# TARGET T0331 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0331.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.055 0.018 0.009 0.016 0.010 0.015 0.027 0.003 0.001 0.002 0.844 2 E 0.067 0.010 0.004 0.015 0.015 0.016 0.133 0.004 0.001 0.003 0.734 3 L 0.179 0.012 0.019 0.016 0.005 0.011 0.076 0.001 0.001 0.007 0.675 4 K 0.023 0.018 0.003 0.035 0.009 0.017 0.149 0.001 0.001 0.003 0.743 5 D 0.067 0.017 0.001 0.006 0.003 0.004 0.255 0.001 0.001 0.005 0.641 6 I 0.058 0.145 0.002 0.013 0.003 0.007 0.139 0.001 0.001 0.005 0.626 7 M 0.027 0.394 0.001 0.015 0.013 0.023 0.211 0.002 0.001 0.008 0.307 8 H 0.085 0.497 0.001 0.005 0.012 0.021 0.183 0.007 0.001 0.008 0.181 9 I 0.058 0.892 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.039 10 L 0.027 0.939 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 0.019 11 E 0.032 0.829 0.002 0.001 0.009 0.010 0.005 0.017 0.001 0.001 0.094 12 D 0.225 0.440 0.004 0.004 0.005 0.010 0.005 0.175 0.001 0.002 0.129 13 M 0.510 0.182 0.154 0.009 0.011 0.009 0.010 0.057 0.001 0.004 0.053 14 K 0.082 0.044 0.120 0.136 0.130 0.077 0.097 0.023 0.001 0.005 0.285 15 V 0.010 0.005 0.142 0.138 0.060 0.115 0.039 0.001 0.001 0.002 0.487 16 G 0.002 0.001 0.001 0.561 0.186 0.216 0.015 0.001 0.001 0.001 0.017 17 V 0.003 0.002 0.002 0.372 0.082 0.117 0.040 0.001 0.001 0.002 0.381 18 F 0.001 0.001 0.001 0.582 0.157 0.212 0.012 0.001 0.001 0.001 0.033 19 A 0.002 0.002 0.001 0.535 0.081 0.193 0.041 0.001 0.001 0.002 0.145 20 T 0.006 0.002 0.001 0.274 0.188 0.235 0.073 0.001 0.001 0.005 0.216 21 L 0.010 0.004 0.002 0.161 0.130 0.229 0.101 0.001 0.001 0.008 0.355 22 D 0.010 0.013 0.001 0.115 0.130 0.172 0.243 0.001 0.001 0.006 0.308 23 E 0.063 0.027 0.001 0.026 0.029 0.043 0.220 0.002 0.001 0.023 0.565 24 Y 0.244 0.073 0.006 0.014 0.021 0.035 0.324 0.006 0.001 0.039 0.237 25 G 0.352 0.084 0.022 0.013 0.015 0.025 0.193 0.009 0.001 0.036 0.251 26 N 0.140 0.093 0.040 0.019 0.026 0.034 0.157 0.005 0.001 0.010 0.477 27 P 0.003 0.007 0.002 0.002 0.003 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.970 28 H 0.051 0.035 0.002 0.015 0.034 0.067 0.231 0.002 0.001 0.008 0.555 29 A 0.230 0.108 0.004 0.027 0.045 0.083 0.133 0.005 0.001 0.015 0.347 30 R 0.110 0.387 0.003 0.047 0.090 0.127 0.065 0.005 0.001 0.004 0.162 31 H 0.084 0.335 0.006 0.028 0.028 0.077 0.037 0.005 0.001 0.004 0.395 32 A 0.068 0.295 0.006 0.094 0.081 0.128 0.026 0.011 0.001 0.003 0.287 33 H 0.080 0.214 0.013 0.060 0.066 0.123 0.088 0.023 0.001 0.009 0.325 34 I 0.079 0.237 0.038 0.111 0.157 0.180 0.027 0.009 0.001 0.003 0.159 35 T 0.022 0.186 0.005 0.153 0.159 0.252 0.043 0.005 0.001 0.002 0.174 36 A 0.039 0.116 0.007 0.072 0.162 0.203 0.040 0.005 0.001 0.002 0.353 37 A 0.045 0.127 0.006 0.108 0.177 0.331 0.057 0.004 0.001 0.004 0.140 38 N 0.027 0.150 0.005 0.075 0.138 0.184 0.136 0.007 0.001 0.005 0.275 39 E 0.050 0.096 0.005 0.028 0.050 0.065 0.093 0.006 0.001 0.011 0.597 40 E 0.081 0.060 0.006 0.016 0.054 0.080 0.339 0.008 0.001 0.035 0.322 41 G 0.328 0.032 0.017 0.030 0.048 0.056 0.173 0.016 0.001 0.061 0.240 42 I 0.135 0.052 0.201 0.080 0.134 0.130 0.077 0.002 0.001 0.013 0.176 43 F 0.004 0.011 0.004 0.211 0.367 0.279 0.036 0.001 0.001 0.001 0.086 44 F 0.006 0.008 0.002 0.168 0.214 0.388 0.022 0.001 0.001 0.001 0.192 45 M 0.004 0.005 0.001 0.255 0.259 0.416 0.014 0.001 0.001 0.001 0.045 46 T 0.009 0.006 0.002 0.181 0.114 0.217 0.089 0.002 0.001 0.003 0.376 47 S 0.014 0.002 0.004 0.172 0.089 0.130 0.115 0.001 0.001 0.004 0.469 48 P 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.005 0.021 0.001 0.001 0.001 0.960 49 E 0.011 0.001 0.001 0.020 0.010 0.026 0.405 0.001 0.001 0.016 0.511 50 T 0.505 0.007 0.001 0.009 0.002 0.005 0.122 0.001 0.001 0.028 0.320 51 H 0.142 0.086 0.002 0.011 0.005 0.005 0.101 0.001 0.001 0.005 0.643 52 F 0.094 0.107 0.005 0.012 0.012 0.025 0.289 0.001 0.001 0.012 0.442 53 Y 0.060 0.368 0.003 0.025 0.030 0.062 0.130 0.002 0.001 0.005 0.314 54 D 0.026 0.443 0.001 0.006 0.025 0.028 0.066 0.005 0.001 0.002 0.399 55 Q 0.098 0.526 0.003 0.003 0.024 0.028 0.082 0.009 0.001 0.009 0.219 56 L 0.156 0.624 0.009 0.003 0.012 0.021 0.062 0.018 0.001 0.008 0.088 57 M 0.082 0.672 0.014 0.010 0.016 0.019 0.027 0.045 0.001 0.004 0.110 58 G 0.189 0.387 0.012 0.006 0.009 0.009 0.025 0.067 0.001 0.006 0.290 59 D 0.434 0.153 0.065 0.006 0.005 0.006 0.031 0.031 0.001 0.008 0.262 60 Q 0.070 0.038 0.075 0.021 0.010 0.008 0.044 0.012 0.001 0.005 0.718 61 R 0.047 0.025 0.040 0.074 0.044 0.066 0.296 0.003 0.001 0.012 0.392 62 V 0.049 0.051 0.009 0.214 0.115 0.232 0.107 0.002 0.001 0.007 0.215 63 A 0.011 0.116 0.002 0.319 0.144 0.299 0.028 0.001 0.001 0.002 0.079 64 M 0.010 0.130 0.001 0.209 0.202 0.267 0.021 0.001 0.001 0.001 0.157 65 T 0.019 0.135 0.001 0.222 0.199 0.283 0.015 0.004 0.001 0.002 0.121 66 A 0.037 0.098 0.004 0.123 0.243 0.329 0.026 0.011 0.001 0.003 0.126 67 I 0.040 0.074 0.011 0.100 0.186 0.352 0.066 0.011 0.001 0.007 0.154 68 S 0.023 0.043 0.006 0.084 0.250 0.332 0.106 0.009 0.001 0.005 0.141 69 E 0.009 0.012 0.004 0.012 0.018 0.021 0.049 0.002 0.001 0.003 0.869 70 E 0.040 0.015 0.003 0.011 0.025 0.042 0.424 0.003 0.001 0.028 0.408 71 G 0.612 0.014 0.009 0.010 0.010 0.011 0.111 0.005 0.001 0.071 0.148 72 Y 0.283 0.074 0.066 0.043 0.064 0.038 0.179 0.002 0.001 0.019 0.233 73 L 0.016 0.025 0.013 0.119 0.218 0.308 0.096 0.001 0.001 0.004 0.201 74 I 0.004 0.007 0.001 0.127 0.249 0.529 0.017 0.001 0.001 0.001 0.065 75 Q 0.001 0.005 0.001 0.137 0.324 0.476 0.013 0.001 0.001 0.001 0.043 76 V 0.004 0.005 0.001 0.091 0.273 0.454 0.016 0.001 0.001 0.001 0.155 77 V 0.002 0.002 0.001 0.208 0.314 0.417 0.010 0.001 0.001 0.001 0.045 78 R 0.002 0.002 0.001 0.159 0.254 0.413 0.030 0.001 0.001 0.001 0.138 79 V 0.004 0.002 0.001 0.144 0.242 0.369 0.034 0.001 0.001 0.002 0.200 80 E 0.007 0.004 0.001 0.131 0.145 0.299 0.078 0.001 0.001 0.004 0.330 81 G 0.028 0.004 0.002 0.057 0.078 0.142 0.110 0.001 0.001 0.012 0.565 82 T 0.069 0.008 0.009 0.054 0.075 0.111 0.107 0.001 0.001 0.013 0.553 83 A 0.043 0.010 0.005 0.041 0.063 0.126 0.085 0.001 0.001 0.009 0.617 84 R 0.049 0.010 0.004 0.043 0.074 0.148 0.108 0.001 0.001 0.006 0.556 85 P 0.004 0.002 0.001 0.003 0.005 0.007 0.009 0.001 0.001 0.001 0.968 86 V 0.022 0.015 0.001 0.031 0.074 0.184 0.137 0.001 0.001 0.004 0.529 87 E 0.074 0.050 0.001 0.018 0.040 0.117 0.160 0.001 0.001 0.007 0.531 88 N 0.118 0.201 0.001 0.016 0.028 0.035 0.099 0.004 0.001 0.006 0.492 89 D 0.251 0.202 0.005 0.003 0.005 0.006 0.102 0.001 0.001 0.010 0.414 90 Y 0.089 0.336 0.011 0.006 0.012 0.017 0.210 0.003 0.001 0.009 0.306 91 L 0.041 0.586 0.012 0.011 0.025 0.065 0.069 0.004 0.001 0.005 0.182 92 K 0.025 0.690 0.002 0.011 0.027 0.069 0.026 0.008 0.001 0.002 0.140 93 T 0.065 0.699 0.002 0.003 0.012 0.016 0.008 0.009 0.001 0.001 0.187 94 V 0.099 0.713 0.004 0.005 0.016 0.013 0.006 0.011 0.001 0.001 0.133 95 F 0.079 0.665 0.010 0.012 0.023 0.051 0.018 0.020 0.001 0.002 0.121 96 A 0.086 0.474 0.020 0.019 0.027 0.075 0.028 0.037 0.001 0.002 0.231 97 D 0.266 0.341 0.012 0.019 0.014 0.024 0.029 0.052 0.001 0.002 0.241 98 N 0.433 0.119 0.023 0.013 0.009 0.010 0.068 0.026 0.001 0.004 0.296 99 P 0.006 0.005 0.021 0.004 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.948 100 Y 0.012 0.007 0.004 0.016 0.015 0.032 0.521 0.001 0.001 0.007 0.385 101 Y 0.349 0.057 0.005 0.033 0.020 0.045 0.151 0.002 0.001 0.019 0.320 102 Q 0.059 0.390 0.002 0.065 0.050 0.058 0.050 0.002 0.001 0.002 0.323 103 H 0.094 0.223 0.003 0.021 0.032 0.056 0.073 0.003 0.001 0.005 0.489 104 I 0.216 0.283 0.008 0.052 0.061 0.109 0.035 0.013 0.001 0.005 0.218 105 Y 0.120 0.208 0.017 0.051 0.117 0.204 0.047 0.018 0.001 0.004 0.213 106 K 0.036 0.055 0.012 0.025 0.044 0.074 0.041 0.010 0.001 0.002 0.701 107 D 0.053 0.033 0.005 0.025 0.032 0.047 0.059 0.008 0.001 0.003 0.734 108 E 0.153 0.027 0.008 0.011 0.015 0.018 0.247 0.008 0.001 0.015 0.498 109 S 0.218 0.042 0.008 0.011 0.010 0.013 0.349 0.007 0.001 0.024 0.318 110 S 0.192 0.067 0.012 0.020 0.011 0.012 0.186 0.004 0.001 0.021 0.474 111 D 0.090 0.065 0.004 0.006 0.009 0.008 0.373 0.002 0.001 0.015 0.428 112 T 0.096 0.094 0.007 0.014 0.021 0.034 0.231 0.004 0.001 0.021 0.478 113 M 0.076 0.236 0.013 0.038 0.070 0.149 0.141 0.004 0.001 0.019 0.254 114 Q 0.040 0.142 0.003 0.042 0.207 0.299 0.114 0.006 0.001 0.010 0.137 115 V 0.052 0.210 0.005 0.046 0.134 0.332 0.015 0.004 0.001 0.002 0.198 116 F 0.019 0.159 0.003 0.120 0.322 0.287 0.008 0.005 0.001 0.001 0.076 117 Q 0.016 0.100 0.004 0.102 0.226 0.350 0.022 0.005 0.001 0.001 0.174 118 I 0.012 0.060 0.004 0.162 0.230 0.391 0.022 0.006 0.001 0.001 0.111 119 Y 0.029 0.069 0.005 0.160 0.148 0.295 0.065 0.006 0.001 0.003 0.219 120 A 0.020 0.038 0.004 0.068 0.080 0.168 0.102 0.005 0.001 0.005 0.509 121 G 0.084 0.022 0.007 0.039 0.048 0.068 0.159 0.007 0.001 0.022 0.545 122 H 0.187 0.028 0.045 0.027 0.023 0.034 0.129 0.002 0.001 0.017 0.508 123 G 0.031 0.019 0.006 0.038 0.053 0.060 0.114 0.002 0.001 0.006 0.670 124 F 0.065 0.023 0.009 0.033 0.074 0.121 0.093 0.001 0.001 0.008 0.574 125 Y 0.041 0.049 0.003 0.053 0.134 0.252 0.069 0.001 0.001 0.004 0.393 126 H 0.036 0.045 0.002 0.062 0.170 0.259 0.059 0.002 0.001 0.004 0.361 127 S 0.076 0.043 0.002 0.034 0.107 0.154 0.084 0.005 0.001 0.006 0.490 128 L 0.113 0.045 0.010 0.066 0.116 0.191 0.093 0.008 0.001 0.011 0.348 129 T 0.076 0.025 0.006 0.047 0.081 0.100 0.274 0.008 0.001 0.012 0.370 130 Q 0.043 0.006 0.008 0.012 0.011 0.013 0.081 0.001 0.001 0.006 0.817 131 G 0.040 0.007 0.005 0.014 0.012 0.021 0.219 0.001 0.001 0.012 0.669 132 H 0.193 0.009 0.007 0.016 0.018 0.025 0.267 0.001 0.001 0.044 0.420 133 K 0.094 0.029 0.008 0.030 0.027 0.059 0.195 0.001 0.001 0.017 0.539 134 Y 0.065 0.037 0.004 0.081 0.164 0.188 0.100 0.001 0.001 0.007 0.351 135 I 0.049 0.052 0.002 0.104 0.160 0.245 0.073 0.001 0.001 0.004 0.310 136 F 0.014 0.045 0.002 0.099 0.279 0.385 0.030 0.001 0.001 0.002 0.144 137 S 0.022 0.076 0.002 0.124 0.192 0.352 0.049 0.002 0.001 0.002 0.179 138 I 0.034 0.073 0.002 0.107 0.166 0.291 0.066 0.007 0.001 0.005 0.248 139 G 0.080 0.051 0.008 0.083 0.106 0.153 0.143 0.009 0.001 0.012 0.355 140 Q 0.052 0.018 0.018 0.028 0.026 0.043 0.132 0.003 0.001 0.009 0.672 141 G 0.039 0.013 0.012 0.042 0.039 0.063 0.135 0.002 0.001 0.011 0.643 142 E 0.076 0.015 0.006 0.029 0.040 0.045 0.183 0.001 0.001 0.010 0.597 143 H 0.074 0.035 0.005 0.028 0.037 0.069 0.091 0.001 0.001 0.007 0.653 144 S 0.064 0.061 0.003 0.067 0.118 0.178 0.082 0.001 0.001 0.004 0.420 145 E 0.060 0.052 0.002 0.032 0.056 0.108 0.091 0.003 0.001 0.006 0.591 146 V 0.118 0.086 0.007 0.058 0.107 0.230 0.059 0.004 0.001 0.006 0.324 147 R 0.043 0.053 0.005 0.036 0.051 0.070 0.051 0.004 0.001 0.002 0.684 148 A 0.058 0.044 0.006 0.040 0.065 0.118 0.075 0.004 0.001 0.007 0.583 149 L 0.079 0.042 0.007 0.043 0.071 0.122 0.102 0.004 0.001 0.006 0.523