# TARGET T0331 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0331.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 71.5033 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.035 0.046 0.017 0.016 0.032 0.109 0.003 0.742 2 E 0.050 0.121 0.011 0.016 0.036 0.328 0.006 0.432 3 L 0.090 0.326 0.011 0.007 0.026 0.095 0.007 0.437 4 K 0.029 0.609 0.005 0.004 0.008 0.069 0.004 0.272 5 D 0.020 0.798 0.002 0.002 0.002 0.025 0.003 0.148 6 I 0.022 0.891 0.002 0.001 0.003 0.006 0.004 0.071 7 M 0.005 0.968 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.020 8 H 0.008 0.959 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.025 9 I 0.067 0.861 0.003 0.001 0.002 0.004 0.016 0.046 10 L 0.030 0.919 0.004 0.002 0.004 0.002 0.005 0.034 11 E 0.037 0.707 0.009 0.006 0.009 0.030 0.025 0.176 12 D 0.189 0.494 0.016 0.007 0.005 0.023 0.073 0.193 13 M 0.400 0.202 0.031 0.009 0.006 0.022 0.103 0.226 14 K 0.164 0.084 0.205 0.047 0.021 0.110 0.091 0.278 15 V 0.059 0.031 0.379 0.047 0.055 0.107 0.023 0.299 16 G 0.043 0.022 0.407 0.168 0.176 0.063 0.010 0.111 17 V 0.013 0.008 0.343 0.165 0.222 0.054 0.004 0.190 18 F 0.003 0.005 0.245 0.304 0.325 0.023 0.002 0.094 19 A 0.007 0.003 0.172 0.297 0.397 0.045 0.002 0.077 20 T 0.004 0.004 0.056 0.470 0.372 0.022 0.001 0.070 21 L 0.011 0.004 0.071 0.253 0.507 0.031 0.002 0.119 22 D 0.006 0.008 0.024 0.212 0.443 0.061 0.003 0.243 23 E 0.037 0.010 0.018 0.044 0.108 0.139 0.015 0.629 24 Y 0.039 0.008 0.002 0.009 0.011 0.726 0.029 0.176 25 G 0.551 0.019 0.004 0.010 0.004 0.018 0.236 0.159 26 N 0.213 0.007 0.067 0.020 0.028 0.413 0.012 0.240 27 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 28 H 0.021 0.002 0.020 0.110 0.530 0.152 0.003 0.162 29 A 0.155 0.002 0.021 0.073 0.160 0.087 0.004 0.498 30 R 0.019 0.007 0.070 0.401 0.282 0.043 0.002 0.177 31 H 0.009 0.003 0.025 0.121 0.191 0.039 0.002 0.610 32 A 0.015 0.005 0.131 0.251 0.449 0.043 0.002 0.104 33 H 0.012 0.009 0.064 0.347 0.457 0.039 0.002 0.070 34 I 0.010 0.012 0.065 0.236 0.552 0.024 0.002 0.099 35 T 0.009 0.019 0.102 0.311 0.417 0.038 0.003 0.102 36 A 0.019 0.041 0.051 0.311 0.352 0.040 0.006 0.180 37 A 0.044 0.040 0.078 0.197 0.421 0.050 0.013 0.158 38 N 0.058 0.044 0.034 0.178 0.286 0.073 0.025 0.301 39 E 0.097 0.026 0.048 0.053 0.115 0.104 0.044 0.513 40 E 0.070 0.021 0.024 0.038 0.034 0.299 0.055 0.459 41 G 0.361 0.011 0.051 0.051 0.029 0.075 0.125 0.296 42 I 0.127 0.005 0.283 0.071 0.115 0.147 0.009 0.242 43 F 0.008 0.001 0.228 0.278 0.296 0.044 0.002 0.142 44 F 0.005 0.001 0.121 0.219 0.351 0.027 0.001 0.275 45 M 0.004 0.001 0.211 0.252 0.407 0.021 0.001 0.103 46 T 0.007 0.003 0.167 0.208 0.314 0.049 0.003 0.248 47 S 0.013 0.003 0.065 0.100 0.238 0.098 0.003 0.482 48 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.994 49 E 0.008 0.002 0.008 0.009 0.029 0.539 0.003 0.401 50 T 0.273 0.018 0.007 0.006 0.011 0.301 0.011 0.373 51 H 0.125 0.202 0.015 0.017 0.017 0.087 0.007 0.531 52 F 0.071 0.102 0.011 0.010 0.020 0.243 0.009 0.532 53 Y 0.164 0.282 0.039 0.021 0.069 0.099 0.010 0.316 54 D 0.040 0.544 0.012 0.021 0.049 0.082 0.008 0.244 55 Q 0.080 0.541 0.008 0.011 0.034 0.095 0.012 0.219 56 L 0.052 0.858 0.004 0.005 0.009 0.009 0.005 0.058 57 M 0.057 0.805 0.006 0.009 0.018 0.013 0.014 0.077 58 G 0.367 0.294 0.007 0.010 0.011 0.021 0.090 0.201 59 D 0.466 0.154 0.040 0.012 0.012 0.021 0.104 0.191 60 Q 0.050 0.088 0.064 0.020 0.018 0.045 0.038 0.677 61 R 0.032 0.026 0.061 0.029 0.037 0.362 0.023 0.430 62 V 0.130 0.050 0.214 0.082 0.097 0.243 0.016 0.168 63 A 0.060 0.065 0.325 0.168 0.243 0.083 0.004 0.053 64 M 0.008 0.033 0.206 0.334 0.285 0.027 0.004 0.103 65 T 0.007 0.013 0.210 0.305 0.368 0.020 0.003 0.072 66 A 0.004 0.013 0.077 0.470 0.377 0.011 0.002 0.046 67 I 0.009 0.007 0.071 0.216 0.507 0.028 0.003 0.157 68 S 0.011 0.009 0.045 0.211 0.471 0.052 0.005 0.197 69 E 0.027 0.011 0.022 0.042 0.119 0.100 0.009 0.670 70 E 0.039 0.011 0.006 0.015 0.026 0.325 0.024 0.553 71 G 0.368 0.024 0.006 0.020 0.010 0.090 0.095 0.387 72 Y 0.391 0.022 0.033 0.030 0.038 0.260 0.028 0.196 73 L 0.063 0.019 0.037 0.125 0.206 0.174 0.013 0.362 74 I 0.056 0.018 0.026 0.199 0.418 0.114 0.007 0.162 75 Q 0.037 0.018 0.036 0.355 0.381 0.065 0.006 0.103 76 V 0.021 0.008 0.035 0.283 0.493 0.038 0.003 0.118 77 V 0.004 0.004 0.029 0.477 0.441 0.008 0.001 0.037 78 R 0.002 0.002 0.038 0.380 0.445 0.012 0.002 0.119 79 V 0.002 0.002 0.055 0.430 0.435 0.009 0.001 0.066 80 E 0.004 0.002 0.074 0.213 0.437 0.027 0.002 0.241 81 G 0.009 0.003 0.057 0.356 0.353 0.034 0.005 0.182 82 T 0.078 0.001 0.082 0.105 0.287 0.089 0.008 0.350 83 A 0.040 0.002 0.057 0.142 0.263 0.056 0.005 0.434 84 R 0.027 0.001 0.124 0.386 0.289 0.038 0.003 0.131 85 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 86 V 0.010 0.002 0.128 0.107 0.410 0.071 0.002 0.271 87 E 0.020 0.002 0.013 0.016 0.025 0.149 0.002 0.773 88 N 0.038 0.009 0.010 0.007 0.055 0.053 0.003 0.825 89 D 0.022 0.012 0.004 0.002 0.005 0.128 0.001 0.826 90 Y 0.038 0.041 0.001 0.001 0.002 0.477 0.005 0.436 91 L 0.097 0.505 0.003 0.003 0.006 0.077 0.007 0.303 92 K 0.014 0.878 0.002 0.002 0.004 0.008 0.002 0.090 93 T 0.017 0.882 0.003 0.003 0.003 0.008 0.005 0.080 94 V 0.027 0.918 0.003 0.002 0.003 0.004 0.005 0.038 95 F 0.024 0.909 0.005 0.006 0.010 0.005 0.007 0.035 96 A 0.054 0.765 0.018 0.012 0.017 0.015 0.017 0.102 97 D 0.063 0.683 0.028 0.011 0.010 0.011 0.049 0.146 98 N 0.232 0.322 0.042 0.022 0.016 0.033 0.039 0.294 99 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 100 Y 0.016 0.022 0.022 0.024 0.063 0.405 0.007 0.442 101 Y 0.300 0.051 0.024 0.011 0.018 0.154 0.014 0.428 102 Q 0.131 0.252 0.034 0.027 0.029 0.120 0.011 0.396 103 H 0.255 0.165 0.042 0.027 0.034 0.111 0.019 0.347 104 I 0.205 0.203 0.085 0.036 0.074 0.075 0.014 0.307 105 Y 0.080 0.179 0.048 0.099 0.194 0.077 0.015 0.308 106 K 0.100 0.111 0.034 0.052 0.112 0.076 0.020 0.496 107 D 0.109 0.105 0.031 0.051 0.080 0.062 0.023 0.539 108 E 0.145 0.050 0.032 0.029 0.048 0.125 0.019 0.551 109 S 0.056 0.036 0.017 0.022 0.039 0.482 0.019 0.328 110 S 0.112 0.036 0.013 0.012 0.023 0.072 0.014 0.717 111 D 0.041 0.028 0.010 0.006 0.010 0.426 0.012 0.466 112 T 0.247 0.020 0.010 0.006 0.010 0.389 0.026 0.291 113 M 0.249 0.188 0.063 0.063 0.057 0.099 0.012 0.269 114 Q 0.023 0.032 0.028 0.046 0.087 0.118 0.007 0.659 115 V 0.042 0.056 0.057 0.088 0.195 0.083 0.004 0.477 116 F 0.024 0.139 0.036 0.137 0.254 0.070 0.004 0.336 117 Q 0.027 0.174 0.019 0.071 0.134 0.095 0.007 0.473 118 I 0.070 0.389 0.034 0.039 0.099 0.077 0.010 0.282 119 Y 0.037 0.667 0.009 0.027 0.032 0.055 0.007 0.165 120 A 0.071 0.645 0.010 0.015 0.022 0.040 0.015 0.182 121 G 0.079 0.736 0.008 0.011 0.013 0.021 0.015 0.117 122 H 0.061 0.751 0.017 0.008 0.017 0.020 0.011 0.115 123 G 0.013 0.853 0.005 0.007 0.008 0.014 0.005 0.095 124 F 0.019 0.879 0.006 0.005 0.008 0.012 0.006 0.066 125 Y 0.013 0.930 0.005 0.004 0.007 0.004 0.003 0.033 126 H 0.013 0.924 0.006 0.005 0.007 0.006 0.005 0.034 127 S 0.030 0.900 0.005 0.006 0.005 0.005 0.011 0.038 128 L 0.137 0.743 0.012 0.006 0.015 0.007 0.022 0.058 129 T 0.103 0.657 0.016 0.016 0.019 0.037 0.029 0.123 130 Q 0.218 0.382 0.030 0.021 0.022 0.052 0.060 0.214 131 G 0.325 0.222 0.020 0.012 0.014 0.040 0.053 0.314 132 H 0.215 0.151 0.110 0.030 0.038 0.058 0.040 0.357 133 K 0.036 0.052 0.045 0.023 0.032 0.110 0.017 0.684 134 Y 0.043 0.027 0.037 0.018 0.031 0.072 0.014 0.759 135 I 0.207 0.038 0.094 0.072 0.080 0.116 0.020 0.372 136 F 0.032 0.012 0.064 0.034 0.040 0.058 0.009 0.752 137 S 0.045 0.010 0.153 0.118 0.137 0.062 0.009 0.466 138 I 0.009 0.003 0.037 0.038 0.043 0.027 0.002 0.841 139 G 0.017 0.005 0.054 0.065 0.159 0.105 0.004 0.592 140 Q 0.015 0.003 0.022 0.017 0.035 0.051 0.002 0.855 141 G 0.028 0.006 0.015 0.023 0.036 0.111 0.008 0.774 142 E 0.156 0.005 0.014 0.017 0.021 0.132 0.017 0.639 143 H 0.130 0.012 0.047 0.038 0.055 0.173 0.014 0.531 144 S 0.059 0.012 0.043 0.114 0.122 0.164 0.013 0.473 145 E 0.071 0.009 0.065 0.107 0.154 0.122 0.012 0.459 146 V 0.089 0.010 0.082 0.133 0.281 0.119 0.005 0.281 147 R 0.019 0.006 0.126 0.388 0.363 0.034 0.002 0.063 148 A 0.006 0.008 0.046 0.204 0.341 0.027 0.002 0.367 149 L 0.005 0.008 0.172 0.254 0.479 0.015 0.002 0.065