# TARGET T0327 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0327.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.047 0.199 0.088 0.034 0.113 0.044 0.064 0.257 0.058 0.071 0.024 2 N 0.132 0.220 0.121 0.012 0.199 0.005 0.010 0.109 0.040 0.088 0.063 3 K 0.006 0.022 0.008 0.002 0.013 0.003 0.007 0.626 0.273 0.036 0.004 4 D 0.007 0.033 0.010 0.002 0.018 0.004 0.020 0.759 0.114 0.028 0.004 5 K 0.003 0.008 0.003 0.001 0.006 0.002 0.013 0.818 0.106 0.038 0.002 6 L 0.007 0.007 0.003 0.001 0.010 0.001 0.004 0.899 0.056 0.011 0.003 7 R 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.006 0.916 0.055 0.009 0.002 8 Y 0.005 0.006 0.001 0.001 0.010 0.001 0.005 0.913 0.047 0.009 0.002 9 A 0.002 0.005 0.001 0.001 0.008 0.001 0.006 0.938 0.034 0.003 0.001 10 I 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.955 0.028 0.004 0.001 11 L 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.898 0.073 0.010 0.002 12 K 0.004 0.013 0.002 0.002 0.011 0.005 0.022 0.824 0.113 0.004 0.001 13 E 0.008 0.009 0.004 0.002 0.013 0.006 0.060 0.806 0.084 0.006 0.002 14 I 0.007 0.015 0.011 0.009 0.011 0.035 0.203 0.587 0.091 0.027 0.003 15 F 0.047 0.047 0.021 0.021 0.036 0.031 0.134 0.317 0.096 0.203 0.048 16 E 0.031 0.204 0.093 0.079 0.076 0.123 0.122 0.093 0.049 0.093 0.037 17 G 0.034 0.117 0.128 0.175 0.080 0.049 0.036 0.044 0.045 0.204 0.088 18 N 0.109 0.055 0.053 0.040 0.103 0.024 0.044 0.058 0.092 0.296 0.126 19 T 0.017 0.462 0.256 0.017 0.139 0.007 0.027 0.037 0.021 0.011 0.006 20 P 0.110 0.266 0.128 0.011 0.210 0.011 0.032 0.057 0.055 0.064 0.057 21 L 0.119 0.283 0.087 0.016 0.210 0.017 0.035 0.059 0.062 0.054 0.059 22 S 0.028 0.413 0.300 0.022 0.123 0.007 0.006 0.030 0.031 0.025 0.016 23 E 0.022 0.029 0.008 0.013 0.026 0.045 0.097 0.378 0.343 0.032 0.010 24 N 0.061 0.057 0.024 0.016 0.074 0.015 0.030 0.109 0.178 0.336 0.099 25 D 0.143 0.061 0.009 0.006 0.153 0.009 0.040 0.145 0.134 0.236 0.064 26 I 0.116 0.128 0.036 0.013 0.137 0.011 0.032 0.083 0.143 0.202 0.099 27 G 0.017 0.130 0.240 0.160 0.042 0.067 0.021 0.044 0.065 0.189 0.023 28 V 0.237 0.195 0.037 0.006 0.342 0.003 0.015 0.036 0.019 0.038 0.071 29 T 0.022 0.523 0.306 0.010 0.083 0.003 0.002 0.025 0.010 0.009 0.007 30 E 0.011 0.014 0.005 0.003 0.017 0.005 0.012 0.551 0.344 0.030 0.008 31 D 0.028 0.037 0.019 0.006 0.039 0.007 0.016 0.562 0.199 0.064 0.022 32 Q 0.021 0.024 0.006 0.003 0.023 0.004 0.017 0.525 0.159 0.206 0.012 33 F 0.020 0.051 0.039 0.011 0.037 0.008 0.011 0.526 0.169 0.114 0.014 34 D 0.006 0.018 0.007 0.008 0.014 0.021 0.050 0.699 0.139 0.030 0.006 35 D 0.009 0.017 0.008 0.003 0.016 0.003 0.011 0.587 0.173 0.164 0.010 36 A 0.016 0.022 0.005 0.002 0.028 0.002 0.009 0.720 0.123 0.067 0.005 37 V 0.020 0.019 0.003 0.002 0.043 0.003 0.007 0.776 0.100 0.020 0.008 38 N 0.034 0.024 0.007 0.004 0.056 0.005 0.021 0.715 0.083 0.035 0.017 39 F 0.019 0.034 0.014 0.004 0.034 0.003 0.013 0.705 0.097 0.069 0.008 40 L 0.029 0.059 0.016 0.005 0.067 0.007 0.023 0.650 0.103 0.033 0.009 41 K 0.049 0.039 0.022 0.008 0.035 0.013 0.079 0.510 0.160 0.064 0.023 42 R 0.033 0.045 0.038 0.024 0.046 0.043 0.144 0.430 0.114 0.068 0.015 43 E 0.024 0.397 0.142 0.112 0.081 0.034 0.066 0.062 0.025 0.040 0.016 44 G 0.060 0.065 0.083 0.198 0.045 0.049 0.009 0.019 0.028 0.311 0.135 45 Y 0.078 0.397 0.051 0.005 0.414 0.004 0.005 0.014 0.009 0.012 0.010 46 I 0.431 0.051 0.012 0.002 0.412 0.002 0.002 0.002 0.002 0.006 0.077 47 I 0.088 0.074 0.035 0.118 0.153 0.188 0.220 0.039 0.023 0.028 0.033 48 G 0.199 0.146 0.111 0.030 0.350 0.012 0.007 0.009 0.013 0.058 0.065 49 V 0.242 0.164 0.040 0.008 0.426 0.009 0.008 0.012 0.010 0.021 0.060 50 H 0.211 0.152 0.044 0.007 0.448 0.007 0.012 0.010 0.007 0.030 0.072 51 Y 0.172 0.194 0.070 0.036 0.242 0.021 0.025 0.039 0.039 0.075 0.088 52 S 0.067 0.150 0.113 0.084 0.155 0.053 0.044 0.090 0.102 0.104 0.036 53 D 0.021 0.067 0.052 0.032 0.046 0.033 0.070 0.280 0.275 0.108 0.016 54 D 0.031 0.056 0.062 0.027 0.042 0.021 0.061 0.113 0.127 0.397 0.064 55 R 0.060 0.369 0.151 0.012 0.235 0.004 0.017 0.093 0.028 0.014 0.017 56 P 0.069 0.151 0.036 0.005 0.154 0.012 0.032 0.319 0.145 0.041 0.037 57 H 0.053 0.097 0.045 0.011 0.088 0.012 0.031 0.387 0.163 0.091 0.022 58 L 0.080 0.024 0.006 0.006 0.064 0.013 0.024 0.505 0.173 0.075 0.030 59 Y 0.042 0.121 0.026 0.014 0.124 0.028 0.068 0.384 0.139 0.038 0.016 60 K 0.093 0.042 0.020 0.008 0.084 0.010 0.082 0.441 0.087 0.101 0.032 61 L 0.033 0.167 0.150 0.094 0.077 0.074 0.124 0.120 0.052 0.083 0.027 62 G 0.080 0.090 0.111 0.183 0.078 0.043 0.020 0.100 0.067 0.136 0.091 63 P 0.026 0.369 0.139 0.008 0.127 0.007 0.017 0.195 0.084 0.021 0.007 64 E 0.096 0.207 0.044 0.003 0.223 0.006 0.038 0.221 0.064 0.059 0.040 65 L 0.187 0.100 0.016 0.005 0.233 0.011 0.037 0.186 0.084 0.071 0.070 66 T 0.056 0.250 0.183 0.030 0.133 0.026 0.029 0.164 0.062 0.046 0.022 67 E 0.040 0.066 0.061 0.028 0.069 0.023 0.052 0.433 0.129 0.078 0.020 68 K 0.024 0.183 0.107 0.084 0.045 0.070 0.130 0.232 0.061 0.045 0.019 69 G 0.025 0.033 0.056 0.165 0.024 0.038 0.020 0.115 0.078 0.355 0.092 70 E 0.037 0.141 0.031 0.016 0.122 0.027 0.076 0.326 0.164 0.043 0.016 71 N 0.127 0.074 0.033 0.010 0.105 0.010 0.023 0.180 0.128 0.206 0.105 72 Y 0.039 0.177 0.089 0.016 0.125 0.017 0.042 0.291 0.117 0.076 0.012 73 L 0.181 0.184 0.032 0.004 0.273 0.006 0.016 0.141 0.056 0.054 0.053 74 K 0.038 0.154 0.262 0.050 0.055 0.025 0.050 0.233 0.087 0.027 0.020 75 E 0.014 0.040 0.026 0.034 0.025 0.113 0.298 0.351 0.063 0.025 0.010 76 N 0.030 0.482 0.174 0.060 0.112 0.009 0.011 0.014 0.012 0.061 0.036 77 G 0.049 0.059 0.078 0.056 0.042 0.024 0.011 0.035 0.047 0.411 0.187 78 T 0.058 0.469 0.120 0.005 0.174 0.004 0.011 0.071 0.029 0.042 0.017 79 W 0.126 0.141 0.054 0.014 0.177 0.008 0.010 0.204 0.118 0.088 0.060 80 S 0.017 0.164 0.075 0.021 0.057 0.034 0.055 0.449 0.091 0.029 0.008 81 K 0.013 0.011 0.008 0.003 0.015 0.002 0.007 0.712 0.186 0.035 0.007 82 A 0.007 0.017 0.007 0.004 0.016 0.009 0.016 0.815 0.083 0.021 0.003 83 Y 0.013 0.028 0.006 0.003 0.035 0.004 0.013 0.707 0.114 0.070 0.009 84 K 0.019 0.033 0.013 0.002 0.034 0.004 0.017 0.789 0.063 0.017 0.009 85 T 0.011 0.054 0.014 0.003 0.028 0.002 0.011 0.736 0.081 0.053 0.005 86 I 0.013 0.009 0.002 0.001 0.014 0.003 0.010 0.746 0.171 0.026 0.006 87 K 0.002 0.016 0.004 0.002 0.009 0.004 0.015 0.840 0.104 0.003 0.001 88 E 0.008 0.008 0.003 0.001 0.009 0.001 0.019 0.871 0.053 0.025 0.003 89 I 0.016 0.013 0.005 0.003 0.021 0.004 0.014 0.722 0.142 0.052 0.007 90 K 0.004 0.010 0.002 0.003 0.007 0.012 0.026 0.825 0.097 0.012 0.002 91 D 0.014 0.019 0.008 0.003 0.026 0.003 0.018 0.777 0.083 0.042 0.007 92 W 0.016 0.012 0.004 0.003 0.022 0.006 0.018 0.804 0.079 0.029 0.006 93 I 0.040 0.064 0.009 0.004 0.094 0.007 0.018 0.656 0.075 0.023 0.011 94 K 0.077 0.049 0.014 0.003 0.096 0.005 0.022 0.600 0.067 0.042 0.026 95 L 0.042 0.049 0.019 0.010 0.065 0.017 0.051 0.607 0.088 0.036 0.015 96 E 0.033 0.065 0.027 0.020 0.058 0.038 0.105 0.501 0.100 0.039 0.014 97 H 0.087 0.106 0.047 0.023 0.107 0.022 0.064 0.300 0.085 0.115 0.046 98 H 0.065 0.118 0.058 0.037 0.114 0.041 0.056 0.240 0.093 0.130 0.048 99 H 0.091 0.128 0.059 0.033 0.111 0.028 0.040 0.200 0.112 0.140 0.058 100 H 0.091 0.068 0.029 0.021 0.119 0.020 0.043 0.268 0.171 0.118 0.051 101 H 0.066 0.115 0.060 0.027 0.119 0.035 0.061 0.276 0.127 0.081 0.034 102 H 0.127 0.089 0.040 0.014 0.155 0.015 0.039 0.219 0.075 0.154 0.073 103 M 0.087 0.192 0.069 0.026 0.153 0.038 0.048 0.181 0.064 0.101 0.042 104 N 0.154 0.182 0.129 0.018 0.207 0.008 0.012 0.077 0.036 0.099 0.079 105 K 0.013 0.036 0.016 0.005 0.025 0.005 0.009 0.550 0.273 0.061 0.008 106 D 0.012 0.039 0.012 0.003 0.026 0.005 0.022 0.681 0.142 0.048 0.009 107 K 0.006 0.018 0.006 0.002 0.014 0.004 0.016 0.752 0.120 0.058 0.004 108 L 0.020 0.025 0.009 0.001 0.029 0.002 0.005 0.811 0.065 0.024 0.008 109 R 0.006 0.010 0.004 0.002 0.010 0.004 0.008 0.876 0.060 0.017 0.004 110 Y 0.011 0.017 0.003 0.001 0.022 0.002 0.006 0.874 0.046 0.013 0.004 111 A 0.005 0.009 0.003 0.001 0.014 0.002 0.010 0.917 0.033 0.005 0.002 112 I 0.005 0.005 0.002 0.001 0.006 0.001 0.004 0.935 0.031 0.009 0.002 113 L 0.008 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.006 0.866 0.086 0.020 0.004 114 K 0.006 0.019 0.003 0.002 0.016 0.006 0.024 0.791 0.125 0.007 0.002 115 E 0.011 0.012 0.007 0.003 0.020 0.007 0.071 0.770 0.086 0.011 0.003 116 I 0.010 0.019 0.017 0.011 0.017 0.042 0.205 0.554 0.087 0.033 0.004 117 F 0.068 0.054 0.029 0.030 0.050 0.035 0.108 0.291 0.091 0.185 0.059 118 E 0.027 0.195 0.110 0.109 0.066 0.125 0.106 0.100 0.049 0.086 0.026 119 G 0.022 0.113 0.143 0.200 0.059 0.057 0.037 0.051 0.047 0.205 0.066 120 N 0.110 0.051 0.050 0.038 0.096 0.024 0.043 0.053 0.085 0.316 0.132 121 T 0.019 0.465 0.267 0.014 0.148 0.005 0.019 0.032 0.016 0.009 0.006 122 P 0.110 0.297 0.120 0.009 0.227 0.010 0.024 0.054 0.044 0.053 0.050 123 L 0.131 0.271 0.083 0.015 0.214 0.018 0.035 0.060 0.060 0.057 0.056 124 S 0.033 0.362 0.332 0.027 0.117 0.010 0.008 0.035 0.030 0.030 0.018 125 E 0.029 0.038 0.012 0.020 0.034 0.046 0.091 0.378 0.292 0.047 0.014 126 N 0.057 0.078 0.038 0.022 0.076 0.022 0.037 0.117 0.181 0.285 0.087 127 D 0.123 0.057 0.011 0.008 0.131 0.010 0.043 0.166 0.147 0.241 0.063 128 I 0.128 0.178 0.052 0.012 0.168 0.009 0.026 0.077 0.111 0.154 0.086 129 G 0.024 0.145 0.221 0.134 0.053 0.062 0.022 0.051 0.060 0.197 0.030 130 V 0.252 0.204 0.038 0.005 0.336 0.003 0.011 0.033 0.016 0.035 0.065 131 T 0.023 0.485 0.331 0.014 0.083 0.004 0.003 0.028 0.010 0.012 0.007 132 E 0.014 0.024 0.010 0.005 0.024 0.007 0.014 0.571 0.293 0.031 0.009 133 D 0.023 0.036 0.020 0.005 0.035 0.007 0.017 0.593 0.195 0.051 0.018 134 Q 0.018 0.023 0.007 0.003 0.020 0.005 0.019 0.588 0.136 0.170 0.011 135 F 0.023 0.057 0.039 0.011 0.042 0.008 0.011 0.536 0.141 0.117 0.016 136 D 0.009 0.027 0.013 0.011 0.020 0.025 0.047 0.662 0.133 0.044 0.009 137 D 0.010 0.021 0.011 0.003 0.017 0.002 0.010 0.586 0.165 0.164 0.011 138 A 0.012 0.020 0.006 0.002 0.019 0.002 0.009 0.766 0.106 0.054 0.004 139 V 0.016 0.023 0.004 0.002 0.039 0.003 0.008 0.774 0.103 0.022 0.006 140 N 0.022 0.016 0.006 0.003 0.034 0.005 0.019 0.771 0.082 0.029 0.012 141 F 0.013 0.025 0.012 0.003 0.025 0.004 0.013 0.763 0.086 0.050 0.005 142 L 0.024 0.047 0.013 0.004 0.056 0.006 0.019 0.691 0.096 0.037 0.008 143 K 0.043 0.039 0.024 0.008 0.031 0.010 0.064 0.561 0.144 0.057 0.020 144 R 0.022 0.035 0.034 0.023 0.032 0.041 0.141 0.489 0.111 0.060 0.012 145 E 0.016 0.445 0.168 0.104 0.069 0.029 0.053 0.054 0.020 0.030 0.011 146 G 0.059 0.046 0.057 0.145 0.033 0.038 0.009 0.025 0.034 0.389 0.166 147 Y 0.078 0.398 0.063 0.007 0.364 0.006 0.009 0.026 0.016 0.021 0.012 148 I 0.438 0.061 0.014 0.003 0.381 0.003 0.004 0.005 0.003 0.010 0.079 149 I 0.103 0.095 0.044 0.121 0.174 0.167 0.177 0.034 0.022 0.028 0.034 150 G 0.212 0.138 0.100 0.031 0.354 0.013 0.008 0.010 0.013 0.057 0.066 151 V 0.280 0.146 0.030 0.005 0.427 0.007 0.007 0.010 0.008 0.018 0.061 152 H 0.204 0.171 0.046 0.007 0.451 0.008 0.011 0.010 0.006 0.025 0.062 153 Y 0.214 0.175 0.055 0.024 0.263 0.015 0.021 0.032 0.030 0.070 0.101 154 S 0.069 0.133 0.104 0.110 0.147 0.062 0.039 0.089 0.108 0.100 0.038 155 D 0.019 0.069 0.061 0.047 0.045 0.045 0.079 0.301 0.243 0.080 0.012 156 D 0.029 0.048 0.054 0.026 0.038 0.019 0.068 0.113 0.125 0.415 0.064 157 R 0.067 0.371 0.162 0.014 0.238 0.004 0.017 0.068 0.023 0.016 0.021 158 P 0.081 0.179 0.040 0.004 0.179 0.011 0.030 0.245 0.147 0.043 0.040 159 H 0.061 0.112 0.053 0.011 0.104 0.012 0.032 0.302 0.186 0.101 0.026 160 L 0.117 0.038 0.010 0.007 0.091 0.015 0.032 0.397 0.170 0.081 0.041 161 Y 0.052 0.153 0.034 0.017 0.148 0.032 0.070 0.294 0.128 0.049 0.021 162 K 0.133 0.062 0.025 0.008 0.125 0.009 0.065 0.307 0.087 0.135 0.045 163 L 0.052 0.200 0.162 0.074 0.101 0.055 0.084 0.097 0.049 0.088 0.038 164 G 0.068 0.114 0.157 0.212 0.084 0.040 0.016 0.088 0.055 0.097 0.068 165 P 0.028 0.330 0.116 0.007 0.131 0.007 0.019 0.238 0.096 0.021 0.008 166 E 0.089 0.199 0.047 0.003 0.201 0.006 0.032 0.247 0.069 0.069 0.038 167 L 0.171 0.086 0.015 0.004 0.199 0.010 0.031 0.246 0.097 0.077 0.062 168 T 0.047 0.212 0.163 0.029 0.111 0.027 0.036 0.233 0.077 0.046 0.019 169 E 0.038 0.063 0.050 0.025 0.066 0.024 0.064 0.459 0.118 0.074 0.019 170 K 0.025 0.204 0.136 0.081 0.048 0.061 0.104 0.214 0.053 0.052 0.021 171 G 0.029 0.042 0.069 0.158 0.028 0.035 0.016 0.132 0.070 0.331 0.089 172 E 0.037 0.145 0.028 0.014 0.121 0.022 0.055 0.356 0.161 0.045 0.015 173 N 0.105 0.061 0.032 0.013 0.087 0.012 0.025 0.266 0.132 0.181 0.087 174 Y 0.037 0.131 0.072 0.016 0.108 0.018 0.043 0.394 0.103 0.065 0.012 175 L 0.128 0.174 0.036 0.005 0.237 0.007 0.017 0.230 0.067 0.061 0.038 176 K 0.041 0.124 0.194 0.034 0.048 0.020 0.050 0.349 0.091 0.028 0.020 177 E 0.012 0.037 0.029 0.032 0.023 0.100 0.260 0.410 0.063 0.026 0.009 178 N 0.023 0.527 0.188 0.055 0.103 0.008 0.011 0.015 0.008 0.039 0.022 179 G 0.042 0.043 0.064 0.062 0.030 0.024 0.009 0.041 0.045 0.441 0.198 180 T 0.058 0.424 0.112 0.006 0.173 0.005 0.015 0.115 0.036 0.040 0.016 181 W 0.115 0.151 0.052 0.011 0.165 0.007 0.009 0.228 0.111 0.095 0.055 182 S 0.022 0.186 0.069 0.019 0.075 0.024 0.044 0.427 0.095 0.030 0.009 183 K 0.019 0.015 0.010 0.003 0.021 0.003 0.010 0.697 0.175 0.037 0.010 184 A 0.008 0.025 0.011 0.006 0.018 0.010 0.021 0.800 0.076 0.023 0.004 185 Y 0.020 0.043 0.009 0.004 0.045 0.004 0.013 0.638 0.116 0.094 0.014 186 K 0.019 0.037 0.016 0.003 0.033 0.006 0.022 0.737 0.089 0.028 0.011 187 T 0.012 0.072 0.022 0.003 0.033 0.002 0.011 0.682 0.087 0.069 0.007 188 I 0.015 0.012 0.003 0.001 0.016 0.002 0.008 0.718 0.178 0.039 0.008 189 K 0.002 0.012 0.003 0.002 0.007 0.004 0.016 0.832 0.118 0.004 0.001 190 E 0.009 0.009 0.004 0.001 0.010 0.001 0.016 0.845 0.063 0.037 0.004 191 I 0.013 0.013 0.005 0.003 0.017 0.004 0.011 0.696 0.157 0.074 0.007 192 K 0.003 0.009 0.003 0.003 0.006 0.014 0.028 0.818 0.105 0.010 0.002 193 D 0.011 0.015 0.007 0.004 0.021 0.003 0.022 0.751 0.100 0.058 0.007 194 W 0.018 0.014 0.004 0.003 0.026 0.008 0.028 0.766 0.085 0.039 0.007 195 I 0.053 0.081 0.012 0.005 0.122 0.006 0.014 0.580 0.078 0.033 0.017 196 K 0.102 0.055 0.015 0.004 0.118 0.006 0.023 0.512 0.075 0.058 0.033 197 L 0.050 0.058 0.022 0.011 0.080 0.017 0.054 0.541 0.098 0.049 0.020 198 E 0.038 0.074 0.031 0.022 0.072 0.041 0.117 0.434 0.109 0.044 0.017 199 H 0.101 0.100 0.041 0.020 0.121 0.018 0.059 0.249 0.102 0.137 0.051 200 H 0.070 0.120 0.061 0.032 0.120 0.039 0.060 0.199 0.115 0.137 0.048 201 H 0.084 0.122 0.051 0.032 0.119 0.032 0.053 0.173 0.132 0.143 0.059 202 H 0.091 0.099 0.044 0.028 0.124 0.028 0.058 0.179 0.131 0.156 0.061 203 H 0.080 0.123 0.067 0.034 0.131 0.030 0.052 0.148 0.116 0.160 0.058 204 H 0.108 0.155 0.084 0.028 0.169 0.021 0.036 0.143 0.089 0.107 0.059