# TARGET T0329 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0329.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2251 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.014 0.002 0.044 0.045 0.067 0.177 0.042 0.608 2 K 0.026 0.003 0.050 0.028 0.042 0.165 0.076 0.609 3 Y 0.005 0.002 0.075 0.045 0.049 0.200 0.089 0.536 4 K 0.001 0.001 0.544 0.054 0.119 0.057 0.100 0.125 5 A 0.001 0.001 0.588 0.055 0.100 0.023 0.119 0.114 6 A 0.001 0.001 0.851 0.057 0.037 0.007 0.019 0.027 7 I 0.002 0.001 0.757 0.054 0.076 0.019 0.036 0.055 8 F 0.003 0.001 0.730 0.032 0.049 0.061 0.041 0.083 9 D 0.112 0.003 0.315 0.016 0.022 0.197 0.120 0.215 10 M 0.104 0.008 0.069 0.007 0.010 0.264 0.113 0.425 11 D 0.014 0.006 0.054 0.004 0.019 0.252 0.043 0.608 12 G 0.024 0.008 0.198 0.023 0.087 0.150 0.156 0.354 13 T 0.023 0.013 0.239 0.112 0.116 0.088 0.190 0.219 14 I 0.014 0.018 0.241 0.063 0.096 0.084 0.108 0.377 15 L 0.028 0.039 0.203 0.091 0.101 0.123 0.050 0.364 16 D 0.079 0.135 0.101 0.033 0.038 0.127 0.088 0.398 17 T 0.126 0.554 0.011 0.003 0.005 0.046 0.062 0.192 18 S 0.062 0.156 0.008 0.002 0.003 0.031 0.618 0.121 19 A 0.012 0.182 0.003 0.002 0.002 0.024 0.718 0.057 20 D 0.008 0.910 0.001 0.001 0.001 0.007 0.044 0.029 21 L 0.004 0.973 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.010 22 T 0.007 0.629 0.002 0.001 0.002 0.005 0.337 0.016 23 S 0.005 0.840 0.002 0.001 0.001 0.005 0.136 0.010 24 A 0.006 0.974 0.002 0.001 0.001 0.002 0.012 0.004 25 L 0.005 0.975 0.002 0.001 0.001 0.002 0.011 0.005 26 N 0.005 0.967 0.004 0.001 0.001 0.002 0.012 0.009 27 Y 0.017 0.922 0.014 0.001 0.001 0.004 0.021 0.020 28 A 0.024 0.070 0.066 0.002 0.001 0.011 0.807 0.020 29 F 0.075 0.107 0.074 0.003 0.002 0.036 0.582 0.121 30 E 0.374 0.069 0.023 0.001 0.002 0.043 0.045 0.443 31 Q 0.050 0.014 0.020 0.002 0.002 0.060 0.028 0.823 32 T 0.024 0.010 0.015 0.003 0.007 0.130 0.024 0.787 33 G 0.047 0.007 0.018 0.005 0.009 0.131 0.047 0.737 34 H 0.081 0.009 0.032 0.019 0.014 0.152 0.033 0.659 35 R 0.044 0.007 0.030 0.007 0.012 0.102 0.053 0.745 36 H 0.036 0.035 0.043 0.011 0.017 0.123 0.056 0.679 37 D 0.038 0.085 0.064 0.011 0.015 0.113 0.032 0.642 38 F 0.020 0.135 0.047 0.018 0.011 0.092 0.039 0.639 39 T 0.039 0.880 0.005 0.002 0.002 0.009 0.019 0.044 40 V 0.076 0.858 0.004 0.001 0.001 0.007 0.025 0.028 41 E 0.018 0.606 0.021 0.011 0.010 0.027 0.183 0.123 42 D 0.037 0.737 0.010 0.004 0.006 0.019 0.116 0.072 43 I 0.100 0.662 0.013 0.005 0.008 0.029 0.101 0.083 44 K 0.080 0.324 0.033 0.023 0.036 0.050 0.161 0.292 45 N 0.120 0.115 0.015 0.012 0.020 0.075 0.156 0.487 46 F 0.061 0.058 0.037 0.024 0.024 0.143 0.140 0.512 47 F 0.082 0.072 0.027 0.015 0.027 0.141 0.051 0.585 48 G 0.078 0.132 0.011 0.006 0.009 0.086 0.036 0.643 49 S 0.028 0.305 0.013 0.009 0.010 0.084 0.022 0.528 50 G 0.022 0.728 0.015 0.006 0.009 0.031 0.045 0.143 51 V 0.034 0.852 0.004 0.003 0.004 0.012 0.042 0.049 52 V 0.012 0.146 0.017 0.005 0.005 0.011 0.771 0.034 53 V 0.006 0.706 0.010 0.008 0.008 0.014 0.201 0.047 54 A 0.030 0.848 0.014 0.004 0.010 0.012 0.032 0.049 55 V 0.035 0.777 0.019 0.018 0.017 0.017 0.045 0.073 56 T 0.062 0.672 0.017 0.010 0.019 0.022 0.046 0.152 57 R 0.071 0.615 0.015 0.010 0.009 0.040 0.037 0.203 58 A 0.067 0.487 0.054 0.018 0.016 0.062 0.052 0.244 59 L 0.151 0.324 0.041 0.013 0.015 0.063 0.063 0.330 60 A 0.111 0.130 0.067 0.012 0.013 0.074 0.116 0.476 61 Y 0.177 0.066 0.046 0.009 0.009 0.079 0.115 0.500 62 E 0.151 0.029 0.018 0.006 0.006 0.090 0.098 0.602 63 A 0.045 0.028 0.009 0.003 0.005 0.096 0.029 0.786 64 G 0.060 0.051 0.009 0.004 0.006 0.095 0.026 0.749 65 S 0.039 0.078 0.012 0.009 0.011 0.124 0.053 0.673 66 S 0.067 0.256 0.014 0.010 0.014 0.096 0.065 0.479 67 R 0.089 0.475 0.014 0.011 0.013 0.061 0.058 0.279 68 E 0.045 0.566 0.020 0.013 0.016 0.051 0.042 0.248 69 S 0.045 0.558 0.030 0.016 0.025 0.039 0.084 0.203 70 L 0.090 0.398 0.034 0.022 0.030 0.065 0.115 0.245 71 V 0.066 0.097 0.035 0.025 0.031 0.062 0.460 0.224 72 A 0.050 0.165 0.019 0.017 0.026 0.095 0.265 0.364 73 F 0.058 0.259 0.019 0.012 0.025 0.089 0.078 0.459 74 G 0.052 0.187 0.019 0.019 0.024 0.110 0.051 0.540 75 T 0.105 0.184 0.029 0.018 0.019 0.089 0.130 0.427 76 K 0.252 0.287 0.010 0.008 0.010 0.059 0.100 0.275 77 D 0.244 0.165 0.019 0.005 0.006 0.074 0.105 0.382 78 E 0.024 0.129 0.020 0.009 0.009 0.118 0.040 0.651 79 Q 0.027 0.130 0.025 0.004 0.007 0.084 0.036 0.687 80 I 0.352 0.312 0.016 0.004 0.004 0.054 0.067 0.191 81 P 0.146 0.121 0.020 0.004 0.004 0.053 0.395 0.257 82 E 0.047 0.265 0.013 0.003 0.005 0.066 0.119 0.481 83 A 0.051 0.168 0.022 0.005 0.007 0.117 0.109 0.521 84 V 0.045 0.328 0.026 0.008 0.006 0.095 0.104 0.388 85 T 0.101 0.657 0.005 0.001 0.002 0.025 0.066 0.142 86 Q 0.071 0.463 0.012 0.002 0.002 0.042 0.211 0.196 87 T 0.017 0.606 0.014 0.004 0.004 0.052 0.127 0.176 88 E 0.016 0.916 0.003 0.001 0.001 0.007 0.016 0.040 89 V 0.017 0.940 0.003 0.001 0.001 0.005 0.013 0.021 90 N 0.013 0.903 0.011 0.001 0.001 0.006 0.039 0.026 91 R 0.022 0.866 0.009 0.001 0.001 0.009 0.052 0.040 92 V 0.076 0.705 0.032 0.002 0.001 0.012 0.131 0.041 93 L 0.119 0.664 0.013 0.001 0.002 0.015 0.094 0.093 94 E 0.071 0.359 0.020 0.002 0.002 0.038 0.112 0.398 95 V 0.017 0.346 0.018 0.003 0.003 0.071 0.107 0.435 96 F 0.033 0.724 0.007 0.002 0.002 0.030 0.040 0.163 97 K 0.066 0.820 0.004 0.001 0.001 0.013 0.024 0.070 98 P 0.029 0.790 0.010 0.002 0.002 0.020 0.054 0.094 99 Y 0.027 0.741 0.021 0.003 0.003 0.021 0.106 0.079 100 Y 0.055 0.809 0.017 0.002 0.002 0.014 0.044 0.056 101 A 0.106 0.564 0.037 0.004 0.005 0.030 0.080 0.174 102 D 0.066 0.364 0.038 0.008 0.009 0.056 0.109 0.350 103 H 0.097 0.145 0.047 0.010 0.013 0.086 0.165 0.437 104 C 0.095 0.045 0.041 0.025 0.025 0.097 0.214 0.458 105 Q 0.145 0.019 0.015 0.012 0.023 0.086 0.097 0.604 106 I 0.086 0.007 0.011 0.010 0.012 0.098 0.024 0.753 107 K 0.015 0.004 0.015 0.012 0.028 0.111 0.021 0.794 108 T 0.041 0.007 0.012 0.006 0.012 0.115 0.022 0.785 109 G 0.015 0.010 0.051 0.044 0.028 0.201 0.055 0.597 110 P 0.060 0.057 0.013 0.004 0.005 0.067 0.020 0.774 111 F 0.491 0.266 0.006 0.002 0.002 0.018 0.145 0.070 112 P 0.027 0.339 0.018 0.005 0.004 0.064 0.066 0.477 113 G 0.014 0.852 0.005 0.001 0.002 0.011 0.028 0.088 114 I 0.005 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 115 L 0.016 0.962 0.003 0.001 0.001 0.002 0.012 0.006 116 D 0.015 0.501 0.007 0.001 0.001 0.004 0.446 0.025 117 L 0.015 0.899 0.005 0.001 0.001 0.003 0.072 0.007 118 M 0.012 0.953 0.002 0.001 0.001 0.001 0.022 0.009 119 K 0.007 0.905 0.016 0.002 0.001 0.003 0.011 0.056 120 N 0.053 0.806 0.015 0.001 0.001 0.012 0.027 0.084 121 L 0.204 0.008 0.296 0.003 0.001 0.009 0.452 0.028 122 R 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.030 123 Q 0.064 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 0.924 124 K 0.001 0.001 0.040 0.001 0.003 0.234 0.004 0.717 125 G 0.002 0.001 0.034 0.001 0.005 0.056 0.015 0.887 126 V 0.011 0.001 0.079 0.028 0.006 0.186 0.033 0.655 127 K 0.001 0.001 0.889 0.006 0.009 0.020 0.026 0.049 128 L 0.002 0.001 0.669 0.032 0.052 0.022 0.124 0.098 129 A 0.001 0.001 0.952 0.010 0.011 0.001 0.020 0.006 130 V 0.002 0.001 0.858 0.038 0.041 0.008 0.017 0.035 131 V 0.008 0.001 0.705 0.078 0.074 0.031 0.031 0.071 132 S 0.008 0.005 0.278 0.026 0.063 0.142 0.092 0.387 133 N 0.052 0.024 0.046 0.010 0.021 0.244 0.038 0.566 134 K 0.091 0.112 0.017 0.006 0.007 0.172 0.072 0.524 135 P 0.068 0.717 0.002 0.001 0.001 0.028 0.041 0.142 136 N 0.031 0.893 0.001 0.001 0.001 0.007 0.034 0.031 137 E 0.006 0.926 0.001 0.002 0.002 0.008 0.021 0.033 138 A 0.006 0.960 0.001 0.001 0.002 0.003 0.017 0.011 139 V 0.003 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.004 140 Q 0.005 0.946 0.005 0.002 0.002 0.002 0.034 0.006 141 V 0.014 0.900 0.013 0.004 0.003 0.005 0.044 0.017 142 L 0.109 0.577 0.079 0.007 0.006 0.014 0.163 0.044 143 V 0.498 0.194 0.027 0.004 0.003 0.017 0.146 0.110 144 E 0.190 0.036 0.012 0.003 0.002 0.036 0.103 0.618 145 E 0.013 0.007 0.006 0.002 0.002 0.055 0.037 0.878 146 L 0.040 0.005 0.008 0.003 0.002 0.109 0.039 0.794 147 F 0.396 0.009 0.004 0.002 0.002 0.074 0.040 0.474 148 P 0.085 0.008 0.006 0.001 0.002 0.091 0.023 0.785 149 G 0.028 0.012 0.048 0.004 0.012 0.219 0.040 0.637 150 S 0.020 0.014 0.140 0.010 0.022 0.145 0.080 0.570 151 F 0.016 0.012 0.307 0.042 0.040 0.137 0.084 0.362 152 D 0.004 0.006 0.553 0.033 0.062 0.053 0.090 0.200 153 F 0.004 0.006 0.675 0.059 0.088 0.028 0.054 0.087 154 A 0.003 0.005 0.669 0.074 0.095 0.022 0.033 0.098 155 L 0.006 0.005 0.565 0.125 0.130 0.030 0.046 0.093 156 G 0.034 0.019 0.291 0.089 0.152 0.074 0.172 0.168 157 E 0.109 0.041 0.077 0.051 0.082 0.144 0.083 0.413 158 K 0.093 0.027 0.031 0.022 0.042 0.126 0.047 0.611 159 S 0.037 0.024 0.035 0.031 0.054 0.117 0.093 0.608 160 G 0.124 0.021 0.025 0.044 0.087 0.105 0.075 0.518 161 I 0.122 0.006 0.019 0.080 0.079 0.092 0.060 0.541 162 R 0.019 0.002 0.013 0.042 0.069 0.096 0.020 0.739 163 R 0.022 0.003 0.011 0.019 0.041 0.109 0.017 0.778 164 K 0.011 0.004 0.013 0.030 0.028 0.183 0.010 0.721 165 P 0.055 0.032 0.006 0.003 0.005 0.087 0.015 0.797 166 A 0.270 0.129 0.002 0.002 0.001 0.037 0.398 0.160 167 P 0.035 0.095 0.002 0.001 0.001 0.021 0.765 0.081 168 D 0.027 0.447 0.002 0.001 0.001 0.023 0.414 0.085 169 M 0.008 0.938 0.001 0.001 0.001 0.007 0.016 0.029 170 T 0.007 0.967 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.010 171 S 0.005 0.941 0.002 0.001 0.001 0.004 0.038 0.009 172 E 0.005 0.979 0.004 0.001 0.001 0.002 0.005 0.004 173 C 0.096 0.795 0.054 0.001 0.002 0.006 0.032 0.013 174 V 0.089 0.026 0.602 0.005 0.003 0.011 0.240 0.026 175 K 0.809 0.010 0.025 0.001 0.001 0.010 0.007 0.139 176 V 0.207 0.001 0.021 0.001 0.001 0.023 0.008 0.739 177 L 0.002 0.001 0.010 0.001 0.002 0.112 0.004 0.869 178 G 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.044 0.001 0.948 179 V 0.004 0.001 0.007 0.004 0.001 0.101 0.006 0.877 180 P 0.639 0.017 0.025 0.005 0.002 0.056 0.076 0.179 181 R 0.438 0.013 0.009 0.001 0.002 0.100 0.037 0.399 182 D 0.008 0.005 0.071 0.003 0.011 0.108 0.039 0.755 183 K 0.006 0.005 0.458 0.034 0.103 0.079 0.107 0.208 184 C 0.004 0.004 0.261 0.055 0.117 0.088 0.124 0.348 185 V 0.003 0.001 0.702 0.092 0.098 0.023 0.025 0.056 186 Y 0.015 0.003 0.419 0.090 0.160 0.060 0.065 0.188 187 I 0.041 0.007 0.295 0.082 0.100 0.121 0.111 0.243 188 G 0.046 0.012 0.063 0.017 0.039 0.180 0.040 0.603 189 D 0.057 0.034 0.032 0.011 0.014 0.150 0.075 0.627 190 S 0.103 0.352 0.017 0.009 0.012 0.082 0.061 0.364 191 E 0.095 0.458 0.016 0.005 0.010 0.069 0.065 0.281 192 I 0.022 0.251 0.020 0.021 0.023 0.071 0.310 0.283 193 D 0.021 0.811 0.005 0.003 0.006 0.016 0.098 0.040 194 I 0.023 0.889 0.004 0.002 0.003 0.010 0.035 0.034 195 Q 0.021 0.460 0.075 0.028 0.027 0.024 0.284 0.080 196 T 0.046 0.291 0.029 0.007 0.012 0.028 0.522 0.064 197 A 0.169 0.136 0.080 0.008 0.008 0.032 0.481 0.087 198 R 0.426 0.114 0.015 0.012 0.013 0.047 0.079 0.294 199 N 0.024 0.014 0.005 0.001 0.002 0.050 0.030 0.874 200 S 0.011 0.015 0.048 0.008 0.013 0.215 0.045 0.646 201 E 0.144 0.029 0.067 0.014 0.024 0.169 0.144 0.409 202 M 0.039 0.008 0.043 0.008 0.009 0.176 0.061 0.656 203 D 0.011 0.009 0.386 0.020 0.069 0.115 0.086 0.305 204 E 0.006 0.004 0.335 0.035 0.082 0.052 0.146 0.339 205 I 0.001 0.001 0.779 0.054 0.047 0.023 0.031 0.063 206 A 0.004 0.002 0.668 0.047 0.079 0.030 0.039 0.132 207 V 0.023 0.004 0.443 0.108 0.080 0.067 0.048 0.227 208 N 0.120 0.010 0.175 0.030 0.052 0.115 0.087 0.412 209 W 0.071 0.006 0.053 0.021 0.036 0.145 0.070 0.597 210 G 0.047 0.011 0.035 0.017 0.036 0.119 0.053 0.682 211 F 0.062 0.015 0.021 0.017 0.023 0.116 0.047 0.699 212 R 0.016 0.028 0.024 0.047 0.045 0.131 0.034 0.675 213 S 0.046 0.186 0.011 0.009 0.018 0.069 0.022 0.639 214 V 0.196 0.490 0.015 0.014 0.011 0.041 0.056 0.177 215 P 0.073 0.455 0.042 0.029 0.021 0.044 0.064 0.272 216 F 0.183 0.398 0.021 0.011 0.015 0.037 0.106 0.229 217 L 0.258 0.071 0.090 0.022 0.016 0.053 0.258 0.231 218 Q 0.410 0.039 0.012 0.012 0.017 0.056 0.070 0.384 219 K 0.054 0.005 0.007 0.002 0.003 0.047 0.029 0.854 220 H 0.018 0.005 0.016 0.005 0.010 0.171 0.019 0.756 221 G 0.054 0.010 0.015 0.006 0.011 0.100 0.035 0.768 222 A 0.026 0.015 0.037 0.020 0.030 0.159 0.059 0.653 223 T 0.014 0.013 0.237 0.036 0.096 0.086 0.097 0.421 224 V 0.007 0.009 0.288 0.168 0.147 0.049 0.095 0.237 225 I 0.007 0.039 0.457 0.046 0.066 0.046 0.053 0.287 226 V 0.039 0.100 0.337 0.075 0.054 0.055 0.072 0.269 227 D 0.024 0.116 0.219 0.041 0.022 0.072 0.102 0.404 228 T 0.079 0.817 0.007 0.002 0.002 0.009 0.032 0.053 229 A 0.226 0.688 0.008 0.001 0.001 0.009 0.025 0.042 230 E 0.045 0.628 0.017 0.006 0.003 0.027 0.060 0.215 231 K 0.038 0.727 0.007 0.001 0.001 0.017 0.026 0.182 232 L 0.189 0.671 0.011 0.001 0.001 0.016 0.054 0.057 233 E 0.304 0.359 0.028 0.004 0.003 0.031 0.085 0.186 234 E 0.097 0.089 0.020 0.003 0.004 0.038 0.072 0.676 235 A 0.155 0.040 0.039 0.005 0.006 0.096 0.048 0.612 236 I 0.202 0.010 0.030 0.007 0.007 0.113 0.055 0.575 237 L 0.035 0.003 0.005 0.001 0.002 0.068 0.014 0.872 238 G 0.048 0.007 0.008 0.002 0.005 0.082 0.029 0.818 239 E 0.039 0.009 0.017 0.008 0.012 0.151 0.030 0.733