# TARGET T0332 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0332.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1414 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.111 0.059 0.025 0.065 0.064 0.085 0.124 0.126 0.136 0.116 0.088 2 G 0.420 0.202 0.055 0.109 0.065 0.046 0.041 0.023 0.018 0.012 0.009 3 K 0.327 0.155 0.062 0.125 0.089 0.073 0.071 0.042 0.029 0.017 0.009 4 S 0.480 0.215 0.043 0.107 0.058 0.039 0.028 0.013 0.009 0.005 0.003 5 I 0.073 0.080 0.062 0.148 0.142 0.129 0.137 0.080 0.068 0.044 0.037 6 S 0.140 0.127 0.101 0.200 0.133 0.095 0.102 0.047 0.029 0.016 0.009 7 R 0.041 0.092 0.112 0.272 0.224 0.131 0.083 0.027 0.012 0.005 0.002 8 L 0.001 0.001 0.001 0.006 0.013 0.029 0.131 0.218 0.252 0.220 0.128 9 I 0.001 0.004 0.009 0.063 0.117 0.192 0.234 0.152 0.103 0.069 0.056 10 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.055 0.152 0.264 0.305 0.211 11 V 0.001 0.001 0.001 0.008 0.013 0.024 0.102 0.192 0.239 0.229 0.192 12 A 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.009 0.046 0.101 0.230 0.292 0.312 13 S 0.006 0.011 0.010 0.093 0.133 0.152 0.214 0.164 0.128 0.060 0.028 14 L 0.019 0.074 0.035 0.144 0.139 0.151 0.208 0.117 0.067 0.032 0.012 15 I 0.011 0.010 0.009 0.028 0.035 0.042 0.089 0.133 0.201 0.212 0.230 16 D 0.154 0.209 0.058 0.222 0.164 0.094 0.059 0.022 0.010 0.005 0.004 17 K 0.116 0.195 0.048 0.181 0.168 0.115 0.094 0.043 0.024 0.011 0.004 18 P 0.065 0.035 0.013 0.059 0.078 0.111 0.160 0.134 0.141 0.112 0.093 19 T 0.219 0.131 0.052 0.169 0.143 0.109 0.099 0.035 0.022 0.012 0.009 20 N 0.004 0.013 0.010 0.035 0.057 0.089 0.221 0.181 0.185 0.131 0.076 21 L 0.004 0.004 0.003 0.012 0.017 0.033 0.100 0.138 0.213 0.250 0.225 22 G 0.014 0.011 0.019 0.056 0.096 0.152 0.233 0.147 0.127 0.086 0.059 23 G 0.002 0.006 0.017 0.024 0.029 0.049 0.164 0.203 0.209 0.184 0.112 24 L 0.001 0.002 0.005 0.007 0.008 0.012 0.056 0.120 0.211 0.288 0.289 25 C 0.004 0.004 0.026 0.019 0.020 0.028 0.090 0.121 0.199 0.240 0.249 26 R 0.002 0.006 0.049 0.070 0.098 0.113 0.216 0.154 0.137 0.092 0.063 27 T 0.001 0.002 0.018 0.014 0.012 0.016 0.073 0.132 0.245 0.258 0.230 28 C 0.001 0.001 0.005 0.008 0.011 0.023 0.086 0.132 0.237 0.272 0.224 29 E 0.008 0.010 0.086 0.091 0.113 0.167 0.249 0.120 0.080 0.045 0.031 30 V 0.002 0.010 0.071 0.056 0.059 0.096 0.205 0.163 0.149 0.103 0.085 31 F 0.003 0.002 0.003 0.006 0.007 0.016 0.068 0.112 0.206 0.283 0.295 32 G 0.092 0.131 0.073 0.160 0.121 0.117 0.144 0.064 0.050 0.030 0.019 33 A 0.002 0.002 0.005 0.008 0.010 0.014 0.043 0.092 0.210 0.257 0.358 34 S 0.101 0.141 0.105 0.239 0.174 0.107 0.084 0.027 0.013 0.006 0.004 35 V 0.009 0.027 0.021 0.094 0.120 0.176 0.254 0.137 0.089 0.046 0.025 36 L 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.012 0.042 0.095 0.208 0.290 0.340 37 V 0.003 0.007 0.007 0.032 0.054 0.086 0.180 0.174 0.196 0.145 0.117 38 V 0.001 0.003 0.004 0.009 0.011 0.017 0.069 0.133 0.240 0.266 0.248 39 G 0.016 0.029 0.024 0.115 0.137 0.148 0.202 0.136 0.100 0.056 0.035 40 S 0.150 0.156 0.065 0.209 0.149 0.098 0.091 0.043 0.024 0.011 0.005 41 L 0.063 0.048 0.024 0.093 0.103 0.106 0.154 0.129 0.130 0.096 0.054 42 Q 0.175 0.218 0.068 0.183 0.126 0.084 0.072 0.033 0.022 0.012 0.007 43 C 0.059 0.045 0.013 0.050 0.059 0.075 0.163 0.154 0.161 0.133 0.087 44 I 0.113 0.087 0.034 0.109 0.113 0.118 0.145 0.104 0.084 0.060 0.034 45 S 0.157 0.261 0.057 0.131 0.096 0.081 0.080 0.049 0.041 0.029 0.017 46 D 0.079 0.104 0.037 0.159 0.179 0.152 0.130 0.071 0.049 0.026 0.014 47 K 0.669 0.116 0.046 0.070 0.042 0.025 0.016 0.007 0.004 0.002 0.001 48 Q 0.038 0.079 0.068 0.244 0.209 0.149 0.123 0.047 0.026 0.011 0.005 49 F 0.005 0.003 0.007 0.008 0.009 0.016 0.075 0.152 0.244 0.263 0.217 50 Q 0.007 0.010 0.040 0.159 0.204 0.231 0.183 0.083 0.049 0.023 0.010 51 H 0.009 0.036 0.456 0.138 0.096 0.086 0.076 0.041 0.031 0.019 0.011 52 L 0.001 0.003 0.010 0.022 0.031 0.072 0.192 0.184 0.196 0.172 0.117 53 S 0.004 0.003 0.004 0.007 0.009 0.021 0.101 0.151 0.245 0.255 0.200 54 V 0.034 0.042 0.172 0.148 0.130 0.136 0.124 0.066 0.064 0.046 0.036 55 S 0.013 0.053 0.116 0.159 0.168 0.163 0.166 0.070 0.049 0.027 0.017 56 A 0.005 0.004 0.007 0.011 0.011 0.019 0.068 0.108 0.220 0.281 0.264 57 E 0.020 0.015 0.028 0.089 0.147 0.201 0.234 0.120 0.087 0.042 0.017 58 Q 0.046 0.067 0.406 0.214 0.114 0.071 0.045 0.019 0.011 0.005 0.003 59 W 0.004 0.010 0.015 0.046 0.076 0.157 0.287 0.165 0.120 0.079 0.041 60 L 0.002 0.003 0.004 0.009 0.010 0.021 0.080 0.146 0.237 0.284 0.205 61 P 0.137 0.187 0.167 0.227 0.144 0.074 0.038 0.013 0.007 0.003 0.002 62 L 0.009 0.010 0.016 0.036 0.051 0.072 0.165 0.168 0.203 0.162 0.108 63 V 0.022 0.035 0.025 0.089 0.109 0.126 0.211 0.144 0.119 0.077 0.042 64 E 0.075 0.114 0.052 0.228 0.175 0.132 0.129 0.049 0.029 0.012 0.005 65 V 0.008 0.008 0.007 0.020 0.038 0.059 0.133 0.185 0.225 0.202 0.115 66 K 0.116 0.425 0.106 0.183 0.086 0.043 0.024 0.009 0.005 0.003 0.001 67 P 0.091 0.080 0.021 0.103 0.138 0.142 0.195 0.105 0.068 0.040 0.017 68 P 0.800 0.106 0.026 0.039 0.016 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 69 Q 0.079 0.222 0.087 0.251 0.160 0.099 0.062 0.020 0.012 0.005 0.002 70 L 0.003 0.008 0.004 0.011 0.015 0.035 0.113 0.164 0.245 0.232 0.171 71 I 0.017 0.015 0.029 0.145 0.225 0.291 0.184 0.056 0.025 0.009 0.003 72 D 0.055 0.098 0.622 0.159 0.044 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 73 Y 0.001 0.002 0.008 0.029 0.047 0.114 0.273 0.212 0.162 0.101 0.051 74 L 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.010 0.061 0.126 0.248 0.309 0.239 75 Q 0.002 0.010 0.401 0.263 0.188 0.086 0.036 0.007 0.003 0.001 0.001 76 Q 0.009 0.042 0.430 0.220 0.135 0.097 0.049 0.010 0.004 0.002 0.001 77 K 0.001 0.001 0.003 0.006 0.011 0.038 0.173 0.188 0.236 0.212 0.131 78 K 0.019 0.028 0.026 0.084 0.106 0.187 0.276 0.144 0.071 0.035 0.023 79 T 0.091 0.147 0.600 0.096 0.040 0.015 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 80 E 0.109 0.111 0.081 0.204 0.169 0.148 0.122 0.035 0.014 0.006 0.002 81 G 0.675 0.190 0.033 0.058 0.026 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 82 Y 0.001 0.002 0.002 0.013 0.029 0.060 0.165 0.199 0.238 0.171 0.120 83 T 0.018 0.066 0.060 0.205 0.217 0.206 0.144 0.045 0.022 0.010 0.007 84 I 0.001 0.001 0.001 0.007 0.013 0.034 0.117 0.186 0.241 0.217 0.182 85 I 0.002 0.002 0.001 0.008 0.015 0.034 0.129 0.203 0.225 0.211 0.170 86 G 0.002 0.003 0.003 0.011 0.014 0.023 0.080 0.127 0.221 0.250 0.267 87 V 0.002 0.003 0.003 0.016 0.021 0.037 0.101 0.135 0.229 0.249 0.203 88 E 0.025 0.043 0.026 0.136 0.171 0.159 0.184 0.124 0.080 0.036 0.016 89 Q 0.044 0.054 0.034 0.080 0.078 0.096 0.161 0.147 0.134 0.111 0.060 90 T 0.057 0.085 0.047 0.135 0.145 0.123 0.149 0.098 0.078 0.052 0.030 91 A 0.413 0.195 0.074 0.129 0.069 0.044 0.034 0.018 0.013 0.007 0.004 92 K 0.178 0.117 0.082 0.180 0.145 0.109 0.092 0.042 0.028 0.016 0.009 93 S 0.094 0.061 0.041 0.076 0.066 0.080 0.142 0.125 0.128 0.103 0.085 94 L 0.051 0.064 0.061 0.157 0.167 0.163 0.161 0.084 0.053 0.027 0.011 95 D 0.252 0.238 0.206 0.166 0.074 0.033 0.019 0.006 0.004 0.002 0.001 96 L 0.003 0.004 0.006 0.013 0.021 0.040 0.123 0.151 0.217 0.217 0.204 97 T 0.077 0.092 0.068 0.189 0.176 0.136 0.133 0.058 0.040 0.020 0.011 98 Q 0.121 0.142 0.128 0.215 0.135 0.100 0.081 0.034 0.023 0.012 0.008 99 Y 0.015 0.022 0.024 0.053 0.066 0.113 0.200 0.156 0.151 0.117 0.082 100 C 0.093 0.101 0.040 0.127 0.110 0.115 0.143 0.093 0.081 0.053 0.043 101 F 0.018 0.020 0.011 0.033 0.041 0.074 0.166 0.144 0.174 0.150 0.169 102 P 0.315 0.215 0.121 0.172 0.079 0.043 0.029 0.011 0.007 0.004 0.003 103 E 0.423 0.194 0.068 0.162 0.085 0.037 0.021 0.006 0.003 0.001 0.001 104 K 0.020 0.052 0.043 0.163 0.191 0.173 0.160 0.097 0.058 0.029 0.013 105 S 0.001 0.001 0.002 0.013 0.045 0.113 0.248 0.243 0.180 0.102 0.053 106 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.031 0.143 0.236 0.225 0.192 0.159 107 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.047 0.145 0.225 0.311 0.262 108 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.033 0.108 0.228 0.303 0.322 109 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.036 0.093 0.204 0.295 0.360 110 G 0.001 0.002 0.002 0.017 0.036 0.060 0.159 0.197 0.220 0.181 0.125 111 N 0.030 0.094 0.040 0.220 0.215 0.152 0.129 0.068 0.032 0.015 0.006 112 E 0.004 0.007 0.005 0.024 0.056 0.068 0.159 0.180 0.221 0.153 0.122 113 R 0.187 0.174 0.097 0.231 0.153 0.078 0.051 0.016 0.008 0.003 0.002 114 E 0.315 0.154 0.040 0.174 0.122 0.077 0.070 0.024 0.015 0.007 0.003 115 G 0.206 0.092 0.045 0.090 0.085 0.106 0.140 0.088 0.072 0.049 0.026 116 I 0.004 0.018 0.006 0.018 0.032 0.072 0.140 0.139 0.161 0.205 0.205 117 P 0.046 0.511 0.104 0.149 0.087 0.046 0.032 0.012 0.007 0.003 0.002 118 A 0.883 0.054 0.021 0.028 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 119 N 0.814 0.086 0.047 0.039 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 L 0.001 0.003 0.010 0.027 0.034 0.114 0.321 0.219 0.162 0.080 0.029 121 I 0.002 0.004 0.035 0.067 0.134 0.276 0.288 0.116 0.051 0.021 0.007 122 Q 0.007 0.017 0.903 0.051 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 123 Q 0.003 0.016 0.152 0.184 0.200 0.229 0.160 0.035 0.014 0.006 0.001 124 L 0.001 0.002 0.011 0.004 0.004 0.007 0.052 0.094 0.206 0.291 0.329 125 D 0.011 0.034 0.205 0.266 0.261 0.137 0.061 0.017 0.006 0.002 0.001 126 V 0.009 0.035 0.493 0.137 0.113 0.091 0.082 0.023 0.011 0.005 0.001 127 C 0.003 0.012 0.035 0.090 0.131 0.180 0.259 0.138 0.083 0.047 0.021 128 V 0.002 0.002 0.003 0.004 0.005 0.011 0.092 0.170 0.278 0.263 0.171 129 E 0.008 0.044 0.126 0.268 0.247 0.149 0.086 0.037 0.021 0.009 0.005 130 I 0.002 0.004 0.006 0.008 0.010 0.019 0.077 0.135 0.251 0.282 0.206 131 P 0.033 0.055 0.039 0.220 0.226 0.147 0.147 0.076 0.039 0.013 0.006 132 Q 0.018 0.017 0.007 0.024 0.029 0.049 0.151 0.162 0.211 0.184 0.149 133 Q 0.138 0.207 0.077 0.258 0.155 0.078 0.048 0.020 0.011 0.005 0.003 134 G 0.288 0.176 0.035 0.134 0.106 0.093 0.083 0.039 0.024 0.014 0.007 135 I 0.198 0.162 0.053 0.191 0.166 0.097 0.071 0.029 0.017 0.011 0.006 136 I 0.019 0.016 0.008 0.040 0.063 0.085 0.216 0.177 0.190 0.119 0.067 137 R 0.036 0.073 0.051 0.233 0.253 0.181 0.114 0.033 0.018 0.006 0.003 138 S 0.016 0.012 0.013 0.035 0.055 0.092 0.235 0.189 0.165 0.120 0.069 139 L 0.014 0.006 0.014 0.029 0.041 0.068 0.174 0.168 0.199 0.170 0.118 140 N 0.004 0.007 0.022 0.022 0.022 0.037 0.153 0.164 0.225 0.211 0.132 141 V 0.003 0.005 0.044 0.022 0.019 0.026 0.106 0.143 0.198 0.236 0.198 142 H 0.004 0.005 0.037 0.020 0.026 0.041 0.180 0.182 0.210 0.183 0.113 143 V 0.005 0.006 0.076 0.031 0.028 0.033 0.133 0.151 0.221 0.205 0.111 144 S 0.002 0.002 0.055 0.018 0.021 0.037 0.176 0.160 0.213 0.194 0.122 145 G 0.002 0.002 0.069 0.011 0.012 0.026 0.157 0.145 0.225 0.214 0.137 146 A 0.001 0.003 0.117 0.019 0.017 0.029 0.146 0.144 0.197 0.198 0.130 147 L 0.001 0.003 0.073 0.010 0.009 0.016 0.085 0.132 0.217 0.255 0.200 148 L 0.001 0.002 0.045 0.006 0.006 0.010 0.068 0.116 0.215 0.275 0.257 149 I 0.001 0.003 0.109 0.016 0.010 0.013 0.062 0.104 0.212 0.254 0.216 150 W 0.002 0.005 0.122 0.034 0.036 0.058 0.214 0.153 0.186 0.124 0.068 151 E 0.004 0.006 0.152 0.043 0.040 0.064 0.210 0.133 0.172 0.113 0.062 152 Y 0.005 0.007 0.124 0.046 0.042 0.068 0.207 0.139 0.175 0.121 0.066 153 T 0.006 0.009 0.131 0.088 0.077 0.099 0.213 0.144 0.131 0.070 0.031 154 R 0.006 0.010 0.122 0.070 0.074 0.112 0.229 0.151 0.124 0.075 0.029 155 Q 0.007 0.016 0.142 0.109 0.107 0.141 0.213 0.124 0.083 0.043 0.015 156 Q 0.022 0.035 0.171 0.122 0.128 0.140 0.189 0.097 0.058 0.029 0.010 157 L 0.062 0.068 0.173 0.126 0.098 0.106 0.151 0.089 0.067 0.044 0.018 158 L 0.130 0.117 0.130 0.127 0.114 0.096 0.111 0.068 0.057 0.036 0.014 159 S 0.304 0.219 0.095 0.109 0.079 0.052 0.052 0.035 0.027 0.017 0.009