G 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 23 G 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 24 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 27 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 28 C 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 29 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 0.955 0.001 0.001 0.001 0.002 0.025 0.001 0.001 30 V 0.001 0.001 0.003 0.001 0.029 0.893 0.001 0.001 0.001 0.002 0.073 0.001 0.001 31 F 0.001 0.001 0.004 0.001 0.010 0.193 0.001 0.001 0.001 0.013 0.779 0.001 0.001 32 G 0.001 0.003 0.093 0.002 0.004 0.004 0.001 0.001 0.002 0.050 0.841 0.001 0.001 33 A 0.001 0.002 0.957 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.017 0.013 0.002 0.001 0.005 34 S 0.001 0.003 0.252 0.125 0.014 0.001 0.003 0.010 0.100 0.463 0.020 0.006 0.004 35 V 0.010 0.002 0.040 0.030 0.012 0.001 0.054 0.351 0.381 0.057 0.016 0.033 0.014 36 L 0.011 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.110 0.722 0.129 0.001 0.001 0.002 0.012 37 V 0.012 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.105 0.654 0.213 0.001 0.001 0.010 0.002 38 V 0.018 0.001 0.054 0.004 0.001 0.001 0.052 0.314 0.515 0.003 0.001 0.007 0.030 39 G 0.006 0.006 0.437 0.011 0.002 0.001 0.008 0.030 0.322 0.102 0.014 0.038 0.023 40 S 0.002 0.011 0.496 0.016 0.021 0.003 0.001 0.001 0.067 0.283 0.047 0.009 0.045 41 L 0.001 0.010 0.320 0.004 0.128 0.013 0.001 0.001 0.009 0.219 0.281 0.005 0.010 42 Q 0.001 0.018 0.347 0.001 0.106 0.019 0.001 0.001 0.004 0.214 0.272 0.007 0.009 43 C 0.001 0.021 0.566 0.001 0.035 0.011 0.001 0.001 0.002 0.297 0.052 0.005 0.009 44 I 0.001 0.013 0.734 0.001 0.025 0.014 0.001 0.001 0.001 0.121 0.081 0.004 0.006 45 S 0.001 0.018 0.580 0.001 0.028 0.030 0.001 0.001 0.001 0.168 0.162 0.002 0.010 46 D 0.001 0.005 0.658 0.001 0.036 0.095 0.001 0.001 0.001 0.147 0.053 0.001 0.003 47 K 0.001 0.002 0.050 0.001 0.057 0.730 0.001 0.001 0.001 0.038 0.121 0.001 0.001 48 Q 0.001 0.005 0.034 0.001 0.059 0.747 0.001 0.001 0.001 0.014 0.137 0.001 0.002 49 F 0.002 0.004 0.041 0.001 0.048 0.853 0.001 0.001 0.003 0.010 0.029 0.002 0.006 50 Q 0.003 0.003 0.043 0.002 0.021 0.878 0.001 0.001 0.006 0.017 0.016 0.007 0.003 51 H 0.004 0.002 0.024 0.001 0.029 0.863 0.001 0.003 0.012 0.009 0.032 0.005 0.014 52 L 0.005 0.003 0.028 0.001 0.024 0.786 0.002 0.002 0.007 0.017 0.114 0.007 0.005 53 S 0.007 0.007 0.067 0.003 0.028 0.637 0.002 0.002 0.012 0.029 0.182 0.006 0.019 54 V 0.005 0.013 0.071 0.005 0.040 0.575 0.001 0.001 0.004 0.071 0.184 0.018 0.014 55 S 0.004 0.008 0.121 0.002 0.061 0.470 0.001 0.001 0.005 0.060 0.234 0.015 0.017 56 A 0.004 0.005 0.101 0.001 0.154 0.563 0.001 0.001 0.004 0.031 0.111 0.004 0.021 57 E 0.004 0.002 0.046 0.002 0.338 0.401 0.001 0.001 0.003 0.025 0.166 0.005 0.008 58 Q 0.006 0.005 0.051 0.004 0.284 0.362 0.003 0.004 0.010 0.046 0.192 0.017 0.016 59 W 0.015 0.013 0.118 0.010 0.162 0.287 0.005 0.003 0.017 0.050 0.274 0.006 0.041 60 L 0.004 0.023 0.408 0.016 0.017 0.048 0.003 0.002 0.043 0.327 0.036 0.051 0.022 61 P 0.005 0.007 0.596 0.027 0.033 0.024 0.003 0.003 0.050 0.076 0.101 0.022 0.055 62 L 0.018 0.012 0.124 0.016 0.078 0.051 0.021 0.036 0.392 0.062 0.051 0.011 0.128 63 V 0.024 0.006 0.067 0.019 0.044 0.041 0.040 0.030 0.437 0.102 0.047 0.110 0.032 64 E 0.022 0.021 0.120 0.008 0.013 0.019 0.046 0.023 0.440 0.048 0.025 0.020 0.196 65 V 0.007 0.044 0.295 0.002 0.001 0.004 0.009 0.011 0.347 0.078 0.003 0.176 0.023 66 K 0.001 0.019 0.825 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.072 0.025 0.002 0.001 0.053 67 P 0.001 0.004 0.173 0.001 0.059 0.645 0.001 0.001 0.007 0.030 0.080 0.001 0.001 68 P 0.001 0.001 0.008 0.001 0.176 0.650 0.001 0.001 0.001 0.019 0.145 0.001 0.001 69 Q 0.001 0.002 0.014 0.001 0.134 0.773 0.001 0.001 0.001 0.012 0.064 0.001 0.001 70 L 0.001 0.001 0.005 0.001 0.007 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 71 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 75 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 76 Q 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.918 0.001 0.001 0.001 0.002 0.076 0.001 0.001 77 K 0.001 0.001 0.037 0.001 0.010 0.864 0.001 0.001 0.001 0.024 0.064 0.001 0.001 78 K 0.001 0.006 0.159 0.001 0.066 0.605 0.001 0.001 0.001 0.057 0.105 0.001 0.001 79 T 0.001 0.005 0.222 0.001 0.105 0.400 0.001 0.001 0.001 0.074 0.190 0.001 0.001 80 E 0.001 0.001 0.029 0.001 0.036 0.057 0.001 0.001 0.001 0.057 0.816 0.001 0.001 81 G 0.001 0.001 0.060 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.071 0.852 0.001 0.001 82 Y 0.001 0.005 0.670 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.210 0.066 0.003 0.032 0.011 83 T 0.001 0.006 0.161 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.776 0.008 0.001 0.006 0.027 84 I 0.002 0.004 0.024 0.002 0.001 0.001 0.035 0.076 0.831 0.001 0.001 0.011 0.012 85 I 0.008 0.002 0.025 0.018 0.001 0.001 0.101 0.381 0.442 0.003 0.001 0.010 0.009 86 G 0.019 0.001 0.026 0.003 0.001 0.001 0.120 0.541 0.257 0.004 0.002 0.009 0.016 87 V 0.036 0.004 0.117 0.009 0.002 0.002 0.087 0.350 0.287 0.017 0.004 0.041 0.044 88 E 0.016 0.009 0.467 0.008 0.007 0.005 0.012 0.032 0.248 0.073 0.015 0.053 0.054 89 Q 0.005 0.014 0.464 0.016 0.063 0.024 0.003 0.004 0.045 0.182 0.111 0.011 0.058 90 T 0.005 0.012 0.431 0.011 0.113 0.029 0.001 0.001 0.014 0.180 0.150 0.031 0.024 91 A 0.002 0.010 0.178 0.005 0.339 0.040 0.001 0.001 0.005 0.116 0.276 0.006 0.022 92 K 0.001 0.010 0.191 0.003 0.178 0.053 0.001 0.001 0.004 0.142 0.389 0.016 0.011 93 S 0.003 0.023 0.302 0.007 0.106 0.033 0.001 0.001 0.007 0.171 0.292 0.005 0.049 94 L 0.002 0.029 0.419 0.001 0.009 0.012 0.001 0.001 0.009 0.336 0.020 0.149 0.013 95 D 0.001 0.027 0.809 0.001 0.004 0.008 0.001 0.001 0.008 0.035 0.009 0.003 0.094 96 L 0.001 0.027 0.231 0.006 0.391 0.129 0.001 0.001 0.007 0.038 0.138 0.008 0.023 97 T 0.004 0.008 0.132 0.007 0.397 0.100 0.001 0.001 0.008 0.082 0.219 0.020 0.020 98 Q 0.005 0.007 0.129 0.008 0.536 0.086 0.002 0.001 0.006 0.062 0.110 0.011 0.038 99 Y 0.008 0.031 0.376 0.006 0.126 0.092 0.003 0.005 0.021 0.138 0.093 0.061 0.041 100 C 0.005 0.055 0.487 0.012 0.050 0.036 0.003 0.005 0.023 0.115 0.113 0.020 0.078 101 F 0.001 0.015 0.676 0.005 0.012 0.011 0.001 0.001 0.005 0.195 0.056 0.013 0.011 102 P 0.001 0.006 0.622 0.011 0.021 0.003 0.001 0.001 0.003 0.153 0.171 0.002 0.008 103 E 0.001 0.006 0.281 0.004 0.045 0.002 0.001 0.001 0.007 0.314 0.331 0.006 0.004 104 K 0.001 0.002 0.476 0.029 0.026 0.001 0.001 0.001 0.026 0.270 0.154 0.004 0.008 105 S 0.026 0.004 0.239 0.017 0.006 0.001 0.059 0.134 0.294 0.104 0.004 0.056 0.058 106 L 0.061 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.134 0.598 0.167 0.001 0.001 0.011 0.020 107 L 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.120 0.771 0.062 0.001 0.001 0.005 0.002 108 L 0.031 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.115 0.761 0.083 0.001 0.001 0.004 0.003 109 L 0.012 0.001 0.029 0.003 0.001 0.001 0.049 0.595 0.288 0.002 0.001 0.006 0.013 110 G 0.009 0.007 0.372 0.032 0.005 0.001 0.009 0.050 0.296 0.134 0.027 0.031 0.027 111 N 0.001 0.009 0.337 0.007 0.035 0.003 0.001 0.002 0.096 0.358 0.136 0.003 0.013 112 E 0.001 0.018 0.237 0.001 0.279 0.017 0.001 0.001 0.017 0.170 0.252 0.003 0.007 113 R 0.001 0.009 0.100 0.001 0.476 0.019 0.001 0.001 0.003 0.099 0.287 0.002 0.003 114 E 0.001 0.006 0.086 0.001 0.420 0.012 0.001 0.001 0.001 0.118 0.351 0.001 0.004 115 G 0.001 0.021 0.170 0.001 0.211 0.011 0.001 0.001 0.001 0.146 0.431 0.004 0.004 116 I 0.001 0.029 0.460 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.464 0.032 0.003 0.002 117 P 0.001 0.007 0.915 0.001 0.004 0.012 0.001 0.001 0.001 0.050 0.006 0.001 0.006 118 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 119 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 120 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 121 I 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 0.979 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 122 Q 0.001 0.001 0.004 0.001 0.015 0.901 0.001 0.006 0.002 0.004 0.064 0.001 0.001 123 Q 0.001 0.002 0.030 0.001 0.019 0.495 0.001 0.002 0.003 0.015 0.429 0.001 0.002 124 L 0.001 0.003 0.592 0.003 0.012 0.116 0.001 0.001 0.007 0.156 0.102 0.002 0.003 125 D 0.001 0.004 0.242 0.056 0.026 0.014 0.001 0.001 0.019 0.549 0.075 0.006 0.006 126 V 0.015 0.003 0.178 0.021 0.017 0.021 0.023 0.087 0.312 0.170 0.041 0.068 0.043 127 C 0.136 0.003 0.028 0.002 0.002 0.006 0.157 0.386 0.221 0.004 0.003 0.013 0.039 128 V 0.109 0.002 0.027 0.002 0.001 0.002 0.219 0.328 0.231 0.003 0.001 0.056 0.020 129 E 0.052 0.003 0.087 0.008 0.001 0.001 0.082 0.270 0.418 0.004 0.002 0.017 0.057 130 I 0.013 0.005 0.402 0.008 0.001 0.001 0.012 0.028 0.370 0.044 0.007 0.082 0.028 131 P 0.006 0.011 0.486 0.011 0.008 0.005 0.004 0.003 0.108 0.155 0.109 0.007 0.086 132 Q 0.005 0.028 0.313 0.006 0.039 0.012 0.002 0.003 0.050 0.264 0.202 0.046 0.030 133 Q 0.003 0.018 0.281 0.012 0.098 0.025 0.001 0.001 0.017 0.232 0.255 0.015 0.042 134 G 0.003 0.008 0.239 0.009 0.066 0.031 0.001 0.001 0.008 0.257 0.340 0.013 0.024 135 I 0.017 0.040 0.258 0.007 0.059 0.061 0.005 0.003 0.012 0.188 0.239 0.054 0.058 136 I 0.016 0.068 0.333 0.002 0.034 0.129 0.006 0.004 0.019 0.135 0.068 0.062 0.124 137 R 0.014 0.018 0.293 0.034 0.042 0.184 0.004 0.002 0.012 0.140 0.163 0.031 0.064 138 S 0.017 0.023 0.236 0.008 0.028 0.304 0.005 0.002 0.012 0.140 0.115 0.029 0.081 139 L 0.005 0.011 0.075 0.001 0.011 0.771 0.001 0.001 0.003 0.058 0.031 0.013 0.018 140 N 0.001 0.002 0.026 0.001 0.002 0.946 0.001 0.001 0.001 0.009 0.006 0.002 0.005 141 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 142 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 143 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 144 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 145 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 146 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 147 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 148 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 149 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 150 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 151 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 152 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 153 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 154 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 155 Q 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.940 0.001 0.001 0.001 0.003 0.047 0.001 0.001 156 Q 0.001 0.001 0.024 0.001 0.017 0.829 0.001 0.001 0.001 0.008 0.119 0.001 0.001 157 L 0.001 0.005 0.116 0.001 0.028 0.490 0.001 0.001 0.001 0.033 0.324 0.001 0.002 158 L 0.001 0.005 0.632 0.001 0.010 0.094 0.001 0.001 0.001 0.122 0.133 0.001 0.001 159 S 0.001 0.002 0.931 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.046 0.010 0.001 0.001