# TARGET T0330 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0330.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 2 K 0.228 0.077 0.001 0.008 0.003 0.004 0.680 3 V 0.085 0.030 0.023 0.130 0.115 0.038 0.579 4 E 0.046 0.007 0.042 0.229 0.177 0.160 0.339 5 S 0.016 0.005 0.060 0.482 0.110 0.193 0.134 6 M 0.008 0.005 0.040 0.639 0.070 0.156 0.082 7 N 0.009 0.003 0.017 0.667 0.062 0.137 0.105 8 R 0.003 0.001 0.005 0.922 0.026 0.022 0.020 9 R 0.001 0.001 0.002 0.977 0.006 0.007 0.006 10 V 0.001 0.001 0.002 0.985 0.002 0.006 0.004 11 L 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.004 0.002 12 A 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 13 D 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.001 14 A 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.007 0.002 15 L 0.001 0.001 0.001 0.987 0.002 0.007 0.002 16 I 0.002 0.001 0.006 0.958 0.005 0.026 0.004 17 E 0.002 0.001 0.008 0.924 0.005 0.056 0.004 18 V 0.006 0.006 0.011 0.874 0.013 0.069 0.021 19 Y 0.019 0.008 0.017 0.646 0.043 0.214 0.053 20 G 0.029 0.006 0.022 0.268 0.152 0.308 0.215 21 T 0.057 0.021 0.027 0.125 0.255 0.101 0.414 22 E 0.118 0.022 0.027 0.057 0.224 0.128 0.424 23 G 0.093 0.023 0.034 0.057 0.257 0.180 0.356 24 S 0.068 0.022 0.021 0.020 0.233 0.100 0.537 25 T 0.042 0.010 0.207 0.102 0.187 0.233 0.220 26 G 0.039 0.011 0.217 0.089 0.183 0.341 0.119 27 S 0.062 0.026 0.220 0.097 0.156 0.197 0.241 28 H 0.107 0.044 0.091 0.099 0.192 0.095 0.373 29 D 0.105 0.025 0.078 0.124 0.124 0.218 0.325 30 F 0.075 0.020 0.095 0.175 0.119 0.386 0.130 31 S 0.055 0.014 0.067 0.221 0.174 0.310 0.159 32 G 0.068 0.007 0.035 0.122 0.328 0.254 0.186 33 K 0.067 0.013 0.036 0.105 0.185 0.208 0.386 34 M 0.112 0.050 0.027 0.251 0.168 0.125 0.268 35 D 0.073 0.006 0.015 0.422 0.095 0.058 0.331 36 G 0.010 0.001 0.012 0.919 0.017 0.022 0.019 37 A 0.008 0.001 0.003 0.970 0.003 0.009 0.007 38 I 0.008 0.001 0.003 0.975 0.002 0.006 0.004 39 I 0.007 0.001 0.002 0.983 0.001 0.004 0.003 40 Y 0.005 0.001 0.003 0.982 0.002 0.005 0.003 41 E 0.005 0.001 0.004 0.979 0.002 0.007 0.002 42 V 0.003 0.001 0.004 0.973 0.003 0.015 0.003 43 L 0.004 0.001 0.007 0.950 0.009 0.022 0.006 44 S 0.003 0.001 0.032 0.892 0.008 0.051 0.013 45 N 0.002 0.002 0.055 0.723 0.030 0.168 0.021 46 V 0.002 0.002 0.063 0.209 0.053 0.635 0.036 47 G 0.002 0.007 0.016 0.017 0.065 0.786 0.107 48 L 0.003 0.008 0.003 0.003 0.113 0.014 0.855 49 E 0.005 0.007 0.003 0.004 0.044 0.006 0.932 50 R 0.001 0.001 0.195 0.644 0.044 0.085 0.029 51 A 0.002 0.002 0.184 0.718 0.032 0.044 0.017 52 E 0.003 0.002 0.195 0.727 0.019 0.032 0.022 53 I 0.002 0.001 0.074 0.868 0.007 0.031 0.018 54 A 0.001 0.001 0.073 0.834 0.009 0.066 0.016 55 D 0.002 0.001 0.056 0.727 0.016 0.185 0.013 56 K 0.001 0.002 0.027 0.819 0.019 0.094 0.039 57 F 0.001 0.003 0.007 0.823 0.049 0.018 0.099 58 D 0.001 0.001 0.004 0.953 0.010 0.019 0.014 59 K 0.001 0.001 0.003 0.974 0.003 0.015 0.004 60 A 0.001 0.001 0.003 0.981 0.002 0.011 0.003 61 K 0.001 0.001 0.001 0.991 0.002 0.005 0.001 62 E 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.001 63 T 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.008 0.001 64 Y 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.006 0.001 65 I 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 66 A 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.001 67 L 0.001 0.001 0.002 0.986 0.001 0.010 0.001 68 F 0.001 0.001 0.003 0.978 0.002 0.014 0.002 69 R 0.001 0.001 0.029 0.917 0.005 0.042 0.005 70 E 0.002 0.001 0.040 0.743 0.021 0.188 0.007 71 R 0.005 0.002 0.057 0.493 0.026 0.388 0.030 72 A 0.022 0.031 0.009 0.079 0.409 0.064 0.386 73 R 0.016 0.004 0.006 0.006 0.059 0.014 0.895 74 R 0.004 0.001 0.650 0.099 0.045 0.168 0.033 75 E 0.003 0.001 0.701 0.043 0.034 0.202 0.017 76 D 0.010 0.004 0.659 0.049 0.068 0.151 0.059 77 I 0.212 0.090 0.036 0.068 0.111 0.058 0.426 78 T 0.134 0.042 0.009 0.019 0.002 0.062 0.731 79 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998