# TARGET T0327 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0327.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.084 0.141 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.016 0.101 0.601 2 N 0.086 0.211 0.013 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.013 0.135 0.499 3 K 0.068 0.270 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.010 0.047 0.556 4 D 0.020 0.203 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.014 0.148 0.600 5 K 0.192 0.190 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.034 0.181 0.389 6 L 0.050 0.800 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.008 0.013 0.116 7 R 0.009 0.805 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.003 0.030 0.113 8 Y 0.007 0.878 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.002 0.005 0.089 9 A 0.011 0.939 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.002 0.003 0.031 10 I 0.005 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.001 0.023 11 L 0.011 0.928 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.006 0.001 0.034 12 K 0.025 0.853 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.025 0.003 0.071 13 E 0.185 0.446 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.087 0.010 0.246 14 I 0.100 0.165 0.363 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.017 0.024 0.311 15 F 0.094 0.203 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.016 0.058 0.519 16 E 0.109 0.142 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.020 0.038 0.641 17 G 0.096 0.081 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.022 0.054 0.031 0.050 0.639 18 N 0.188 0.015 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.017 0.026 0.074 0.653 19 T 0.077 0.013 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.006 0.001 0.005 0.001 0.001 0.066 0.008 0.213 0.584 20 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 21 L 0.029 0.004 0.002 0.002 0.007 0.009 0.005 0.004 0.001 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.115 0.005 0.259 0.549 22 S 0.199 0.014 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.002 0.011 0.007 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.008 0.218 0.472 23 E 0.060 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.005 0.038 0.856 24 N 0.019 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.010 0.366 0.558 25 D 0.739 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.048 0.055 0.144 26 I 0.309 0.074 0.003 0.001 0.001 0.002 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.027 0.061 0.432 27 G 0.049 0.020 0.011 0.001 0.008 0.005 0.013 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.316 0.021 0.118 0.414 28 V 0.032 0.009 0.021 0.011 0.001 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.230 0.004 0.119 0.565 29 T 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.095 0.002 0.526 0.350 30 E 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.163 0.005 0.047 0.774 31 D 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.011 0.391 0.581 32 Q 0.062 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.589 0.328 33 F 0.025 0.790 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.023 0.154 34 D 0.006 0.859 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.029 0.101 35 D 0.004 0.874 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.110 36 A 0.007 0.942 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.045 37 V 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 38 N 0.005 0.967 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.019 39 F 0.011 0.947 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.029 40 L 0.017 0.949 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.023 41 K 0.011 0.948 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.026 42 R 0.023 0.889 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.002 0.057 43 E 0.100 0.657 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.110 0.002 0.122 44 G 0.563 0.103 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.143 0.007 0.156 45 Y 0.006 0.002 0.805 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.001 0.069 0.084 46 I 0.007 0.001 0.002 0.092 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.436 0.001 0.050 0.404 47 I 0.002 0.001 0.001 0.001 0.015 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.824 0.001 0.021 0.114 48 G 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.017 0.343 0.004 0.056 0.554 49 V 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.031 0.018 0.012 0.792 0.001 0.018 0.106 50 H 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.023 0.048 0.015 0.007 0.244 0.002 0.097 0.545 51 Y 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.043 0.002 0.011 0.006 0.005 0.017 0.010 0.496 0.005 0.060 0.333 52 S 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.004 0.005 0.018 0.002 0.002 0.001 0.001 0.252 0.005 0.157 0.496 53 D 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.003 0.029 0.919 54 D 0.043 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.008 0.161 0.723 55 R 0.214 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.020 0.344 0.361 56 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 57 H 0.013 0.011 0.001 0.001 0.057 0.079 0.042 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.003 0.002 0.175 0.007 0.156 0.431 58 L 0.112 0.059 0.002 0.001 0.003 0.017 0.012 0.017 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.222 0.006 0.089 0.448 59 Y 0.041 0.120 0.001 0.001 0.002 0.008 0.017 0.016 0.010 0.002 0.002 0.011 0.033 0.042 0.002 0.001 0.383 0.005 0.051 0.252 60 K 0.042 0.094 0.002 0.001 0.001 0.003 0.009 0.020 0.001 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.369 0.005 0.078 0.365 61 L 0.039 0.096 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.358 0.011 0.054 0.356 62 G 0.089 0.055 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.314 0.018 0.067 0.437 63 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 64 E 0.032 0.008 0.003 0.002 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.005 0.003 0.234 0.010 0.132 0.539 65 L 0.139 0.040 0.004 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.228 0.005 0.101 0.466 66 T 0.032 0.083 0.001 0.001 0.027 0.007 0.009 0.007 0.008 0.017 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.232 0.004 0.097 0.462 67 E 0.032 0.061 0.002 0.001 0.001 0.008 0.003 0.009 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.218 0.006 0.073 0.576 68 K 0.011 0.075 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.077 0.012 0.371 0.449 69 G 0.169 0.089 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.043 0.308 0.345 70 E 0.052 0.719 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.005 0.025 0.157 71 N 0.014 0.699 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.006 0.039 0.221 72 Y 0.041 0.789 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.022 0.134 73 L 0.030 0.904 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.051 74 K 0.017 0.903 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.009 0.062 75 E 0.023 0.906 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 0.057 76 N 0.115 0.748 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.057 0.003 0.071 77 G 0.247 0.372 0.063 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.045 0.026 0.241 78 T 0.016 0.082 0.405 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.006 0.138 0.331 79 W 0.112 0.096 0.013 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.011 0.105 0.575 80 S 0.071 0.179 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.006 0.184 0.523 81 K 0.042 0.368 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.005 0.114 0.452 82 A 0.060 0.589 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.008 0.066 0.262 83 Y 0.069 0.665 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.008 0.028 0.208 84 K 0.031 0.841 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.008 0.108 85 T 0.017 0.893 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.004 0.073 86 I 0.021 0.897 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.070 87 K 0.006 0.917 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.061 88 E 0.019 0.897 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.005 0.065 89 I 0.025 0.920 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.044 90 K 0.009 0.916 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.064 91 D 0.031 0.848 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.004 0.103 92 W 0.117 0.756 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 0.002 0.094 93 I 0.067 0.724 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.016 0.005 0.149 94 K 0.033 0.363 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.023 0.010 0.527 95 L 0.086 0.422 0.083 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.016 0.010 0.338 96 E 0.095 0.448 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.023 0.037 0.336 97 H 0.180 0.269 0.025 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.029 0.028 0.440 98 H 0.330 0.199 0.034 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.026 0.031 0.348 99 H 0.216 0.194 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.021 0.049 0.458 100 H 0.139 0.121 0.036 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.023 0.062 0.549 101 H 0.139 0.080 0.022 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.018 0.084 0.570 102 H 0.118 0.067 0.015 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.004 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.068 0.015 0.089 0.605