# TARGET T0327 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t1c2-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0327.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.61673 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.014 0.286 0.002 0.098 0.284 0.001 0.001 0.003 0.116 0.177 0.002 0.015 2 N 0.001 0.007 0.443 0.001 0.059 0.210 0.001 0.001 0.001 0.086 0.185 0.004 0.002 3 K 0.001 0.003 0.172 0.001 0.069 0.334 0.001 0.001 0.001 0.084 0.336 0.001 0.001 4 D 0.001 0.003 0.297 0.001 0.023 0.394 0.001 0.001 0.001 0.121 0.161 0.001 0.001 5 K 0.001 0.001 0.053 0.001 0.019 0.793 0.001 0.001 0.001 0.020 0.111 0.001 0.001 6 L 0.001 0.011 0.105 0.001 0.008 0.778 0.002 0.003 0.016 0.028 0.035 0.005 0.006 7 R 0.001 0.004 0.058 0.001 0.006 0.886 0.001 0.001 0.019 0.007 0.005 0.004 0.008 8 Y 0.001 0.001 0.006 0.002 0.002 0.975 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 9 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.970 0.001 0.006 0.006 0.001 0.008 0.003 0.002 10 I 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 11 L 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 12 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 14 I 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 15 F 0.001 0.004 0.022 0.001 0.012 0.867 0.001 0.001 0.001 0.011 0.079 0.001 0.001 16 E 0.001 0.003 0.031 0.001 0.023 0.462 0.001 0.001 0.001 0.017 0.456 0.001 0.004 17 G 0.001 0.002 0.064 0.001 0.019 0.133 0.001 0.001 0.001 0.073 0.704 0.002 0.001 18 N 0.001 0.006 0.356 0.001 0.014 0.034 0.001 0.001 0.002 0.375 0.207 0.001 0.004 19 T 0.001 0.008 0.558 0.001 0.007 0.009 0.001 0.001 0.002 0.365 0.038 0.010 0.002 20 P 0.001 0.020 0.693 0.001 0.013 0.009 0.001 0.001 0.002 0.127 0.111 0.001 0.022 21 L 0.001 0.031 0.678 0.001 0.032 0.023 0.001 0.001 0.004 0.138 0.070 0.012 0.009 22 S 0.001 0.022 0.618 0.002 0.073 0.037 0.001 0.001 0.004 0.133 0.084 0.006 0.020 23 E 0.001 0.012 0.227 0.004 0.328 0.115 0.001 0.001 0.004 0.096 0.199 0.006 0.008 24 N 0.001 0.011 0.200 0.004 0.219 0.137 0.001 0.001 0.006 0.137 0.271 0.005 0.007 25 D 0.002 0.014 0.293 0.002 0.215 0.099 0.001 0.001 0.017 0.157 0.173 0.010 0.019 26 I 0.002 0.019 0.183 0.006 0.092 0.125 0.003 0.002 0.026 0.187 0.323 0.014 0.017 27 G 0.003 0.033 0.274 0.002 0.043 0.028 0.003 0.002 0.027 0.199 0.359 0.012 0.014 28 V 0.001 0.068 0.598 0.001 0.007 0.023 0.002 0.001 0.032 0.189 0.033 0.021 0.024 29 T 0.001 0.027 0.879 0.001 0.004 0.022 0.001 0.001 0.010 0.037 0.010 0.001 0.009 30 E 0.001 0.001 0.040 0.001 0.125 0.711 0.001 0.001 0.001 0.014 0.108 0.001 0.001 31 D 0.001 0.001 0.021 0.001 0.150 0.691 0.001 0.001 0.001 0.022 0.115 0.001 0.001 32 Q 0.001 0.002 0.018 0.001 0.115 0.812 0.001 0.001 0.001 0.006 0.044 0.001 0.001 33 F 0.001 0.004 0.009 0.001 0.008 0.968 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 34 D 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 35 D 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 36 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 37 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 38 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 39 F 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 0.951 0.001 0.001 0.001 0.002 0.031 0.001 0.001 40 L 0.001 0.005 0.013 0.001 0.016 0.924 0.001 0.001 0.004 0.006 0.031 0.001 0.001 41 K 0.001 0.007 0.058 0.002 0.055 0.720 0.001 0.001 0.001 0.028 0.126 0.001 0.002 42 R 0.001 0.003 0.083 0.002 0.052 0.299 0.001 0.001 0.001 0.100 0.454 0.005 0.001 43 E 0.001 0.001 0.009 0.001 0.009 0.043 0.001 0.001 0.001 0.028 0.909 0.001 0.001 44 G 0.001 0.004 0.162 0.003 0.002 0.004 0.001 0.001 0.002 0.189 0.628 0.003 0.001 45 Y 0.003 0.018 0.828 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.009 0.059 0.013 0.038 0.024 46 I 0.023 0.032 0.208 0.002 0.003 0.003 0.011 0.002 0.044 0.017 0.009 0.058 0.589 47 I 0.046 0.006 0.080 0.467 0.011 0.005 0.018 0.003 0.035 0.028 0.008 0.232 0.060 48 G 0.228 0.003 0.060 0.034 0.007 0.002 0.039 0.002 0.046 0.014 0.012 0.137 0.417 49 V 0.177 0.004 0.083 0.019 0.003 0.001 0.057 0.002 0.028 0.008 0.004 0.308 0.305 50 H 0.060 0.010 0.051 0.004 0.001 0.001 0.026 0.001 0.026 0.011 0.003 0.495 0.310 51 Y 0.065 0.031 0.222 0.003 0.002 0.001 0.015 0.001 0.041 0.025 0.006 0.064 0.524 52 S 0.001 0.011 0.813 0.003 0.006 0.002 0.001 0.001 0.014 0.036 0.026 0.040 0.047 53 D 0.001 0.003 0.092 0.003 0.036 0.006 0.001 0.001 0.001 0.122 0.729 0.002 0.005 54 D 0.001 0.002 0.057 0.007 0.030 0.004 0.001 0.001 0.001 0.118 0.779 0.002 0.001 55 R 0.002 0.010 0.360 0.001 0.037 0.005 0.001 0.001 0.003 0.473 0.086 0.009 0.013 56 P 0.003 0.028 0.663 0.010 0.022 0.007 0.002 0.001 0.008 0.148 0.066 0.007 0.036 57 H 0.028 0.150 0.276 0.007 0.029 0.021 0.020 0.015 0.039 0.075 0.049 0.204 0.087 58 L 0.056 0.063 0.159 0.035 0.035 0.019 0.028 0.022 0.035 0.057 0.019 0.054 0.419 59 Y 0.040 0.017 0.218 0.144 0.030 0.027 0.016 0.012 0.037 0.073 0.026 0.293 0.067 60 K 0.046 0.013 0.311 0.011 0.016 0.013 0.008 0.007 0.038 0.064 0.051 0.144 0.278 61 L 0.032 0.061 0.373 0.017 0.021 0.017 0.010 0.009 0.018 0.108 0.117 0.034 0.185 62 G 0.003 0.014 0.550 0.010 0.019 0.009 0.001 0.001 0.008 0.234 0.055 0.073 0.024 63 P 0.001 0.004 0.202 0.029 0.107 0.038 0.001 0.001 0.002 0.232 0.368 0.002 0.015 64 E 0.003 0.010 0.126 0.003 0.113 0.052 0.002 0.001 0.008 0.204 0.433 0.038 0.008 65 L 0.006 0.050 0.378 0.001 0.086 0.082 0.011 0.002 0.017 0.172 0.085 0.011 0.099 66 T 0.005 0.088 0.589 0.002 0.028 0.084 0.006 0.002 0.024 0.090 0.033 0.024 0.026 67 E 0.005 0.034 0.203 0.004 0.105 0.373 0.002 0.002 0.021 0.083 0.111 0.014 0.044 68 K 0.001 0.009 0.124 0.005 0.068 0.288 0.001 0.001 0.002 0.152 0.333 0.013 0.004 69 G 0.001 0.005 0.156 0.001 0.063 0.315 0.001 0.001 0.003 0.154 0.287 0.001 0.014 70 E 0.001 0.012 0.081 0.001 0.059 0.738 0.001 0.001 0.001 0.038 0.065 0.002 0.002 71 N 0.001 0.003 0.022 0.001 0.087 0.777 0.001 0.001 0.001 0.013 0.093 0.001 0.002 72 Y 0.001 0.002 0.034 0.001 0.103 0.738 0.001 0.001 0.001 0.015 0.104 0.001 0.001 73 L 0.001 0.015 0.141 0.002 0.124 0.612 0.001 0.001 0.010 0.024 0.064 0.001 0.006 74 K 0.001 0.009 0.146 0.001 0.083 0.579 0.001 0.001 0.003 0.052 0.118 0.007 0.002 75 E 0.001 0.005 0.064 0.001 0.045 0.416 0.001 0.001 0.001 0.077 0.389 0.001 0.002 76 N 0.001 0.008 0.384 0.001 0.016 0.204 0.001 0.001 0.001 0.222 0.160 0.002 0.002 77 G 0.001 0.006 0.126 0.001 0.030 0.618 0.001 0.001 0.001 0.068 0.148 0.001 0.002 78 T 0.001 0.018 0.060 0.001 0.037 0.716 0.001 0.001 0.001 0.077 0.089 0.001 0.001 79 W 0.001 0.001 0.029 0.001 0.040 0.908 0.001 0.001 0.001 0.005 0.014 0.001 0.001 80 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 81 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 82 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 83 Y 0.001 0.001 0.007 0.001 0.004 0.977 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 84 K 0.001 0.001 0.007 0.001 0.009 0.954 0.001 0.001 0.001 0.004 0.023 0.001 0.001 85 T 0.001 0.001 0.005 0.001 0.006 0.963 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 0.001 0.001 86 I 0.001 0.003 0.025 0.001 0.005 0.941 0.001 0.001 0.002 0.006 0.013 0.001 0.001 87 K 0.001 0.001 0.021 0.001 0.009 0.945 0.001 0.001 0.003 0.006 0.008 0.004 0.002 88 E 0.001 0.001 0.015 0.001 0.010 0.947 0.001 0.001 0.001 0.007 0.013 0.001 0.003 89 I 0.001 0.002 0.044 0.001 0.013 0.899 0.001 0.001 0.004 0.009 0.022 0.003 0.001 90 K 0.001 0.002 0.028 0.001 0.040 0.849 0.001 0.001 0.001 0.006 0.067 0.001 0.003 91 D 0.001 0.003 0.048 0.002 0.052 0.696 0.001 0.002 0.001 0.042 0.139 0.013 0.001 92 W 0.001 0.005 0.142 0.001 0.069 0.579 0.001 0.004 0.018 0.048 0.106 0.001 0.024 93 I 0.003 0.040 0.346 0.004 0.028 0.221 0.002 0.007 0.056 0.150 0.060 0.074 0.009 94 K 0.002 0.039 0.393 0.007 0.051 0.174 0.001 0.012 0.041 0.093 0.066 0.008 0.111 95 L 0.001 0.017 0.270 0.014 0.118 0.321 0.001 0.007 0.026 0.116 0.080 0.014 0.017 96 E 0.004 0.014 0.200 0.008 0.158 0.307 0.002 0.011 0.026 0.077 0.136 0.019 0.038 97 H 0.004 0.020 0.210 0.006 0.139 0.298 0.002 0.006 0.024 0.103 0.129 0.018 0.041 98 H 0.003 0.023 0.262 0.008 0.129 0.233 0.001 0.003 0.018 0.110 0.183 0.011 0.016 99 H 0.003 0.017 0.345 0.004 0.100 0.141 0.001 0.003 0.013 0.115 0.236 0.010 0.014 100 H 0.003 0.030 0.298 0.001 0.074 0.090 0.002 0.003 0.009 0.133 0.307 0.020 0.029 101 H 0.003 0.052 0.444 0.003 0.048 0.059 0.002 0.001 0.006 0.175 0.177 0.006 0.024 102 H 0.001 0.011 0.682 0.001 0.021 0.024 0.001 0.001 0.003 0.217 0.032 0.006 0.004