# TARGET T0327 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0327.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.045 0.077 0.039 0.012 0.070 0.011 0.040 0.494 0.125 0.059 0.029 2 N 0.041 0.056 0.024 0.008 0.041 0.006 0.010 0.540 0.163 0.090 0.020 3 K 0.011 0.015 0.006 0.006 0.018 0.008 0.015 0.684 0.205 0.027 0.005 4 D 0.005 0.013 0.007 0.004 0.009 0.003 0.013 0.835 0.100 0.009 0.002 5 K 0.004 0.006 0.003 0.001 0.006 0.002 0.011 0.818 0.107 0.038 0.003 6 L 0.013 0.011 0.002 0.001 0.021 0.002 0.004 0.811 0.113 0.016 0.005 7 R 0.004 0.003 0.002 0.003 0.005 0.005 0.013 0.870 0.086 0.008 0.002 8 Y 0.008 0.009 0.006 0.003 0.015 0.003 0.008 0.850 0.075 0.019 0.004 9 A 0.012 0.016 0.005 0.004 0.024 0.004 0.014 0.819 0.080 0.017 0.004 10 I 0.017 0.023 0.008 0.002 0.026 0.004 0.021 0.726 0.133 0.031 0.008 11 L 0.013 0.042 0.013 0.009 0.025 0.018 0.082 0.660 0.098 0.034 0.006 12 K 0.030 0.281 0.127 0.053 0.088 0.033 0.059 0.167 0.063 0.079 0.021 13 E 0.097 0.054 0.035 0.022 0.074 0.014 0.026 0.128 0.095 0.292 0.163 14 I 0.074 0.166 0.046 0.015 0.168 0.025 0.062 0.209 0.125 0.076 0.035 15 F 0.119 0.140 0.056 0.029 0.221 0.022 0.042 0.171 0.067 0.086 0.048 16 E 0.050 0.117 0.057 0.069 0.091 0.125 0.139 0.154 0.080 0.089 0.027 17 G 0.084 0.154 0.122 0.087 0.188 0.027 0.026 0.074 0.054 0.134 0.049 18 N 0.083 0.068 0.033 0.038 0.091 0.032 0.054 0.108 0.152 0.262 0.078 19 T 0.044 0.325 0.261 0.026 0.187 0.007 0.012 0.045 0.037 0.036 0.019 20 P 0.158 0.240 0.071 0.005 0.291 0.004 0.014 0.076 0.048 0.052 0.042 21 L 0.137 0.259 0.076 0.011 0.277 0.018 0.043 0.058 0.028 0.045 0.047 22 S 0.088 0.354 0.205 0.033 0.201 0.012 0.009 0.026 0.019 0.026 0.026 23 E 0.016 0.028 0.016 0.026 0.030 0.022 0.034 0.317 0.455 0.047 0.011 24 N 0.006 0.020 0.019 0.022 0.011 0.031 0.091 0.386 0.328 0.080 0.007 25 D 0.038 0.045 0.008 0.008 0.057 0.013 0.048 0.122 0.193 0.425 0.044 26 I 0.142 0.214 0.034 0.008 0.345 0.007 0.011 0.051 0.059 0.070 0.059 27 G 0.140 0.137 0.104 0.020 0.217 0.009 0.014 0.029 0.046 0.144 0.139 28 V 0.134 0.314 0.100 0.008 0.268 0.005 0.007 0.033 0.026 0.048 0.057 29 T 0.026 0.445 0.331 0.034 0.087 0.007 0.008 0.018 0.010 0.023 0.011 30 E 0.013 0.024 0.014 0.017 0.035 0.012 0.015 0.524 0.312 0.025 0.007 31 D 0.001 0.004 0.003 0.003 0.003 0.006 0.016 0.775 0.169 0.018 0.003 32 Q 0.003 0.015 0.003 0.001 0.009 0.001 0.012 0.763 0.116 0.075 0.003 33 F 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.855 0.120 0.018 0.001 34 D 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.921 0.066 0.002 0.001 35 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.954 0.035 0.002 0.001 36 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.945 0.047 0.004 0.001 37 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.909 0.083 0.005 0.001 38 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.938 0.054 0.001 0.001 39 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.949 0.034 0.006 0.001 40 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.011 0.905 0.062 0.011 0.001 41 K 0.005 0.004 0.002 0.001 0.003 0.002 0.026 0.779 0.152 0.020 0.004 42 R 0.002 0.011 0.006 0.004 0.006 0.009 0.054 0.815 0.080 0.012 0.001 43 E 0.004 0.522 0.314 0.045 0.031 0.006 0.010 0.030 0.014 0.020 0.003 44 G 0.052 0.052 0.048 0.023 0.028 0.006 0.006 0.027 0.022 0.466 0.270 45 Y 0.103 0.298 0.047 0.006 0.284 0.010 0.017 0.087 0.058 0.057 0.033 46 I 0.368 0.091 0.018 0.007 0.389 0.007 0.006 0.022 0.008 0.018 0.065 47 I 0.027 0.077 0.046 0.124 0.060 0.251 0.272 0.078 0.028 0.023 0.012 48 G 0.167 0.080 0.089 0.076 0.200 0.010 0.004 0.032 0.048 0.160 0.134 49 V 0.261 0.117 0.029 0.011 0.352 0.010 0.016 0.055 0.047 0.043 0.059 50 H 0.125 0.213 0.056 0.008 0.457 0.008 0.024 0.029 0.017 0.039 0.025 51 Y 0.303 0.112 0.030 0.012 0.286 0.007 0.014 0.051 0.036 0.060 0.089 52 S 0.046 0.100 0.109 0.149 0.089 0.164 0.103 0.082 0.045 0.085 0.026 53 D 0.050 0.191 0.097 0.152 0.113 0.053 0.056 0.104 0.065 0.083 0.035 54 D 0.032 0.031 0.026 0.055 0.032 0.037 0.069 0.101 0.153 0.401 0.063 55 R 0.037 0.364 0.276 0.040 0.167 0.009 0.013 0.035 0.027 0.020 0.013 56 P 0.222 0.163 0.034 0.008 0.309 0.009 0.021 0.080 0.049 0.035 0.070 57 H 0.184 0.118 0.047 0.019 0.274 0.018 0.038 0.089 0.061 0.084 0.068 58 L 0.123 0.164 0.054 0.028 0.216 0.039 0.059 0.126 0.085 0.061 0.047 59 Y 0.178 0.168 0.087 0.020 0.238 0.009 0.011 0.043 0.049 0.116 0.080 60 K 0.113 0.159 0.069 0.037 0.168 0.028 0.051 0.145 0.092 0.094 0.045 61 L 0.027 0.096 0.050 0.066 0.056 0.113 0.161 0.164 0.109 0.133 0.026 62 G 0.102 0.153 0.099 0.065 0.202 0.013 0.016 0.080 0.077 0.124 0.071 63 P 0.133 0.132 0.044 0.011 0.179 0.012 0.024 0.185 0.160 0.075 0.044 64 E 0.049 0.167 0.062 0.009 0.161 0.012 0.046 0.315 0.110 0.044 0.025 65 L 0.247 0.079 0.014 0.007 0.184 0.007 0.014 0.167 0.080 0.114 0.087 66 T 0.045 0.276 0.237 0.055 0.116 0.027 0.031 0.146 0.035 0.020 0.013 67 E 0.011 0.021 0.027 0.033 0.016 0.056 0.040 0.587 0.164 0.033 0.009 68 K 0.008 0.041 0.034 0.022 0.012 0.004 0.016 0.589 0.171 0.088 0.015 69 G 0.004 0.014 0.020 0.029 0.005 0.007 0.005 0.651 0.147 0.107 0.011 70 E 0.002 0.006 0.002 0.001 0.007 0.001 0.007 0.816 0.155 0.003 0.001 71 N 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 0.881 0.087 0.004 0.002 72 Y 0.002 0.004 0.002 0.002 0.003 0.003 0.014 0.807 0.113 0.048 0.002 73 L 0.010 0.012 0.002 0.001 0.013 0.002 0.008 0.715 0.182 0.048 0.008 74 K 0.004 0.020 0.014 0.008 0.009 0.015 0.072 0.725 0.121 0.011 0.002 75 E 0.009 0.031 0.019 0.013 0.017 0.035 0.193 0.471 0.069 0.130 0.013 76 N 0.119 0.149 0.054 0.015 0.174 0.016 0.021 0.216 0.078 0.094 0.064 77 G 0.021 0.036 0.013 0.006 0.029 0.009 0.020 0.634 0.150 0.056 0.027 78 T 0.008 0.021 0.010 0.004 0.012 0.006 0.014 0.746 0.104 0.068 0.006 79 W 0.006 0.016 0.007 0.003 0.008 0.005 0.011 0.807 0.105 0.028 0.004 80 S 0.004 0.012 0.006 0.002 0.008 0.004 0.013 0.850 0.091 0.008 0.003 81 K 0.004 0.007 0.005 0.003 0.008 0.002 0.007 0.839 0.097 0.024 0.003 82 A 0.002 0.004 0.003 0.002 0.004 0.003 0.011 0.850 0.103 0.016 0.001 83 Y 0.004 0.006 0.002 0.001 0.008 0.002 0.011 0.837 0.118 0.010 0.002 84 K 0.005 0.006 0.002 0.001 0.008 0.002 0.018 0.878 0.068 0.008 0.002 85 T 0.005 0.006 0.003 0.002 0.007 0.003 0.014 0.851 0.090 0.018 0.002 86 I 0.006 0.010 0.005 0.002 0.011 0.003 0.011 0.804 0.130 0.015 0.003 87 K 0.006 0.014 0.009 0.003 0.010 0.005 0.023 0.799 0.115 0.013 0.003 88 E 0.010 0.015 0.007 0.004 0.019 0.009 0.044 0.740 0.112 0.035 0.005 89 I 0.014 0.013 0.006 0.006 0.026 0.007 0.028 0.659 0.199 0.035 0.006 90 K 0.010 0.020 0.009 0.010 0.017 0.029 0.084 0.562 0.215 0.038 0.006 91 D 0.026 0.045 0.018 0.009 0.063 0.011 0.058 0.538 0.156 0.063 0.011 92 W 0.057 0.039 0.024 0.014 0.059 0.014 0.048 0.224 0.190 0.288 0.045 93 I 0.026 0.374 0.265 0.035 0.130 0.014 0.016 0.086 0.031 0.015 0.007 94 K 0.158 0.184 0.046 0.007 0.230 0.007 0.013 0.177 0.066 0.060 0.053 95 L 0.078 0.058 0.023 0.015 0.140 0.017 0.028 0.350 0.201 0.061 0.030 96 E 0.035 0.037 0.019 0.013 0.063 0.020 0.059 0.557 0.140 0.040 0.017 97 H 0.049 0.058 0.023 0.016 0.082 0.019 0.049 0.435 0.122 0.118 0.028 98 H 0.056 0.052 0.028 0.038 0.076 0.045 0.070 0.390 0.109 0.100 0.035 99 H 0.069 0.064 0.043 0.035 0.087 0.021 0.034 0.367 0.137 0.096 0.047 100 H 0.043 0.060 0.040 0.028 0.066 0.029 0.066 0.408 0.130 0.101 0.029 101 H 0.051 0.105 0.043 0.031 0.080 0.027 0.054 0.350 0.114 0.104 0.040 102 H 0.064 0.058 0.034 0.029 0.099 0.021 0.036 0.362 0.133 0.123 0.041 103 M 0.030 0.086 0.041 0.022 0.056 0.031 0.074 0.432 0.126 0.076 0.026 104 N 0.184 0.067 0.022 0.008 0.203 0.006 0.015 0.237 0.080 0.102 0.076 105 K 0.010 0.032 0.011 0.010 0.020 0.023 0.043 0.583 0.214 0.047 0.006 106 D 0.023 0.030 0.021 0.008 0.038 0.009 0.039 0.614 0.137 0.070 0.012 107 K 0.005 0.025 0.010 0.003 0.009 0.004 0.023 0.680 0.168 0.067 0.007 108 L 0.038 0.020 0.007 0.003 0.039 0.003 0.008 0.663 0.121 0.068 0.032 109 R 0.003 0.008 0.004 0.005 0.005 0.011 0.038 0.836 0.077 0.010 0.001 110 Y 0.020 0.010 0.003 0.001 0.026 0.002 0.010 0.831 0.076 0.014 0.007 111 A 0.012 0.026 0.005 0.006 0.030 0.006 0.014 0.838 0.056 0.006 0.002 112 I 0.010 0.010 0.003 0.001 0.020 0.001 0.009 0.871 0.061 0.012 0.003 113 L 0.010 0.006 0.002 0.002 0.010 0.002 0.009 0.821 0.115 0.016 0.006 114 K 0.004 0.012 0.005 0.005 0.010 0.006 0.028 0.780 0.141 0.007 0.002 115 E 0.010 0.006 0.002 0.002 0.017 0.006 0.065 0.729 0.146 0.013 0.003 116 I 0.018 0.008 0.005 0.007 0.023 0.015 0.123 0.607 0.147 0.041 0.007 117 F 0.032 0.034 0.014 0.017 0.050 0.038 0.115 0.442 0.119 0.119 0.019 118 E 0.022 0.119 0.103 0.097 0.059 0.123 0.135 0.190 0.070 0.071 0.011 119 G 0.050 0.082 0.054 0.072 0.098 0.059 0.082 0.135 0.087 0.217 0.064 120 N 0.148 0.072 0.025 0.021 0.154 0.010 0.031 0.082 0.106 0.251 0.100 121 T 0.020 0.391 0.238 0.042 0.111 0.013 0.024 0.061 0.055 0.037 0.008 122 P 0.111 0.323 0.153 0.012 0.194 0.005 0.012 0.051 0.038 0.057 0.045 123 L 0.065 0.317 0.125 0.022 0.136 0.023 0.053 0.074 0.060 0.084 0.041 124 S 0.015 0.329 0.537 0.036 0.052 0.004 0.002 0.008 0.005 0.007 0.006 125 E 0.008 0.012 0.014 0.028 0.012 0.082 0.151 0.375 0.294 0.019 0.004 126 N 0.027 0.036 0.036 0.027 0.027 0.012 0.014 0.153 0.167 0.418 0.082 127 D 0.112 0.049 0.008 0.007 0.157 0.015 0.027 0.099 0.081 0.387 0.057 128 I 0.080 0.115 0.063 0.043 0.145 0.049 0.082 0.225 0.092 0.075 0.031 129 G 0.063 0.059 0.099 0.126 0.083 0.033 0.016 0.102 0.060 0.234 0.126 130 V 0.166 0.111 0.033 0.012 0.192 0.011 0.022 0.223 0.090 0.078 0.061 131 T 0.046 0.239 0.228 0.048 0.130 0.014 0.019 0.172 0.040 0.038 0.026 132 E 0.020 0.018 0.009 0.014 0.036 0.012 0.023 0.562 0.261 0.035 0.010 133 D 0.007 0.013 0.010 0.008 0.011 0.011 0.030 0.687 0.167 0.050 0.007 134 Q 0.015 0.021 0.009 0.004 0.017 0.004 0.027 0.744 0.087 0.063 0.009 135 F 0.008 0.019 0.010 0.007 0.015 0.008 0.009 0.727 0.130 0.060 0.008 136 D 0.017 0.045 0.021 0.016 0.027 0.015 0.039 0.700 0.093 0.017 0.010 137 D 0.009 0.017 0.013 0.005 0.012 0.004 0.021 0.733 0.094 0.081 0.010 138 A 0.009 0.008 0.002 0.002 0.011 0.004 0.017 0.817 0.106 0.020 0.004 139 V 0.019 0.035 0.006 0.003 0.047 0.007 0.025 0.716 0.125 0.011 0.006 140 N 0.021 0.005 0.002 0.002 0.026 0.005 0.026 0.748 0.131 0.026 0.009 141 F 0.007 0.006 0.003 0.003 0.010 0.007 0.030 0.720 0.154 0.055 0.005 142 L 0.017 0.050 0.005 0.003 0.058 0.005 0.031 0.564 0.171 0.087 0.009 143 K 0.051 0.063 0.047 0.023 0.057 0.024 0.061 0.415 0.133 0.101 0.026 144 R 0.034 0.091 0.080 0.027 0.076 0.027 0.091 0.421 0.106 0.036 0.010 145 E 0.021 0.135 0.084 0.084 0.045 0.055 0.143 0.246 0.128 0.043 0.015 146 G 0.057 0.088 0.057 0.043 0.071 0.015 0.020 0.062 0.057 0.414 0.116 147 Y 0.115 0.260 0.033 0.005 0.475 0.007 0.010 0.031 0.019 0.027 0.020 148 I 0.420 0.042 0.007 0.004 0.431 0.005 0.006 0.016 0.005 0.011 0.053 149 I 0.134 0.067 0.029 0.102 0.218 0.096 0.119 0.064 0.028 0.070 0.074 150 G 0.096 0.268 0.141 0.038 0.352 0.009 0.006 0.019 0.012 0.028 0.030 151 V 0.273 0.134 0.037 0.008 0.388 0.007 0.008 0.023 0.015 0.024 0.082 152 H 0.193 0.182 0.066 0.016 0.377 0.016 0.029 0.027 0.013 0.027 0.053 153 Y 0.135 0.241 0.095 0.040 0.191 0.019 0.023 0.052 0.047 0.089 0.069 154 S 0.071 0.228 0.121 0.058 0.189 0.025 0.029 0.088 0.088 0.065 0.036 155 D 0.019 0.041 0.025 0.047 0.034 0.058 0.138 0.263 0.234 0.126 0.016 156 D 0.039 0.057 0.037 0.024 0.058 0.038 0.147 0.140 0.119 0.296 0.045 157 R 0.101 0.239 0.173 0.048 0.192 0.015 0.020 0.073 0.046 0.044 0.049 158 P 0.099 0.120 0.038 0.013 0.171 0.024 0.053 0.207 0.155 0.066 0.056 159 H 0.078 0.121 0.060 0.014 0.181 0.013 0.032 0.231 0.151 0.089 0.030 160 L 0.104 0.041 0.019 0.016 0.092 0.015 0.043 0.273 0.197 0.148 0.053 161 Y 0.082 0.189 0.091 0.029 0.197 0.017 0.036 0.158 0.102 0.067 0.031 162 K 0.117 0.119 0.050 0.015 0.172 0.018 0.074 0.288 0.073 0.045 0.029 163 L 0.043 0.177 0.119 0.068 0.098 0.039 0.044 0.152 0.085 0.141 0.033 164 G 0.017 0.113 0.231 0.318 0.041 0.048 0.033 0.100 0.050 0.035 0.014 165 P 0.050 0.090 0.065 0.014 0.077 0.015 0.048 0.380 0.188 0.051 0.021 166 E 0.036 0.097 0.042 0.006 0.090 0.009 0.043 0.428 0.173 0.051 0.024 167 L 0.141 0.083 0.033 0.020 0.153 0.022 0.043 0.250 0.102 0.104 0.048 168 T 0.039 0.175 0.105 0.039 0.108 0.034 0.079 0.282 0.079 0.046 0.014 169 E 0.064 0.067 0.056 0.033 0.078 0.046 0.060 0.329 0.099 0.138 0.030 170 K 0.044 0.153 0.079 0.049 0.071 0.014 0.039 0.293 0.089 0.121 0.047 171 G 0.033 0.051 0.062 0.130 0.042 0.052 0.020 0.321 0.086 0.142 0.062 172 E 0.034 0.057 0.017 0.008 0.094 0.014 0.043 0.584 0.125 0.016 0.007 173 N 0.177 0.022 0.009 0.006 0.124 0.007 0.018 0.487 0.086 0.030 0.033 174 Y 0.025 0.091 0.049 0.029 0.074 0.020 0.035 0.488 0.093 0.082 0.014 175 L 0.067 0.245 0.036 0.004 0.217 0.004 0.013 0.273 0.066 0.051 0.025 176 K 0.051 0.136 0.198 0.031 0.044 0.021 0.071 0.342 0.065 0.021 0.020 177 E 0.007 0.058 0.076 0.054 0.018 0.178 0.301 0.227 0.058 0.019 0.004 178 N 0.047 0.349 0.187 0.132 0.071 0.011 0.009 0.022 0.022 0.095 0.056 179 G 0.026 0.046 0.047 0.059 0.030 0.030 0.017 0.038 0.036 0.498 0.174 180 T 0.045 0.357 0.119 0.030 0.138 0.025 0.040 0.151 0.044 0.034 0.017 181 W 0.114 0.125 0.066 0.032 0.114 0.034 0.025 0.176 0.100 0.132 0.080 182 S 0.032 0.165 0.120 0.049 0.079 0.027 0.044 0.318 0.099 0.035 0.031 183 K 0.028 0.036 0.019 0.008 0.039 0.004 0.008 0.456 0.238 0.140 0.023 184 A 0.010 0.033 0.024 0.009 0.029 0.008 0.031 0.641 0.178 0.031 0.005 185 Y 0.022 0.025 0.010 0.005 0.034 0.009 0.035 0.661 0.145 0.043 0.012 186 K 0.022 0.042 0.012 0.004 0.047 0.005 0.056 0.694 0.088 0.023 0.008 187 T 0.020 0.079 0.024 0.003 0.028 0.003 0.015 0.694 0.096 0.029 0.007 188 I 0.002 0.002 0.002 0.001 0.004 0.004 0.005 0.764 0.202 0.012 0.001 189 K 0.002 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.006 0.882 0.094 0.003 0.002 190 E 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.009 0.811 0.136 0.033 0.001 191 I 0.002 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.004 0.841 0.134 0.007 0.001 192 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.024 0.844 0.114 0.007 0.001 193 D 0.004 0.006 0.004 0.003 0.006 0.004 0.018 0.845 0.080 0.028 0.002 194 W 0.010 0.005 0.002 0.002 0.012 0.003 0.010 0.805 0.125 0.020 0.006 195 I 0.008 0.020 0.005 0.003 0.023 0.006 0.019 0.788 0.117 0.008 0.002 196 K 0.023 0.012 0.005 0.002 0.031 0.004 0.021 0.732 0.103 0.054 0.012 197 L 0.026 0.029 0.009 0.007 0.047 0.015 0.038 0.650 0.134 0.035 0.010 198 E 0.023 0.028 0.009 0.009 0.043 0.010 0.050 0.624 0.159 0.032 0.013 199 H 0.032 0.033 0.017 0.013 0.055 0.022 0.079 0.503 0.130 0.095 0.021 200 H 0.055 0.064 0.021 0.023 0.088 0.031 0.099 0.357 0.132 0.095 0.033 201 H 0.081 0.104 0.042 0.030 0.126 0.035 0.076 0.236 0.120 0.111 0.038 202 H 0.086 0.106 0.059 0.041 0.151 0.037 0.081 0.170 0.089 0.128 0.053 203 H 0.088 0.112 0.058 0.040 0.137 0.040 0.064 0.146 0.094 0.159 0.062 204 H 0.100 0.126 0.070 0.038 0.159 0.023 0.035 0.124 0.090 0.165 0.069